search for: fastgreedy

Hi everyone, I am using the fastgreedy.community function to get the $merges matrix and the $modularity vector. This serves my purpose of testing modularity of my graph. But I am "greedy" to plot the heat map and dendrrogram based on the $merges dendogram matrix. I know that heatplot does the graphics part but I am not sure if...

...ara: Javier Marcuzzi CC: r-help-es en r-project.org Asunto: Re: [R-es] R igraph Estimado Javier, En mensaje de error la función se queja de que sólo funciona con grafos sin aristas multiples. Seguramente haya más de una arista entre algún par de nodos. Esto, se puede solucionar usando simplify() fastgreedy.community(simplify(udatos)) No sé qué implicaciones tendrá en cuanto al resultado que saque. Depende de la importancia de las aristas múltiples en lo que estés haciendo. En cualquier caso, si te interesara, creo que a simplify se le puede añadir la forma en la que quieres que te ?combine? las arist...

...a, por ejemplo, individuo, patología, (las dos primeras columnas son la relación), luego un fármaco, el grupo farmacológico, el grupo de patología, etc. Pero hay algo que no comprendo, al realizar clusters(datos), los $membership son todos 1, is.connected es T, transitivity(datos) es algo de 0.27, fastgreedy.community(datos) dice algo como Error in call igraph community fastgreedy, graph as logical merges, fast_community.c:538: detection works for undirected graph only. ¿Debo colocar una dirección para como se relacionan los datos?, no comprendo porque no obtengo clusters, o mejor dicho, con todos 1...

Estimados Copio un mensaje de error que da igraph, es más fácil verlo que explicarlo. > fastgreedy.community(udatos) Error in .Call("R_igraph_community_fastgreedy", graph, as.logical(merges), : At fast_community.c:553 : fast-greedy community finding works only on graphs without multiple edges, Invalid value > cluster_louvain(udatos) IGRAPH clustering multi level, groups: 7, mod:...