Buenas. El Paquete pdp es muy fácil de usar, pero cuando se lo aplico
a mis datos me da:
Error in eval(stats::getCall(object)$data) : object 'x.data' not found.
Os copio abajo un ejemplo de aplicación a un RF. El mio es de un
boosted regression trees (paquete gbm). No sé si esa puede ser la
razón del error. En el paquete pdp no especifica que sea solo para RF,
aunque en los ejemplos que encontré nunca eran de boosted ... Solo de
RF y SVM.
Gracias,
Manuel
library(pdp)
data (boston) # load the boston housing data
set.seed(101) # for reproducibility
boston.rf <- randomForest(cmedv ~ ., data = boston)
# Partial dependence of cmedv on lstat and rm
pd <- partial(boston.rf, pred.var = c("lstat", "rm"),
chull = TRUE)
head(pd) # print first 6 rows
#> lstat rm yhat
#> 1 7.5284 3.66538 24.13683
#> 2 8.2532 3.66538 23.24916
#> 3 8.9780 3.66538 23.13119
#> 4 9.7028 3.66538 22.13531
#> 5 10.4276 3.66538 20.62331
#> 6 11.1524 3.66538 20.51258
Quoting Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>:
> Hola,
>
> A "treesize()" le tienes que pasar como parámetro el objeto
randomForest de
> tu modelo.
> Y obtiene el número de nodos de cada uno de los árboles que hayas indicado
> en el valor del parámetros "ntrees" de "randomForest".
Por defecto "ntrees"
> tiene un valor de 500.
> Mira qué valor tiene "ntrees" en tu modelo
"randomForest", que seguramente
> le hayas indicado un valor de 1000...
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 17 de enero de 2018, 14:29, Manuel Mendoza <mmendoza en
mncn.csic.es>
> escribió:
>
>> Buenas tardes a todos. El paquete randomForest tiene la función
treesize,
>> que es el nº de nodos. Me dan valores realmente elevados (en torno a
1000),
>> y eso me parece extraño. ¿sabéis si es así?
>> Gracias,
>> Manuel
>> --
>> Dr Manuel Mendoza
>> Department of Biogeography and Global Change
>> National Museum of Natural History (MNCN)
>> Spanish Scientific Council (CSIC)
>> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
>> Spain
>>
>> _______________________________________________
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es en r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
--
Dr Manuel Mendoza
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National Museum of Natural History (MNCN)
Spanish Scientific Council (CSIC)
C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
Spain
Acabo de encontrar que si sirve para gbm, por lo que no es esa la razón. Aquí: https://journal.r-project.org/archive/2017/RJ-2017-016/RJ-2017-016.pdf Quoting Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>:> Buenas. El Paquete pdp es muy fácil de usar, pero cuando se lo > aplico a mis datos me da: > > Error in eval(stats::getCall(object)$data) : object 'x.data' not found. > > Os copio abajo un ejemplo de aplicación a un RF. El mio es de un > boosted regression trees (paquete gbm). No sé si esa puede ser la > razón del error. En el paquete pdp no especifica que sea solo para > RF, aunque en los ejemplos que encontré nunca eran de boosted ... > Solo de RF y SVM. > > Gracias, > Manuel > > > library(pdp) > data (boston) # load the boston housing data > set.seed(101) # for reproducibility > boston.rf <- randomForest(cmedv ~ ., data = boston) > > # Partial dependence of cmedv on lstat and rm > > pd <- partial(boston.rf, pred.var = c("lstat", "rm"), chull = TRUE) > > head(pd) # print first 6 rows > #> lstat rm yhat > #> 1 7.5284 3.66538 24.13683 > #> 2 8.2532 3.66538 23.24916 > #> 3 8.9780 3.66538 23.13119 > #> 4 9.7028 3.66538 22.13531 > #> 5 10.4276 3.66538 20.62331 > #> 6 11.1524 3.66538 20.51258 > > > > > > > > Quoting Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>: > >> Hola, >> >> A "treesize()" le tienes que pasar como parámetro el objeto randomForest de >> tu modelo. >> Y obtiene el número de nodos de cada uno de los árboles que hayas indicado >> en el valor del parámetros "ntrees" de "randomForest". Por defecto "ntrees" >> tiene un valor de 500. >> Mira qué valor tiene "ntrees" en tu modelo "randomForest", que seguramente >> le hayas indicado un valor de 1000... >> >> Saludos, >> Carlos Ortega >> www.qualityexcellence.es >> >> El 17 de enero de 2018, 14:29, Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es> >> escribió: >> >>> Buenas tardes a todos. El paquete randomForest tiene la función treesize, >>> que es el nº de nodos. Me dan valores realmente elevados (en torno a 1000), >>> y eso me parece extraño. ¿sabéis si es así? >>> Gracias, >>> Manuel >>> -- >>> Dr Manuel Mendoza >>> Department of Biogeography and Global Change >>> National Museum of Natural History (MNCN) >>> Spanish Scientific Council (CSIC) >>> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID >>> Spain >>> >>> _______________________________________________ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es en r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> >> >> >> >> -- >> Saludos, >> Carlos Ortega >> www.qualityexcellence.es > > > -- > Dr Manuel Mendoza > Department of Biogeography and Global Change > National Museum of Natural History (MNCN) > Spanish Scientific Council (CSIC) > C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID > Spain > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es-- Dr Manuel Mendoza Department of Biogeography and Global Change National Museum of Natural History (MNCN) Spanish Scientific Council (CSIC) C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID Spain
Hola, Sí, y en la ayuda sobre el objeto que utiliza "partial()" también viene que es posible... object A fitted model object of appropriate class (e.g., "gbm", "lm", "randomForest", "train", etc.). El 20 de enero de 2018, 13:55, Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es> escribió:> > Acabo de encontrar que si sirve para gbm, por lo que no es esa la razón. > > Aquí: https://journal.r-project.org/archive/2017/RJ-2017-016/RJ-20 > 17-016.pdf > > > > > > > > > Quoting Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>: > > Buenas. El Paquete pdp es muy fácil de usar, pero cuando se lo aplico a >> mis datos me da: >> >> Error in eval(stats::getCall(object)$data) : object 'x.data' not found. >> >> Os copio abajo un ejemplo de aplicación a un RF. El mio es de un boosted >> regression trees (paquete gbm). No sé si esa puede ser la razón del error. >> En el paquete pdp no especifica que sea solo para RF, aunque en los >> ejemplos que encontré nunca eran de boosted ... Solo de RF y SVM. >> >> Gracias, >> Manuel >> >> >> library(pdp) >> data (boston) # load the boston housing data >> set.seed(101) # for reproducibility >> boston.rf <- randomForest(cmedv ~ ., data = boston) >> >> # Partial dependence of cmedv on lstat and rm >> >> pd <- partial(boston.rf, pred.var = c("lstat", "rm"), chull = TRUE) >> >> head(pd) # print first 6 rows >> #> lstat rm yhat >> #> 1 7.5284 3.66538 24.13683 >> #> 2 8.2532 3.66538 23.24916 >> #> 3 8.9780 3.66538 23.13119 >> #> 4 9.7028 3.66538 22.13531 >> #> 5 10.4276 3.66538 20.62331 >> #> 6 11.1524 3.66538 20.51258 >> >> >> >> >> >> >> >> Quoting Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>: >> >> Hola, >>> >>> A "treesize()" le tienes que pasar como parámetro el objeto randomForest >>> de >>> tu modelo. >>> Y obtiene el número de nodos de cada uno de los árboles que hayas >>> indicado >>> en el valor del parámetros "ntrees" de "randomForest". Por defecto >>> "ntrees" >>> tiene un valor de 500. >>> Mira qué valor tiene "ntrees" en tu modelo "randomForest", que >>> seguramente >>> le hayas indicado un valor de 1000... >>> >>> Saludos, >>> Carlos Ortega >>> www.qualityexcellence.es >>> >>> El 17 de enero de 2018, 14:29, Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es> >>> escribió: >>> >>> Buenas tardes a todos. El paquete randomForest tiene la función treesize, >>>> que es el nº de nodos. Me dan valores realmente elevados (en torno a >>>> 1000), >>>> y eso me parece extraño. ¿sabéis si es así? >>>> Gracias, >>>> Manuel >>>> -- >>>> Dr Manuel Mendoza >>>> Department of Biogeography and Global Change >>>> National Museum of Natural History (MNCN) >>>> Spanish Scientific Council (CSIC) >>>> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID >>>> Spain >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> R-help-es mailing list >>>> R-help-es en r-project.org >>>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>>> >>>> >>> >>> >>> -- >>> Saludos, >>> Carlos Ortega >>> www.qualityexcellence.es >>> >> >> >> -- >> Dr Manuel Mendoza >> Department of Biogeography and Global Change >> National Museum of Natural History (MNCN) >> Spanish Scientific Council (CSIC) >> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID >> Spain >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es en r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> > > > -- > Dr Manuel Mendoza > Department of Biogeography and Global Change > National Museum of Natural History (MNCN) > Spanish Scientific Council (CSIC) > C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID > Spain > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]