search for: betapart

...is is Elaine, a postgraduate studying in bird distributions in East Asia. I want to calculate Simpson dissimilarity index, based on a presence/absence matrix of bird species in islands in East Asia. (matrix row: 36 islands/matrix column: species ID) (R package vegan to make NMDS and R package betapart) In most papers using vegan for NMDS and betapart for dissimilarity index, the dissimilarity index is generated by grid data in continents. The calculation of this index is done by comparing species presence/absence between a pair of grids adjacent to each other. However, in my case, the di...

...un sistema operativo Linux, con R 64 bits y en un servidor con 65Gb de RAM. 1) He convertido la base de datos en una matriz "sparse" cuyo tamaño pasa de una matriz de 861.2Mb a una matriz de 10.2Mb 2) He eliminado todo lo que no es necesario de la función beta.pair dejándola en:library (betapart) # para que cargue la función betapart.core() beta.pair <- function(x, index.family="sorensen"){ # test for a valid index index.family <- match.arg(index.family, c('jaccard','sorensen')) # test for pre-existing betapart objects if (! inherit...

Yo creo que el problema principal está en betapart.core(), que crea y mantiene simultáneamente en memoria varios objetos de alrededor de 1 Gb que luego combina en una lista... Probablemente es entre las líneas el código de betaper.core donde hay que ir eliminando objetos. Saludos, Marcelino El 22/12/2015 a las 18:26, Carlos J. Gil Bellosta e...

...(porque ya hay demasiados objetos grandes en la memoria). Sinceramente, más que intentar implementar los análisis en python 'de novo', creo que lo mejor es optimizar el código de R para evitar consumir toda la memoria. Por ejemplo, si miras el código de la función beta.pair del paquete betapart (pegado más abajo), verás que crea 3 objetos (beta.sim, beta.sne, y beta.sor) que probablemente son muy grandes. Y luego los convierte a cada uno en matriz de distancias (as.dist). En estas operaciones se te va la memoria, pues todos estos objetos están almacenados ahí. Por tanto, una solución...

...ue no está siendo así. Por ello quisiera preguntaros si vosotros sabéis como puedo ampliar la memoria disponible (si este fuera de verdad el problema) o cómo puedo ubicar el vector en el disco y que no use la RAM. En concreto estoy intentando usar la función "beta.pair" del paquete "betapart" (https://cran.r-project.org/web/packages/betapart/betapart.pdf) sobre la matriz de 6000x11000. Es en este punto donde R me da el mensaje de error. Después me gustaría ejecutar la función "agnes" del paquete "cluster" o la función "hclust" del paquete "stats...

CRAN (and crantastic) updates this week New packages ------------ * disclapmix (0.1) Maintainer: Mikkel Meyer Andersen Author(s): Mikkel Meyer Andersen and Poul Svante Eriksen License: GPL-2 http://crantastic.org/packages/disclapmix disclapmix makes inference in a mixture of Discrete Laplace distributions using the EM algorithm. * EstSimPDMP (1.1) Maintainer: Unknown Author(s):