Pues ahí lo tienes. De alguna manera R (a través de RStudio) no está incorporando el directorio /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib donde se ve que tienes las librerías de ODBC al "LD path". Échale un vistazo a https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200641818-How-to-configure-libPaths-?locale=en-us Aparentemente RStudio tiene su propio sistema para iniciar sesiones de R e ignora la configuración por defecto de R. Échale un vistazo a la última parte de https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200656597-Manipulation-of-LD-LIBRARY-PATH-in-RStudio-Desktop y creo que tienes la solución. Un saludo, Carlos J. Gil Bellosta http://www.datanalytics.com El día 1 de abril de 2014, 14:33, Luis Ridao <luridao en gmail.com> escribió:> Aqui si funciona (R en terminal) > >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") > [1] > "/usr/lib/R/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib" > > Aqui no funciona (RStudio en terminal) > >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") > [1] > "/usr/lib/R/lib:/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client" > > > saludos, > Luis > > > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- > Luis Ridao Cruz > Faroe Marine Research Institute > Nóatún 1, P.O. Box 3051 > FO-110 Tórshavn > Faroe Islands > Tel : (+298) 353900 > Fax: : (+298) 353901 > e-mail: luisr en hav.fo > luridao en gmail.com > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- > > > > 2014-04-01 13:26 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta <cgb en datanalytics.com>: > >> Hola, ¿qué tal? >> >> ¿Puedes comparar la salida del comando >> >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") >> >> en una sesión en la que funciona RODBC y otra en la que obtienes el >> error anterior? >> >> Un saludo, >> >> Carlos J. Gil Bellosta >> http://www.datanalytics.com >> >> P.D.: A propósito, también he estado tratando de utilizar RODBC en >> Linux y me he acabado rindiendo. Sobre todo porque RJDBC funciona >> bastante bien. Aunque, claro está, todo depende de qué base de datos >> estés atacando, en qué estado estén sus drivers, etc. >> >> El día 1 de abril de 2014, 14:18, Luis Ridao <luridao en gmail.com> escribió: >> > >> > yo tampoco >> > >> > saludos, >> > Luis >> > >> > >> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- >> > Luis Ridao Cruz >> > Faroe Marine Research Institute >> > Nóatún 1, P.O. Box 3051 >> > FO-110 Tórshavn >> > Faroe Islands >> > Tel : (+298) 353900 >> > Fax: : (+298) 353901 >> > e-mail: luisr en hav.fo >> > luridao en gmail.com >> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- >> > >> > >> > >> > 2014-04-01 13:16 GMT+01:00 Eduardo Bieñkowski <edukoski en gmail.com>: >> > >> >> No, no estoy usando Rstudio Server >> >> >> >> >> >> >> >> El 1 de abril de 2014, 9:07, Carlos J. Gil Bellosta >> >> <cgb en datanalytics.com> >> >> escribió: >> >> >> >>> Una pregunta... no estarás utilizando RStudio server, ¿verdad? >> >>> >> >>> En tal caso, lo que tienes que hacer es configurar >> >>> /etc/rstudio/rstudio.conf tal como indica en >> >>> >> >>> http://www.rstudio.com/ide/docs/server/configuration >> >>> >> >>> En particular, échale un vistazo a la variable >> >>> rsession-ld-library-path >> >>> >> >>> (Si no estás usando RStudio server, ignora este comentario). >> >>> >> >>> Un saludo, >> >>> >> >>> Carlos J. Gil Bellosta >> >>> http://www.datanalytics.com >> >>> >> >>> El día 1 de abril de 2014, 14:00, Luis Ridao <luridao en gmail.com> >> >>> escribió: >> >>> > >> >>> > Carlos, >> >>> > >> >>> > al parecer tengo instalado el paquete RODBC en : >> >>> > >> >>> > /home/luisr/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RODBC/ >> >>> > >> >>> > no hay nada en (carpeta vacia): >> >>> > >> >>> > /usr/local/lib/R/site-library/ >> >>> > >> >>> > en el directorio: >> >>> > >> >>> > /usr/local/lib/R/site-library >> >>> > >> >>> > hay paquetes que vienen con R pero RODBC no >> >>> > >> >>> > saludos, >> >>> > Luis >> >>> > >> >>> > >> >>> > >> >>> > >> >>> > >> >>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- >> >>> > Luis Ridao Cruz >> >>> > Faroe Marine Research Institute >> >>> > Nóatún 1, P.O. Box 3051 >> >>> > FO-110 Tórshavn >> >>> > Faroe Islands >> >>> > Tel : (+298) 353900 >> >>> > Fax: : (+298) 353901 >> >>> > e-mail: luisr en hav.fo >> >>> > luridao en gmail.com >> >>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- >> >>> > >> >>> > >> >>> > >> >>> > 2014-04-01 11:29 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta >> >>> > <cgb en datanalytics.com>: >> >>> > >> >>> >> Hola, ¿qué tal? >> >>> >> >> >>> >> ¿Has mirado si estás usando el mismo paquete RODBC en línea de >> >>> >> comandos y en RStudio? Es posible que lo tengas instalado en dos >> >>> >> sitios distintos (una, en /usr/local/lib/R/site-library/ y otra en >> >>> >> ~/R/...). >> >>> >> >> >>> >> RStudio tiene la manía de, por defecto, instalar paquetes en >> >>> >> ~/R/... y >> >>> >> me ha pasado alguna vez el tener instaladas versiones distintas en >> >>> >> lugares distintos (y toparme con problemas no muy distintos de los >> >>> >> que >> >>> >> mencionas). >> >>> >> >> >>> >> Un saludo, >> >>> >> >> >>> >> Carlos J. Gil Bellosta >> >>> >> http://www.datanalytics.com >> >>> >> >> >>> >> El día 1 de abril de 2014, 12:05, Luis Ridao <luridao en gmail.com> >> >>> >> escribió: >> >>> >> > Hola a todos, >> >>> >> > >> >>> >> > Tengo un problema con RStudio y la conexión a una base de datos. >> >>> >> > >> >>> >> > Desde la terminal no tengo problemas para ejecutar, por ejemplo: >> >>> >> > >> >>> >> > library(RODBC) >> >>> >> > channel <- odbcConnect("MiBaseDatos", uid = "MiUsuario", pwd >> >>> >> > "MiContrasena") >> >>> >> > >> >>> >> > datos <- sqlQuery(channel,"SELECT TO_CHAR(S.B_STOD_DATO,'YYYY') \ >> >>> >> > , M.STODNR \ >> >>> >> > ... >> >>> >> > ... >> >>> >> > ...") >> >>> >> > >> >>> >> > pero desde Rstudio me encuentro siempre con el siguiente error: >> >>> >> > >> >>> >> > Warning messages: >> >>> >> > 1: In >> >>> >> > >> >>> >> > odbcDriverConnect("DSN=MiBaseDatos;UID=MiUsuario;PWD=MiContrasena") >> >>> >> > : >> >>> >> > [RODBC] ERROR: state 01000, code 0, message [unixODBC][Driver >> >>> >> > Manager]Can't open lib >> >>> >> > '/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1' : >> >>> >> > file >> >>> >> > not >> >>> >> > found >> >>> >> > 2: In >> >>> >> > >> >>> >> > odbcDriverConnect("DSN=MiBaseDatos;UID=MiUsuario;PWD=MiContrasena") >> >>> >> > : >> >>> >> > ODBC connection failed >> >>> >> > >> >>> >> > El fichero existe y es ejecutable (como lo demuestra el mismo >> >>> >> > código >> >>> >> > en >> >>> >> > la >> >>> >> > terminal) >> >>> >> > >> >>> >> > luisr en luisr:~$ ls -gGl >> >>> >> > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1 >> >>> >> > -rwxrwxrwx 1 768798 aug 1 2007 >> >>> >> > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1 >> >>> >> > >> >>> >> > Se ha encontrado alguien con este tipo de problema? >> >>> >> > >> >>> >> > gracias por adelantado, >> >>> >> > Luis >> >>> >> > >> >>> >> > [[alternative HTML version deleted]] >> >>> >> > >> >>> >> > >> >>> >> > _______________________________________________ >> >>> >> > R-help-es mailing list >> >>> >> > R-help-es en r-project.org >> >>> >> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >>> >> > >> >>> > >> >>> > >> >>> >> >>> _______________________________________________ >> >>> R-help-es mailing list >> >>> R-help-es en r-project.org >> >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> -- >> >> Eduardo >> > >> > > >
Carlos, He leido la solución en el enlace que mandaste pero antes de arreglarlo me gustaria cercioarme de que no hago nada erróneo. Lo que tengo que hacer es añadir al fichero ~/.profile (debajo) la última linea (la del export), no? Aqui si funciona (terminal)> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")[1] "/usr/lib/R/lib:/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client" Aqui no funciona (RStudio)> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")[1] "/usr/lib/R/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib" ################ ~/.profile ############################# # ~/.profile: executed by the command interpreter for login shells. # This file is not read by bash(1), if ~/.bash_profile or ~/.bash_login # exists. # see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files for examples. # the files are located in the bash-doc package. # the default umask is set in /etc/profile; for setting the umask # for ssh logins, install and configure the libpam-umask package. #umask 022 # if running bash if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then # include .bashrc if it exists if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then . "$HOME/.bashrc" fi fi # set PATH so it includes user's private bin if it exists if [ -d "$HOME/bin" ] ; then PATH="$HOME/bin:$PATH" fi ########################################################## export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib" saludos, Luis -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- Luis Ridao Cruz Faroe Marine Research Institute Nóatún 1, P.O. Box 3051 FO-110 Tórshavn Faroe Islands Tel : (+298) 353900 Fax: : (+298) 353901 e-mail: luisr@hav.fo luridao@gmail.com -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- 2014-04-01 13:48 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta <cgb@datanalytics.com>:> Pues ahí lo tienes. > > De alguna manera R (a través de RStudio) no está incorporando el directorio > > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib > > donde se ve que tienes las librerías de ODBC al "LD path". Échale un > vistazo a > > > https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200641818-How-to-configure-libPaths-?locale=en-us > > Aparentemente RStudio tiene su propio sistema para iniciar sesiones de > R e ignora la configuración por defecto de R. Échale un vistazo a la > última parte de > > > https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200656597-Manipulation-of-LD-LIBRARY-PATH-in-RStudio-Desktop > > y creo que tienes la solución. > > Un saludo, > > Carlos J. Gil Bellosta > http://www.datanalytics.com > > El día 1 de abril de 2014, 14:33, Luis Ridao <luridao@gmail.com> escribió: > > Aqui si funciona (R en terminal) > > > >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") > > [1] > > > "/usr/lib/R/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib" > > > > Aqui no funciona (RStudio en terminal) > > > >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") > > [1] > > > "/usr/lib/R/lib:/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client" > > > > > > saludos, > > Luis > > > > > > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- > > Luis Ridao Cruz > > Faroe Marine Research Institute > > Nóatún 1, P.O. Box 3051 > > FO-110 Tórshavn > > Faroe Islands > > Tel : (+298) 353900 > > Fax: : (+298) 353901 > > e-mail: luisr@hav.fo > > luridao@gmail.com > > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- > > > > > > > > 2014-04-01 13:26 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta <cgb@datanalytics.com > >: > > > >> Hola, ¿qué tal? > >> > >> ¿Puedes comparar la salida del comando > >> > >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") > >> > >> en una sesión en la que funciona RODBC y otra en la que obtienes el > >> error anterior? > >> > >> Un saludo, > >> > >> Carlos J. Gil Bellosta > >> http://www.datanalytics.com > >> > >> P.D.: A propósito, también he estado tratando de utilizar RODBC en > >> Linux y me he acabado rindiendo. Sobre todo porque RJDBC funciona > >> bastante bien. Aunque, claro está, todo depende de qué base de datos > >> estés atacando, en qué estado estén sus drivers, etc. > >> > >> El día 1 de abril de 2014, 14:18, Luis Ridao <luridao@gmail.com> > escribió: > >> > > >> > yo tampoco > >> > > >> > saludos, > >> > Luis > >> > > >> > > >> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- > >> > Luis Ridao Cruz > >> > Faroe Marine Research Institute > >> > Nóatún 1, P.O. Box 3051 > >> > FO-110 Tórshavn > >> > Faroe Islands > >> > Tel : (+298) 353900 > >> > Fax: : (+298) 353901 > >> > e-mail: luisr@hav.fo > >> > luridao@gmail.com > >> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- > >> > > >> > > >> > > >> > 2014-04-01 13:16 GMT+01:00 Eduardo Bieñkowski <edukoski@gmail.com>: > >> > > >> >> No, no estoy usando Rstudio Server > >> >> > >> >> > >> >> > >> >> El 1 de abril de 2014, 9:07, Carlos J. Gil Bellosta > >> >> <cgb@datanalytics.com> > >> >> escribió: > >> >> > >> >>> Una pregunta... no estarás utilizando RStudio server, ¿verdad? > >> >>> > >> >>> En tal caso, lo que tienes que hacer es configurar > >> >>> /etc/rstudio/rstudio.conf tal como indica en > >> >>> > >> >>> http://www.rstudio.com/ide/docs/server/configuration > >> >>> > >> >>> En particular, échale un vistazo a la variable > >> >>> rsession-ld-library-path > >> >>> > >> >>> (Si no estás usando RStudio server, ignora este comentario). > >> >>> > >> >>> Un saludo, > >> >>> > >> >>> Carlos J. Gil Bellosta > >> >>> http://www.datanalytics.com > >> >>> > >> >>> El día 1 de abril de 2014, 14:00, Luis Ridao <luridao@gmail.com> > >> >>> escribió: > >> >>> > > >> >>> > Carlos, > >> >>> > > >> >>> > al parecer tengo instalado el paquete RODBC en : > >> >>> > > >> >>> > /home/luisr/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RODBC/ > >> >>> > > >> >>> > no hay nada en (carpeta vacia): > >> >>> > > >> >>> > /usr/local/lib/R/site-library/ > >> >>> > > >> >>> > en el directorio: > >> >>> > > >> >>> > /usr/local/lib/R/site-library > >> >>> > > >> >>> > hay paquetes que vienen con R pero RODBC no > >> >>> > > >> >>> > saludos, > >> >>> > Luis > >> >>> > > >> >>> > > >> >>> > > >> >>> > > >> >>> > > >> >>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- > >> >>> > Luis Ridao Cruz > >> >>> > Faroe Marine Research Institute > >> >>> > Nóatún 1, P.O. Box 3051 > >> >>> > FO-110 Tórshavn > >> >>> > Faroe Islands > >> >>> > Tel : (+298) 353900 > >> >>> > Fax: : (+298) 353901 > >> >>> > e-mail: luisr@hav.fo > >> >>> > luridao@gmail.com > >> >>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- > >> >>> > > >> >>> > > >> >>> > > >> >>> > 2014-04-01 11:29 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta > >> >>> > <cgb@datanalytics.com>: > >> >>> > > >> >>> >> Hola, ¿qué tal? > >> >>> >> > >> >>> >> ¿Has mirado si estás usando el mismo paquete RODBC en línea de > >> >>> >> comandos y en RStudio? Es posible que lo tengas instalado en dos > >> >>> >> sitios distintos (una, en /usr/local/lib/R/site-library/ y otra > en > >> >>> >> ~/R/...). > >> >>> >> > >> >>> >> RStudio tiene la manía de, por defecto, instalar paquetes en > >> >>> >> ~/R/... y > >> >>> >> me ha pasado alguna vez el tener instaladas versiones distintas > en > >> >>> >> lugares distintos (y toparme con problemas no muy distintos de > los > >> >>> >> que > >> >>> >> mencionas). > >> >>> >> > >> >>> >> Un saludo, > >> >>> >> > >> >>> >> Carlos J. Gil Bellosta > >> >>> >> http://www.datanalytics.com > >> >>> >> > >> >>> >> El día 1 de abril de 2014, 12:05, Luis Ridao <luridao@gmail.com> > >> >>> >> escribió: > >> >>> >> > Hola a todos, > >> >>> >> > > >> >>> >> > Tengo un problema con RStudio y la conexión a una base de > datos. > >> >>> >> > > >> >>> >> > Desde la terminal no tengo problemas para ejecutar, por > ejemplo: > >> >>> >> > > >> >>> >> > library(RODBC) > >> >>> >> > channel <- odbcConnect("MiBaseDatos", uid = "MiUsuario", pwd > >> >>> >> > "MiContrasena") > >> >>> >> > > >> >>> >> > datos <- sqlQuery(channel,"SELECT > TO_CHAR(S.B_STOD_DATO,'YYYY') \ > >> >>> >> > , M.STODNR \ > >> >>> >> > ... > >> >>> >> > ... > >> >>> >> > ...") > >> >>> >> > > >> >>> >> > pero desde Rstudio me encuentro siempre con el siguiente error: > >> >>> >> > > >> >>> >> > Warning messages: > >> >>> >> > 1: In > >> >>> >> > > >> >>> >> > > odbcDriverConnect("DSN=MiBaseDatos;UID=MiUsuario;PWD=MiContrasena") > >> >>> >> > : > >> >>> >> > [RODBC] ERROR: state 01000, code 0, message [unixODBC][Driver > >> >>> >> > Manager]Can't open lib > >> >>> >> > '/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1' : > >> >>> >> > file > >> >>> >> > not > >> >>> >> > found > >> >>> >> > 2: In > >> >>> >> > > >> >>> >> > > odbcDriverConnect("DSN=MiBaseDatos;UID=MiUsuario;PWD=MiContrasena") > >> >>> >> > : > >> >>> >> > ODBC connection failed > >> >>> >> > > >> >>> >> > El fichero existe y es ejecutable (como lo demuestra el mismo > >> >>> >> > código > >> >>> >> > en > >> >>> >> > la > >> >>> >> > terminal) > >> >>> >> > > >> >>> >> > luisr@luisr:~$ ls -gGl > >> >>> >> > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1 > >> >>> >> > -rwxrwxrwx 1 768798 aug 1 2007 > >> >>> >> > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1 > >> >>> >> > > >> >>> >> > Se ha encontrado alguien con este tipo de problema? > >> >>> >> > > >> >>> >> > gracias por adelantado, > >> >>> >> > Luis > >> >>> >> > > >> >>> >> > [[alternative HTML version deleted]] > >> >>> >> > > >> >>> >> > > >> >>> >> > _______________________________________________ > >> >>> >> > R-help-es mailing list > >> >>> >> > R-help-es@r-project.org > >> >>> >> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >> >>> >> > > >> >>> > > >> >>> > > >> >>> > >> >>> _______________________________________________ > >> >>> R-help-es mailing list > >> >>> R-help-es@r-project.org > >> >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >> >> > >> >> > >> >> > >> >> > >> >> -- > >> >> Eduardo > >> > > >> > > > > > >[[alternative HTML version deleted]]
Hola, ¿qué tal? Pues ahora tengo dudas. Si lees los comentarios de https://help.ubuntu.com/community/EnvironmentVariables#Persistent_environment_variables sobre LD_LIBRARY_PATH, verás que dice que solo puedes "set this environment variable inside an interactive shell" (como cuando corres R desde una consola). Supongo que no ocurre así cuando abres R a través de RStudio (que abre R de otra manera). En la misma página dice que "You must use /etc/ld.so.conf.d/*.conf configuration files." Igual lo que tienes que hacer es ir a /etc/ld.so.conf.d/ y añadir un .conf ahí (similar a los otros) indicando dónde encontrar esas librerías que te faltan. Un saludo, Carlos J. Gil Bellosta http://www.datanalytics.com El día 1 de abril de 2014, 15:21, Luis Ridao <luridao en gmail.com> escribió:> Carlos, > > He leido la solución en el enlace que mandaste pero antes de arreglarlo > me gustaria cercioarme de que no hago nada erróneo. > Lo que tengo que hacer es añadir al fichero ~/.profile (debajo) > la última linea (la del export), no? > > Aqui si funciona (terminal) > >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") > [1] > "/usr/lib/R/lib:/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client" > > Aqui no funciona (RStudio) > >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") > [1] > "/usr/lib/R/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib" > > ################ ~/.profile ############################# > # ~/.profile: executed by the command interpreter for login shells. > # This file is not read by bash(1), if ~/.bash_profile or ~/.bash_login > # exists. > # see /usr/share/doc/bash/examples/startup-files for examples. > # the files are located in the bash-doc package. > > # the default umask is set in /etc/profile; for setting the umask > # for ssh logins, install and configure the libpam-umask package. > #umask 022 > > # if running bash > if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then > # include .bashrc if it exists > if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then > . "$HOME/.bashrc" > fi > fi > > # set PATH so it includes user's private bin if it exists > if [ -d "$HOME/bin" ] ; then > PATH="$HOME/bin:$PATH" > fi > ########################################################## > > export > LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib" > > saludos, > Luis > > > > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- > Luis Ridao Cruz > Faroe Marine Research Institute > Nóatún 1, P.O. Box 3051 > FO-110 Tórshavn > Faroe Islands > Tel : (+298) 353900 > Fax: : (+298) 353901 > e-mail: luisr en hav.fo > luridao en gmail.com > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- > > > > 2014-04-01 13:48 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta <cgb en datanalytics.com>: > >> Pues ahí lo tienes. >> >> De alguna manera R (a través de RStudio) no está incorporando el >> directorio >> >> /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib >> >> donde se ve que tienes las librerías de ODBC al "LD path". Échale un >> vistazo a >> >> >> https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200641818-How-to-configure-libPaths-?locale=en-us >> >> Aparentemente RStudio tiene su propio sistema para iniciar sesiones de >> R e ignora la configuración por defecto de R. Échale un vistazo a la >> última parte de >> >> >> https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200656597-Manipulation-of-LD-LIBRARY-PATH-in-RStudio-Desktop >> >> y creo que tienes la solución. >> >> Un saludo, >> >> Carlos J. Gil Bellosta >> http://www.datanalytics.com >> >> El día 1 de abril de 2014, 14:33, Luis Ridao <luridao en gmail.com> escribió: >> > Aqui si funciona (R en terminal) >> > >> >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") >> > [1] >> > >> > "/usr/lib/R/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client:/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib" >> > >> > Aqui no funciona (RStudio en terminal) >> > >> >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") >> > [1] >> > >> > "/usr/lib/R/lib:/lib:/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/jvm/java-7-openjdk-i386/jre/lib/i386/client" >> > >> > >> > saludos, >> > Luis >> > >> > >> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- >> > Luis Ridao Cruz >> > Faroe Marine Research Institute >> > Nóatún 1, P.O. Box 3051 >> > FO-110 Tórshavn >> > Faroe Islands >> > Tel : (+298) 353900 >> > Fax: : (+298) 353901 >> > e-mail: luisr en hav.fo >> > luridao en gmail.com >> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- >> > >> > >> > >> > 2014-04-01 13:26 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta >> > <cgb en datanalytics.com>: >> > >> >> Hola, ¿qué tal? >> >> >> >> ¿Puedes comparar la salida del comando >> >> >> >> Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH") >> >> >> >> en una sesión en la que funciona RODBC y otra en la que obtienes el >> >> error anterior? >> >> >> >> Un saludo, >> >> >> >> Carlos J. Gil Bellosta >> >> http://www.datanalytics.com >> >> >> >> P.D.: A propósito, también he estado tratando de utilizar RODBC en >> >> Linux y me he acabado rindiendo. Sobre todo porque RJDBC funciona >> >> bastante bien. Aunque, claro está, todo depende de qué base de datos >> >> estés atacando, en qué estado estén sus drivers, etc. >> >> >> >> El día 1 de abril de 2014, 14:18, Luis Ridao <luridao en gmail.com> >> >> escribió: >> >> > >> >> > yo tampoco >> >> > >> >> > saludos, >> >> > Luis >> >> > >> >> > >> >> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- >> >> > Luis Ridao Cruz >> >> > Faroe Marine Research Institute >> >> > Nóatún 1, P.O. Box 3051 >> >> > FO-110 Tórshavn >> >> > Faroe Islands >> >> > Tel : (+298) 353900 >> >> > Fax: : (+298) 353901 >> >> > e-mail: luisr en hav.fo >> >> > luridao en gmail.com >> >> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- >> >> > >> >> > >> >> > >> >> > 2014-04-01 13:16 GMT+01:00 Eduardo Bieñkowski <edukoski en gmail.com>: >> >> > >> >> >> No, no estoy usando Rstudio Server >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> El 1 de abril de 2014, 9:07, Carlos J. Gil Bellosta >> >> >> <cgb en datanalytics.com> >> >> >> escribió: >> >> >> >> >> >>> Una pregunta... no estarás utilizando RStudio server, ¿verdad? >> >> >>> >> >> >>> En tal caso, lo que tienes que hacer es configurar >> >> >>> /etc/rstudio/rstudio.conf tal como indica en >> >> >>> >> >> >>> http://www.rstudio.com/ide/docs/server/configuration >> >> >>> >> >> >>> En particular, échale un vistazo a la variable >> >> >>> rsession-ld-library-path >> >> >>> >> >> >>> (Si no estás usando RStudio server, ignora este comentario). >> >> >>> >> >> >>> Un saludo, >> >> >>> >> >> >>> Carlos J. Gil Bellosta >> >> >>> http://www.datanalytics.com >> >> >>> >> >> >>> El día 1 de abril de 2014, 14:00, Luis Ridao <luridao en gmail.com> >> >> >>> escribió: >> >> >>> > >> >> >>> > Carlos, >> >> >>> > >> >> >>> > al parecer tengo instalado el paquete RODBC en : >> >> >>> > >> >> >>> > /home/luisr/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RODBC/ >> >> >>> > >> >> >>> > no hay nada en (carpeta vacia): >> >> >>> > >> >> >>> > /usr/local/lib/R/site-library/ >> >> >>> > >> >> >>> > en el directorio: >> >> >>> > >> >> >>> > /usr/local/lib/R/site-library >> >> >>> > >> >> >>> > hay paquetes que vienen con R pero RODBC no >> >> >>> > >> >> >>> > saludos, >> >> >>> > Luis >> >> >>> > >> >> >>> > >> >> >>> > >> >> >>> > >> >> >>> > >> >> >>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- >> >> >>> > Luis Ridao Cruz >> >> >>> > Faroe Marine Research Institute >> >> >>> > Nóatún 1, P.O. Box 3051 >> >> >>> > FO-110 Tórshavn >> >> >>> > Faroe Islands >> >> >>> > Tel : (+298) 353900 >> >> >>> > Fax: : (+298) 353901 >> >> >>> > e-mail: luisr en hav.fo >> >> >>> > luridao en gmail.com >> >> >>> > -.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.-.- >> >> >>> > >> >> >>> > >> >> >>> > >> >> >>> > 2014-04-01 11:29 GMT+01:00 Carlos J. Gil Bellosta >> >> >>> > <cgb en datanalytics.com>: >> >> >>> > >> >> >>> >> Hola, ¿qué tal? >> >> >>> >> >> >> >>> >> ¿Has mirado si estás usando el mismo paquete RODBC en línea de >> >> >>> >> comandos y en RStudio? Es posible que lo tengas instalado en dos >> >> >>> >> sitios distintos (una, en /usr/local/lib/R/site-library/ y otra >> >> >>> >> en >> >> >>> >> ~/R/...). >> >> >>> >> >> >> >>> >> RStudio tiene la manía de, por defecto, instalar paquetes en >> >> >>> >> ~/R/... y >> >> >>> >> me ha pasado alguna vez el tener instaladas versiones distintas >> >> >>> >> en >> >> >>> >> lugares distintos (y toparme con problemas no muy distintos de >> >> >>> >> los >> >> >>> >> que >> >> >>> >> mencionas). >> >> >>> >> >> >> >>> >> Un saludo, >> >> >>> >> >> >> >>> >> Carlos J. Gil Bellosta >> >> >>> >> http://www.datanalytics.com >> >> >>> >> >> >> >>> >> El día 1 de abril de 2014, 12:05, Luis Ridao <luridao en gmail.com> >> >> >>> >> escribió: >> >> >>> >> > Hola a todos, >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > Tengo un problema con RStudio y la conexión a una base de >> >> >>> >> > datos. >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > Desde la terminal no tengo problemas para ejecutar, por >> >> >>> >> > ejemplo: >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > library(RODBC) >> >> >>> >> > channel <- odbcConnect("MiBaseDatos", uid = "MiUsuario", pwd >> >> >>> >> > "MiContrasena") >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > datos <- sqlQuery(channel,"SELECT >> >> >>> >> > TO_CHAR(S.B_STOD_DATO,'YYYY') \ >> >> >>> >> > , M.STODNR \ >> >> >>> >> > ... >> >> >>> >> > ... >> >> >>> >> > ...") >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > pero desde Rstudio me encuentro siempre con el siguiente >> >> >>> >> > error: >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > Warning messages: >> >> >>> >> > 1: In >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > odbcDriverConnect("DSN=MiBaseDatos;UID=MiUsuario;PWD=MiContrasena") >> >> >>> >> > : >> >> >>> >> > [RODBC] ERROR: state 01000, code 0, message >> >> >>> >> > [unixODBC][Driver >> >> >>> >> > Manager]Can't open lib >> >> >>> >> > '/u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1' >> >> >>> >> > : >> >> >>> >> > file >> >> >>> >> > not >> >> >>> >> > found >> >> >>> >> > 2: In >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > odbcDriverConnect("DSN=MiBaseDatos;UID=MiUsuario;PWD=MiContrasena") >> >> >>> >> > : >> >> >>> >> > ODBC connection failed >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > El fichero existe y es ejecutable (como lo demuestra el mismo >> >> >>> >> > código >> >> >>> >> > en >> >> >>> >> > la >> >> >>> >> > terminal) >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > luisr en luisr:~$ ls -gGl >> >> >>> >> > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1 >> >> >>> >> > -rwxrwxrwx 1 768798 aug 1 2007 >> >> >>> >> > /u01/app/luisr/product/11.1.0/client_1/lib/libsqora.so.11.1 >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > Se ha encontrado alguien con este tipo de problema? >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > gracias por adelantado, >> >> >>> >> > Luis >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > [[alternative HTML version deleted]] >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > >> >> >>> >> > _______________________________________________ >> >> >>> >> > R-help-es mailing list >> >> >>> >> > R-help-es en r-project.org >> >> >>> >> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >> >>> >> > >> >> >>> > >> >> >>> > >> >> >>> >> >> >>> _______________________________________________ >> >> >>> R-help-es mailing list >> >> >>> R-help-es en r-project.org >> >> >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> -- >> >> >> Eduardo >> >> > >> >> > >> > >> > > >