R help es - Jan 2018 - error en función ggadjustedcurves, paquete survminer

Tengo un modelo de regresión de Cox y quiero obtener el plot ajustado por una
covariable (sexo) con la función ?ggadjustedcurves?, pero me da el siguiente
error:
> cox2 <- coxph(os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
> cox2
Call:
coxph(formula = os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)

          coef exp(coef) se(coef)     z     p
imc_25  -0.621     0.537    0.299 -2.08 0.038
sexo.1M  0.714     2.042    0.387  1.84 0.065

Likelihood ratio test=6.23  on 2 df, p=0.0444
n= 76, number of events= 54 
> ggadjustedcurves(cox2, variable = datos$sexo.1, data = datos)
Error in `[.data.frame`(data, , variable) : undefined columns selected

Agradezco cualquier feedback.

Saludos,


Patricio


Patricio Suárez Gil
Unidad de Investigación Área V-Gijón
Planta 5ª Impar
Hospital Universitario de Cabueñes
C/Prado, 395
33394 Gijón (Asturias)
Tfno: 985 185 000 (Ext. 85715)
@uinvest_psg
unidadinvestigacion.area5 en sespa.es
ESPAÑA












	[[alternative HTML version deleted]]

Hola.

Sin tener una muestra de los datos es un poco difícil saber bien la causa,
pero parece que la forma en la que tienes los datos no es coherete para
ggadjustedcurves. Veo en la documentación de esta función:

*data* a dataset for predictions. If not supplied then data will
be
> extracted from the fit object.
>
lo que me hace sospechar que deberías probar sin pasarle este argumento a
la función y/o ver si siendo tipo data.frame funciona. Talvez tienes los
datos de otra forma (¿array, matrix, ..?).

Saludos.

2018-01-27 11:50 GMT-03:00 Patricio Suárez Gil <patricsg en gmail.com>:
> Tengo un modelo de regresión de Cox y quiero obtener el plot ajustado por
> una covariable (sexo) con la función ?ggadjustedcurves?, pero me da el
> siguiente error:
>
> > cox2 <- coxph(os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
> > cox2
> Call:
> coxph(formula = os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
>
>           coef exp(coef) se(coef)     z     p
> imc_25  -0.621     0.537    0.299 -2.08 0.038
> sexo.1M  0.714     2.042    0.387  1.84 0.065
>
> Likelihood ratio test=6.23  on 2 df, p=0.0444
> n= 76, number of events= 54
> > ggadjustedcurves(cox2, variable = datos$sexo.1, data = datos)
> Error in `[.data.frame`(data, , variable) : undefined columns selected
>
> Agradezco cualquier feedback.
>
> Saludos,
>
>
> Patricio
>
>
> Patricio Suárez Gil
> Unidad de Investigación Área V-Gijón
> Planta 5ª Impar
> Hospital Universitario de Cabueñes
> C/Prado, 395
> 33394 Gijón (Asturias)
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> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es



-- 
«...homines autem hominum causa esse generatos...»

Cicero

	[[alternative HTML version deleted]]

Hola:

Creo que van por ahí los tiros pero no respecto al argumento 'data', 
sino a 'variable'. En la ayuda de la función dice que tiene que ser un 
character (el error, de hecho, te dice que no encuentra la columna).

Prueba con: ggadjustedcurves(cox2, variable = "sexo.1", data = datos)

Un saludo
Álvaro

El 27/01/18 a las 18:22, Freddy Omar López Quintero
escribió:
> Hola.
>
> Sin tener una muestra de los datos es un poco difícil saber bien la causa,
> pero parece que la forma en la que tienes los datos no es coherete para
> ggadjustedcurves. Veo en la documentación de esta función:
>
> *data* a dataset for predictions. If not supplied then data will be
>> extracted from the fit object.
>>
> lo que me hace sospechar que deberías probar sin pasarle este argumento a
> la función y/o ver si siendo tipo data.frame funciona. Talvez tienes los
> datos de otra forma (¿array, matrix, ..?).
>
> Saludos.
>
> 2018-01-27 11:50 GMT-03:00 Patricio Suárez Gil <patricsg en
gmail.com>:
>
>> Tengo un modelo de regresión de Cox y quiero obtener el plot ajustado
por
>> una covariable (sexo) con la función ?ggadjustedcurves?, pero me da el
>> siguiente error:
>>
>>> cox2 <- coxph(os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
>>> cox2
>> Call:
>> coxph(formula = os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
>>
>>            coef exp(coef) se(coef)     z     p
>> imc_25  -0.621     0.537    0.299 -2.08 0.038
>> sexo.1M  0.714     2.042    0.387  1.84 0.065
>>
>> Likelihood ratio test=6.23  on 2 df, p=0.0444
>> n= 76, number of events= 54
>>> ggadjustedcurves(cox2, variable = datos$sexo.1, data = datos)
>> Error in `[.data.frame`(data, , variable) : undefined columns selected
>>
>> Agradezco cualquier feedback.
>>
>> Saludos,
>>
>>
>> Patricio
>>
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Hola,

Mira el ejemplo de la ayuda:
> library(survival)
> fit2 <- coxph( Surv(stop, event) ~ size, data = bladder )
> # single curve
> ggadjustedcurves(fit2, data = bladder)
Que produce este gráfico.

[image: Imágenes integradas 1]

Solamente tienes que pasar la variable donde guardas el modelo y los datos.

Pero puedes valorar otras opciones, representar las curvas de
supervivencia, estratificadas por otra variable (los grupos, etc, etc).

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


El 27 de enero de 2018, 15:50, Patricio Suárez Gil <patricsg en gmail.com>
escribió:
> Tengo un modelo de regresión de Cox y quiero obtener el plot ajustado por
> una covariable (sexo) con la función ?ggadjustedcurves?, pero me da el
> siguiente error:
>
> > cox2 <- coxph(os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
> > cox2
> Call:
> coxph(formula = os ~ imc_25 + sexo.1, data = datos)
>
>           coef exp(coef) se(coef)     z     p
> imc_25  -0.621     0.537    0.299 -2.08 0.038
> sexo.1M  0.714     2.042    0.387  1.84 0.065
>
> Likelihood ratio test=6.23  on 2 df, p=0.0444
> n= 76, number of events= 54
> > ggadjustedcurves(cox2, variable = datos$sexo.1, data = datos)
> Error in `[.data.frame`(data, , variable) : undefined columns selected
>
> Agradezco cualquier feedback.
>
> Saludos,
>
>
> Patricio
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Saludos,
Carlos Ortega
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