Estimados, Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta funcionando. Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El script esta correcto, pero no se porque me tira error.> fase<-diversitycomp(biobsp, y=biopcat,factor1="Fase",index="richness",method=?s")Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index = "richness", : choose an accepted method, not method: s Gracias a ambos por su ayuda. Saludos, Luis El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>> escribió: Ya... El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería de desarrollo instalada y no puedes compilar data.table. ¿Tienes instalado el Xcode?. Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir "Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de "Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala e instálala... Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican todas las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador de "R" donde buscar los compiladores necesarios. Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table... Saludos, Carlos Ortega 2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>>: Gracias Carlos, ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo puede instalar Aqui mando la salida:> install.packages("data.table")There is a binary version available but the source version is later: binary source needs_compilation data.table 1.10.0 1.10.4 TRUE Do you want to install from sources the package which needs compilation? y/n: y installing the source package 'data.table' probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB) =================================================downloaded 2.9 MB Durante la inicializaci'on - Warning messages: 1: Setting LC_CTYPE failed, using "C" 2: Setting LC_TIME failed, using "C" 3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C" 4: Setting LC_MONETARY failed, using "C" * installing *source* package 'data.table' ... ** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked ** libs xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun ERROR: compilation failed for package 'data.table' * removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table' Warning in install.packages : installation of package 'data.table' had non-zero exit status The downloaded source packages are in '/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxh0000gn/T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages' El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>> escribió: El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete "data.table".... Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/> El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>> escribió: Estimados, Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y Rstudio, no puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete BiodiversityR. Alguien tiene alguna posible solución? Desde ya muchas gracias. Saludos, Luis> library(Rcmdr)Loading required package: RcmdrMisc Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called 'data.table' Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org<mailto:R-help-es en r-project.org> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/> -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/> [[alternative HTML version deleted]]
Hola, El error te está diciendo que para el parámetro "method" lo que usas "s" no se acepta... ¿Qué dice la ayuda sobre los valores posibles del parámetro "method"?. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 15 de febrero de 2017, 18:52, Luis E <luisespo00 en hotmail.com> escribió:> Estimados, > > Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta > funcionando. > > Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El > script esta correcto, pero no se porque me tira error. > > > > > > fase<-diversitycomp(biobsp, y=biopcat,factor1="Fase", > index="richness",method=?s") > Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index > "richness", : > choose an accepted method, not method: s > > > Gracias a ambos por su ayuda. > > > Saludos, Luis > > > El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es> > escribió: > > Ya... > El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería > de desarrollo instalada y no puedes compilar data.table. > ¿Tienes instalado el Xcode?. > > Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta > aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el > paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir > "Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de > "Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala > e instálala... > > Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican > todas las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador > de "R" donde buscar los compiladores necesarios. > > Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table... > > Saludos, > Carlos Ortega > > 2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E <luisespo00 en hotmail.com>: > >> Gracias Carlos, >> >> ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se >> porque no lo puede instalar >> >> Aqui mando la salida: >> >> >> > install.packages("data.table") >> >> There is a binary version available but the source version is later: >> binary source needs_compilation >> data.table 1.10.0 1.10.4 TRUE >> >> Do you want to install from sources the package which needs compilation? >> y/n: y >> installing the source package 'data.table' >> >> probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/ >> contrib/data.table_1.10.4.tar.gz' >> Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB) >> =================================================>> downloaded 2.9 MB >> >> Durante la inicializaci'on - Warning messages: >> 1: Setting LC_CTYPE failed, using "C" >> 2: Setting LC_TIME failed, using "C" >> 3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C" >> 4: Setting LC_MONETARY failed, using "C" >> * installing *source* package 'data.table' ... >> ** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked >> ** libs >> xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), >> missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun >> ERROR: compilation failed for package 'data.table' >> * removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/ >> library/data.table' >> Warning in install.packages : >> installation of package 'data.table' had non-zero exit status >> >> The downloaded source packages are in >> '/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxh0000gn/T/ >> RtmpvGHO4t/downloaded_packages' >> >> >> >> El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es> >> escribió: >> >> El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete >> "data.table".... >> Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo. >> >> Saludos, >> Carlos Ortega >> www.qualityexcellence.es >> >> El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E <luisespo00 en hotmail.com> >> escribió: >> >>> >>> Estimados, >>> >>> Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y Rstudio, >>> no puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete >>> BiodiversityR. >>> >>> Alguien tiene alguna posible solución? >>> >>> Desde ya muchas gracias. >>> >>> Saludos, Luis >>> >>> >>> > library(Rcmdr) >>> Loading required package: RcmdrMisc >>> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), >>> versionCheck = vI[[j]]) : >>> there is no package called 'data.table' >>> Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded >>> >>> [[alternative HTML version deleted]] >>> >>> _______________________________________________ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es en r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> >> >> >> >> -- >> Saludos, >> Carlos Ortega >> www.qualityexcellence.es >> >> >> > > > -- > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es > > >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
Carlos, Creo que el problema esta en que biodiversityR que al alcalizare el parámetro ?method ? cambio, ahora usa otros comando para calcular los indices estadísticos de diversidad: Method of calculating the diversity statistics: "pooled" calculates the diversity of the entire community (all sites pooled), "each site" calculates diversity for each site separetly, "mean" calculates the average diversity of the sites, "sd" calculates the standard deviation of the diversity of the sites, whereas "jackknife" calculates the jackknifed diversity for the entire data frame. Yo estaba siguiendo el libro "Tree diversity analysis?, el cual esta desactualizado. Muchas gracias. Saludos, Luis El 15 feb. 2017, a las 14:54, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>> escribió: Hola, El error te está diciendo que para el parámetro "method" lo que usas "s" no se acepta... ¿Qué dice la ayuda sobre los valores posibles del parámetro "method"?. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/> El 15 de febrero de 2017, 18:52, Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>> escribió: Estimados, Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta funcionando. Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El script esta correcto, pero no se porque me tira error.> fase<-diversitycomp(biobsp, y=biopcat,factor1="Fase",index="richness",method=?s")Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index = "richness", : choose an accepted method, not method: s Gracias a ambos por su ayuda. Saludos, Luis El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>> escribió: Ya... El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería de desarrollo instalada y no puedes compilar data.table. ¿Tienes instalado el Xcode?. Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir "Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y dentro de "Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al AppStore búscala e instálala... Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican todas las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador de "R" donde buscar los compiladores necesarios. Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table... Saludos, Carlos Ortega 2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>>: Gracias Carlos, ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo puede instalar Aqui mando la salida:> install.packages("data.table")There is a binary version available but the source version is later: binary source needs_compilation data.table 1.10.0 1.10.4 TRUE Do you want to install from sources the package which needs compilation? y/n: y installing the source package 'data.table' probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB) =================================================downloaded 2.9 MB Durante la inicializaci'on - Warning messages: 1: Setting LC_CTYPE failed, using "C" 2: Setting LC_TIME failed, using "C" 3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C" 4: Setting LC_MONETARY failed, using "C" * installing *source* package 'data.table' ... ** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked ** libs xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun ERROR: compilation failed for package 'data.table' * removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table' Warning in install.packages : installation of package 'data.table' had non-zero exit status The downloaded source packages are in '/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxh0000gn/T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages' El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>> escribió: El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete "data.table".... Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/> El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>> escribió: Estimados, Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y Rstudio, no puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete BiodiversityR. Alguien tiene alguna posible solución? Desde ya muchas gracias. Saludos, Luis> library(Rcmdr)Loading required package: RcmdrMisc Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : there is no package called 'data.table' Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org<mailto:R-help-es en r-project.org> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/> -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/> -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/> [[alternative HTML version deleted]]
Hola Luis,
Pero son tus argumentos correctos? Yo no veo un método "s".
diversitycomp(x, y = NULL,
factor1 = NULL ,factor2 = NULL,
index=c("Shannon", "Simpson",
"inverseSimpson", "Logalpha", "Berger",
"richness", "abundance", "Jevenness",
"Eevenness",
"jack1", "jack2", "chao",
"boot"),
method=c("pooled", "mean", "sd",
"jackknife"),
sortit=FALSE, digits=8)
El 15 de febrero de 2017, 11:52, Luis E <luisespo00 en hotmail.com>
escribió:
> Estimados,
>
> Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta
> funcionando.
>
> Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El
> script esta correcto, pero no se porque me tira error.
>
>
>
>
> > fase<-diversitycomp(biobsp, y=biopcat,factor1="Fase",
> index="richness",method=?s")
> Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase",
index > "richness", :
> choose an accepted method, not method: s
>
>
> Gracias a ambos por su ayuda.
>
>
> Saludos, Luis
>
>
> El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega <cof en
qualityexcellence.es<
> mailto:cof en qualityexcellence.es>> escribió:
>
> Ya...
> El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería
> de desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
> ¿Tienes instalado el Xcode?.
>
> Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta
> aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el
> paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir
> "Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..."
y dentro de
> "Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al
AppStore búscala
> e instálala...
>
> Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican
> todas las variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador
> de "R" donde buscar los compiladores necesarios.
>
> Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
>
> 2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E <luisespo00 en hotmail.com<mailto:
> luisespo00 en hotmail.com>>:
> Gracias Carlos,
>
> ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque
> no lo puede instalar
>
> Aqui mando la salida:
>
>
> > install.packages("data.table")
>
> There is a binary version available but the source version is later:
> binary source needs_compilation
> data.table 1.10.0 1.10.4 TRUE
>
> Do you want to install from sources the package which needs compilation?
> y/n: y
> installing the source package 'data.table'
>
> probando la URL 'https://cran.rstudio.com/src/
> contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
> =================================================> downloaded 2.9 MB
>
> Durante la inicializaci'on - Warning messages:
> 1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
> 2: Setting LC_TIME failed, using "C"
> 3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
> 4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
> * installing *source* package 'data.table' ...
> ** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
> ** libs
> xcrun: error: invalid active developer path
(/Library/Developer/CommandLineTools),
> missing xcrun at: /Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
> ERROR: compilation failed for package 'data.table'
> * removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/
> Resources/library/data.table'
> Warning in install.packages :
> installation of package 'data.table' had non-zero exit status
>
> The downloaded source packages are in
> '/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxh0000gn
> /T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages'
>
>
>
> El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega <cof en
qualityexcellence.es<
> mailto:cof en qualityexcellence.es>> escribió:
>
> El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete
> "data.table"....
> Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/>
>
> El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E <luisespo00 en
hotmail.com<mailto:
> luisespo00 en hotmail.com>> escribió:
>
> Estimados,
>
> Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y Rstudio,
> no puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete
> BiodiversityR.
>
> Alguien tiene alguna posible solución?
>
> Desde ya muchas gracias.
>
> Saludos, Luis
>
>
> > library(Rcmdr)
> Loading required package: RcmdrMisc
> Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()),
versionCheck
> = vI[[j]]) :
> there is no package called 'data.table'
> Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org<mailto:R-help-es en r-project.org>
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/>
>
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/>
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
--
*Manuel Spínola, Ph.D.*
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr>
mspinola10 en gmail.com
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río
<https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
[[alternative HTML version deleted]]
Estimado Manuel,
muchas gracias por responder también.
Aqui están los ejemplos del libro "Tree diversity analysis? que yo estaba
siguiendo. La version actualizada del paquete BiodiversityR actualizo el
parámetro method. Entonces method=s ahora es method= pooled.
To calculate the total species richness for separate sites:
Diversity.2 <- diversityresult(dune, index=?richness?,
method=?s?)
Diversity.2
summary(Diversity.2)
Diversity.3 <- diversityresult(dune[1:2,], index=?richness?)
Diversity.3
To compare the total number of species for various subsets of data:
Diversity.4 <- diversitycomp(dune, y=dune.env,
factor1=?Management?, index=?richness? ,method=?all?)
Diversity.4
To calculate a sample-based species accumulation curve
Accum.1 <- accumresult(dune, method=?exact?)
Accum.1
accumplot(Accum.1)
Accum.2 <- accumresult(dune, method=?random?,
permutations=1000)
Accum.2
accumplot(Accum.2)
Aqui esta la version aculizada del parametro method:
Method of calculating the diversity statistics: "pooled" calculates
the diversity of the entire community (all sites pooled), "each site"
calculates diversity for each site separetly, "mean" calculates the
average diversity of the sites, "sd" calculates the standard deviation
of the diversity of the sites, whereas "jackknife" calculates the
jackknifed diversity for the entire data frame.
El 16 feb. 2017, a las 00:24, Manuel Spínola <mspinola10 en
gmail.com<mailto:mspinola10 en gmail.com>> escribió:
Hola Luis,
Pero son tus argumentos correctos? Yo no veo un método "s".
diversitycomp(x, y = NULL,
factor1 = NULL ,factor2 = NULL,
index=c("Shannon", "Simpson",
"inverseSimpson", "Logalpha", "Berger",
"richness", "abundance", "Jevenness",
"Eevenness",
"jack1", "jack2", "chao",
"boot"),
method=c("pooled", "mean", "sd",
"jackknife"),
sortit=FALSE, digits=8)
El 15 de febrero de 2017, 11:52, Luis E <luisespo00 en
hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>> escribió:
Estimados,
Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta funcionando.
Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El script
esta correcto, pero no se porque me tira error.
> fase<-diversitycomp(biobsp,
y=biopcat,factor1="Fase",index="richness",method=?s")
Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index =
"richness", :
choose an accepted method, not method: s
Gracias a ambos por su ayuda.
Saludos, Luis
El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega <cof en
qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es><mailto:cof en
qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>>> escribió:
Ya...
El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería de
desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
¿Tienes instalado el Xcode?.
Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta
aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el
paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir
"Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y
dentro de "Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al
AppStore búscala e instálala...
Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican todas las
variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador de
"R" donde buscar los compiladores necesarios.
Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...
Saludos,
Carlos Ortega
2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E <luisespo00 en
hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com><mailto:luisespo00 en
hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>>>:
Gracias Carlos,
ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo
puede instalar
Aqui mando la salida:
> install.packages("data.table")
There is a binary version available but the source version is later:
binary source needs_compilation
data.table 1.10.0 1.10.4 TRUE
Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source package 'data.table'
probando la URL
'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
=================================================downloaded 2.9 MB
Durante la inicializaci'on - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
* installing *source* package 'data.table' ...
** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
xcrun: error: invalid active developer path
(/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at:
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package 'data.table'
* removing
'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table'
Warning in install.packages :
installation of package 'data.table' had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
'/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxh0000gn/T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages'
El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega <cof en
qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es><mailto:cof en
qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>>> escribió:
El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete
"data.table"....
Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es<http://www.qualityexcellence.es/><http://www.qualityexcellence.es/>
El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E <luisespo00 en
hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com><mailto:luisespo00 en
hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>>> escribió:
Estimados,
Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y Rstudio, no
puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete BiodiversityR.
Alguien tiene alguna posible solución?
Desde ya muchas gracias.
Saludos, Luis
> library(Rcmdr)
Loading required package: RcmdrMisc
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck =
vI[[j]]) :
there is no package called 'data.table'
Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded
[[alternative HTML version deleted]]
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r-project.org><mailto:R-help-es en r-project.org<mailto:R-help-es en
r-project.org>>
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Saludos,
Carlos Ortega
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Manuel Spínola, Ph.D.
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspinola en una.cr<mailto:mspinola en una.ac.cr>
mspinola10 en gmail.com<mailto:mspinola10 en gmail.com>
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de
río<https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS<http://www.icomvis.una.ac.cr/>
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Estimado Manuel,
muchas gracias por responder también.
Aqui están los ejemplos del libro "Tree diversity analysis? que yo estaba
siguiendo. La version actualizada del paquete BiodiversityR actualizo el
parámetro method. Entonces method=s ahora es method= pooled.
To calculate the total species richness for separate sites:
Diversity.2 <- diversityresult(dune, index=?richness?,
method=?s?)
Diversity.2
summary(Diversity.2)
Diversity.3 <- diversityresult(dune[1:2,], index=?richness?)
Diversity.3
To compare the total number of species for various subsets of data:
Diversity.4 <- diversitycomp(dune, y=dune.env,
factor1=?Management?, index=?richness? ,method=?all?)
Diversity.4
To calculate a sample-based species accumulation curve
Accum.1 <- accumresult(dune, method=?exact?)
Accum.1
accumplot(Accum.1)
Accum.2 <- accumresult(dune, method=?random?,
permutations=1000)
Accum.2
accumplot(Accum.2)
Aqui esta la version aculizada del parametro method:
Method of calculating the diversity statistics: "pooled" calculates
the diversity of the entire community (all sites pooled), "each site"
calculates diversity for each site separetly, "mean" calculates the
average diversity of the sites, "sd" calculates the standard deviation
of the diversity of the sites, whereas "jackknife" calculates the
jackknifed diversity for the entire data frame.
El 16 feb. 2017, a las 00:24, Manuel Spínola <mspinola10 en
gmail.com<mailto:mspinola10 en gmail.com>> escribió:
Hola Luis,
Pero son tus argumentos correctos? Yo no veo un método "s".
diversitycomp(x, y = NULL,
factor1 = NULL ,factor2 = NULL,
index=c("Shannon", "Simpson",
"inverseSimpson", "Logalpha", "Berger",
"richness", "abundance", "Jevenness",
"Eevenness",
"jack1", "jack2", "chao",
"boot"),
method=c("pooled", "mean", "sd",
"jackknife"),
sortit=FALSE, digits=8)
El 15 de febrero de 2017, 11:52, Luis E <luisespo00 en
hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>> escribió:
Estimados,
Muchas gracias por sua ayuda, ya pude instalar data.table y esta funcionando.
Respecto al paquete biodiversityR, no se porque ahora no me corre. El script
esta correcto, pero no se porque me tira error.
> fase<-diversitycomp(biobsp,
y=biopcat,factor1="Fase",index="richness",method=?s")
Error in diversitycomp(biobsp, y = biopcat, factor1 = "Fase", index =
"richness", :
choose an accepted method, not method: s
Gracias a ambos por su ayuda.
Saludos, Luis
El 15 feb. 2017, a las 12:44, Carlos Ortega <cof en
qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es><mailto:cof en
qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>>> escribió:
Ya...
El problema que pareces tener en tu Mac es que no tienes ninguna librería de
desarrollo instalada y no puedes compilar data.table.
¿Tienes instalado el Xcode?.
Es la aplicación de desarrollo (gratuita) para Mac del propio Apple. Esta
aplicación contiene diferentes compiladores que te permitirán compilar el
paquete y otros muchos que necesiten de esta compilación. Para conseguir
"Xcode" tienes que ir a "Actualización de software..." y
dentro de "Comprado" te debiera de aparecer. O vaya en tu acceso al
AppStore búscala e instálala...
Cuando la instales, la abres y la cierras, de esta forma ya se aplican todas las
variables de configuración, que permitirán ya decir al compilador de
"R" donde buscar los compiladores necesarios.
Y ya tras hacer esto, podrás compilar data.table...
Saludos,
Carlos Ortega
2017-02-15 16:36 GMT+01:00 Luis E <luisespo00 en
hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com><mailto:luisespo00 en
hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>>>:
Gracias Carlos,
ya intente instalar varias veces el paquete data.table, pero no se porque no lo
puede instalar
Aqui mando la salida:
> install.packages("data.table")
There is a binary version available but the source version is later:
binary source needs_compilation
data.table 1.10.0 1.10.4 TRUE
Do you want to install from sources the package which needs compilation?
y/n: y
installing the source package 'data.table'
probando la URL
'https://cran.rstudio.com/src/contrib/data.table_1.10.4.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3068135 bytes (2.9 MB)
=================================================downloaded 2.9 MB
Durante la inicializaci'on - Warning messages:
1: Setting LC_CTYPE failed, using "C"
2: Setting LC_TIME failed, using "C"
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C"
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C"
* installing *source* package 'data.table' ...
** package 'data.table' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
xcrun: error: invalid active developer path
(/Library/Developer/CommandLineTools), missing xcrun at:
/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
ERROR: compilation failed for package 'data.table'
* removing
'/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/data.table'
Warning in install.packages :
installation of package 'data.table' had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
'/private/var/folders/wc/fkdhnf4j27z9h3s2bck8ntxh0000gn/T/RtmpvGHO4t/downloaded_packages'
El 15 feb. 2017, a las 12:28, Carlos Ortega <cof en
qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es><mailto:cof en
qualityexcellence.es<mailto:cof en qualityexcellence.es>>> escribió:
El error que estás teniendo te dice que lo que te falta es el paquete
"data.table"....
Prueba a instalar este paquete y lánzalo de nuevo.
Saludos,
Carlos Ortega
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El 15 de febrero de 2017, 15:58, Luis E <luisespo00 en
hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com><mailto:luisespo00 en
hotmail.com<mailto:luisespo00 en hotmail.com>>> escribió:
Estimados,
Soy usuario de Mac y desde que instale la nueva version de R y Rstudio, no
puedo cargar el paquete Rcmdr. Lo miso me pasa con el paquete BiodiversityR.
Alguien tiene alguna posible solución?
Desde ya muchas gracias.
Saludos, Luis
> library(Rcmdr)
Loading required package: RcmdrMisc
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck =
vI[[j]]) :
there is no package called 'data.table'
Error: package 'RcmdrMisc' could not be loaded
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