Buenas! Estoy intentando hacer un script que me permita integrar la información
filogenetica, funcional, ambiental y espacial para saber si hay filtrado
ambiental en mis comunidades. Aunque el script creo que esta bien hecho, me sale
un error que no puedo solucionar y no se porque me aparece. Alguien podría darme
alguna idea? Gracias!!!!
library("picante")
library("stringr")
library("ecodist")
library("ade4")
library("ape")
my.xys <-
read.table("C:/Filogenia/IN_my.xys.txt",sep="\t",header=T,row.names=1)
my.env <-
read.table("C:/Filogenia/IN_my.env.txt",sep="\t",header=T,row.names=1)
my.sample <- read.delim(file="C:/Filogenia/IN_my.sample.txt",
sep="\t", header=T,row.names=1)
my.traits <-
read.delim("C:/Filogenia/IN_traits_norm.txt",sep="\t",header=T,row.names=1)
stand.value <-apply(my.env, MARGIN=2, max)-apply(my.env, MARGIN=2, min)
stand.envs <-sweep(my.env,2,stand.value,"/")
my.phylo <- read.tree("BCTree_Ports.nwk")
######################################### RLQ
#######################################################
# Convertimos el arbol en un arbol de la clase "phylog" gracias a la
funcion "newick2phylog()"
# la cual ya incluye la matriz de distancias filogeneticas.
my.phylog <-newick2phylog(write.tree(my.phylo))
# L matrix: COA para my.sample:
COA.sample <- dudi.coa(my.sample,scan=FALSE,nf=dim(my.sample)[2]-1)
# Hacemos un PCA con la matriz de datos geograficos. Esto constituira la mitad
de la matriz R.
PCA.xy <- dudi.pca(my.xys,COA.sample$lw,scan=FALSE, nf=dim(my.xys)[1]-1)
# Hacemos un PCA que sera la otra mitad de la matriz R.
PCA.env<- dudi.pca(stand.envs,COA.sample$lw,scale=FALSE, scan=FALSE,
nf=dim(stand.envs)[2])
# Hacemos un PCO para los traits:
dist.traits <- dist(my.traits,method="euclidean")
dist.traits<-as.matrix(dist.traits)
# Primera mitad de la matriz Q:
PCO.traits <-dudi.pco(d=dist.traits, row.w=COA.sample$cw,full=TRUE)
Error in dudi.pco(d = dist.traits, row.w = COA.sample$cw, full = TRUE) :
Distance matrix expected
# Segunda mitad de la matriz Q:
PCO.phylo
<-dudi.pco(as.dist(as.matrix(my.phylog$Wdist)[names(my.sample),names(my.sample)]),COA.sample$cw,full=TRUE)
# Modificamos las matrices:
source("RLQ.R")
rlq.output <-
rlqESLTP(PCA.env,PCA.xy,COA.sample,PCO.traits,PCO.phylo,scan=FALSE,nf=2)
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Name: IN_traits_norm.txt
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Name: BCTree_Ports.nwk
Type: application/octet-stream
Size: 1171 bytes
Desc: no disponible
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