Existe discusión sobre el uso de los p-valores en modelos mixtos. Como se ha dicho antes, para mi lo más adecuado es comparar modelos mediante la función anova. Por Internet se puede encontrar un buen libro de Douglas Bates y en español, busca modelos mixtos con R de Luis Cayuela, enfocado hacia ecología, pero está muy bien El 13/06/2014 14:00, "Jorge I Velez" <jorgeivanvelez@gmail.com> escribió:> Hola Miguel, > > > 2014-06-13 21:50 GMT+10:00 Miguel Lázaro <lazarolv@yahoo.es>: > > > Hola Manuel > > lo he tratado de hacer pero me sale > > > > Error: unexpected string constante in: > > > > > Creo que te falto una " > > > > > > "anova(a,as,test=Chisq") > > > ^^^^^^^^^^^^^ > debe ser > anova(a, as, test = "Chisq") > > Saludos, > Jorge.- > > > > > > > no tengo ni idea de por qué... > > > > Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible > > hacerse con ello? > > > > Saludos, > > Miguel > > > > > > > > -------------------------------------------- > > El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia@gmail.com> escribió: > > > > Asunto: Re: [R-es] p values con LMER > > Para: "Miguel Lázaro" <lazarolv@yahoo.es> > > CC: r-help-es@r-project.org > > Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 > > > > > > > > Hola Miguel, > > > > > > Aunque algo más arduo que > > algún paquete que lo calcule > > directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin > > la variable de la > > que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test > > anova. El valor > > obtenido por esta comparación puede utilizarse con el > > pvalor de esa variable. > > > > > > Por ejemplo: > > > > Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > > Z_nsize * frebase_ln + (1|word), > > data = x) > > > > Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize > > * frebase_ln + (1|word), data > > x) > > > > anova(Lm1,Lm2, > > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > > la variable "fre_ln" > > > > > > > > Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > > frebase_ln + (1|word), data = x) > > > > anova(Lm1,Lm3, > > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > > la variable " Z_nsize" > > > > > > > > Espero que te sea de > > utilidad, > > > > Un saludo > > > > Manuel > > > > > > > > El 13 de junio de 2014, > > 12:25, Miguel Lázaro <lazarolv@yahoo.es> > > escribió: > > > > Hola > > a todos, > > > > quería preguntaros un medio para obtener los valores p > > usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me > > habían recomendado, pero por algún motivo no está ya > > disponible etc. > > > > > > > > Ésta es la función que tengo, pero da las "t", > > sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por > > encima de 2 son significativos necesito saber las p. > > > > > > > > resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + > > (1|word) data = x) (abreviado) > > > > = print (resultado, c=F) > > > > > > > > Fixed effects: > > > > Estimate Std. Error t value > > > > (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 > > > > fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 > > > > Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 > > > > frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 > > > > Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 > > > > Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 > > > > Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 > > > > Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 > > > > Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 > > > > Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 > > > > Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 > > > > > > > > > > > > > > > > Saludos, > > > > > > > > Miguel > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > R-help-es mailing list > > > > R-help-es@r-project.org > > > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es@r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]
Para obtener el pvalue de un t-test, lo que puedes hacer es (1-pt(abs(tval), df=dftval))*2 donde "tval" es el valor de tu estadístico t (el que te sale en el summary) y "dftval" son los grados de libertad del test. La discusión sobre los p-valores en los modelos mixtos tiene que ver con cómo estimar adecuadamente los grados de libertad. Una vez decidas cuántos grados de libertad tienes, ya lo tienes solucionado ... ;-) Saludos, Marcelino El 13/06/2014 14:05, José Luis Cañadas escribió:> Existe discusión sobre el uso de los p-valores en modelos mixtos. Como se > ha dicho antes, para mi lo más adecuado es comparar modelos mediante la > función anova. Por Internet se puede encontrar un buen libro de Douglas > Bates y en español, busca modelos mixtos con R de Luis Cayuela, enfocado > hacia ecologÃa, pero está muy bien > El 13/06/2014 14:00, "Jorge I Velez" <jorgeivanvelez en gmail.com> escribió: > >> Hola Miguel, >> >> >> 2014-06-13 21:50 GMT+10:00 Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es>: >> >>> Hola Manuel >>> lo he tratado de hacer pero me sale >>> >>> Error: unexpected string constante in: >>> >> >> >> Creo que te falto una " >> >> >>> >>> "anova(a,as,test=Chisq") >>> >> ^^^^^^^^^^^^^ >> debe ser >> anova(a, as, test = "Chisq") >> >> Saludos, >> Jorge.- >> >> >> >>> >>> no tengo ni idea de por qué... >>> >>> Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible >>> hacerse con ello? >>> >>> Saludos, >>> Miguel >>> >>> >>> >>> -------------------------------------------- >>> El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> escribió: >>> >>> Asunto: Re: [R-es] p values con LMER >>> Para: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es> >>> CC: r-help-es en r-project.org >>> Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 >>> >>> >>> >>> Hola Miguel, >>> >>> >>> Aunque algo más arduo que >>> algún paquete que lo calcule >>> directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin >>> la variable de la >>> que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test >>> anova. El valor >>> obtenido por esta comparación puede utilizarse con el >>> pvalor de esa variable. >>> >>> >>> Por ejemplo: >>> >>> Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * >>> Z_nsize * frebase_ln + (1|word), >>> data = x) >>> >>> Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize >>> * frebase_ln + (1|word), data >>> x) >>> >>> anova(Lm1,Lm2, >>> test="Chisq") #Obtiens el pvalor de >>> la variable "fre_ln" >>> >>> >>> >>> Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * >>> frebase_ln + (1|word), data = x) >>> >>> anova(Lm1,Lm3, >>> test="Chisq") #Obtiens el pvalor de >>> la variable " Z_nsize" >>> >>> >>> >>> Espero que te sea de >>> utilidad, >>> >>> Un saludo >>> >>> Manuel >>> >>> >>> >>> El 13 de junio de 2014, >>> 12:25, Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> >>> escribió: >>> >>> Hola >>> a todos, >>> >>> querÃa preguntaros un medio para obtener los valores p >>> usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me >>> habÃan recomendado, pero por algún motivo no está ya >>> disponible etc. >>> >>> >>> >>> Ã?sta es la función que tengo, pero da las "t", >>> sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por >>> encima de 2 son significativos necesito saber las p. >>> >>> >>> >>> resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + >>> (1|word) data = x) (abreviado) >>> >>> = print (resultado, c=F) >>> >>> >>> >>> Fixed effects: >>> >>> Estimate Std. Error t value >>> >>> (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 >>> >>> fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 >>> >>> Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 >>> >>> frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 >>> >>> Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 >>> >>> Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 >>> >>> Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 >>> >>> Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 >>> >>> Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 >>> >>> Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 >>> >>> Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 >>> >>> >>> >>> >>> >>> >>> >>> Saludos, >>> >>> >>> >>> Miguel >>> >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> >>> R-help-es mailing list >>> >>> R-help-es en r-project.org >>> >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> >>> _______________________________________________ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es en r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es en r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >> > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >
Sí, en efecto, aunque es muy extraño porque lo ahbía mirado. Me faltaba unas comillas. Ahora lo veo ahí bien claro. Como decís hay una enorme discusión sobre esto de los valores y supongo que si no los dan directamente en lmer será porque decidieron no hacerlo. En todo caso el tema de pvals.fnc, para lo que usamos la estadística a nivel usuario, estaba fenomenal. Utilizo el procedimiento que me habéis mostrado y quedo a la expectativa de que vuelva a estar disponible, o algo similar, lo anterior. ¡muchas gracias! Miguel -------------------------------------------- El vie, 13/6/14, José Luis Cañadas <canadasreche en gmail.com> escribió: Asunto: Re: [R-es] p values con LMER Para: "Jorge I Velez" <jorgeivanvelez en gmail.com> CC: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es>, "r-help-es" <r-help-es en r-project.org> Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 14:05 Existe discusión sobre el uso de los p-valores en modelos mixtos. Como se ha dicho antes, para mi lo más adecuado es comparar modelos mediante la función anova. Por Internet se puede encontrar un buen libro de Douglas Bates y en español, busca modelos mixtos con R de Luis Cayuela, enfocado hacia ecología, pero está muy bien El 13/06/2014 14:00, "Jorge I Velez" <jorgeivanvelez en gmail.com> escribió: Hola Miguel, 2014-06-13 21:50 GMT+10:00 Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es>: > Hola Manuel > lo he tratado de hacer pero me sale > > Error: unexpected string constante in: > Creo que te falto una " > > "anova(a,as,test=Chisq") > ^^^^^^^^^^^^^ debe ser anova(a, as, test = "Chisq") Saludos, Jorge.- > > no tengo ni idea de por qué... > > Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. ¿Será imposible > hacerse con ello? > > Saludos, > Miguel > > > > -------------------------------------------- > El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> escribió: > > Asunto: Re: [R-es] p values con LMER > Para: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es> > CC: r-help-es en r-project.org > Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 > > > > Hola Miguel, > > > Aunque algo más arduo que > algún paquete que lo calcule > directamente, yo lo que hago es crear un modelo reducido sin > la variable de la > que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un test > anova. El valor > obtenido por esta comparación puede utilizarse con el > pvalor de esa variable. > > > Por ejemplo: > > Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > Z_nsize * frebase_ln + (1|word), > data = x) > > Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize > * frebase_ln + (1|word), data > x) > > anova(Lm1,Lm2, > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > la variable "fre_ln" > > > > Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > frebase_ln + (1|word), data = x) > > anova(Lm1,Lm3, > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > la variable " Z_nsize" > > > > Espero que te sea de > utilidad, > > Un saludo > > Manuel > > > > El 13 de junio de 2014, > 12:25, Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> > escribió: > > Hola > a todos, > > quería preguntaros un medio para obtener los valores p > usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que me > habían recomendado, pero por algún motivo no está ya > disponible etc. > > > > Ésta es la función que tengo, pero da las "t", > sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores por > encima de 2 son significativos necesito saber las p. > > > > resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * frebase_ln + > (1|word) data = x) (abreviado) > > = print (resultado, c=F) > > > > Fixed effects: > > Estimate Std. Error t value > > (Intercept) 6.640496 0.034490 192.54 > > fre_ln -0.046880 0.008278 -5.66 > > Z_nsize 0.005787 0.008849 0.65 > > frebase_ln -0.009938 0.006670 -1.49 > > Z_wlength 14.239570 20.102536 0.71 > > Z_slength 0.011011 0.006692 1.65 > > Z_TF 0.009903 0.008801 1.13 > > Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 > > Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 > > Zaverageres_1 0.018265 0.009195 1.99 > > Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 > > > > > > > > Saludos, > > > > Miguel > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es en r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
También puedes utilizar la función lme del paquete nlme que si da los p-valores El 13/06/14 14:56, Miguel Lázaro escribió:> Sí, en efecto, aunque es muy extraño porque lo ahbía mirado. Me faltaba unas comillas. > Ahora lo veo ahí bien claro. > > Como decís hay una enorme discusión sobre esto de los valores y supongo que si no los dan directamente en lmer será porque decidieron no hacerlo. En todo caso el tema de pvals.fnc, para lo que usamos la estadística a nivel usuario, estaba fenomenal. > Utilizo el procedimiento que me habéis mostrado y quedo a la expectativa de que vuelva a estar disponible, o algo similar, lo anterior. > > ¡muchas gracias! > > Miguel > > > -------------------------------------------- > El vie, 13/6/14, José Luis Cañadas <canadasreche en gmail.com> escribió: > > Asunto: Re: [R-es] p values con LMER > Para: "Jorge I Velez" <jorgeivanvelez en gmail.com> > CC: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es>, "r-help-es" <r-help-es en r-project.org> > Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 14:05 > > Existe > discusión sobre el uso de los p-valores en modelos mixtos. > Como se ha dicho antes, para mi lo más adecuado es > comparar modelos mediante la función anova. Por Internet > se puede encontrar un buen libro de Douglas Bates y en > español, busca modelos mixtos con R de Luis Cayuela, > enfocado hacia ecología, pero está muy bien > > El 13/06/2014 14:00, > "Jorge I Velez" <jorgeivanvelez en gmail.com> > escribió: > > Hola Miguel, > > > > > > 2014-06-13 21:50 GMT+10:00 Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es>: > > > > > Hola Manuel > > > lo he tratado de hacer pero me sale > > > > > > Error: unexpected string constante in: > > > > > > > > > Creo que te falto una " > > > > > > > > > > "anova(a,as,test=Chisq") > > > > > ^^^^^^^^^^^^^ > > debe ser > > anova(a, > as, test = "Chisq") > > > > Saludos, > > Jorge.- > > > > > > > > > > > > no tengo ni idea de por qué... > > > > > > Me resulta alucinante no poder contar ya con pvals.fnc. > ¿Será imposible > > > hacerse con ello? > > > > > > Saludos, > > > Miguel > > > > > > > > > > > > -------------------------------------------- > > > El vie, 13/6/14, Manuel Azcárate <mazcarategarcia en gmail.com> > escribió: > > > > > > Asunto: Re: [R-es] p values con LMER > > > Para: "Miguel Lázaro" <lazarolv en yahoo.es> > > > CC: r-help-es en r-project.org > > > Fecha: viernes, 13 de junio, 2014 13:21 > > > > > > > > > > > > Hola Miguel, > > > > > > > > > Aunque algo más arduo que > > > algún paquete que lo calcule > > > directamente, yo lo que hago es crear un modelo > reducido sin > > > la variable de la > > > que quiero saber el pvalor y compararlos mediante un > test > > > anova. El valor > > > obtenido por esta comparación puede utilizarse con > el > > > pvalor de esa variable. > > > > > > > > > Por ejemplo: > > > > > > Lm1=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > > > Z_nsize * frebase_ln + (1|word), > > > data = x) > > > > > > Lm2= lmer(rt_ln ~ (Z_nsize > > > * frebase_ln + (1|word), data > > > x) > > > > > > anova(Lm1,Lm2, > > > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > > > la variable "fre_ln" > > > > > > > > > > > > Lm3=lmer(rt_ln ~ (fre_ln * > > > frebase_ln + (1|word), data = x) > > > > > > anova(Lm1,Lm3, > > > test="Chisq") #Obtiens el pvalor de > > > la variable " Z_nsize" > > > > > > > > > > > > Espero que te sea de > > > utilidad, > > > > > > Un saludo > > > > > > Manuel > > > > > > > > > > > > El 13 de junio de 2014, > > > 12:25, Miguel Lázaro <lazarolv en yahoo.es> > > > escribió: > > > > > > Hola > > > a todos, > > > > > > quería preguntaros un medio para obtener los valores > p > > > usando lmer. He tratado con pvals.fnc, que es lo que > me > > > habían recomendado, pero por algún motivo no está > ya > > > disponible etc. > > > > > > > > > > > > Ésta es la función que tengo, pero da las > "t", > > > sin los valores p. Aunque Baayen indica que valores > por > > > encima de 2 son significativos necesito saber las > p. > > > > > > > > > > > > resultado = lmer(rt_ln ~ (fre_ln * Z_nsize * > frebase_ln + > > > (1|word) data = x) (abreviado) > > > > > > = print (resultado, c=F) > > > > > > > > > > > > Fixed effects: > > > > > > Estimate Std. Error t > value > > > > > > (Intercept) 6.640496 0.034490 > 192.54 > > > > > > fre_ln -0.046880 0.008278 > -5.66 > > > > > > Z_nsize 0.005787 0.008849 > 0.65 > > > > > > frebase_ln -0.009938 0.006670 > -1.49 > > > > > > Z_wlength 14.239570 20.102536 > 0.71 > > > > > > Z_slength 0.011011 0.006692 > 1.65 > > > > > > Z_TF 0.009903 0.008801 > 1.13 > > > > > > Z_prodctvsufij -0.005079 0.009052 -0.56 > > > > > > Z_rootlenght -17.961932 25.420022 -0.71 > > > > > > Zaverageres_1 0.018265 0.009195 > 1.99 > > > > > > Zrootlengthres_1 10.954681 15.511146 0.71 > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > > Saludos, > > > > > > > > > > > > Miguel > > > > > > > > > > > > _______________________________________________ > > > > > > R-help-es mailing list > > > > > > R-help-es en r-project.org > > > > > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > > > _______________________________________________ > > > R-help-es mailing list > > > R-help-es en r-project.org > > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > _______________________________________________ > > R-help-es mailing list > > R-help-es en r-project.org > > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > >