similar to: pvals.fnc in lme4 and languageR

Hi Everyone, I am using R 2.10.1. lmer function works properly, however pvals.fnc () does not despite the fact that I uploaded: - library(lme4) - library(coda) - library(languageR) This is the error message I get pvals.fnc(lexdec3.lmerE2, nsim=10000)$fixed Error in pvals.fnc(lexdec3.lmerE2, nsim = 10000) : MCMC sampling is not yet implemented in lme4_0.999375 for models with random

Hi. I get an error message about not converging when I try and use the pvals.fnc from the languageR library. The LMER analysis worked fine (See below). I am not an expert so I don't understand why the LMER worked but not the pvals.fnc Any help gratefully received. - Mike AIC BIC logLik MLdeviance REMLdeviance -7324 -7254 3673 -7451 -7346 Random effects: Groups

Dear R list, I have a recurring problem with the languageR package, specifically the aovlmer.fnc function. When I try to run the following code (from R. H. Baayen's textbook): # Example 1: library(languageR) latinsquare.lmer <- lmer(RT ~ SOA + (1 | Word) + (1 | Subject), data = latinsquare) x <- pvals.fnc(latinsquare.lmer,

Dear R-help: I've been trying to run pvals.fnc in the newest version of R (2.13.0). The function lmer worked fine, but when I tried to use pvals.fnc on the lmer object, I got the following error: "Error in pvals.fnc(elogr.subj.dys.sum.3x3.p, nsim = 10000) : trying to get slot "coefs" from an object (class "summaryDefault") that is not an S4 object." How can I

library(lme4) library(coda) library(languageR) fit = lmer(Reaction~Days + (1|Subject) + (0+Days|Subject), data=sleepstudy) pvals.fnc(fit)$random # compare with... samp = mcmcsamp(fit, n=10000, trans=FALSE) HPDinterval(samp) densityplot(samp, plot=F) # 'pvals.fnc' reports sigma instead of sigma^2, but it looks like the # Sbjc.(In) and Sbjc.Days are also sqrt compared with the

Dear folks (or Dear Professor Bates), I'm quite confused as to the current status of some of the available functions applicable to lmer objects. Following the examples in Baayen, Davidson, Bates (2006), my plan is to run mcmcsamp on a random effect model created by lmer in package lme4, then use the (perhaps outdated) pvals to estimate p-value. But then I couldn't find pvals anywhere.

Hola buenas noches, tengo un problema bastante gordo. ¿A alguno le ha dejado de funcionar las funciones pamer.fnc y mcp.fnc con la nueva versión de R? La semana pasada formatee el ordenador y ahora scripts antiguos no funcionan. La cuestión es que me precupa que no funcione el ejemplo de tutorial del autor. Os dejo un script que debería de funcionar y no lo hace

Hace unos meses os escribir para comunicaros que había un fallo en esta función. Como os prometí os comento la respuesta por si alguno está interesado en utilizar el paquete LMERconvenientsfucntions Dear Javier, The package has been updated and should work for you fine now. Note that function mcp.fnc does not return the fourth plot (dffits) anymore. We still have to figure out a way to compute

Hello, I can not get the function plot.logistic.fit.fnc() working....it returns "Error: could not find function "plot.logistic.fit.fnc"". Do I need to upload as specific package first? I am trying to check the fit of a mixed logistic model. Also, any advice for checking the assumption of independence in a mixed logistic model? Many thanks in advance, Sarah Foster

Hola buenas tras meses investigando como hacer anovas para factores con efectos fijos y efectos aleatorios, he encontrado una serie de funciones que satisfacen mis pretensiones y creo correctas en cierta medida. Me gustaría compartirlas con vosotros con doble intención, la primera es compartirla para que si otro se encuentra en esta situación que tenga el trabajo hecho y la segunda es que sean

Hi, I have been using the library languageR in R2.6.0 for some while. I now would like to use new functions of this library (especially plotLMER.fnc) and have downloaded R 2.8.0. Error messages appear when I load the languageR library (I have tried several times on different computers but this doesn't help.: Attachement du package : 'Matrix' The following object(s)

Hola Manuel lo he tratado de hacer pero me sale Error: unexpected string constante in: "anova(a,as,test=Chisq") no tengo ni idea de por qué... Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible hacerse con ello? Saludos, Miguel -------------------------------------------- El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> escribió:

Existe discusión sobre el uso de los p-valores en modelos mixtos. Como se ha dicho antes, para mi lo más adecuado es comparar modelos mediante la función anova. Por Internet se puede encontrar un buen libro de Douglas Bates y en español, busca modelos mixtos con R de Luis Cayuela, enfocado hacia ecología, pero está muy bien El 13/06/2014 14:00, "Jorge I Velez"

Hola a todos, quería preguntaros un medio para obtener los valores p usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me habían recomendado, pero por algún motivo no está ya disponible etc. Ésta es la función que tengo, pero da las "t", sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por encima de 2 son significativos necesito saber las p. resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln *

Hola buenas. al final corri el siguiente código en mi máquina de casa. El problema es que ha habido algún cambio en la librería lme4, que hace incompatible los nuevos objetos lmer con la funcioón pamer.fnc. En este tipo de situaciones imagino que lo propio sería ponerme en contacto con el autor o intentar corregir yo mismo el código o incluso ambas. ¿Es decortes escribir al autor reportandole el

Javier, Creo que aquí aplica la ley de Linus que dice: "Dado un número suficientemente elevado de ojos, todos los errores se convierten en obvios". La persona que revisa y encuentra un error no necesariamente tiene que ser la misma que la que lo escribe. Una motivación muy importante al compartir un código es la de recibir los beneficios del control de calidad por parte de tus pares.

Hi all, is there a way to extract the name of a function, i.e. do the reverse of match.fun applied to a character string? I would like to print out the name of a function supplied to another function as an argument. For example: myFunc = function(x) { x+1 } applyFunc = function(fnc, x) { fnc = match.fun(fnc) fnc(x) } Is there a way to obtain "myFunc" from the argument fnc in

Hello All, I am learning mixed effects logistic regression (lmer in lme4), and I am having problems deciphering the goodness of fit function plot.logistic.fit.fnc (languageR package). The only information I can find is that this function plots observed proportions against mean predicted probabilities for some binning of the data. I have explored this function with several datasets, and have had

Dear All: I am using lmer() {lme4} to analyze results from a reciprocal transplant experiment where the response variable is modeled as a function of two fixed effects and their interaction. Example data follow: #library(lme4) #library(gmodels)

(To the list moderator: I just subscribed to the list. Apologies for not having done so longer before trying to post.) Hi all, I am currently using lmer to analyze data from an experiment with a single fixed factor (treatment, 6 levels) and a single random factor (block). I've been trying to follow the online guidance for estimating p-values for parameter estimates on these and other