Displaying 3 results from an estimated 3 matches for "sparse_matrix".
Did you mean:
csparsematrix
2006 Jun 10
3
sparse matrix, rnorm, malloc
...and could
not find an exact answer to my question below.
I'm trying to generate very large sparse matrices (< 1% non-zero
entries per row). I have a sparse matrix function below which works
well until the row/col count exceeds 10,000. This is being run on a
machine with 32G memory:
sparse_matrix <- function(dims,rnd,p) {
ptm <- proc.time()
x <- round(rnorm(dims*dims),rnd)
x[((abs(x) - p) < 0)] <- 0
y <- matrix(x,nrow=dims,ncol=dims)
proc.time() - ptm
}
When trying to generate the matrix around 20,000 rows/cols on a
machine w...
2015 Dec 23
2
Cannot allocate vector of size
....sim))}, jaccard = { beta.jtu <- (x$min.not.shared) pairwise <- list(beta.jtu=as.dist(beta.jtu))}) return(pairwise) }
3) He ejecutado la función.matriz_distancias <- beta.pair (sparse_matrix, index.family="sorensen")
Y tras todos estos pasos me sigue dando el problema. Creo que ya solo me queda probar con los paquetes de R para gestión de Big Data como ff o bigmemory.
¿Sabéis si las matrices que se guardan como bigmemory pueden manipularse con las mismas funciones que el res...
2015 Dec 22
2
Cannot allocate vector of size
Yo creo que el problema principal está en betapart.core(), que crea y
mantiene simultáneamente en memoria varios objetos de alrededor de 1 Gb
que luego combina en una lista... Probablemente es entre las líneas el
código de betaper.core donde hay que ir eliminando objetos.
Saludos,
Marcelino
El 22/12/2015 a las 18:26, Carlos J. Gil Bellosta escribió:
> Hola, ¿qué tal?
>
> Yo no