Hola soy medio nuevo en esto del uso del paquete knitr en R asociado a Lyx
y tengo el siguiente problema:
1) Construí un script en R que incluye entre otras operaciones simples una
tabla utilizando el paquete xtable para poder imprimirla luego con Lyx.
## @knitr q1
library(knitr)
library(RMySQL)
library(xtable)
#abro la base datos mysql
con <- dbConnect(MySQL(),
user="XXX", password="xxx",
dbname="hol", host="xxx")
uno<-dbGetQuery(con, "SELECT nhijl FROM resumen where leche;")
quantile(uno$nhijl,probs=(c(0.25,0.5)))
quantile(uno$nhijl,probs=0.5)
quantile(uno$nhijl,probs=0.75)
min(uno$nhijl)
max(uno$nhijl)
#tabla
tabla_uno<-data.frame(Total_hijas=round((c(min(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=(0.25)),quantile(uno$nhijl,probs=0.5),
mean(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=0.75),max(uno$nhijl)))))
rownames(tabla_uno)<-(c("Mínimo","1er.cuartil",
"Mediana", "Media",
"3er.cuartil", "Máximo"))
print(xtable(tabla_uno),floating=FALSE)
2) Desde Lyx quise leer el script en R:
<<>>
read_chunk("descriptiva_resumen.R")
@
<<q1,echo=TRUE,cache=FALSE,results="asis">>
@
*Sin embargo, la exportación a un archivo pdf falla y probé las siguientes
2 opciones con resultados diferentes:*
3) Cuando elimino del chunk results="asis", puedo exportar a un pdf
los
resultados esperados con el script de R, excepto la tabla que no la puedo
visualizar.
Entonces las 2 opciones que seguí fueron:
OPCION 3.1:
- Cerré el archivo pdf
- Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original
- Finalmente traté de exportarlo a un *nuevo archivo pdf*.
Resultado: *Falló la exportación*
OPTION 3.2
*- Minimicé el archivo pdf* obtenido en el paso 3),
- Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original
- Finalmente traté de *actualizar la salida del archivo pdf que había
minimizado.*
Resultado: *Obtuve el resultado correcto y completo de todo el script*
*No entiendo que estoy haciendo mal, porque debería poder obtener el
resultado de manera más directa incluyendo en el chunk original
results""asis" y sin tener que hacer tantos pasos. *
Muchas gracias desde ya por cualquier ayuda!
Saludos,
Rodrigo.
--
*Dr. Rodrigo López Correa.*
Miguel Barreiro 3186.
Montevideo.
Uruguay.
Cel: 099 660 549.
[[alternative HTML version deleted]]
yo uso xtable bastante pero nunca Lyx, siento no poder ayudarte. en todo caso deberías de crear un ejemplo de solo una tabla, sin slq no nada complejo, una tabla, pásale a xtable un datafarame, emplea el asis en el chunk y crea ejemplos sencillos para localizar el problema.. un slaudo El 10/08/15 a las 21:19, Rodrigo López Correa escribió:> Hola soy medio nuevo en esto del uso del paquete knitr en R asociado a Lyx > y tengo el siguiente problema: > > 1) Construí un script en R que incluye entre otras operaciones simples una > tabla utilizando el paquete xtable para poder imprimirla luego con Lyx. > > > ## @knitr q1 > > library(knitr) > > library(RMySQL) > > library(xtable) > > > #abro la base datos mysql > > con <- dbConnect(MySQL(), > > user="XXX", password="xxx", > > dbname="hol", host="xxx") > > > uno<-dbGetQuery(con, "SELECT nhijl FROM resumen where leche;") > > quantile(uno$nhijl,probs=(c(0.25,0.5))) > > quantile(uno$nhijl,probs=0.5) > > quantile(uno$nhijl,probs=0.75) > > min(uno$nhijl) > > max(uno$nhijl) > > > #tabla > > tabla_uno<-data.frame(Total_hijas=round((c(min(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=(0.25)),quantile(uno$nhijl,probs=0.5), > mean(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=0.75),max(uno$nhijl))))) > > rownames(tabla_uno)<-(c("Mínimo","1er.cuartil", "Mediana", "Media", > "3er.cuartil", "Máximo")) > > print(xtable(tabla_uno),floating=FALSE) > > > 2) Desde Lyx quise leer el script en R: > > <<>>> > read_chunk("descriptiva_resumen.R") > > @ > > <<q1,echo=TRUE,cache=FALSE,results="asis">>> > @ > > *Sin embargo, la exportación a un archivo pdf falla y probé las siguientes > 2 opciones con resultados diferentes:* > > 3) Cuando elimino del chunk results="asis", puedo exportar a un pdf los > resultados esperados con el script de R, excepto la tabla que no la puedo > visualizar. > > Entonces las 2 opciones que seguí fueron: > > OPCION 3.1: > > - Cerré el archivo pdf > > - Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original > > - Finalmente traté de exportarlo a un *nuevo archivo pdf*. > > Resultado: *Falló la exportación* > > OPTION 3.2 > > *- Minimicé el archivo pdf* obtenido en el paso 3), > > - Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original > > - Finalmente traté de *actualizar la salida del archivo pdf que había > minimizado.* > > > Resultado: *Obtuve el resultado correcto y completo de todo el script* > > > *No entiendo que estoy haciendo mal, porque debería poder obtener el > resultado de manera más directa incluyendo en el chunk original > results""asis" y sin tener que hacer tantos pasos. * > > Muchas gracias desde ya por cualquier ayuda! > > Saludos, > > Rodrigo. >-- Antonio Maurandi López Sec. Apoyo Estadístico. Servicio de Apoyo a la Investigación (SAI) Vicerrectorado de Investigación Universidad de Murcia Edif. SACE. Campus de Espinardo. 30100 Murcia @. amaurandi en um.es T. 868 88 7315 F. 868 88 7302 www.um.es/sai www.um.es/ae --- Audentes fortuna iuva
Posiblemente es la compilación. Hace un tiempo que no toco lyx, en algunas
oportunidades es genial y en otras da trabajo. Pienso en lo siguiente, por
ejemplo en latex para las referencias bibliográficas hay que compilar dos veces
el mismo archivo (salvo una actualización que desconozco si existe). Lyx usa el
compilador de latex, latex usa varios archivos para llegar al resultado, el
ejemplo 1 tiene knitr. ¿Qué pasa si la superposición de capas hace que la
compilación de problemas?
Javier Rubén Marcuzzi
Técnico en Industrias Lácteas
Veterinario
De: Rodrigo López Correa
Enviado: lunes, 10 de agosto de 2015 16:20
Para: R-help-es
Asunto: [R-es] Knitr problema con xtable
Hola soy medio nuevo en esto del uso del paquete knitr en R asociado a Lyx
y tengo el siguiente problema:
1) Construí un script en R que incluye entre otras operaciones simples una
tabla utilizando el paquete xtable para poder imprimirla luego con Lyx.
## @knitr q1
library(knitr)
library(RMySQL)
library(xtable)
#abro la base datos mysql
con <- dbConnect(MySQL(),
user="XXX", password="xxx",
dbname="hol", host="xxx")
uno<-dbGetQuery(con, "SELECT nhijl FROM resumen where leche;")
quantile(uno$nhijl,probs=(c(0.25,0.5)))
quantile(uno$nhijl,probs=0.5)
quantile(uno$nhijl,probs=0.75)
min(uno$nhijl)
max(uno$nhijl)
#tabla
tabla_uno<-data.frame(Total_hijas=round((c(min(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=(0.25)),quantile(uno$nhijl,probs=0.5),
mean(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=0.75),max(uno$nhijl)))))
rownames(tabla_uno)<-(c("Mínimo","1er.cuartil",
"Mediana", "Media",
"3er.cuartil", "Máximo"))
print(xtable(tabla_uno),floating=FALSE)
2) Desde Lyx quise leer el script en R:
<<>>
read_chunk("descriptiva_resumen.R")
@
<<q1,echo=TRUE,cache=FALSE,results="asis">>
@
*Sin embargo, la exportación a un archivo pdf falla y probé las siguientes
2 opciones con resultados diferentes:*
3) Cuando elimino del chunk results="asis", puedo exportar a un pdf
los
resultados esperados con el script de R, excepto la tabla que no la puedo
visualizar.
Entonces las 2 opciones que seguí fueron:
OPCION 3.1:
- Cerré el archivo pdf
- Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original
- Finalmente traté de exportarlo a un *nuevo archivo pdf*.
Resultado: *Falló la exportación*
OPTION 3.2
*- Minimicé el archivo pdf* obtenido en el paso 3),
- Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original
- Finalmente traté de *actualizar la salida del archivo pdf que había
minimizado.*
Resultado: *Obtuve el resultado correcto y completo de todo el script*
*No entiendo que estoy haciendo mal, porque debería poder obtener el
resultado de manera más directa incluyendo en el chunk original
results""asis" y sin tener que hacer tantos pasos. *
Muchas gracias desde ya por cualquier ayuda!
Saludos,
Rodrigo.
--
*Dr. Rodrigo López Correa.*
Miguel Barreiro 3186.
Montevideo.
Uruguay.
Cel: 099 660 549.
[[alternative HTML version deleted]]
_______________________________________________
R-help-es mailing list
R-help-es en r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
[[alternative HTML version deleted]]
Muchas gracias Javier, posiblemente sea eso. Saludos, Rodrigo. El 18 de septiembre de 2015, 9:26, Javier Rubén Marcuzzi < javier.ruben.marcuzzi en gmail.com> escribió:> Posiblemente es la compilación. Hace un tiempo que no toco lyx, en algunas > oportunidades es genial y en otras da trabajo. Pienso en lo siguiente, por > ejemplo en latex para las referencias bibliográficas hay que compilar dos > veces el mismo archivo (salvo una actualización que desconozco si existe). > Lyx usa el compilador de latex, latex usa varios archivos para llegar al > resultado, el ejemplo 1 tiene knitr. ¿Qué pasa si la superposición de capas > hace que la compilación de problemas? > > > > Javier Rubén Marcuzzi > Técnico en Industrias Lácteas > Veterinario > > > > > > > *De: *Rodrigo López Correa > *Enviado: *lunes, 10 de agosto de 2015 16:20 > *Para: *R-help-es > *Asunto: *[R-es] Knitr problema con xtable > > > > > > Hola soy medio nuevo en esto del uso del paquete knitr en R asociado a Lyx > > y tengo el siguiente problema: > > > > 1) Construí un script en R que incluye entre otras operaciones simples una > > tabla utilizando el paquete xtable para poder imprimirla luego con Lyx. > > > > > > ## @knitr q1 > > > > library(knitr) > > > > library(RMySQL) > > > > library(xtable) > > > > > > #abro la base datos mysql > > > > con <- dbConnect(MySQL(), > > > > user="XXX", password="xxx", > > > > dbname="hol", host="xxx") > > > > > > uno<-dbGetQuery(con, "SELECT nhijl FROM resumen where leche;") > > > > quantile(uno$nhijl,probs=(c(0.25,0.5))) > > > > quantile(uno$nhijl,probs=0.5) > > > > quantile(uno$nhijl,probs=0.75) > > > > min(uno$nhijl) > > > > max(uno$nhijl) > > > > > > #tabla > > > > > tabla_uno<-data.frame(Total_hijas=round((c(min(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=(0.25)),quantile(uno$nhijl,probs=0.5), > > mean(uno$nhijl),quantile(uno$nhijl,probs=0.75),max(uno$nhijl))))) > > > > rownames(tabla_uno)<-(c("Mínimo","1er.cuartil", "Mediana", "Media", > > "3er.cuartil", "Máximo")) > > > > print(xtable(tabla_uno),floating=FALSE) > > > > > > 2) Desde Lyx quise leer el script en R: > > > > <<>>> > > > read_chunk("descriptiva_resumen.R") > > > > @ > > > > <<q1,echo=TRUE,cache=FALSE,results="asis">>> > > > @ > > > > *Sin embargo, la exportación a un archivo pdf falla y probé las siguientes > > 2 opciones con resultados diferentes:* > > > > 3) Cuando elimino del chunk results="asis", puedo exportar a un pdf los > > resultados esperados con el script de R, excepto la tabla que no la puedo > > visualizar. > > > > Entonces las 2 opciones que seguí fueron: > > > > OPCION 3.1: > > > > - Cerré el archivo pdf > > > > - Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original > > > > - Finalmente traté de exportarlo a un *nuevo archivo pdf*. > > > > Resultado: *Falló la exportación* > > > > OPTION 3.2 > > > > *- Minimicé el archivo pdf* obtenido en el paso 3), > > > > - Luego volví a incluir results="asis" en el chunk original > > > > - Finalmente traté de *actualizar la salida del archivo pdf que había > > minimizado.* > > > > > > Resultado: *Obtuve el resultado correcto y completo de todo el script* > > > > > > *No entiendo que estoy haciendo mal, porque debería poder obtener el > > resultado de manera más directa incluyendo en el chunk original > > results""asis" y sin tener que hacer tantos pasos. * > > > > Muchas gracias desde ya por cualquier ayuda! > > > > Saludos, > > > > Rodrigo. > > > > -- > > *Dr. Rodrigo López Correa.* > > > > Miguel Barreiro 3186. > > Montevideo. > > Uruguay. > > Cel: 099 660 549. > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es en r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > >-- *Dr. Rodrigo López Correa.* Miguel Barreiro 3186. Montevideo. Uruguay. Cel: 099 660 549. [[alternative HTML version deleted]]