Hola, Queria saber se alguién podia darme alguna idea de cómo resolver este mensaje de error que aparece cuando ruedo el comando R CMD check en mi paquete Error in find.package(package, lib.loc) : there is no package called ‘MASS’ Calls: <Anonymous> -> lapply -> FUN -> find.package Execution halted He leido algunos post sobre el asunto que dicen de resolver el problema declarando el camino de la biblioteca usando el comando R_LIB=" ", el problema es que no sé cómo hacer eso. Dónde declaro el camino? en el terminal o tengo que hacerlo en el propio código de la función? Gracias por cualquier ayuda o información que me pueda ayudar a resolver el problema, Marlene P.S: Rodando R CMD check en Ubuntu 11.10 tengo la siguiente salida: * using R version 2.14.1 (2011-12-22) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ‘SCperf/DESCRIPTION’ ... OK * checking extension type ... Package * this is package ‘SCperf’ version ‘1.0’ * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for executable files ... OK * checking whether package ‘SCperf’ can be installed ... OK * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking for portable file names ... OK * checking for sufficient/correct file permissions ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * checking whether the package can be loaded ... OK * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking for unstated dependencies in R code ... OK * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... NOTE Error in loadNamespace(name) : there is no package called ‘codetools’ Calls: <Anonymous> ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> Execution halted * checking Rd files ... WARNING Error : WW.Rd: non-ASCII input and no declared encoding problem found in ‘WW.Rd’ * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... WARNING Error in find.package(package, lib.loc) : there is no package called ‘MASS’ Calls: <Anonymous> -> lapply -> FUN -> find.package Execution halted * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... OK [[alternative HTML version deleted]]
Marlene Realmente hace mucho que no uso ubuntu con R, uno de los problemas que yo tenía era que los repositorios de ubuntu estaban desactualizados respecto a la versiones de R (sus librerías), desconozco su caso, pero instalar o actualizar R desde al consola de R no era igual que desde ubuntu, porque desde la consola yo indicaba desde que lugar descargar los archivos necesarios, y estos se compilaban. Posiblemente mi comentario es obsoleto, pero fue parte de mi experiencia con ubuntu y R, y li le sirve... Javier -----Mensaje original----- From: marlene marchena Sent: Tuesday, January 24, 2012 9:48 PM To: r-help-es en r-project.org Subject: [R-es] R CMD check error Hola, Queria saber se alguién podia darme alguna idea de cómo resolver este mensaje de error que aparece cuando ruedo el comando R CMD check en mi paquete Error in find.package(package, lib.loc) : there is no package called ?MASS? Calls: <Anonymous> -> lapply -> FUN -> find.package Execution halted He leido algunos post sobre el asunto que dicen de resolver el problema declarando el camino de la biblioteca usando el comando R_LIB=" ", el problema es que no sé cómo hacer eso. Dónde declaro el camino? en el terminal o tengo que hacerlo en el propio código de la función? Gracias por cualquier ayuda o información que me pueda ayudar a resolver el problema, Marlene P.S: Rodando R CMD check en Ubuntu 11.10 tengo la siguiente salida: * using R version 2.14.1 (2011-12-22) * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) * using session charset: UTF-8 * checking for file ?SCperf/DESCRIPTION? ... OK * checking extension type ... Package * this is package ?SCperf? version ?1.0? * checking package namespace information ... OK * checking package dependencies ... OK * checking if this is a source package ... OK * checking if there is a namespace ... OK * checking for executable files ... OK * checking whether package ?SCperf? can be installed ... OK * checking installed package size ... OK * checking package directory ... OK * checking for portable file names ... OK * checking for sufficient/correct file permissions ... OK * checking DESCRIPTION meta-information ... OK * checking top-level files ... OK * checking index information ... OK * checking package subdirectories ... OK * checking R files for non-ASCII characters ... OK * checking R files for syntax errors ... OK * checking whether the package can be loaded ... OK * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies ... OK * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK * checking for unstated dependencies in R code ... OK * checking S3 generic/method consistency ... OK * checking replacement functions ... OK * checking foreign function calls ... OK * checking R code for possible problems ... NOTE Error in loadNamespace(name) : there is no package called ?codetools? Calls: <Anonymous> ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous> Execution halted * checking Rd files ... WARNING Error : WW.Rd: non-ASCII input and no declared encoding problem found in ?WW.Rd? * checking Rd metadata ... OK * checking Rd cross-references ... WARNING Error in find.package(package, lib.loc) : there is no package called ?MASS? Calls: <Anonymous> -> lapply -> FUN -> find.package Execution halted * checking for missing documentation entries ... OK * checking for code/documentation mismatches ... OK * checking Rd \usage sections ... OK * checking Rd contents ... OK * checking for unstated dependencies in examples ... OK * checking examples ... OK * checking PDF version of manual ... OK [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Hola Marlene: Hace mucho tiempo que uso R en ubuntu, y si bien es verdad que los paquetes están un poco desactualizados y que no están todos, no he tenido graves problemas. Mi impresión es que has intentado instalar paquetes a "mano" al tiempo que desde el repositorio de ubuntu y eso te ha dejado el sistema en el que el gestor de paquetes no puede mantener la coherencia. Mis recomendaciones son dos: * Primero borra todo lo que tengas de R * Mira http://debian.cran.r-project.org/ y añade este repositorio según las instrucciones que aparecen allí. Este repositorio está un poco más actualizado y los paquetes ya están precompilados por lo que la instalación es más rápida. Saludos. Manuel Muñoz Proyecto R-UCA
Siguiendo un poco con lo que te ha comentado Manuel Muñoz, yo te recomiendo
que hagas dos cosas:
1. Añade a /etc/apt/sources.list
deb http://cran.us.r-project.org/bin/linux/debian squeeze-cran/ # yo
actualmente uso Debian, tu tendrías que
#
indicar tu distro de Linux (busca en CRAN)
deb-src http://cran.us.r-project.org/bin/linux/debian squeeze-cran/
2. Edita el archivo de configuración de R (/usr/lib/R/etc/Rprofile.site):
teclea en la consola de R help(Startup)
para tener más información.
Por ejemplo, puede definir donde quieres que te guarde lo paquetes que
instalas:
.libPaths( c("/home/yourname/R/Library"), .libPaths()) )
# si
quieres guardarlo en /home/yourname/R/Library
Puedes definir los repositorios:
options(repos = "http://cran.us.r-project.org")
Así como otras muchas opciones que vienen detalladas en la ayuda de
Startup.
Espero que te sirva de ayuda.
Manuel
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Manuel Ramón
m[dot]ramon[dot]fernandez[at]gmail[dot]com
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