Hola Estoy tratando de correr un survival analysis usando un Cox regression model. Tengo una duda respecto a la organizacion del script. Tengo una variable que es -tamano del individuo- y quiero ver si hay diferencia en sobrevivencia respecto a tamano. Como diseno de campo los tamanos fueron ubicados de forma aleatoria en bloques al azar. Cuado planteo el script tengo algo como: modelo<-coxp(surv(deaths,day)~size+strata(block)) El factor bloque es random pero no se si esta es la nomenclatura correcta para testar mi hipotesis, o simplemente debo omitir el termino -strata- Gracias,saludos Eric Flores De Gracia School of Biosciences University of Exeter, Cornwall Campus Penryn, Cornwall TR10 9EZ United Kingdom Mobilephone: +044 07578724705 http://biosciences.exeter.ac.uk/cec/staff/postgradresearch/index.php?web_id=Eric_Flores_de_Gracia&tab=profile [[alternative HTML version deleted]]
Eric Flores De Gracia Que pasa si copia y pega el siguiente código en R, ¿le ayuda esto? coxph(Surv(futime, fustat) ~ age + strata(rx), data=ovarian) coxph(Surv(futime, fustat) ~ age + rx, data=ovarian) summary(coxph(Surv(futime, fustat) ~ age + strata(rx), data=ovarian)) summary(coxph(Surv(futime, fustat) ~ age + rx, data=ovarian)) Javier Marcuzzi -----Mensaje original----- From: Flores-de-Gracia, Eric Sent: Thursday, June 28, 2012 10:35 AM To: r-help-es en r-project.org Subject: [R-es] Sobre survival analysis Hola Estoy tratando de correr un survival analysis usando un Cox regression model. Tengo una duda respecto a la organizacion del script. Tengo una variable que es -tamano del individuo- y quiero ver si hay diferencia en sobrevivencia respecto a tamano. Como diseno de campo los tamanos fueron ubicados de forma aleatoria en bloques al azar. Cuado planteo el script tengo algo como: modelo<-coxp(surv(deaths,day)~size+strata(block)) El factor bloque es random pero no se si esta es la nomenclatura correcta para testar mi hipotesis, o simplemente debo omitir el termino -strata- Gracias,saludos Eric Flores De Gracia School of Biosciences University of Exeter, Cornwall Campus Penryn, Cornwall TR10 9EZ United Kingdom Mobilephone: +044 07578724705 http://biosciences.exeter.ac.uk/cec/staff/postgradresearch/index.php?web_id=Eric_Flores_de_Gracia&tab=profile [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Gracias Javier Quizas el problema es que no estoy familiarizado con el Cox regression, y la verdad ambos resultados son significativos pero no sabría como interpretar. Por ejemplo strata agrupa los efectos en cierta forma osea que la comparación se hace por agrupación? Mientras que incluyendo el término block como otra variable independiente en el análisis implica que ambos factores (size y block) interactuan en la respuesta o simplemente son efectos aislados entonces mejor verifico los efectos de cada uno por separado, es decir un modelo para size y uno para block? Gracias Eric Flores De Gracia School of Biosciences University of Exeter, Cornwall Campus Penryn, Cornwall TR10 9EZ United Kingdom Mobilephone: +044 07578724705 http://biosciences.exeter.ac.uk/cec/staff/postgradresearch/index.php?web_id=Eric_Flores_de_Gracia&tab=profile ________________________________________ De: Marcuzzi, Javier Rubén [javier.ruben.marcuzzi en gmail.com] Enviado el: jueves, 28 de junio de 2012 20:11 Para: Flores-de-Gracia, Eric; r-help-es en r-project.org Asunto: Re: [R-es] Sobre survival analysis Eric Flores De Gracia Que pasa si copia y pega el siguiente código en R, ¿le ayuda esto? coxph(Surv(futime, fustat) ~ age + strata(rx), data=ovarian) coxph(Surv(futime, fustat) ~ age + rx, data=ovarian) summary(coxph(Surv(futime, fustat) ~ age + strata(rx), data=ovarian)) summary(coxph(Surv(futime, fustat) ~ age + rx, data=ovarian)) Javier Marcuzzi -----Mensaje original----- From: Flores-de-Gracia, Eric Sent: Thursday, June 28, 2012 10:35 AM To: r-help-es en r-project.org Subject: [R-es] Sobre survival analysis Hola Estoy tratando de correr un survival analysis usando un Cox regression model. Tengo una duda respecto a la organizacion del script. Tengo una variable que es -tamano del individuo- y quiero ver si hay diferencia en sobrevivencia respecto a tamano. Como diseno de campo los tamanos fueron ubicados de forma aleatoria en bloques al azar. Cuado planteo el script tengo algo como: modelo<-coxp(surv(deaths,day)~size+strata(block)) El factor bloque es random pero no se si esta es la nomenclatura correcta para testar mi hipotesis, o simplemente debo omitir el termino -strata- Gracias,saludos Eric Flores De Gracia School of Biosciences University of Exeter, Cornwall Campus Penryn, Cornwall TR10 9EZ United Kingdom Mobilephone: +044 07578724705 http://biosciences.exeter.ac.uk/cec/staff/postgradresearch/index.php?web_id=Eric_Flores_de_Gracia&tab=profile [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
El scrip: modelo<-coxp(surv(deaths,day)~size+strata(block)) resuelve un modelo de Cox, distinto para cada bloque, pero no suministra un efecto size genérico. Si introduces el" block" como efecto fijo, si tendrás un efecto "size" generico, pero con un estimación de la varianza subestimada. Si quieres introducir los bloques como efectos aleatorios en el modelo de cox, en R creo que tienes dos alternativas bien con la funcion "frailty" de "sulvival", con los cual el scrip quedaria algo asi modelo<-coxp(surv(deaths,day)~size+frailty(block)) O bien, lo que parece mas recomendable usar el paquete 'coxme' que permite plantear modelos multinivel con regresión de cox, que tu scrip quedaria algo asi: require(coxme) modelo<-coxme(surv(deaths,day)~size+(1|block)) El 28/06/2012 15:35, Flores-de-Gracia, Eric escribió:> Hola > > > > Estoy tratando de correr un survival analysis usando un Cox regression model. > > Tengo una duda respecto a la organizacion del script. Tengo una variable que es -tamano del individuo- y quiero ver si hay diferencia en sobrevivencia respecto a tamano. Como diseno de campo los tamanos fueron ubicados de forma aleatoria en bloques al azar. > > Cuado planteo el script tengo algo como: > > > > modelo<-coxp(surv(deaths,day)~size+strata(block)) > > > > El factor bloque es random pero no se si esta es la nomenclatura correcta para testar mi hipotesis, o simplemente debo omitir el termino -strata- > > > > Gracias,saludos > > > > > > Eric Flores De Gracia > School of Biosciences > University of Exeter, Cornwall Campus > Penryn, Cornwall > TR10 9EZ > United Kingdom > Mobilephone: +044 07578724705 > http://biosciences.exeter.ac.uk/cec/staff/postgradresearch/index.php?web_id=Eric_Flores_de_Gracia&tab=profile > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >-- +-------------------------------------------------------------- | Francisco J. Viciana Fernández | Coordinador del Registro de Población | Servicio de Estadísticas Demográficas y Sociales | Instituto de Estadística y Cartografía de Andalucía | Leonardo Da Vinci, nº 21. Isla de La Cartuja. | 41071 SEVILLA. | franciscoj.viciana en juntadeandalucia.es | Tlf.: +(34) 95 503 38 21 +--------------------------------------------------------------