Estimado Manuel Mendoza
Desconozco como funciona en su caso, yo tuve algo de genética y R, no tenía esa
cantidad de variables, pero sí muchos más individuos y utilizaba la relación
entre parientes para los cálculos genéticos.
Por casa variable entraba la relación entre parientes, pero aquí está el
problema, son todas las variables por todas las relaciones entre parientes
necesarias para la genética aditiva del gen, supongamos 1000 relaciones por 3
variables, es 1000 por cada un a de las tres más el resto, esto es un calculo
computacional impresionante.
Como este problema es conocido, en genética se utiliza ?esparce matrix? el
corrector me modifica, para poder trabajarlo, por lo que es posible que el
algoritmo no sea el adecuado, aunque si es genética de procariotas no había
ciertos problemas, por lo que es la reproducción celular.
Consulte internamente en los algoritmos para seleccionar o buscar otra opción
adecuada que tenga en cuenta el trabajo con la memoria ram, hay alternativas muy
específicas que no se dan o requieren fuera de genética, por lo menos dentro de
lo que yo conozco.
Javier Rubén Marcuzzi
> El 31 mar. 2022, a las 23:59, Manuel Mendoza <mmendoza en
fulbrightmail.org> escribió:
>
> Buenos días, por primera vez he necesitado trabajar con una df que incluye
nada menos que 58036 variables, que son grados de expresión génica (el nº de
muestras es 933) y al hacer un random forest (paquete randomForest) me ha dado
un error hasta ahora para mi desconocido: Error: protect(): protection stack
overflow
>
> Parece ser debido a la falta de memoria del ordenador, que es un laptop,
aunque bastante potente. Con 9197 variables no tuve problemas y tardó mucho
menos de lo que yo esperaba.
> ¿Es posible hacer algo?
> Gracias,
> Manuel
>
>
> Memnory Usage Report
>
> <image.png>
>
>
> Con gc() me salió esto:
>
> used (Mb) gc trigger (Mb)
max used (Mb)
> Ncells 1120419 59.9 2413118 128.9 1717277
91.8
> Vcells 56595010 431.8 1723373484 13148.3 1793563775 13683.9
>
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