thr3ads.net - R help es - [R-es] Grafico de medias con barra de desviacion para varias series de datos [Sep 2012]

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Eric

2012-Sep-23 14:18 UTC

[R-es] Grafico de medias con barra de desviacion para varias series de datos

Estimada comunidad, tengo el siguiente problema:

Estoy haciendo un experimento de toxicidad de solventes para microalgas,
por ahora tengo los datos de un solvente en 5 diferentes concentraciones y
un control, cada unidad experimental tiene 3 repeticiones, y necesito
graficar las curvas de crecimiento del cultivo de algas. Tendria 6 curvas
de crecimiento. Puse los datos en la tabla que adjunto como archivo .csv.
La primera columna corresponde a los dias de crecimiento del alga y deberia
ir en el eje X, la segunda columna indica la repeticion, la tercera columna
indica el tipo de solvente usado ss=sin solvente y lim=limoneno, la columna
con indica la concentracion del solvente y va de 1 a 5, la columna ABS es
la medicion que se hizo e indica la absorbancia de la muestra.

 He intentado con PlotMeans y lattice pero no logro obtener el grafico que
deseo. Es como si fuera necesario fundir esos dos paquetes para obtener
loque necesito, ya que PlotMeans me permite graficar las medias con las
barras de desviacion, pero no permite (al menos no he encontrado como)
clasificar o diferenciar las concentraciones, por su lado con lattice puedo
diferenciar las concentraciones pero no puedo graficar el promedio con las
barras de desviacion (al menos no se como hacerlo) ... este es mi problema,
alguna sugerencia ??

Un abrazo a todos y gracias por su tiempo.

Eric.






-- 
Nota: las tildes se han omitido para evitar conflictos con algunos lectores
de correo.

Frases notables:
* SATYÂT NÂSTI PARO DHARMAH (No hay religion mas elevada que la verdad)
* La oscuridad no se combate, se ilumina ...
* Un economista es un experto que sabrá mañana por qué las cosas que predijo
ayer no han sucedido hoy (Laurence Peter).
------------ próxima parte ------------
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Carlos Ortega

2012-Sep-24 09:12 UTC

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[R-es] Grafico de medias con barra de desviacion para varias series de datos

Hola,

Gracias por aportar el conjunto de datos con los que poder probar.
¿Tienes el código que has hecho en lattice ?. De esta forma es más fácil
que tener que probar con varias opciones de modelos que tengan las
variables que quieres monitorizar.

En el mientras tanto como alternativa podrías mirar:

   -  la función xYplot() del paquete Hmisc.
   - el utilizar la opción de incluir una capa (layer) sobre tu gráfico
   lattice donde incluyas las medias y las desvicaciones. Aquí tendrás que
   usar el paquete latticeExtra y varias de sus funciones: layer(),
   panel.abelineq()


Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 23 de septiembre de 2012 16:18, Eric
<ericconchamunoz@gmail.com>escribió:
> Estimada comunidad, tengo el siguiente problema:
>
> Estoy haciendo un experimento de toxicidad de solventes para microalgas,
> por ahora tengo los datos de un solvente en 5 diferentes concentraciones y
> un control, cada unidad experimental tiene 3 repeticiones, y necesito
> graficar las curvas de crecimiento del cultivo de algas. Tendria 6 curvas
> de crecimiento. Puse los datos en la tabla que adjunto como archivo .csv.
> La primera columna corresponde a los dias de crecimiento del alga y deberia
> ir en el eje X, la segunda columna indica la repeticion, la tercera columna
> indica el tipo de solvente usado ss=sin solvente y lim=limoneno, la columna
> con indica la concentracion del solvente y va de 1 a 5, la columna ABS es
> la medicion que se hizo e indica la absorbancia de la muestra.
>
>  He intentado con PlotMeans y lattice pero no logro obtener el grafico que
> deseo. Es como si fuera necesario fundir esos dos paquetes para obtener
> loque necesito, ya que PlotMeans me permite graficar las medias con las
> barras de desviacion, pero no permite (al menos no he encontrado como)
> clasificar o diferenciar las concentraciones, por su lado con lattice puedo
> diferenciar las concentraciones pero no puedo graficar el promedio con las
> barras de desviacion (al menos no se como hacerlo) ... este es mi problema,
> alguna sugerencia ??
>
> Un abrazo a todos y gracias por su tiempo.
>
> Eric.
>
>
>
>
>
>
> --
> Nota: las tildes se han omitido para evitar conflictos con algunos
> lectores de correo.
>
> Frases notables:
> * SATYÂT NÂSTI PARO DHARMAH (No hay religion mas elevada que la verdad)
> * La oscuridad no se combate, se ilumina ...
> * Un economista es un experto que sabrá mañana por qué las cosas que
> predijo
> ayer no han sucedido hoy (Laurence Peter).
>
>
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> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>

-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

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Argel Gastélum Arellánez

2012-Sep-24 17:38 UTC

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[R-es] Grafico de medias con barra de desviacion para varias series de datos

El 23/09/12 09:18, Eric escribió:> Estimada comunidad, tengo el siguiente problema:
>
> Estoy haciendo un experimento de toxicidad de solventes para 
> microalgas, por ahora tengo los datos de un solvente en 5 diferentes 
> concentraciones y un control, cada unidad experimental tiene 3 
> repeticiones, y necesito graficar las curvas de crecimiento del 
> cultivo de algas. Tendria 6 curvas de crecimiento. Puse los datos en 
> la tabla que adjunto como archivo .csv. La primera columna corresponde 
> a los dias de crecimiento del alga y deberia ir en el eje X, la 
> segunda columna indica la repeticion, la tercera columna indica el 
> tipo de solvente usado ss=sin solvente y lim=limoneno, la columna con 
> indica la concentracion del solvente y va de 1 a 5, la columna ABS es 
> la medicion que se hizo e indica la absorbancia de la muestra.
>
>  He intentado con PlotMeans y lattice pero no logro obtener el grafico 
> que deseo. Es como si fuera necesario fundir esos dos paquetes para 
> obtener loque necesito, ya que PlotMeans me permite graficar las 
> medias con las barras de desviacion, pero no permite (al menos no he 
> encontrado como) clasificar o diferenciar las concentraciones, por su 
> lado con lattice puedo diferenciar las concentraciones pero no puedo 
> graficar el promedio con las barras de desviacion (al menos no se como 
> hacerlo) ... este es mi problema, alguna sugerencia ??
>
> Un abrazo a todos y gracias por su tiempo.
>
> Eric.
     Hola Eric, ¿tal vez algo como esto es lo que necesitas?. Es un poco 
largo y a mano, seguramente hay paquetes que lo hacen de forma mucho más 
simplificada, espero te sirva... Saludos!




#-------------------------------------------------------------------------------

# Crecimiento de algas, efecto de solventes.

DATOS <- read.table("curvadecrecimientobraunii2.csv", header=T,
sep="\t")

DATOS

class(DATOS$dia)

class(DATOS$con)

DATOS$con <- factor(DATOS$con)

class(DATOS$con)

class(DATOS$Abs)

#-------------------------------------------------------------------------------

# FUNCIÓN PARA CALCULAR MEDIAS Y DESVIACIONES ESTÁNDAR:

x.s <- function(respuesta = "", factor = "", datos,
nombre.experimento =
"Nombre No Definido", nombre.respuesta = "Nombre No
Definido",
nombre.factor = "Nombre No Definido"){

     # Esta función calcula las "medias" y las "desviaciones
estándar"
de una "variable de respuesta" para cada nivel de una "variable 
explicativa" o "factor", mostrando los resultados en forma de una
tabla.

     # Preparar el marco de datos:
     RESPUESTA <- datos[respuesta]
     FACTOR <- datos[factor]
     MARCO.DE.DATOS <- data.frame(FACTOR, RESPUESTA)
     attributes(MARCO.DE.DATOS)$names <- c("FACTOR",
"RESPUESTA")

     cat("\n \n \n \n")

     # Calcular las medias de la respuesta para cada nivel del factor.
     medias <- c()
     for(i in 1:length(levels(MARCO.DE.DATOS$FACTOR))){
         medias <- c(medias,
mean(MARCO.DE.DATOS$RESPUESTA[MARCO.DE.DATOS$FACTOR == 
(levels(MARCO.DE.DATOS$FACTOR)[i])]))
     }

     # Calcular las desviaciones estándar de la respuesta
     # para cada nivel del factor.
     desv.est <- c()
     for(i in 1:length(levels(MARCO.DE.DATOS$FACTOR))){
         desv.est <- c(desv.est,
sd(MARCO.DE.DATOS$RESPUESTA[MARCO.DE.DATOS$FACTOR == 
(levels(MARCO.DE.DATOS$FACTOR)[i])]))
     }

     # Generar la tabla de datos:
     tabla <- data.frame(medias, desv.est)
     attributes(tabla)$row.names <- levels(MARCO.DE.DATOS$FACTOR)
     attributes(tabla)$names <- c("Media", "Desviación
estándar")

     # Para que se muestre en consola el resultado, independientemente 
de que se asigne el resultado a un objeto:
     cat("\n ESTADÍSTICA DESCRIPTIVA \n", "\n EXPERIMENTO:",
nombre.experimento,
         "\n RESPUESTA:", nombre.respuesta, "\n FACTOR:",
nombre.factor,
"\n", "\n")
     print(tabla)

     # Para poder asignar el resultado a un objeto determinado:
     return(list(TITULO = "ESTADÍSTICA DESCRIPTIVA", EXPERIMENTO = 
nombre.experimento, RESPUESTA = nombre.respuesta, FACTOR = 
nombre.factor, TABLA = tabla))

}

#-------------------------------------------------------------------------------

# Subset de datos para con = 0:

DATOS.indices.NO_con0 <- which(DATOS$con != c("0"))
DATOS.indices.NO_con0
DATOS.con0 <- DATOS[-DATOS.indices.NO_con0, ]
DATOS.con0
DATOS.con0$con <- factor(DATOS.con0$con)
DATOS.con0

# Verificando el tipo de dato para cada columna:

class(DATOS.con0)
class(DATOS.con0$dia)
DATOS.con0$dia <- factor(DATOS.con0$dia)
class(DATOS.con0$dia)
class(DATOS.con0$con)
class(DATOS.con0$Abs)

DESCRIPTIVA.con0 <- x.s(respuesta = "Abs", factor =
"dia", datos =
DATOS.con0, nombre.experimento = "Solventes y crecimiento, con = 0", 
nombre.respuesta = "Absorbancia", nombre.factor = "Tiempo
(días)")

TABLA.con0 <- DESCRIPTIVA.con0$TABLA

TABLA.con0

#-------------------------------------------------------------------------------

# Subset de datos para con = 1:

DATOS.indices.NO_con1 <- which(DATOS$con != c("1"))
DATOS.indices.NO_con1
DATOS.con1 <- DATOS[-DATOS.indices.NO_con1, ]
DATOS.con1
DATOS.con1$con <- factor(DATOS.con1$con)
DATOS.con1

# Verificando el tipo de dato para cada columna:

class(DATOS.con1)
class(DATOS.con1$dia)
DATOS.con1$dia <- factor(DATOS.con1$dia)
class(DATOS.con1$dia)
class(DATOS.con1$con)
class(DATOS.con1$Abs)

DESCRIPTIVA.con1 <- x.s(respuesta = "Abs", factor =
"dia", datos =
DATOS.con1, nombre.experimento = "Solventes y crecimiento, con = 1", 
nombre.respuesta = "Absorbancia", nombre.factor = "Tiempo
(días)")

TABLA.con1 <- DESCRIPTIVA.con1$TABLA

TABLA.con1

#-------------------------------------------------------------------------------

# Para graficar las barras de error con "errbar"
library(sfsmisc)

par(mar = c(5, 4, 2, 2) + 0.2) # Modifica los márgenes: c(bottom, left, 
top, right), los valores por default son c(5, 4, 4, 2).
par(las=1) # Orientación de los números en los ejes: 0: always parallel 
to the axis [default], 1: always horizontal, 2: always perpendicular to 
the axis, 3: always vertical.
plot(as.numeric(attributes(TABLA.con0)$row.names), TABLA.con0$Media, 
axes = T, ylim = c(0, 250), xlab = list("Tiempo (días)", cex = 1.2,
col
= "black", font = 2), ylab = list("Abs",  cex = 1.2, col =
"black", font
= 2), type = "n", col = "black", main = "Crecimiento vs
tiempo", xlim =
c(0, 5), lwd = 2)

par(new=T) # Para graficar la nueva gráfica sobre la misma gráfica anterior.

errbar(as.numeric(attributes(TABLA.con0)$row.names), TABLA.con0$Media, 
yplus = TABLA.con0$Media + TABLA.con0[, 2], yminus = TABLA.con0$Media - 
TABLA.con0[, 2], axes = F, ylim = c(0, 250), xlab = "", ylab =
"", type
= "l", col = "black", main = "", xlim = c(0, 5),
lwd = 2, lty = 1)

points(as.numeric(attributes(TABLA.con0)$row.names), TABLA.con0$Media, 
cex = 1.2, pch = 21, col = "black", bg = "black")

par(new=T) # Para graficar la nueva gráfica sobre la misma gráfica anterior.

par(fg="blue")
errbar(as.numeric(attributes(TABLA.con1)$row.names), TABLA.con1$Media, 
yplus = TABLA.con1$Media + TABLA.con1[, 2], yminus = TABLA.con1$Media - 
TABLA.con1[, 2], axes = F, ylim = c(0, 250), xlab = "", ylab =
"", type
= "l", col = "blue", main = "", xlim = c(0, 5),
lwd = 2, lty = 2)

points(as.numeric(attributes(TABLA.con1)$row.names), TABLA.con1$Media, 
cex = 1.2, pch = 21, col = "blue", bg = "blue")

#-------------------------------------------------------------------------------

legend(
     "bottomright", # Posición en la gráfica.
     legend = c( # Leyendas a colocar.
         "con = 0",
         "con = 1"
     ),
     bty = "n", # Con borde "o", sin borde "n".
     col = c("black", "blue"), # Color de línea y de borde
de símbolo.
     lty = c(1, 2), # Tipo de línea.
     lwd = c(2, 2), # Grosor de línea.
     pch = c(21, 21), # Tipo de símbolo.
     pt.bg = c("black", "blue") # Color de relleno del
símbolo.
)

#-------------------------------------------------------------------------------

Eric

2012-Sep-27 01:15 UTC

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[R-es] Grafico de medias con barra de desviacion para varias series de datos

Hola Carlos, este es el codigo que tengo para lattice y me produce el
grafico que adjunto, adjunto tb un nuevo archivo de datos, ya que he medido
un poco mas y se va agregando informacion ... estoy leyendo la ayuda de xYplot
{Hmisc} para agregar las barras de dispersion y reemplazar el conjunto de
datos de cada punto en X por su correspondiente promedio. En la imagen
adjunta, primero se agruparon los datos por tipo de solvente: ss=sin
solvente (q es un control), lim=limoneno, dec=decanol, dentro de cada
grafico los datos estan agrupados por concentracion desde 1 a 5, cada color
representa una concentracion distinta, en el eje X se presenta la cantidad
de dias que se cultiva la microalga y en el eje Y se muestra la absorbancia
asociada.

el codigo:

library(lattice)
setwd("/home/neo/Dropbox/Tesis/4tesis/2.objesp/experimento/cultivo")
curcre <- read.table("curvadecrecimientobraunii2.csv",
header=TRUE,sep="\t",dec=".",as.is=FALSE,na.strings =
"NA",skip=0)
xyplot(curcre[,6]~curcre[,2]|factor(solv),groups=con,data=curcre,xlab="dias",ylab="Abs")
savePlot(filename = "grafico",type ="png",device =
dev.cur())




Saludos, eric.





2012/9/24 Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
> Hola,
>
> Gracias por aportar el conjunto de datos con los que poder probar.
> ¿Tienes el código que has hecho en lattice ?. De esta forma es más fácil
> que tener que probar con varias opciones de modelos que tengan las
> variables que quieres monitorizar.
>
> En el mientras tanto como alternativa podrías mirar:
>
>    -  la función xYplot() del paquete Hmisc.
>    - el utilizar la opción de incluir una capa (layer) sobre tu gráfico
>    lattice donde incluyas las medias y las desvicaciones. Aquí tendrás que
>    usar el paquete latticeExtra y varias de sus funciones: layer(),
>    panel.abelineq()
>
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
> El 23 de septiembre de 2012 16:18, Eric <ericconchamunoz en
gmail.com>escribió:
>
>> Estimada comunidad, tengo el siguiente problema:
>>
>> Estoy haciendo un experimento de toxicidad de solventes para
microalgas,
>> por ahora tengo los datos de un solvente en 5 diferentes
concentraciones y
>> un control, cada unidad experimental tiene 3 repeticiones, y necesito
>> graficar las curvas de crecimiento del cultivo de algas. Tendria 6
curvas
>> de crecimiento. Puse los datos en la tabla que adjunto como archivo
.csv.
>> La primera columna corresponde a los dias de crecimiento del alga y
deberia
>> ir en el eje X, la segunda columna indica la repeticion, la tercera
columna
>> indica el tipo de solvente usado ss=sin solvente y lim=limoneno, la
columna
>> con indica la concentracion del solvente y va de 1 a 5, la columna ABS
es
>> la medicion que se hizo e indica la absorbancia de la muestra.
>>
>>  He intentado con PlotMeans y lattice pero no logro obtener el grafico
>> que deseo. Es como si fuera necesario fundir esos dos paquetes para
obtener
>> loque necesito, ya que PlotMeans me permite graficar las medias con las
>> barras de desviacion, pero no permite (al menos no he encontrado como)
>> clasificar o diferenciar las concentraciones, por su lado con lattice
puedo
>> diferenciar las concentraciones pero no puedo graficar el promedio con
las
>> barras de desviacion (al menos no se como hacerlo) ... este es mi
problema,
>> alguna sugerencia ??
>>
>> Un abrazo a todos y gracias por su tiempo.
>>
>> Eric.
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>> --
>> Nota: las tildes se han omitido para evitar conflictos con algunos
>> lectores de correo.
>>
>> Frases notables:
>> * SATYÂT NÂSTI PARO DHARMAH (No hay religion mas elevada que la verdad)
>> * La oscuridad no se combate, se ilumina ...
>> * Un economista es un experto que sabrá mañana por qué las cosas que
>> predijo
>> ayer no han sucedido hoy (Laurence Peter).
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es en r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
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> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>


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Nota: las tildes se han omitido para evitar conflictos con algunos lectores
de correo.

Frases notables:
* SATYÂT NÂSTI PARO DHARMAH (No hay religion mas elevada que la verdad)
* La oscuridad no se combate, se ilumina ...
* Un economista es un experto que sabrá mañana por qué las cosas que predijo
ayer no han sucedido hoy (Laurence Peter).
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