R SIG Debian - Mar 2008 - Installing odesolve package of R under Ubuntu (Debian) Linux

Bonjour,

Je cherche à installer le package odesolve du logiciel de statistique R sous
Ubuntu Linux.
C'est un package qui contient des fonctions appelant du code en Fortran.
A l'installation sous R via le shell, j'obtiens l'erreur suivante:

Hi,

I tried to install odesolve package of R under Ubuntu Linux.
But I got the following error:

ghislain@ghislain-laptop:~$ sudo R
[sudo] password for ghislain:

R version 2.6.2 (2008-02-08)
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0

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en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.
> install.packages()
--- SVP sélectionner un miroir CRAN pour cette session ---
Chargement de Tcl/Tk... terminé
Avis dans install.packages() :
l'argument 'lib' manque :
'/home/ghislain/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.6'
est utilisé
essai de l'URL
'http://cran.univ-lyon1.fr/src/contrib/odesolve_0.5-19.tar.gz
'
Content type 'application/x-tar' length 73092 bytes (71 Kb)
URL ouverte
=================================================downloaded 71 Kb

* Installing *source* package 'odesolve' ...
** libs
gfortran -fpic -g -O2 -c bnorm.f -o bnorm.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -I/usr/share/R/include -fpic -g -O2 -c
call_lsoda.c -o call_lsoda.o
call_lsoda.c: In function «call_lsoda":
call_lsoda.c:109: attention : passing argument 1 of «initializer" from
incompatible pointer type
gfortran -fpic -g -O2 -c cfode.f -o cfode.o
gfortran -fpic -g -O2 -c dgbfa.f -o dgbfa.o
gfortran -fpic -g -O2 -c dgbsl.f -o dgbsl.o
gfortran -fpic -g -O2 -c dgefa.f -o dgefa.o
gfortran -fpic -g -O2 -c dgesl.f -o dgesl.o
gfortran -fpic -g -O2 -c ewset.f -o ewset.o
gfortran -fpic -g -O2 -c fdump.f -o fdump.o
gfortran -fpic -g -O2 -c fnorm.f -o fnorm.o
gfortran -fpic -g -O2 -c i1mach.f -o i1mach.o
gfortran -fpic -g -O2 -c intdy.f -o intdy.o
gfortran -fpic -g -O2 -c j4save.f -o j4save.o
gfortran -fpic -g -O2 -c lsoda.f -o lsoda.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -I/usr/share/R/include -fpic -g -O2 -c
odesolve_utils.c -o odesolve_utils.o
gfortran -fpic -g -O2 -c prja.f -o prja.o
gfortran -fpic -g -O2 -c solsy.f -o solsy.o
gfortran -fpic -g -O2 -c stoda.f -o stoda.o
gfortran -fpic -g -O2 -c vmnorm.f -o vmnorm.o
gcc -std=gnu99 -shared -o odesolve.so bnorm.o call_lsoda.o cfode.o dgbfa.o
dgbsl.o dgefa.o dgesl.o ewset.o fdump.o fnorm.o i1mach.o intdy.o j4save.o
lsoda.o odesolve_utils.o prja.o solsy.o stoda.o vmnorm.o -lblas
-L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2 -lgfortran -lm -lgcc_s
-L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2 -lgfortran -lm -lgcc_s -L/usr/lib/R/lib
-lR
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
collect2: ld a retourné 1 code d'état d'exécution
make: *** [odesolve.so] Erreur 1
ERROR: compilation failed for package 'odesolve'
** Removing '/home/ghislain/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.6/odesolve'

Les packages téléchargés sont dans
/tmp/Rtmp0zyelI/downloaded_packages
Warning message:
In install.packages() :
l'installation du package 'odesolve' a eu un statut de sortie non
nul
>
I tried to find a program called lblas with synaptic without succes.
Would you have a solution to my problem ?
Thanks for your help.

GV

	[[alternative HTML version deleted]]

Le sam. 08 mars ? 10:16, Ghislain Vieilledent a ?crit :

Wow, that's an oldie. I hope you solved your problem since then...  
Anyway, I had already typed my reply, so here goes.

> Bonjour,
>
> Je cherche ? installer le package odesolve du logiciel de  
> statistique R sous
> Ubuntu Linux.
> C'est un package qui contient des fonctions appelant du code en  
> Fortran.
> A l'installation sous R via le shell, j'obtiens l'erreur
suivante:
>
> Hi,
>
> I tried to install odesolve package of R under Ubuntu Linux.
> But I got the following error:
>
> ghislain at ghislain-laptop:~$ sudo R
> [sudo] password for ghislain:
>
[snip]
>> install.packages()
[snip]
> /usr/bin/ld: cannot find -lblas
> collect2: ld a retourn? 1 code d'?tat d'ex?cution
> make: *** [odesolve.so] Erreur 1
> ERROR: compilation failed for package 'odesolve'
> ** Removing
'/home/ghislain/R/i486-pc-linux-gnu-library/2.6/odesolve'
>
> Les packages t?l?charg?s sont dans
> /tmp/Rtmp0zyelI/downloaded_packages
> Warning message:
> In install.packages() :
> l'installation du package 'odesolve' a eu un statut de sortie
non nul
>>
>
> I tried to find a program called lblas with synaptic without succes.
> Would you have a solution to my problem ?
> Thanks for your help.

You're missing the blas library. You probably did not install the r- 
base-dev package. It is required (well, it fetches tool needed) to  
build packages from source.

HTH  Vincent

---
   Vincent Goulet, Professeur agr?g?
   ?cole d'actuariat
   Universit? Laval, Qu?bec
   Vincent.Goulet at act.ulaval.ca   http://vgoulet.act.ulaval.ca