thr3ads.net - R help es - [R-es] Unir archivos netCDF [Jan 2017]

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Isa García Barón

2017-Jan-09 09:34 UTC

[R-es] Unir archivos netCDF

Buenos días lista,

Lo que quiero es unir archivos netCDF. Tengo varios archivos con las mismas
características, pero de días consecutivos y me gustaría unir todos.

He probado con las funciones "transNcdfMerge" y
"aggregateNcdf", ambas del
paquete ncdf.tools. Con ninguna de las dos he conseguido nada, a
continuación os copio el script que he escrito hasta el momento:

setwd(DataDir_geo_cur)

## lista con todos los archivo netCDF contenido en el directorio:
files = list.files(DataDir_geo_cur,pattern='*.nc',full.names=TRUE)

## leemos todos los archivos:
for(i in seq_along(files)) {
  assign(paste0("gc",i),nc_open(files[i]))
}

# ejemplo de uno de los archivos
gc1

File C:/use/dt_global_allsat_msla_uv_20070905_20140106.nc
(NC_FORMAT_CLASSIC):

     5 variables (excluding dimension variables):
        float lat_bnds[nv,lat]
        float lon_bnds[nv,lon]
        int crs[]
            grid_mapping_name: latitude_longitude
            semi_major_axis: 6371000
            inverse_flattening: 0
        int u[lon,lat,time]
            _FillValue: -2147483647
            long_name: Geostrophic velocity anomalies: zonal component
            standard_name:
surface_eastward_geostrophic_sea_water_velocity_assuming_sea_level_for_geoid
            units: m/s
            scale_factor: 1e-04
        int v[lon,lat,time]
            _FillValue: -2147483647
            long_name: Geostrophic velocity anomalies: meridian component
            standard_name:
surface_northward_geostrophic_sea_water_velocity_assuming_sea_level_for_geoid
            units: m/s
            scale_factor: 1e-04

     4 dimensions:
        time  Size:1
            long_name: Time
            standard_name: time
            units: days since 1950-01-01 00:00:00 UTC
            calendar: julian
            axis: T
        lat  Size:720
            long_name: Latitude
            standard_name: latitude
            units: degrees_north
            bounds: lat_bnds
            axis: Y
            valid_min: -90
            valid_max: 90
        lon  Size:1440
            long_name: Longitude
            standard_name: longitude
            units: degrees_east
            bounds: lon_bnds
            axis: X
            valid_min: 0
            valid_max: 360
        nv  Size:2

    26 global attributes:
        cdm_data_type: Grid
        title: DT merged Global Ocean Gridded Geostrophic Velocities
SSALTO/Duacs L4 product
        summary: This dataset contains Delayed Time Level-4 geostrophic
velocities products from multi-satellite observations over Global Ocean.
        comment: Surface product; Geostrophic Velocities referenced to the
[1993, 2012] period
        time_coverage_resolution: P1D
        product_version: 5.0
        institution: CNES, CLS
        project: SSALTO/DUACS
        references: www.aviso.altimetry.fr
        contact: aviso en altimetry.fr
        license:
http://www.aviso.altimetry.fr/fileadmin/documents/data/License_Aviso.pdf
        platform: Envisat, Geosat Follow On, Jason-1
        date_created: 2014-02-27 20:27:23
        history: 2014-02-27 20:27:23:creation
        Conventions: CF-1.6
        standard_name_vocabulary:
http://cf-pcmdi.llnl.gov/documents/cf-standard-names/standard-name-table/12/cf-standard-name-table.html
        geospatial_lat_min: -90
        geospatial_lat_max: 90
        geospatial_lon_min: 0
        geospatial_lon_max: 360
        geospatial_vertical_min: 0.0
        geospatial_vertical_max: 0.0
        geospatial_lat_units: degrees_north
        geospatial_lon_units: degrees_east
        geospatial_lat_resolution: 0.25
        geospatial_lon_resolution: 0.25

## creamos un vector con todos los archivos abiertos en el environment:
names = ls(pattern='gc')

## Intento de unión con la función transNcdfMerge:
Geo_cur <- transNcdfMerge(names, path.target = DataDir)

Error in convertDateNcdf2R(fileT) : File gc1 is not existent!

## Intento de unión con la función aggregateNcdf:
Geo_cur_1 <- aggregateNcdf(names, path.out = DataDir, period=1)

Error in system(command, as.integer(flag), f, stdout, stderr) : character
string expected as first argument

Espero que podaís ayudarme, muchísimas gracias y feliz año!

*-----------------------------------------------------------------------------------------------------*
*Isabel García Barón*
Email: xanamb en gmail.com
PhD Student at AZTI Foundation -  AZTI Fundazioa
Marine Ecosystems Functioning
Herrera Kaia, Portualdea z/g 20110 - Pasaia (Gipuzkoa)

	[[alternative HTML version deleted]]

javier.ruben.marcuzzi en gmail.com

2017-Jan-09 13:45 UTC

head link

[R-es] Unir archivos netCDF

Estimada Isa García Barón

No se sobe netCDF, en su ejemplo usa Windows, yo supe agregar un archivo a otro,
o en otras palabras, crear un archivo donde se copia el contenido de otros, pero
son archivos de texto, para eso hay una herramienta para concatenar en el
sistema operativo, y otra más simple pero en node js que se utiliza para unir
varios archivos de JavaScript en uno solo, luego se optimiza (quita espacios,
etc.).

Si netCDF acepta concatenar archivos, podría ser una alternativa, pero se
trabajan como archivos de texto.

Javier Rubén Marcuzzi

De: Isa García Barón
Enviado: lunes, 9 de enero de 2017 6:34
Para: r-help-es en r-project.org
Asunto: [R-es] Unir archivos netCDF

Buenos días lista,

Lo que quiero es unir archivos netCDF. Tengo varios archivos con las mismas
características, pero de días consecutivos y me gustaría unir todos.

He probado con las funciones "transNcdfMerge" y
"aggregateNcdf", ambas del
paquete ncdf.tools. Con ninguna de las dos he conseguido nada, a
continuación os copio el script que he escrito hasta el momento:

setwd(DataDir_geo_cur)

## lista con todos los archivo netCDF contenido en el directorio:
files = list.files(DataDir_geo_cur,pattern='*.nc',full.names=TRUE)

## leemos todos los archivos:
for(i in seq_along(files)) {
  assign(paste0("gc",i),nc_open(files[i]))
}

# ejemplo de uno de los archivos
gc1

File C:/use/dt_global_allsat_msla_uv_20070905_20140106.nc
(NC_FORMAT_CLASSIC):

     5 variables (excluding dimension variables):
        float lat_bnds[nv,lat]
        float lon_bnds[nv,lon]
        int crs[]
            grid_mapping_name: latitude_longitude
            semi_major_axis: 6371000
            inverse_flattening: 0
        int u[lon,lat,time]
            _FillValue: -2147483647
            long_name: Geostrophic velocity anomalies: zonal component
            standard_name:
surface_eastward_geostrophic_sea_water_velocity_assuming_sea_level_for_geoid
            units: m/s
            scale_factor: 1e-04
        int v[lon,lat,time]
            _FillValue: -2147483647
            long_name: Geostrophic velocity anomalies: meridian component
            standard_name:
surface_northward_geostrophic_sea_water_velocity_assuming_sea_level_for_geoid
            units: m/s
            scale_factor: 1e-04

     4 dimensions:
        time  Size:1
            long_name: Time
            standard_name: time
            units: days since 1950-01-01 00:00:00 UTC
            calendar: julian
            axis: T
        lat  Size:720
            long_name: Latitude
            standard_name: latitude
            units: degrees_north
            bounds: lat_bnds
            axis: Y
            valid_min: -90
            valid_max: 90
        lon  Size:1440
            long_name: Longitude
            standard_name: longitude
            units: degrees_east
            bounds: lon_bnds
            axis: X
            valid_min: 0
            valid_max: 360
        nv  Size:2

    26 global attributes:
        cdm_data_type: Grid
        title: DT merged Global Ocean Gridded Geostrophic Velocities
SSALTO/Duacs L4 product
        summary: This dataset contains Delayed Time Level-4 geostrophic
velocities products from multi-satellite observations over Global Ocean.
        comment: Surface product; Geostrophic Velocities referenced to the
[1993, 2012] period
        time_coverage_resolution: P1D
        product_version: 5.0
        institution: CNES, CLS
        project: SSALTO/DUACS
        references: www.aviso.altimetry.fr
        contact: aviso en altimetry.fr
        license:
http://www.aviso.altimetry.fr/fileadmin/documents/data/License_Aviso.pdf
        platform: Envisat, Geosat Follow On, Jason-1
        date_created: 2014-02-27 20:27:23
        history: 2014-02-27 20:27:23:creation
        Conventions: CF-1.6
        standard_name_vocabulary:
http://cf-pcmdi.llnl.gov/documents/cf-standard-names/standard-name-table/12/cf-standard-name-table.html
        geospatial_lat_min: -90
        geospatial_lat_max: 90
        geospatial_lon_min: 0
        geospatial_lon_max: 360
        geospatial_vertical_min: 0.0
        geospatial_vertical_max: 0.0
        geospatial_lat_units: degrees_north
        geospatial_lon_units: degrees_east
        geospatial_lat_resolution: 0.25
        geospatial_lon_resolution: 0.25

## creamos un vector con todos los archivos abiertos en el environment:
names = ls(pattern='gc')

## Intento de unión con la función transNcdfMerge:
Geo_cur <- transNcdfMerge(names, path.target = DataDir)

Error in convertDateNcdf2R(fileT) : File gc1 is not existent!

## Intento de unión con la función aggregateNcdf:
Geo_cur_1 <- aggregateNcdf(names, path.out = DataDir, period=1)

Error in system(command, as.integer(flag), f, stdout, stderr) : character
string expected as first argument

Espero que podaís ayudarme, muchísimas gracias y feliz año!

*-----------------------------------------------------------------------------------------------------*
*Isabel García Barón*
Email: xanamb en gmail.com
PhD Student at AZTI Foundation -  AZTI Fundazioa
Marine Ecosystems Functioning
Herrera Kaia, Portualdea z/g 20110 - Pasaia (Gipuzkoa)

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_______________________________________________
R-help-es mailing list
R-help-es en r-project.org
https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es


	[[alternative HTML version deleted]]

Carlos Ortega

2017-Jan-09 14:02 UTC

head link

[R-es] Unir archivos netCDF

Hola,

Por si te puede ayudar:

http://stackoverflow.com/questions/29101807/how-to-merge-netcdf-file-into-one
http://stackoverflow.com/questions/18866266/combine-netcdf-files-to-average-the-values-for-variables-in-r

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es



2017-01-09 10:34 GMT+01:00 Isa García Barón <xanamb en gmail.com>:
> Buenos días lista,
>
> Lo que quiero es unir archivos netCDF. Tengo varios archivos con las mismas
> características, pero de días consecutivos y me gustaría unir todos.
>
> He probado con las funciones "transNcdfMerge" y
"aggregateNcdf", ambas del
> paquete ncdf.tools. Con ninguna de las dos he conseguido nada, a
> continuación os copio el script que he escrito hasta el momento:
>
> setwd(DataDir_geo_cur)
>
> ## lista con todos los archivo netCDF contenido en el directorio:
> files = list.files(DataDir_geo_cur,pattern='*.nc',full.names=TRUE)
>
> ## leemos todos los archivos:
> for(i in seq_along(files)) {
>   assign(paste0("gc",i),nc_open(files[i]))
> }
>
> # ejemplo de uno de los archivos
> gc1
>
> File C:/use/dt_global_allsat_msla_uv_20070905_20140106.nc
> (NC_FORMAT_CLASSIC):
>
>      5 variables (excluding dimension variables):
>         float lat_bnds[nv,lat]
>         float lon_bnds[nv,lon]
>         int crs[]
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>             _FillValue: -2147483647
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>             standard_name:
> surface_eastward_geostrophic_sea_water_velocity_assuming_
> sea_level_for_geoid
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>             scale_factor: 1e-04
>         int v[lon,lat,time]
>             _FillValue: -2147483647
>             long_name: Geostrophic velocity anomalies: meridian component
>             standard_name:
> surface_northward_geostrophic_sea_water_velocity_assuming_
> sea_level_for_geoid
>             units: m/s
>             scale_factor: 1e-04
>
>      4 dimensions:
>         time  Size:1
>             long_name: Time
>             standard_name: time
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>             calendar: julian
>             axis: T
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>             long_name: Latitude
>             standard_name: latitude
>             units: degrees_north
>             bounds: lat_bnds
>             axis: Y
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>             valid_max: 90
>         lon  Size:1440
>             long_name: Longitude
>             standard_name: longitude
>             units: degrees_east
>             bounds: lon_bnds
>             axis: X
>             valid_min: 0
>             valid_max: 360
>         nv  Size:2
>
>     26 global attributes:
>         cdm_data_type: Grid
>         title: DT merged Global Ocean Gridded Geostrophic Velocities
> SSALTO/Duacs L4 product
>         summary: This dataset contains Delayed Time Level-4 geostrophic
> velocities products from multi-satellite observations over Global Ocean.
>         comment: Surface product; Geostrophic Velocities referenced to the
> [1993, 2012] period
>         time_coverage_resolution: P1D
>         product_version: 5.0
>         institution: CNES, CLS
>         project: SSALTO/DUACS
>         references: www.aviso.altimetry.fr
>         contact: aviso en altimetry.fr
>         license:
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>         platform: Envisat, Geosat Follow On, Jason-1
>         date_created: 2014-02-27 20:27:23
>         history: 2014-02-27 20:27:23:creation
>         Conventions: CF-1.6
>         standard_name_vocabulary:
> http://cf-pcmdi.llnl.gov/documents/cf-standard-names/
> standard-name-table/12/cf-standard-name-table.html
>         geospatial_lat_min: -90
>         geospatial_lat_max: 90
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>         geospatial_lon_max: 360
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>         geospatial_vertical_max: 0.0
>         geospatial_lat_units: degrees_north
>         geospatial_lon_units: degrees_east
>         geospatial_lat_resolution: 0.25
>         geospatial_lon_resolution: 0.25
>
> ## creamos un vector con todos los archivos abiertos en el environment:
> names = ls(pattern='gc')
>
> ## Intento de unión con la función transNcdfMerge:
> Geo_cur <- transNcdfMerge(names, path.target = DataDir)
>
> Error in convertDateNcdf2R(fileT) : File gc1 is not existent!
>
> ## Intento de unión con la función aggregateNcdf:
> Geo_cur_1 <- aggregateNcdf(names, path.out = DataDir, period=1)
>
> Error in system(command, as.integer(flag), f, stdout, stderr) : character
> string expected as first argument
>
> Espero que podaís ayudarme, muchísimas gracias y feliz año!
>
> *-----------------------------------------------------------
> ------------------------------------------*
> *Isabel García Barón*
> Email: xanamb en gmail.com
> PhD Student at AZTI Foundation -  AZTI Fundazioa
> Marine Ecosystems Functioning
> Herrera Kaia, Portualdea z/g 20110 - Pasaia (Gipuzkoa)
>
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>
> _______________________________________________
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> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
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-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

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R help es - Jan 2017 - Unir archivos netCDF

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