R help es - Aug 2020 - transformación a formato largo en modelos multietapa

Hola,

Estoy intentando realizar una estimación de riesgos de evento mediante un
modelo de cox multietapa. El trabajo es un modelo básico de cancer: estado
inicial --> evento intermedio --> evento final (normalmente la muerte).

Para ello estoy usando el paquete mstate de Hein Putter. Así, he definido
mi matriz de transición y mis covariables de interés, pero al intentar
poner los datos en formato largo (una fila = un estado a riesgo de una
transición, en lugar de una fila un paciente) usando el comando msprep, me
escupe un error , a saber :

Error in hlpsrt[, 1] - hlpsrt[, 2] :
  argumento no-numérico para operador binario

Mi código para esta parte es:
formato_largo<-msprep(time = c(*NA*, "tiempo_evento_intermedio",
"tiempo_evento_final"),
              status = c(*NA*, "evento_intermedio",
"evento_final"),
              data = mydata,
              trans = tmat,
              keep = covs)

Por más que modifico las variables no consigo salir del error. Si alguien
tiene una sugerencia o me puede ayudar, estaré enormemente agradecido.

Un saludo y gracias de antemano

Jose



-- 
Jose Miguel Torregrosa Díaz
Hématoloie Oncologique et Thérapie Cellulaire
CHU de Poitiers, France




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Eso puede ser por errores en las fechas, por ejemplo que el estado
intermedio sea posterior a la muerte, etc.
Repasa todas las fechas.

El vie., 7 ago. 2020 23:09, José Miguel Torregrosa Díaz <jmtdcool en
gmail.com>
escribió:
> Hola,
>
> Estoy intentando realizar una estimación de riesgos de evento mediante un
> modelo de cox multietapa. El trabajo es un modelo básico de cancer: estado
> inicial --> evento intermedio --> evento final (normalmente la
muerte).
>
> Para ello estoy usando el paquete mstate de Hein Putter. Así, he definido
> mi matriz de transición y mis covariables de interés, pero al intentar
> poner los datos en formato largo (una fila = un estado a riesgo de una
> transición, en lugar de una fila un paciente) usando el comando msprep, me
> escupe un error , a saber :
>
> Error in hlpsrt[, 1] - hlpsrt[, 2] :
>   argumento no-numérico para operador binario
>
> Mi código para esta parte es:
> formato_largo<-msprep(time = c(*NA*,
"tiempo_evento_intermedio",
> "tiempo_evento_final"),
>               status = c(*NA*, "evento_intermedio",
"evento_final"),
>               data = mydata,
>               trans = tmat,
>               keep = covs)
>
> Por más que modifico las variables no consigo salir del error. Si alguien
> tiene una sugerencia o me puede ayudar, estaré enormemente agradecido.
>
> Un saludo y gracias de antemano
>
> Jose
>
>
>
> --
> Jose Miguel Torregrosa Díaz
> Hématoloie Oncologique et Thérapie Cellulaire
> CHU de Poitiers, France
>
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