R help es - Jul 2010 - Problemas para graficar barras de error

Estoy haciendo un gráfico de un valor llamado "ch" respecto del tiempo
para
distintas especies, no tengo inconvenientes hasta que quiero agregarle al
gráfico unas barras de error, el código que tengo es el siguiente*

datos <- read.table(......)
x <- strptime(datos$fecha, "%e/%m/%y")
y <- datos$ch

*#Transformo a número cada uno de los tipos (factor)*
datos$tipo_num <- as.numeric(datos$tipo)
*#Determino cuántos tipos tengo*
n_tipo <- max(datos$tipo_num)

*#Defino los rangos de cada eje*
ejex <- strptime(c("15/01/9","15/05/09"),
"%d/%m/%y")
ejey <- range(y)

*#Armo los ejes del gráfico*
par(las=2, mgp=c(4, 1, 0), mai=c(1.2,1.2,0.5,0.5))
plot(x,y, xaxt = "n", type="n", xlab="Date",
ylab="Moisture Content (%)")
axis.POSIXct(1,at=seq.POSIXt(from=ejex[1], to=ejex[2], by="weeks"),
format="%d-%m")

*#Agrego al gráfico los puntos para cada uno de los tipos*
for (i in 1:n_tipo) {
  tipo <- subset(datos, tipo_num==i)
  fecha <- strptime(tipo$fecha, "%e/%m/%y")
  points(fecha, tipo$ch, col=1, bg=8, pch=tipo$dibujo[1], cex=1.4)}*

Hasta acá todo bien, el problema surge cuando le quiero agregar las barras
de error,
probé con *errbar()* y con *plotCI()*, con las dos funciones tuve problemas
al definir el eje de las x con lo que yo llamé "fecha" si en lugar de 
usar
esa variable le paso un vector numérico no tengo problemas, pero por ejemplo
al usar:

*sd <- tipo$ch - 100 (esto es solo por poner algún valor de prueba)
errbar( fecha, tipo$ch, tipo$ch + sd, tipo$ch - sd)*

me dibuja los puntos pero no las barras de error

o si uso:

*plotCI(x=fecha, y=tipo$ch, uiw=20)*

me aparece un mensaje que dice "...both x and y NULL..."
si en este caso pusiera *

plotCI(x=c(1:10)**, y=tipo$ch, uiw=20)*

funciona perfecto.


¿Cuál es el problema con fecha? Porque además, usando exactamente el mismo
parámetro con la función *points()* no tengo problemas.
¿hay una forma de solamente agregar las barras de error sin que se dibujen
de nuevo los puntos o símbolos del gráfico? Esto es importante para mí
porque tengo que diferenciar los símbolos para 5-6 especies diferentes.
¿existe alguna otra función que no sea alguna de las dos que estoy probando?

Ya no sé que hacer, invertí muchas horas en tratar de solucionar esto y no
encontré la forma, espero me puedan ayudar.
Muchas Gracias,
Lucas Bianchi.

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Hola,

Creo que el error que estás teniendo es debido a que las funciones errbar
como plotCI no extienden sus métodos para considerar en las "x"
vectores
tipo date. Tu variable "fecha" es de este tipo. Prueba a convertirla a
numérica (si tiene sentido).

Prueba a utilizar "segments" y un ejemplo de su uso, justamente como
líneas
de error, lo tienes en la función "barplot".

++++++++++++++++++
hh <- t(VADeaths)[, 5:1]
     mybarcol <- "gray20"
     mp <- barplot(hh, beside = TRUE,
             col = c("lightblue", "mistyrose",
                     "lightcyan", "lavender"),
             legend = colnames(VADeaths), ylim= c(0,100),
             main = "Death Rates in Virginia", font.main = 4,
             sub = "Faked upper 2*sigma error bars", col.sub =
mybarcol,
             cex.names = 1.5)
     segments(mp, hh, mp, hh + 2*sqrt(1000*hh/100), col = mybarcol, lwd 1.5)
     stopifnot(dim(mp) == dim(hh))# corresponding matrices
     mtext(side = 1, at = colMeans(mp), line = -2,
           text = paste("Mean", formatC(colMeans(hh))), col =
"red")

++++++++++++++++++


Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

2010/7/2 Lucas Bianchi <bianchi_lucas@yahoo.com.ar>
> Estoy haciendo un gráfico de un valor llamado "ch" respecto del
tiempo para
> distintas especies, no tengo inconvenientes hasta que quiero agregarle al
> gráfico unas barras de error, el código que tengo es el siguiente*
>
> datos <- read.table(......)
> x <- strptime(datos$fecha, "%e/%m/%y")
> y <- datos$ch
>
> *#Transformo a número cada uno de los tipos (factor)*
> datos$tipo_num <- as.numeric(datos$tipo)
> *#Determino cuántos tipos tengo*
> n_tipo <- max(datos$tipo_num)
>
> *#Defino los rangos de cada eje*
> ejex <- strptime(c("15/01/9","15/05/09"),
"%d/%m/%y")
> ejey <- range(y)
>
> *#Armo los ejes del gráfico*
> par(las=2, mgp=c(4, 1, 0), mai=c(1.2,1.2,0.5,0.5))
> plot(x,y, xaxt = "n", type="n", xlab="Date",
ylab="Moisture Content (%)")
> axis.POSIXct(1,at=seq.POSIXt(from=ejex[1], to=ejex[2],
by="weeks"),
> format="%d-%m")
>
> *#Agrego al gráfico los puntos para cada uno de los tipos*
> for (i in 1:n_tipo) {
>  tipo <- subset(datos, tipo_num==i)
>  fecha <- strptime(tipo$fecha, "%e/%m/%y")
>  points(fecha, tipo$ch, col=1, bg=8, pch=tipo$dibujo[1], cex=1.4)}*
>
> Hasta acá todo bien, el problema surge cuando le quiero agregar las barras
> de error,
> probé con *errbar()* y con *plotCI()*, con las dos funciones tuve problemas
> al definir el eje de las x con lo que yo llamé "fecha" si en
lugar de  usar
> esa variable le paso un vector numérico no tengo problemas, pero por
> ejemplo
> al usar:
>
> *sd <- tipo$ch - 100 (esto es solo por poner algún valor de prueba)
> errbar( fecha, tipo$ch, tipo$ch + sd, tipo$ch - sd)*
>
> me dibuja los puntos pero no las barras de error
>
> o si uso:
>
> *plotCI(x=fecha, y=tipo$ch, uiw=20)*
>
> me aparece un mensaje que dice "...both x and y NULL..."
> si en este caso pusiera *
>
> plotCI(x=c(1:10)**, y=tipo$ch, uiw=20)*
>
> funciona perfecto.
>
>
> ¿Cuál es el problema con fecha? Porque además, usando exactamente el mismo
> parámetro con la función *points()* no tengo problemas.
> ¿hay una forma de solamente agregar las barras de error sin que se dibujen
> de nuevo los puntos o símbolos del gráfico? Esto es importante para mí
> porque tengo que diferenciar los símbolos para 5-6 especies diferentes.
> ¿existe alguna otra función que no sea alguna de las dos que estoy
> probando?
>
> Ya no sé que hacer, invertí muchas horas en tratar de solucionar esto y no
> encontré la forma, espero me puedan ayudar.
> Muchas Gracias,
> Lucas Bianchi.
>
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