Hola a tod en s, tengo una duda que la comunidad R me puede ayudar. Estoy trabajando con gamlss, porque tengo una variable respuesta con valores entre 0 y 1 e incluidos estos. La distribución que utilizo com gamlss para este caso es "beta inflated" (Stasinopulos and Rigby 2007. Journal of Statistical Software 23(7)). El modelo que intento correr es: m1<-gamlss(Teleosteos ~ cs(LT_max)+random(Familia/Genero,lambda=T),family=BEINF, data = datos) donde LT_max es la talla máxima de especies de peces y la variable respuesta es la proporción del consumo de peces teleósteos de cada especie. El efecto aleatorio es anidado de géneros y familias taxonómicas de especies (género dentro de familia). El problema que tengo es que los gamlss no toman el efecto aleatorio como random(Familia/Genero) o (1|Familia/Genero), sino como: m2<-gamlss(Teleosteos ~ cs(LT_max)+ random(Familia,lambda=T)+random(Familia:Genero,lambda=T),family=BEINF, data = datos) El modelo con el código en amarillo es ajustado con gamlss sin problemas. ¿Es correcto la forma randon(A)+random(A:B) para considerar un efecto aleatorio anidado como (1|A/B)? Muchas gracias de antemano y saludos cordiales a toda la comunidad, Santiago. -- Santiago A. Barbini *Laboratorio de Ictiología* Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras (IIMyC) Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) Universidad Nacional de Mar del Plata (UNMdP) Funes 3350 - B7602AYL - Mar del Plata ARGENTINA http://www.iimyc.gob.ar/ -- [[alternative HTML version deleted]]
Santiago, Tienes un modelo con tres niveles y tu implementación del efecto aleatorio anidado es correcta. La variabilidad de random(A) mide la variabilidad entre familias. La variabilidad de random(A:B) mide la variabilidad entre "generos" en el seno de una misma familia. Para quedarte tranquilo echale una lectura al capitulo "Mixed and Multilevel Models" de este tutorial: http://conjugateprior.org/2013/01/formulae-in-r-anova/ Un saludo. Olivier El modelo con el código en amarillo es ajustado con gamlss sin problemas. ¿Es correcto la forma randon(A)+random(A:B) para considerar un efecto aleatorio anidado como (1|A/B)? ----- Mensaje original ----- De: "Santiago Barbini" <santiagobarbini en gmail.com> Para: r-help-es en r-project.org Enviados: Lunes, 7 de Marzo 2016 15:37:06 Asunto: [R-es] Efectos aleatorios anidados en gamlss Hola a tod en s, tengo una duda que la comunidad R me puede ayudar. Estoy trabajando con gamlss, porque tengo una variable respuesta con valores entre 0 y 1 e incluidos estos. La distribución que utilizo com gamlss para este caso es "beta inflated" (Stasinopulos and Rigby 2007. Journal of Statistical Software 23(7)). El modelo que intento correr es: m1<-gamlss(Teleosteos ~ cs(LT_max)+random(Familia/Genero,lambda=T),family=BEINF, data = datos) donde LT_max es la talla máxima de especies de peces y la variable respuesta es la proporción del consumo de peces teleósteos de cada especie. El efecto aleatorio es anidado de géneros y familias taxonómicas de especies (género dentro de familia). El problema que tengo es que los gamlss no toman el efecto aleatorio como random(Familia/Genero) o (1|Familia/Genero), sino como: m2<-gamlss(Teleosteos ~ cs(LT_max)+ random(Familia,lambda=T)+random(Familia:Genero,lambda=T),family=BEINF, data = datos) El modelo con el código en amarillo es ajustado con gamlss sin problemas. ¿Es correcto la forma randon(A)+random(A:B) para considerar un efecto aleatorio anidado como (1|A/B)? Muchas gracias de antemano y saludos cordiales a toda la comunidad, Santiago. -- Santiago A. Barbini *Laboratorio de Ictiología* Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras (IIMyC) Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) Universidad Nacional de Mar del Plata (UNMdP) Funes 3350 - B7602AYL - Mar del Plata ARGENTINA http://www.iimyc.gob.ar/ -- [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Hola Olivier, muchas gracias por la ayuda y considerar la respuesta. Me quedo tranquilo de que el modelo esta bien construido. Te mando un saludo afectuoso y otro a la comunidad R, Santiago. El 8 de marzo de 2016, 12:47, Olivier Nuñez <onunez en unex.es> escribió:> Santiago, > > Tienes un modelo con tres niveles y tu implementación del efecto aleatorio > anidado es correcta. > La variabilidad de random(A) mide la variabilidad entre familias. > La variabilidad de random(A:B) mide la variabilidad entre "generos" en el > seno de una misma familia. > > Para quedarte tranquilo echale una lectura al capitulo "Mixed and > Multilevel Models" de este tutorial: > http://conjugateprior.org/2013/01/formulae-in-r-anova/ > > Un saludo. Olivier > > > > El modelo con el código en amarillo es ajustado con gamlss sin problemas. > ¿Es correcto la forma randon(A)+random(A:B) para considerar un efecto > aleatorio anidado como (1|A/B)? > > ----- Mensaje original ----- > De: "Santiago Barbini" <santiagobarbini en gmail.com> > Para: r-help-es en r-project.org > Enviados: Lunes, 7 de Marzo 2016 15:37:06 > Asunto: [R-es] Efectos aleatorios anidados en gamlss > > Hola a tod en s, > > tengo una duda que la comunidad R me puede ayudar. Estoy trabajando con > gamlss, porque tengo una variable respuesta con valores entre 0 y 1 e > incluidos estos. La distribución que utilizo com gamlss para este caso es > "beta inflated" (Stasinopulos and Rigby 2007. Journal of Statistical > Software 23(7)). El modelo que intento correr es: > > m1<-gamlss(Teleosteos ~ > cs(LT_max)+random(Familia/Genero,lambda=T),family=BEINF, data = datos) > > donde LT_max es la talla máxima de especies de peces y la variable > respuesta es la proporción del consumo de peces teleósteos de cada especie. > El efecto aleatorio es anidado de géneros y familias taxonómicas de > especies (género dentro de familia). El problema que tengo es que los > gamlss no toman el efecto aleatorio como random(Familia/Genero) o > (1|Familia/Genero), sino como: > > m2<-gamlss(Teleosteos ~ cs(LT_max)+ > random(Familia,lambda=T)+random(Familia:Genero,lambda=T),family=BEINF, data > = datos) > > El modelo con el código en amarillo es ajustado con gamlss sin problemas. > ¿Es correcto la forma randon(A)+random(A:B) para considerar un efecto > aleatorio anidado como (1|A/B)? > > Muchas gracias de antemano y saludos cordiales a toda la comunidad, > > Santiago. > > -- > Santiago A. Barbini > *Laboratorio de Ictiología* > Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras (IIMyC) > Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) > Universidad Nacional de Mar del Plata (UNMdP) > Funes 3350 - B7602AYL - Mar del Plata > ARGENTINA > http://www.iimyc.gob.ar/ > -- > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >-- Santiago A. Barbini *Laboratorio de Ictiología* Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras (IIMyC) Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET) Universidad Nacional de Mar del Plata (UNMdP) Funes 3350 - B7602AYL - Mar del Plata ARGENTINA http://www.iimyc.gob.ar/ -- [[alternative HTML version deleted]]