Estimado Oliver Nuñez
Envío un ejemplo reproducible.
Javier Marcuzzi
# de donde tomo datos, y tiene el modelo (en el pdf)
library(MCMCglmm)
# librería con las funciónes que voy a usar
library(nlme)
datos0<-ChickWeight
# creo algunos datos que agrego a los origonales
Factor<-as.numeric(datos0$Chick)
Factor[Factor > 0 & Factor <= 10] <- 'A'
Factor[Factor > 10 & Factor <= 20] <- 'B'
Factor[Factor > 20 & Factor <= 30] <- 'A'
Factor[Factor > 30 & Factor <= 40] <- 'B'
Factor[Factor > 40 & Factor <= 50] <- 'A'
Insu<-as.numeric(datos0$Chick)
Insu[Insu > 0 & Insu <= 35] <- 'Mg'
Insu[Insu > 35 & Insu <= 50] <- 'Cu'
# datos para el modelo
datos <- data.frame(ChickWeight$Chick,ChickWeight$weight, ChickWeight$Time,
ChickWeight$Diet, Factor, Insu)
colnames(datos) <- c("Ave","Peso","Tiempo",
"Dieta", "Factor", "Insu")
datos
# modelo
m2 <- lme(Peso ~ poly(Tiempo,2, raw = TRUE)+ Factor + Dieta + Insu-1
,random=~poly(Tiempo,2, raw = TRUE)|Ave , datos,
na.action="na.exclude"
,control=lmeControl(opt='optim', msVerbose = TRUE))
res2 <-fixef(m2)
res2
##### preguntas ########################################################
# una pregunta nueva Insu-1, porque deseo que me exprese el valor para casa Insu
y no
# mu + un valor de diferencia entre algunos y este
# si tengo un solo efecto fijo (quito factor y dieta) no hay problelas, si en
los tres
# este funciona, los siguientes no
predict(object = m2)
grid <- expand.grid(Tiempo=4:6, Factor=c("A"),
Insu=c("Mg","Cu"), Dieta=c(1:2))
predict(object = m2, newdata =grid)
predict(object = m2, newdata =grid, level = 0)
De: Olivier Nuñez
Enviado el: ?jueves?, ?30? de ?abril? de ?2015 ?05?:?58? ?a.m.
Para: Javier Ruben Marcuzzi
CC: R-help-es en r-project.org
----- Mensaje original -----
De: "javier ruben marcuzzi" <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com>
Para: "R-help-es en r-project.org" <r-help-es en r-project.org>
Enviados: Jueves, 30 de Abril 2015 4:07:35
Asunto: [R-es] predict nlme
Estimados
Tengo un error que me desconcierta, es un código que simplifiqué de otro trabajo
donde no hay problemas, sin embargo me da un error.
Mándanos el modelo y tal vez podremos detectar el error.
Un saludo. Olivier
Una diferencia es que en mi otro trabajo uso spline y ahora polinomio, este es
de segundo grado y se encuentra tanto en efectos fijos como aleatorios, el
modelo es correcto, corre con MCMCglmm pero no con nlme.
grid <- expand.grid(Tiempo=4:6, Factor=c("A"), Insu=c(1:3))
predict(object = m2, newdata =grid)
Error in predict.lme(object = m2, newdata = grid) :
cannot evaluate groups for desired levels on 'newdata'
De otra forma
predict(object = m2, newdata =grid, level = 0)
Error in X %*% fixef(object) : non-conformable arguments
Me perdí en el error, estaré cansado (es de noche) o mi código es obsoleto, pero
mi trabajo de unos tres años del cuál realicé algunas simplificaciones, en el
original funciona en la predicción.
¿Alguna idea?
Javier Rubén Marcuzzi
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