Disculpad, por si alguien tuviera interés le comunico que sí está disponible aun >pvals.fnc () No sé por qué hay problemas, pero se puede emplear finalmente. La ventaja de esta función es que nos da el valor p para cada factor e interacción de un plumazo. Ciertamente habrá compañeros que prefieran otros métodos para calcular las p. En mi área parece que este método es más o menos estándar (Baayen, Kuperman, Bathes etc). Agradezco mucho vuestra ayuda hoy y esto es simplemente por si tenéis interés en ello. saludos Miguel . -------------------------------------------- El vie, 13/6/14, r-help-es-request en r-project.org <r-help-es-request en r-project.org> escribió: Asunto: Resumen de R-help-es, Vol 64, Envío 21 Para: r-help-es en r-project.org Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 14:03 Envíe los mensajes para la lista R-help-es a r-help-es en r-project.org Para subscribirse o anular su subscripción a través de la WEB https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es O por correo electrónico, enviando un mensaje con el texto "help" en el asunto (subject) o en el cuerpo a: r-help-es-request en r-project.org Puede contactar con el responsable de la lista escribiendo a: r-help-es-owner en r-project.org Si responde a algún contenido de este mensaje, por favor, edite la linea del asunto (subject) para que el texto sea mas especifico que: "Re: Contents of R-help-es digest...". Además, por favor, incluya en la respuesta sólo aquellas partes del mensaje a las que está respondiendo. Asuntos del día: 1. p values con LMER (Miguel Lázaro) 2. Re: p values con LMER (Manuel Azcárate) 3. Re: p values con LMER (Miguel Lázaro) 4. Re: p values con LMER (Jorge I Velez) 5. Re: p values con LMER (Manuel Azcárate) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Fri, 13 Jun 2014 11:25:08 +0100 (BST) From: Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> To: r-help-es en r-project.org Subject: [R-es] p values con LMER Message-ID: <1402655108.64829.YahooMailBasic en web28802.mail.ir2.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset=iso-8859-1 Hola a todos, quería preguntaros un medio para obtener los valores p usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me habían recomendado, pero por algún motivo no está ya disponible etc. Ésta es la función que tengo, pero da las "t", sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por encima de 2 son significativos necesito saber las p. resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word) data = x) (abreviado) = print (resultado, c=F) Fixed effects: Estimate Std. Error t value (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 Saludos, Miguel ------------------------------ Message: 2 Date: Fri, 13 Jun 2014 13:21:01 +0200 From: Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> To: Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> Cc: r-help-es en r-project.org Subject: Re: [R-es] p values con LMER Message-ID: <CAMRNioEqdrih=fmgW+KtPdpntOpx92AUDFF3uvxisLkR_2QOGg en mail.gmail.com> Content-Type: text/plain Hola Miguel, Aunque algo más arduo que algún paquete que lo calcule directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin la variable de la que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test anova. El valor obtenido por esta comparación puede utilizarse con el pvalor de esa variable. Por ejemplo: Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data = x) Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data x) anova(Lm1,Lm2, test="Chisq") #Obtiens el pvalor de la variable â??fre_lnâ? Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * frebase_ln + (1|word), data = x) anova(Lm1,Lm3, test="Chisq") #Obtiens el pvalor de la variable â?? Z_nsizeâ? Espero que te sea de utilidad, Un saludo Manuel El 13 de junio de 2014, 12:25, Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> escribió: > Hola a todos, > querÃa preguntaros un medio para obtener los valores p usando lmer. He > tratado con pvals.fnc, que es lo que me habÃan recomendado, pero por algún > motivo no está ya disponible etc. > > Ã?sta es la función que tengo, pero da las "t", sin los valores p. Aunque > Baayen indica que valores por encima de 2 son significativos necesito saber > las p. > > resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word) data > x) (abreviado) > = print (resultado, c=F) > > Fixed effects: > Estimate Std. Error t value > (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 > fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 > Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 > frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 > Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 > Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 > Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 > Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 > Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 > Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 > Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 > > > > Saludos, > > Miguel > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > [[alternative HTML version deleted]] ------------------------------ Message: 3 Date: Fri, 13 Jun 2014 12:50:05 +0100 (BST) From: Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> To: Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> Cc: r-help-es en r-project.org Subject: Re: [R-es] p values con LMER Message-ID: <1402660205.43403.YahooMailBasic en web28801.mail.ir2.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset=utf-8 Hola Manuel lo he tratado de hacer pero me sale Error: unexpected string constante in: "anova(a,as,test=Chisq") no tengo ni idea de por qué... Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible hacerse con ello? Saludos, Miguel -------------------------------------------- El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> escribió: Asunto: Re: [R-es] p values con LMER Para: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es> CC: r-help-es en r-project.org Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 Hola Miguel, Aunque algo más arduo que algún paquete que lo calcule directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin la variable de la que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test anova. El valor obtenido por esta comparación puede utilizarse con el pvalor de esa variable. Por ejemplo: Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data = x) Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize * frebase_ln + (1|word), data x) anova(Lm1,Lm2, test="Chisq") #Obtiens el pvalor de la variable ?fre_ln? Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * frebase_ln + (1|word), data = x) anova(Lm1,Lm3, test="Chisq") #Obtiens el pvalor de la variable ? Z_nsize? Espero que te sea de utilidad, Un saludo Manuel El 13 de junio de 2014, 12:25, Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> escribió: Hola a todos, quería preguntaros un medio para obtener los valores p usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me habían recomendado, pero por algún motivo no está ya disponible etc. Ésta es la función que tengo, pero da las "t", sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por encima de 2 son significativos necesito saber las p. resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + (1|word) data = x) (abreviado) = print (resultado, c=F) Fixed effects: Estimate Std. Error t value (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 Saludos, Miguel _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es ------------------------------ Message: 4 Date: Fri, 13 Jun 2014 21:59:16 +1000 From: Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com> To: Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> Cc: R-help-es <r-help-es en r-project.org> Subject: Re: [R-es] p values con LMER Message-ID: <CAKL8G3FjD5SqMYTLyUq=UwnhSnLjd-K5jtJDuqYHYGKwGHsr0A en mail.gmail.com> Content-Type: text/plain Hola Miguel, 2014-06-13 21:50 GMT+10:00 Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es>: > Hola Manuel > lo he tratado de hacer pero me sale > > Error: unexpected string constante in: > Creo que te falto una " > > "anova(a,as,test=Chisq") > ^^^^^^^^^^^^^ debe ser anova(a, as, test = "Chisq") Saludos, Jorge.- > > no tengo ni idea de por qué... > > Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible > hacerse con ello? > > Saludos, > Miguel > > > > -------------------------------------------- > El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> escribió: > > Asunto: Re: [R-es] p values con LMER > Para: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es> > CC: r-help-es en r-project.org > Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 > > > > Hola Miguel, > > > Aunque algo más arduo que > algún paquete que lo calcule > directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin > la variable de la > que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test > anova. El valor > obtenido por esta comparación puede utilizarse con el > pvalor de esa variable. > > > Por ejemplo: > > Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > Z_nsize * frebase_ln + (1|word), > data = x) > > Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize > * frebase_ln + (1|word), data > x) > > anova(Lm1,Lm2, > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > la variable "fre_ln" > > > > Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > frebase_ln + (1|word), data = x) > > anova(Lm1,Lm3, > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > la variable " Z_nsize" > > > > Espero que te sea de > utilidad, > > Un saludo > > Manuel > > > > El 13 de junio de 2014, > 12:25, Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> > escribió: > > Hola > a todos, > > quería preguntaros un medio para obtener los valores p > usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me > habían recomendado, pero por algún motivo no está ya > disponible etc. > > > > Ésta es la función que tengo, pero da las "t", > sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por > encima de 2 son significativos necesito saber las p. > > > > resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + > (1|word) data = x) (abreviado) > > = print (resultado, c=F) > > > > Fixed effects: > > Estimate Std. Error t value > > (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 > > fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 > > Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 > > frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 > > Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 > > Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 > > Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 > > Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 > > Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 > > Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 > > Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 > > > > > > > > Saludos, > > > > Miguel > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es en r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > [[alternative HTML version deleted]] ------------------------------ Message: 5 Date: Fri, 13 Jun 2014 14:03:02 +0200 From: Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> To: Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> Cc: r-help-es en r-project.org Subject: Re: [R-es] p values con LMER Message-ID: <CAMRNioGj4oHktjGAUt+uX7d9K20vo+HsM5aD=D7ka-o1B00wXw en mail.gmail.com> Content-Type: text/plain Hola de nuevo, No estoy seguro de porque te sale ese error. Por lo que veo en el resultado que obtienes, ¿podrÃa ser porque le faltan las primeras comillas al Chisq?. Tendria que ser: anova(a,as,test=â?Chisq") Saludos Manuel El 13 de junio de 2014, 13:50, Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> escribió: > Hola Manuel > lo he tratado de hacer pero me sale > > Error: unexpected string constante in: > > "anova(a,as,test=Chisq") > > no tengo ni idea de por qué... > > Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible > hacerse con ello? > > Saludos, > Miguel > > > > -------------------------------------------- > El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> escribió: > > Asunto: Re: [R-es] p values con LMER > Para: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es> > CC: r-help-es en r-project.org > Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 > > > > Hola Miguel, > > > Aunque algo más arduo que > algún paquete que lo calcule > directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin > la variable de la > que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test > anova. El valor > obtenido por esta comparación puede utilizarse con el > pvalor de esa variable. > > > Por ejemplo: > > Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > Z_nsize * frebase_ln + (1|word), > data = x) > > Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize > * frebase_ln + (1|word), data > x) > > anova(Lm1,Lm2, > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > la variable â??fre_lnâ? > > > > Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > frebase_ln + (1|word), data = x) > > anova(Lm1,Lm3, > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > la variable â?? Z_nsizeâ? > > > > Espero que te sea de > utilidad, > > Un saludo > > Manuel > > > > El 13 de junio de 2014, > 12:25, Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> > escribió: > > Hola > a todos, > > querÃa preguntaros un medio para obtener los valores p > usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me > habÃan recomendado, pero por algún motivo no está ya > disponible etc. > > > > Ã?sta es la función que tengo, pero da las "t", > sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por > encima de 2 son significativos necesito saber las p. > > > > resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + > (1|word) data = x) (abreviado) > > = print (resultado, c=F) > > > > Fixed effects: > > Estimate Std. Error t value > > (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 > > fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 > > Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 > > frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 > > Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 > > Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 > > Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 > > Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 > > Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 > > Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 > > Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 > > > > > > > > Saludos, > > > > Miguel > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es en r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > [[alternative HTML version deleted]] ------------------------------ _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es Fin de Resumen de R-help-es, Vol 64, Envío 21