R help es - Jan 2013 - RStudio knitr. toc, error al crear Formulas con LaTex+markdown+knitr

Hola.
Pare que RStudio y el paquete markdown no nos terminamos de entender.

- Creo un fichero Rmd, con el botón: "Kntr to Html" (ctr+Shift+Y), se 
pre-visualiza genial: formulas (, highlight_code,...)... todo bien.

Pero quiero ponerle un TOC tb, así que como en su día me comento Jose 
Luis Cañadas en este foro, hago un desde el fichero md que crea  la 
previsualización ("Kntr to Html"  o  ctr+Shift+Y)

markdownToHTML( file = "test-rmd.md", options =c('toc'), 
output =
"test-soloTOC.html") # no van las formulas....

Lo peor es es que sio hago un preview desde Rstudio  del fichero md, me 
muetsra el html bien, como deberia de ser (sin toc claro).

Alguna idea...   mil gracias.


Adjunto ficheros de prueba....
-- Antonio Maurandi
------------ próxima parte ------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: test-rmd.md
Type: text/x-markdown
Size: 1124 bytes
Desc: no disponible
URL:
<https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20130121/6fd46cc7/attachment.bin>
------------ próxima parte ------------
A non-text attachment was scrubbed...
Name: test-rmd.rmd
Type: text/x-r-markdown
Size: 1056 bytes
Desc: no disponible
URL:
<https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20130121/6fd46cc7/attachment-0001.bin>
------------ próxima parte ------------
Se ha borrado un adjunto en formato HTML...
URL:
<https://stat.ethz.ch/pipermail/r-help-es/attachments/20130121/6fd46cc7/attachment.html>

Hola Antonio.

Llevo un rato (más de la cuenta ,jejeje) buscando cuál puede ser el 
problema y no lo he encontrado, pero te cuento mis pesquisas.

Mira en:

http://www.rstudio.com/ide/docs/authoring/markdown_custom_rendering

según este documento rstudio utiliza el paquete markdown para renderizar 
el fichero md que ha creado en un primer paso con knit. Según ellos se 
puede cambiar el comportamiento del botón cambiando la siguiente función

|options(rstudio.markdownToHTML    function(inputFile, outputFile) {
     require(markdown)
     markdownToHTML(inputFile, outputFile)
   }
)


|

El trozo de arriba, debe dar al botón knit Html de rstudio el mismo 
comportamiento que tiene ahora, pero si lo ejecutas y luego clicas en el 
botón de rstudio, verás que dejan de verse las ecuaciones (si reinicias 
rstudio, vuelve al comportamiento normal).

Según ellos ,comparten código con el paquete markdown pero no lo 
instala. A mi me da la impresión de que es un fallo en el paquete 
markdown. lo suyo sería escribirle al autor.
Si encuentro la solución , la pongo por aquí.

Saludos.

El 21/01/13 11:25, Antonio Maurandi López escribió:
> Hola.
> Pare que RStudio y el paquete markdown no nos terminamos de entender.
>
> - Creo un fichero Rmd, con el botón: "Kntr to Html"
(ctr+Shift+Y), se
> pre-visualiza genial: formulas (, highlight_code,...)... todo bien.
>
> Pero quiero ponerle un TOC tb, así que como en su día me comento Jose 
> Luis Cañadas en este foro, hago un desde el fichero md que crea  la 
> previsualización ("Kntr to Html"  o  ctr+Shift+Y)
>
> markdownToHTML( file = "test-rmd.md", options
=c(''toc''),  output =
> "test-soloTOC.html") # no van las formulas....
>
> Lo peor es es que sio hago un preview desde Rstudio  del fichero md, 
> me muetsra el html bien, como deberia de ser (sin toc claro).
>
> Alguna idea...   mil gracias.
>
>
> Adjunto ficheros de prueba....
> -- Antonio Maurandi
>
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es

	[[alternative HTML version deleted]]

Otra opción es instalar pandoc y trastear con las opciones.

Una vez instalado pandoc en el sistema,(yo estoy en un linux 64 bits 
ahora mismo), podemos cambiar el comportamiento del botón knit html de 
rstudio por ejemplo , ejecutando

options(rstudio.markdownToHTML            function(inputFile, outputFile) {
             system(paste("pandoc", "-s -S --mathjax --toc",
shQuote(inputFile), "-o", shQuote(outputFile)))
           }
)

||Que crea la tabla de contenidos y además al usar --mathjax se ven las 
ecuaciones..



El 21/01/13 11:25, Antonio Maurandi López escribió:
> Hola.
> Pare que RStudio y el paquete markdown no nos terminamos de entender.
>
> - Creo un fichero Rmd, con el botón: "Kntr to Html"
(ctr+Shift+Y), se
> pre-visualiza genial: formulas (, highlight_code,...)... todo bien.
>
> Pero quiero ponerle un TOC tb, así que como en su día me comento Jose 
> Luis Cañadas en este foro, hago un desde el fichero md que crea  la 
> previsualización ("Kntr to Html"  o  ctr+Shift+Y)
>
> markdownToHTML( file = "test-rmd.md", options
=c(''toc''),  output =
> "test-soloTOC.html") # no van las formulas....
>
> Lo peor es es que sio hago un preview desde Rstudio  del fichero md, 
> me muetsra el html bien, como deberia de ser (sin toc claro).
>
> Alguna idea...   mil gracias.
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> Adjunto ficheros de prueba....
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