Estimados, Estoy intentando hacer un Cluster usando la libreria Agricolae y la function concensus, Esta function tiene esta definición: The criterion of the consensus is to produce many trees by means of boostrap and to such calculate the relative frequency with members of the clusters. Pero al momento de tratar de correrlo en R me sale la siguiente advertencia, alguien me podría decir que es lo que estoy haciendo mal o me falta poner?> library(agricolae)> rownames(datos)<-substr(rownames(datos),1,6)> par(cex=0.8)> output<-consensus( datos,distance="canberra", method="average",nboot=500,cex=0.1, cex.text=0.1) Error en hclust(distancia, method = method) : NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 11) Saludos, Darío Barona [[alternative HTML version deleted]]
Dario, ¿por qué ingresas cex=0.1 en consensus, ya lo hicistes antes con par pero por otro valor? Elimina cex de la función consensus y usa el valor que te plazca en par y mira si te da bien. Daniel Merino El 22 de enero de 2013 10:57, Darío Barona <dabadray@hotmail.com> escribió:> Estimados, > > > > Estoy intentando hacer un Cluster usando la libreria Agricolae y la > function > concensus, Esta function tiene esta definición: The criterion of the > consensus is to produce many trees by means of boostrap and to such > calculate the relative frequency with members of the clusters. > > > > Pero al momento de tratar de correrlo en R me sale la siguiente > advertencia, > alguien me podría decir que es lo que estoy haciendo mal o me falta poner? > > > > > library(agricolae) > > > rownames(datos)<-substr(rownames(datos),1,6) > > > par(cex=0.8) > > > output<-consensus( datos,distance="canberra", method="average",nboot=500, > cex=0.1, cex.text=0.1) > > Error en hclust(distancia, method = method) : > > NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 11) > > > > > > Saludos, > > Darío Barona > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- Daniel [[alternative HTML version deleted]]
Hola Darío, No puedo estar seguro, pero el problema me parece que tiene que ver con el tipo de dato y la distancia que estás utilizando. Me pregunto si para el tipo de datos que estás utilizando en ''datos'' aplica la distancia que estás proponiendo utilizar y viceversa :D. Revisa estas cosas bien. Saludos. 2013/1/22 Darío Barona <dabadray@hotmail.com>> Estimados, > > > > Estoy intentando hacer un Cluster usando la libreria Agricolae y la > function > concensus, Esta function tiene esta definición: The criterion of the > consensus is to produce many trees by means of boostrap and to such > calculate the relative frequency with members of the clusters. > > > > Pero al momento de tratar de correrlo en R me sale la siguiente > advertencia, > alguien me podría decir que es lo que estoy haciendo mal o me falta poner? > > > > > library(agricolae) > > > rownames(datos)<-substr(rownames(datos),1,6) > > > par(cex=0.8) > > > output<-consensus( datos,distance="canberra", method="average",nboot=500, > cex=0.1, cex.text=0.1) > > Error en hclust(distancia, method = method) : > > NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 11) > > > > > > Saludos, > > Darío Barona > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- «But Gwindor answered: ''The doom lies in yourself, not in your name.''» JRR Tolkien [[alternative HTML version deleted]]
Hola, ¿Puedes incluir el data.frame "datos"? He probado si el hecho de repetir el parámetro gráfico (cex) provoca este error y en este ejemplo (de la propia función consensus) no se produce. En cualquier caso, su repetición es cuanto menos, ineficiente. ############################################## library(agricolae) data(pamCIP) # only code rownames(pamCIP)<-substr(rownames(pamCIP),1,6) *par(cex=0.8)* output<-consensus( pamCIP,distance="binary", method="complete",nboot=5,*cex=0.1, cex.text=0.1 *) ############################################## Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 22 de enero de 2013 14:57, Darío Barona <dabadray@hotmail.com> escribió:> Estimados, > > > > Estoy intentando hacer un Cluster usando la libreria Agricolae y la > function > concensus, Esta function tiene esta definición: The criterion of the > consensus is to produce many trees by means of boostrap and to such > calculate the relative frequency with members of the clusters. > > > > Pero al momento de tratar de correrlo en R me sale la siguiente > advertencia, > alguien me podría decir que es lo que estoy haciendo mal o me falta poner? > > > > > library(agricolae) > > > rownames(datos)<-substr(rownames(datos),1,6) > > > par(cex=0.8) > > > output<-consensus( datos,distance="canberra", method="average",nboot=500, > cex=0.1, cex.text=0.1) > > Error en hclust(distancia, method = method) : > > NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 11) > > > > > > Saludos, > > Darío Barona > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
Estimado Carlos, Este es mi data.frame “datos” Las letras son las variables q se han medido y q se quieren hacer el cluster. El problema pasa solo cuando estoy ocupando en distance=”canberra” y method=”average” Saludos, Darío De: Carlos Ortega [mailto:cof en qualityexcellence.es] Enviado el: martes, 22 de enero de 2013 17:59 Para: Darío Barona CC: Lista R Asunto: Re: [R-es] Cluster usando Consensus de Agricolae Hola, ¿Puedes incluir el data.frame "datos"? He probado si el hecho de repetir el parámetro gráfico (cex) provoca este error y en este ejemplo (de la propia función consensus) no se produce. En cualquier caso, su repetición es cuanto menos, ineficiente. ############################################## library(agricolae) data(pamCIP) # only code rownames(pamCIP)<-substr(rownames(pamCIP),1,6) par(cex=0.8) output<-consensus( pamCIP,distance="binary", method="complete",nboot=5, cex=0.1, cex.text=0.1) ############################################## Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 22 de enero de 2013 14:57, Darío Barona <dabadray en hotmail.com> escribió: Estimados, Estoy intentando hacer un Cluster usando la libreria Agricolae y la function concensus, Esta function tiene esta definición: The criterion of the consensus is to produce many trees by means of boostrap and to such calculate the relative frequency with members of the clusters. Pero al momento de tratar de correrlo en R me sale la siguiente advertencia, alguien me podría decir que es lo que estoy haciendo mal o me falta poner?> library(agricolae)> rownames(datos)<-substr(rownames(datos),1,6)> par(cex=0.8)> output<-consensus( datos,distance="canberra", method="average",nboot=500,cex=0.1, cex.text=0.1) Error en hclust(distancia, method = method) : NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 11) Saludos, Darío Barona [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es ------------ próxima parte ------------ Se ha borrado un adjunto en formato HTML... URL: <https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20130123/f078ff8e/attachment-0001.html> ------------ próxima parte ------------ An embedded and charset-unspecified text was scrubbed... Name: datos.txt URL: <https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20130123/f078ff8e/attachment-0001.txt>
Hola, Obtengo el mismo error que tú. He probado con valores pequeños de nboot y con subconjuntos igualmente pequeños de "datos" por si fuese un problema de dimensiones y sigo obteniendo el mismo tipo de error. He probado con la distancia "euclidean" y no hay problemas. Probando otras cosas: 1. Sobre el conjunto del ejemplo de la función (pamCIP) funciona perfectamente (canberra , average). Y si ves el conjunto pamCIP es un data.frame de 0 y 1. Parece que "consensus()" tiene una dependencia con el tipo de datos del conjunto, no así con su clase, ya que los dos son data.frame. 2. Hay otro paquete (amap) que también tiene una función "hcluster()" que permite la creación de un dendograma con múltiples opciones para el cálculo de las distancia (entre ellas "canberra") y el método de aglomeración (entre ellos "average"). Pero no tiene la posibilidad de hacer un bootstrap como "consensus()". Con esta función hcluster() no aparece el error anterior aunque el resultado del dendograma no sé si tiene sentido. library(amap) hc <- hcluster(datos, method="canberra", link="average" ) plot(hc) Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 23 de enero de 2013 23:03, Darío Barona <dabadray@hotmail.com> escribió:> Estimado Carlos,**** > > ** ** > > Este es mi data.frame “datos”**** > > Las letras son las variables q se han medido y q se quieren hacer el > cluster. El problema pasa solo cuando estoy ocupando en distance=”canberra” > y method=”average”**** > > ** ** > > Saludos,**** > > Darío**** > > ** ** > > *De:* Carlos Ortega [mailto:cof@qualityexcellence.es] > *Enviado el:* martes, 22 de enero de 2013 17:59 > *Para:* Darío Barona > *CC:* Lista R > *Asunto:* Re: [R-es] Cluster usando Consensus de Agricolae**** > > ** ** > > Hola,**** > > ** ** > > ¿Puedes incluir el data.frame "datos"?**** > > ** ** > > He probado si el hecho de repetir el parámetro gráfico (cex) provoca este > error y en este ejemplo (de la propia función consensus) no se produce. En > cualquier caso, su repetición es cuanto menos, ineficiente.**** > > ** ** > > ##############################################**** > > library(agricolae)**** > > data(pamCIP)**** > > # only code**** > > rownames(pamCIP)<-substr(rownames(pamCIP),1,6)**** > > *par(cex=0.8)***** > > output<-consensus( pamCIP,distance="binary", method="complete",nboot=5,*cex=0.1, cex.text=0.1 > *)**** > > ##############################################**** > > ** ** > > ** ** > > Saludos,**** > > Carlos Ortega**** > > www.qualityexcellence.es**** > > ** ** > > El 22 de enero de 2013 14:57, Darío Barona <dabadray@hotmail.com> > escribió:**** > > Estimados, > > > > Estoy intentando hacer un Cluster usando la libreria Agricolae y la > function > concensus, Esta function tiene esta definición: The criterion of the > consensus is to produce many trees by means of boostrap and to such > calculate the relative frequency with members of the clusters. > > > > Pero al momento de tratar de correrlo en R me sale la siguiente > advertencia, > alguien me podría decir que es lo que estoy haciendo mal o me falta poner? > > > > > library(agricolae) > > > rownames(datos)<-substr(rownames(datos),1,6) > > > par(cex=0.8) > > > output<-consensus( datos,distance="canberra", method="average",nboot=500, > cex=0.1, cex.text=0.1) > > Error en hclust(distancia, method = method) : > > NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 11) > > > > > > Saludos, > > Darío Barona > > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es**** > > > > **** > > ** ** > > -- > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es **** >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
Muchas Gracias Carlos, En verdad no sé yo tampoco cual es la parte q produce el error pero de igual muchas gracias por el tiempo y seguiré buscando una solución debido a que el dendograma usando (amap) no tiene sentido. Saludos, Darío Barona De: Carlos Ortega [mailto:cof@qualityexcellence.es] Enviado el: miércoles, 23 de enero de 2013 20:42 Para: Darío Barona CC: Lista R Asunto: Re: [R-es] Cluster usando Consensus de Agricolae Hola, Obtengo el mismo error que tú. He probado con valores pequeños de nboot y con subconjuntos igualmente pequeños de "datos" por si fuese un problema de dimensiones y sigo obteniendo el mismo tipo de error. He probado con la distancia "euclidean" y no hay problemas. Probando otras cosas: 1. Sobre el conjunto del ejemplo de la función (pamCIP) funciona perfectamente (canberra , average). Y si ves el conjunto pamCIP es un data.frame de 0 y 1. Parece que "consensus()" tiene una dependencia con el tipo de datos del conjunto, no así con su clase, ya que los dos son data.frame. 2. Hay otro paquete (amap) que también tiene una función "hcluster()" que permite la creación de un dendograma con múltiples opciones para el cálculo de las distancia (entre ellas "canberra") y el método de aglomeración (entre ellos "average"). Pero no tiene la posibilidad de hacer un bootstrap como "consensus()". Con esta función hcluster() no aparece el error anterior aunque el resultado del dendograma no sé si tiene sentido. library(amap) hc <- hcluster(datos, method="canberra", link="average" ) plot(hc) Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 23 de enero de 2013 23:03, Darío Barona <dabadray@hotmail.com> escribió: Estimado Carlos, Este es mi data.frame “datos” Las letras son las variables q se han medido y q se quieren hacer el cluster. El problema pasa solo cuando estoy ocupando en distance=”canberra” y method=”average” Saludos, Darío De: Carlos Ortega [mailto:cof@qualityexcellence.es] Enviado el: martes, 22 de enero de 2013 17:59 Para: Darío Barona CC: Lista R Asunto: Re: [R-es] Cluster usando Consensus de Agricolae Hola, ¿Puedes incluir el data.frame "datos"? He probado si el hecho de repetir el parámetro gráfico (cex) provoca este error y en este ejemplo (de la propia función consensus) no se produce. En cualquier caso, su repetición es cuanto menos, ineficiente. ############################################## library(agricolae) data(pamCIP) # only code rownames(pamCIP)<-substr(rownames(pamCIP),1,6) par(cex=0.8) output<-consensus( pamCIP,distance="binary", method="complete",nboot=5, cex=0.1, cex.text=0.1) ############################################## Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 22 de enero de 2013 14:57, Darío Barona <dabadray@hotmail.com> escribió: Estimados, Estoy intentando hacer un Cluster usando la libreria Agricolae y la function concensus, Esta function tiene esta definición: The criterion of the consensus is to produce many trees by means of boostrap and to such calculate the relative frequency with members of the clusters. Pero al momento de tratar de correrlo en R me sale la siguiente advertencia, alguien me podría decir que es lo que estoy haciendo mal o me falta poner?> library(agricolae)> rownames(datos)<-substr(rownames(datos),1,6)> par(cex=0.8)> output<-consensus( datos,distance="canberra", method="average",nboot=500,cex=0.1, cex.text=0.1) Error en hclust(distancia, method = method) : NA/NaN/Inf en llamada a una función externa (arg 11) Saludos, Darío Barona [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es@r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es -- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]