similar to: Error running pvals.fnc in R version 2.13.0

Hi everybody! I was using the function pvals.fnc from package 'languageR' until April. I do not know which version. Yesterday I updated all my packages and tried to run my loop again. Now I get the following error message: error in pvals.fnc(mm, nsim = 1000) : MCMC sampling is not yet implemented in lme4_0.999375-27 for models with random correlation parameters I guess it?s because of

Hi. I get an error message about not converging when I try and use the pvals.fnc from the languageR library. The LMER analysis worked fine (See below). I am not an expert so I don't understand why the LMER worked but not the pvals.fnc Any help gratefully received. - Mike AIC BIC logLik MLdeviance REMLdeviance -7324 -7254 3673 -7451 -7346 Random effects: Groups

Hi Everyone, I am using R 2.10.1. lmer function works properly, however pvals.fnc () does not despite the fact that I uploaded: - library(lme4) - library(coda) - library(languageR) This is the error message I get pvals.fnc(lexdec3.lmerE2, nsim=10000)$fixed Error in pvals.fnc(lexdec3.lmerE2, nsim = 10000) : MCMC sampling is not yet implemented in lme4_0.999375 for models with random

Dear folks (or Dear Professor Bates), I'm quite confused as to the current status of some of the available functions applicable to lmer objects. Following the examples in Baayen, Davidson, Bates (2006), my plan is to run mcmcsamp on a random effect model created by lmer in package lme4, then use the (perhaps outdated) pvals to estimate p-value. But then I couldn't find pvals anywhere.

library(lme4) library(coda) library(languageR) fit = lmer(Reaction~Days + (1|Subject) + (0+Days|Subject), data=sleepstudy) pvals.fnc(fit)$random # compare with... samp = mcmcsamp(fit, n=10000, trans=FALSE) HPDinterval(samp) densityplot(samp, plot=F) # 'pvals.fnc' reports sigma instead of sigma^2, but it looks like the # Sbjc.(In) and Sbjc.Days are also sqrt compared with the

Dear R list, I have a recurring problem with the languageR package, specifically the aovlmer.fnc function. When I try to run the following code (from R. H. Baayen's textbook): # Example 1: library(languageR) latinsquare.lmer <- lmer(RT ~ SOA + (1 | Word) + (1 | Subject), data = latinsquare) x <- pvals.fnc(latinsquare.lmer,

Hi, i am new to this forum and not sure how it works, I am trying to do deskriptive descripe my data in terms of gender: head(scltotal) pbnr dat dep dys sop ago mis age female messpunkt2 messpunkt1 tage eintrittsjahr 1 10023 1994-02-21 0.75 1.00 0.50 0.50 0.75 35 1 8817 8817 0 1994 2 10023 1994-05-25 0.75 1.00 0.50 0.50 0.75 35 1 8910 8817

Hace unos meses os escribir para comunicaros que había un fallo en esta función. Como os prometí os comento la respuesta por si alguno está interesado en utilizar el paquete LMERconvenientsfucntions Dear Javier, The package has been updated and should work for you fine now. Note that function mcp.fnc does not return the fourth plot (dffits) anymore. We still have to figure out a way to compute

Is it necessary? I am also confused as to what it does. If I disable it in the smb.conf file, I can not say I see any difference. I am running 6 XP pro clients, MDK 9.2 as the file server. Sincerely, Matthew J. DiBattista Matthew J. DiBattista Information <http://www.ittechs.com/> Technology Technicians

Hola Manuel lo he tratado de hacer pero me sale Error: unexpected string constante in: "anova(a,as,test=Chisq") no tengo ni idea de por qué... Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible hacerse con ello? Saludos, Miguel -------------------------------------------- El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> escribió:

Hello, I can not get the function plot.logistic.fit.fnc() working....it returns "Error: could not find function "plot.logistic.fit.fnc"". Do I need to upload as specific package first? I am trying to check the fit of a mixed logistic model. Also, any advice for checking the assumption of independence in a mixed logistic model? Many thanks in advance, Sarah Foster

Existe discusión sobre el uso de los p-valores en modelos mixtos. Como se ha dicho antes, para mi lo más adecuado es comparar modelos mediante la función anova. Por Internet se puede encontrar un buen libro de Douglas Bates y en español, busca modelos mixtos con R de Luis Cayuela, enfocado hacia ecología, pero está muy bien El 13/06/2014 14:00, "Jorge I Velez"

Hello All, I am learning mixed effects logistic regression (lmer in lme4), and I am having problems deciphering the goodness of fit function plot.logistic.fit.fnc (languageR package). The only information I can find is that this function plots observed proportions against mean predicted probabilities for some binning of the data. I have explored this function with several datasets, and have had

Hola a todos, quería preguntaros un medio para obtener los valores p usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me habían recomendado, pero por algún motivo no está ya disponible etc. Ésta es la función que tengo, pero da las "t", sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por encima de 2 son significativos necesito saber las p. resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln *

Hola buenas noches, tengo un problema bastante gordo. ¿A alguno le ha dejado de funcionar las funciones pamer.fnc y mcp.fnc con la nueva versión de R? La semana pasada formatee el ordenador y ahora scripts antiguos no funcionan. La cuestión es que me precupa que no funcione el ejemplo de tutorial del autor. Os dejo un script que debería de funcionar y no lo hace

Estimado Javier Villacampa Gonzáles Si una persona se toma el trabajo de desarrollar y compartir, como es el caso de R, seguramente conoce de problemas que tuvo que decidir mientras escibía el código, y estará agradecido porque hay gente que utiliza su aporte, su trabajo no fué a la nada, todo lo contrario. En mi caso un solo autor tuvo una respuesta negativa para con migo. Javier Marcuzzi

Gracias a todos por las recomendaciones. Ya me he puesto en contacto con el autor y le explicado donde esta el error. Es tan fácil como que han cambiado la estructura de los objetos tipos lmer desde la versión 2.15.3 con lo que su paquete dejo de funcionar. Por suerte la nueva estructura conserva por lo menos la parte necesaria para hacer sus funciones. Se localizar el fallo y como arreglarlo, lo

Dear All: I am using lmer() {lme4} to analyze results from a reciprocal transplant experiment where the response variable is modeled as a function of two fixed effects and their interaction. Example data follow: #library(lme4) #library(gmodels)

Hi R-listers, I am trying to do an ANOVA for the following scatterplot and received the following error: library(car) scatterplot(HSuccess ~ Veg, data = data.to.analyze, xlab = "Vegetation border (m)", ylab = "Hatching success (%)") anova(HSuccess ~ Veg, data=data.to.analyze) Error in UseMethod("anova") : no applicable

Hola buenas. al final corri el siguiente código en mi máquina de casa. El problema es que ha habido algún cambio en la librería lme4, que hace incompatible los nuevos objetos lmer con la funcioón pamer.fnc. En este tipo de situaciones imagino que lo propio sería ponerme en contacto con el autor o intentar corregir yo mismo el código o incluso ambas. ¿Es decortes escribir al autor reportandole el