DIEGO PAUL VELEZ MORA
2018-Jun-07 21:19 UTC
[R-es] ¿Cómo puedo determinar cuellos de botella con información genética de poblaciones remanentes en R?
Buen día a todos, Alguien conoce si existe la manera de determinar cuellos de botella pasados o actuales en poblaciones naturales remanentes con información genética (microsatélites) en R. Gracias por su valiosa ayuda de antemano. Saludos, Diego ________________ Diego P. Vélez Mora Departamento de Ciencias Biológicas UNIVERSIDAD TÉCNICA PARTICULAR DE LOJA San Cayetano Alto s/n Loja, Ecuador Tel: (593-7) 370 1444 Extensión: 3030 [UTPL] NOTA DE DESCARGO: ?El contenido de este correo electrónico y/o sus anexos son de carácter confidencial y para uso exclusivo de la persona natural o jurídica a quien se dirige. Si usted no es el destinatario de esta transmisión electrónica, por favor, reenvíelo de inmediato al emisor y elimine el correo y sus anexos. Cualquier uso, reproducción, distribución, copia, o cualquier otra acción respecto del mismo deberá realizarse previa autorización de la UTPL. Este correo debe ser utilizado únicamente para fines académicos y/o administrativos de la UTPL, por lo que la universidad no es responsable de las opiniones, criterios o información que consten en este correo y que no esté relacionado con las actividades propias de la institución?. [[alternative HTML version deleted]]
Javier Marcuzzi
2018-Jun-07 21:24 UTC
[R-es] ¿Cómo puedo determinar cuellos de botella con información genética de poblaciones remanentes en R?
Estimado Diego Mora ¿Puede especificar que es cuello de botella?, por ejemplo, por estos lados suele utilizarse ese término cuándo la información es mucha y algo en el proceso o red frena todo, pero ese freno es porque está trabajando a su máxima capacidad. ¿O usted dice cuello de botella como término científico genético? Javier Rubén Marcuzzi El jue., 7 jun. 2018 a las 18:19, DIEGO PAUL VELEZ MORA (< dpvelez en utpl.edu.ec>) escribió:> Buen día a todos, > > Alguien conoce si existe la manera de determinar cuellos de botella > pasados o actuales en poblaciones naturales remanentes con información > genética (microsatélites) en R. Gracias por su valiosa ayuda de antemano. > > Saludos, > Diego > > ________________ > Diego P. Vélez Mora > Departamento de Ciencias Biológicas > UNIVERSIDAD TÉCNICA PARTICULAR DE LOJA > San Cayetano Alto s/n > Loja, Ecuador > Tel: (593-7) 370 1444 > Extensión: 3030 > > > [UTPL] > NOTA DE DESCARGO: > > ?El contenido de este correo electrónico y/o sus anexos son de carácter > confidencial y para uso exclusivo de la persona natural o jurídica a quien > se dirige. Si usted no es el destinatario de esta transmisión electrónica, > por favor, reenvíelo de inmediato al emisor y elimine el correo y sus > anexos. Cualquier uso, reproducción, distribución, copia, o cualquier otra > acción respecto del mismo deberá realizarse previa autorización de la UTPL. > Este correo debe ser utilizado únicamente para fines académicos y/o > administrativos de la UTPL, por lo que la universidad no es responsable de > las opiniones, criterios o información que consten en este correo y que no > esté relacionado con las actividades propias de la institución?. > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >[[alternative HTML version deleted]]
eric
2018-Jun-07 21:30 UTC
[R-es] ¿Cómo puedo determinar cuellos de botella con información genética de poblaciones remanentes en R?
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Lucas Fernandez Seivane
2018-Jun-07 21:48 UTC
[R-es] ¿Cómo puedo determinar cuellos de botella con información genética de poblaciones remanentes en R?
Hola a todos No es mi campo, pero estos dos paquetes pueden ser de utilidad https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/Introduction.html https://cran.r-project.org/web/packages/PopGenKit/PopGenKit.pdf Saludos ? 2018-06-07 23:30 GMT+02:00 eric <ericconchamunoz en gmail.com>:> Hola Diego, no se la respuesta a tu pregunta especifica, pero si se que > hay una linea de desarrollo en R para tratar con muchos tipos de datos del > area biologica, como datos de citometria, QPCR y esas cosas. Se llama > BIOCONDUCTOR, su web es www.bioconductor.org. De su pagina saco lo > siguiente: > > Bioconductor provides tools for the analysis and comprehension of > high-throughput genomic data. Bioconductor uses the R statistical > programming language, and is open source and open development. It has two > releases each year, 1560 software packages > <https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software>, > and an active user community. Bioconductor is also available as an AMI > <https://www.bioconductor.org/help/bioconductor-cloud-ami/> (Amazon > Machine Image) and a series of Docker > <https://www.bioconductor.org/help/docker/> images. > > Pienso que ese proyecto te puede proporcionar herramientas de software > para hacer lo que necesitas. > > Saludos, > > Eric. > > > > On 06/07/2018 05:19 PM, DIEGO PAUL VELEZ MORA wrote: > > Buen día a todos, > > Alguien conoce si existe la manera de determinar cuellos de botella pasados o actuales en poblaciones naturales remanentes con información genética (microsatélites) en R. Gracias por su valiosa ayuda de antemano. > > Saludos, > Diego > > ________________ > Diego P. Vélez Mora > Departamento de Ciencias Biológicas > UNIVERSIDAD TÉCNICA PARTICULAR DE LOJA > San Cayetano Alto s/n > Loja, Ecuador > Tel: (593-7) 370 1444 > Extensión: 3030 > > > [UTPL] > NOTA DE DESCARGO: > > ?El contenido de este correo electrónico y/o sus anexos son de carácter confidencial y para uso exclusivo de la persona natural o jurídica a quien se dirige. Si usted no es el destinatario de esta transmisión electrónica, por favor, reenvíelo de inmediato al emisor y elimine el correo y sus anexos. Cualquier uso, reproducción, distribución, copia, o cualquier otra acción respecto del mismo deberá realizarse previa autorización de la UTPL. Este correo debe ser utilizado únicamente para fines académicos y/o administrativos de la UTPL, por lo que la universidad no es responsable de las opiniones, criterios o información que consten en este correo y que no esté relacionado con las actividades propias de la institución?. > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing listR-help-es en r-project.orghttps://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > -- > Nota: Las tildes se han omitido para asegurar compatibilidad con algunos lectores de correo. > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]
Javier Marcuzzi
2018-Jun-07 22:03 UTC
[R-es] ¿Cómo puedo determinar cuellos de botella con información genética de poblaciones remanentes en R?
Estimado Diego Mora Un libro que tiene sobre deriva genética que se da cuándo la población disminuye, es Introducción a la Genética Cuantitativa, aunque lo de introducción al lado de otros libros debería decir compendio. R tiene varios aportes en genética cuantitativa, lógicamente hay muchos con SNP y microsatélites, incluso planteos sobre "cuál usar". Desconozco sus datos o que busca realmente, pero podría haber algo de regresión de cox, el de sobrevida, y algo de algoritmo genético donde hay lo que conocemos desde la genética ADN y no genética informática, pero la genética informática en los algoritmos permite colocar parámetros de "tasas - mutación", estos podrían ser los que algo tipo regresión de cox, lo que podría alimentar un algoritmo genético en R, entrando en un círculo donde los parámetros se calculan muchas veces hasta llegar a una propuesta aceptada. Lo que usted busca no me resulta un problema extraño, casi seguro que en R hay algo, pero habría que tener cuidado, no recuerdo exactamente las fórmulas matemáticas que tiene Falconer en el libro que cite, pero si recuerdo que cambian, por lo que un algoritmo en R en genética de las poblaciones puede ser incorrecto cuándo se da la deriva genética que puede provocar un cuello de botella e térmicos biológicos. En otras palabras la genética de poblaciones con sus formulas clásicas no se puede aplicar cuándo hay deriva genética, habría que leerlo muy bien para no confundirse. Por otro lado sería bueno que aclare a que se refiere por cuello de botella, en genética puede ser un cuello de botella informático, los dos son posibles, biológico como de cómputo. Javier Rubén Marcuzzi El jue., 7 jun. 2018 a las 18:37, eric (<ericconchamunoz en gmail.com>) escribió:> Hola Diego, no se la respuesta a tu pregunta especifica, pero si se que > hay una linea de desarrollo en R para tratar con muchos tipos de datos del > area biologica, como datos de citometria, QPCR y esas cosas. Se llama > BIOCONDUCTOR, su web es www.bioconductor.org. De su pagina saco lo > siguiente: > > Bioconductor provides tools for the analysis and comprehension of > high-throughput genomic data. Bioconductor uses the R statistical > programming language, and is open source and open development. It has two > releases each year, 1560 software packages > <https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software>, > and an active user community. Bioconductor is also available as an AMI > <https://www.bioconductor.org/help/bioconductor-cloud-ami/> (Amazon > Machine Image) and a series of Docker > <https://www.bioconductor.org/help/docker/> images. > > Pienso que ese proyecto te puede proporcionar herramientas de software > para hacer lo que necesitas. > > Saludos, > > Eric. > > > > On 06/07/2018 05:19 PM, DIEGO PAUL VELEZ MORA wrote: > > Buen día a todos, > > Alguien conoce si existe la manera de determinar cuellos de botella pasados o actuales en poblaciones naturales remanentes con información genética (microsatélites) en R. Gracias por su valiosa ayuda de antemano. > > Saludos, > Diego > > ________________ > Diego P. Vélez Mora > Departamento de Ciencias Biológicas > UNIVERSIDAD TÉCNICA PARTICULAR DE LOJA > San Cayetano Alto s/n > Loja, Ecuador > Tel: (593-7) 370 1444 > Extensión: 3030 > > > [UTPL] > NOTA DE DESCARGO: > > ?El contenido de este correo electrónico y/o sus anexos son de carácter confidencial y para uso exclusivo de la persona natural o jurídica a quien se dirige. Si usted no es el destinatario de esta transmisión electrónica, por favor, reenvíelo de inmediato al emisor y elimine el correo y sus anexos. Cualquier uso, reproducción, distribución, copia, o cualquier otra acción respecto del mismo deberá realizarse previa autorización de la UTPL. Este correo debe ser utilizado únicamente para fines académicos y/o administrativos de la UTPL, por lo que la universidad no es responsable de las opiniones, criterios o información que consten en este correo y que no esté relacionado con las actividades propias de la institución?. > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing listR-help-es en r-project.orghttps://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > -- > Nota: Las tildes se han omitido para asegurar compatibilidad con algunos lectores de correo. > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >[[alternative HTML version deleted]]