R help es - Jul 2015 - RAxML

Buenas,

Intento hacer el analisis con raxml pero me da siempre el mismo error y no se
como solucionarlo. Creo que este error se debe a que el archivo
"raxmlHPC.exe" no se ejecuta bien en mi ordenador, ya que aparece la
consola durante unos segundos y luego desaparece rapidamente. Os mando mis datos
y el trozo de script que me da errores .
Como puedo solucionarlo? En elc aso que sea culpa del archivo ".exe"
que debo hacer?


# SCRIPT
# RaxML:

setwd("C:/Filogenia/Central_2")
x <-read.dna(file="Conca.fas", format = "fasta")

setwd("C:/Filogenia/raxmlGUI15b1/raxmlgui/raxml")
raxml_tree <- raxml(x, runs = 20, path =
"C:/Filogenia/raxmlGUI15b1/raxmlgui/raxml/raxmlHPC")
raxml.tree

# CONSOLE:
> x <-read.dna(file="Conca.fas", format = "fasta")>
setwd("C:/Filogenia/raxmlGUI15b1/raxmlgui/raxml")
> raxml_tree <- raxml(x, runs = 20, path = FALSE)
Error in setwd(path) : character argument expected
> raxml_tree <- raxml(x, runs = 20, path = TRUE)
Error in setwd(path) : character argument expected

Gracias por su tiempo!!

nuria
 		 	   		  
------------ próxima parte ------------
Se ha borrado un adjunto en formato HTML...
URL:
<https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20150715/c0f486cc/attachment-0001.html>
------------ próxima parte ------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: Conca.fas
Type: application/octet-stream
Size: 92713 bytes
Desc: no disponible
URL:
<https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20150715/c0f486cc/attachment-0001.obj>

Hola,

Prueba a ejecutar el ejemplo que aparece en esta página:

http://www.rdocumentation.org/packages/ips/functions/raxml

Creo que por un lado tienes que indicar dónde están tus datos (esto lo
haces con la función "setwd()") y por otro tienes que indicar dónde
está el
ejecutable (el .exe) de "raxml". En la página que te he comentado
aparece
la referencia donde tienes que incluir el path para el ejecutable así:

exec <- NULL # replace by your RAxML path

Si sigues con problemas, quizás tengas que plantear la duda en el grupo de
discusión que tiene este paquete:

https://groups.google.com/forum/#!forum/raxml

Parece que usas Windows, y seguramente necesite de una configuración
diferente.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 15 de julio de 2015, 13:00, nuria bs <laptepo en hotmail.com> escribió:
> Buenas,
>
> Intento hacer el analisis con raxml pero me da siempre el mismo error y no
> se como solucionarlo. Creo que este error se debe a que el archivo
> "raxmlHPC.exe" no se ejecuta bien en mi ordenador, ya que aparece
la
> consola durante unos segundos y luego desaparece rapidamente. Os mando mis
> datos y el trozo de script que me da errores .
> Como puedo solucionarlo? En elc aso que sea culpa del archivo
".exe" que
> debo hacer?
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> *# SCRIPT# RaxML:setwd("C:/Filogenia/Central_2")x
> <-read.dna(file="Conca.fas", format >
"fasta")setwd("C:/Filogenia/raxmlGUI15b1/raxmlgui/raxml")raxml_tree
<-
> raxml(x, runs = 20, path >
"C:/Filogenia/raxmlGUI15b1/raxmlgui/raxml/raxmlHPC")raxml.tree*
> *# CONSOLE:*
> > x <-read.dna(file="Conca.fas", format =
"fasta")
>
> > setwd("C:/Filogenia/raxmlGUI15b1/raxmlgui/raxml")>
raxml_tree <- raxml(x, runs = 20, path = FALSE)Error in setwd(path) :
character argument expected> raxml_tree <- raxml(x, runs = 20, path =
TRUE)Error in setwd(path) : character argument expected
>
>
>
> Gracias por su tiempo!!
>
> nuria
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>

-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

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