Manuel Spínola
2016-Aug-29 12:58 UTC
[R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr
Muchas gracias Carlos.
Tengo la versión de knitr 1.14
Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks
diferentes. Parece que para separar chunks se debe incluir #'
Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo:
#+ test-chisq5
sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
#+ test-chisq4
sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk):
```{r test-chisq5}
sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
```{r test-chisq4}
sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
```
Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks
independientes):
```{r test-chisq5}
sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
```
```{r test-chisq4}
sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
```
El 29 de agosto de 2016, 3:42, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
escribió:
> Hola,
>
> ¿Qué versión estás usando de knitr?.
>
>
> He probado spin() sobre este script:
> https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R
>
> Y ha funcionado perfectamente.
>
> En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y
"cars" y tanto en el
> html y como en el .md los chunks salen separados....
>
> La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
>
> El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola <mspinola10 en
gmail.com>
> escribió:
>
>> Estimados miembros de la lista,
>>
>> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo
entender
>> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el
inicio
>> de
>> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk.
En
>> el ejemplo abajo
>>
>> #+
>> data(cars)
>>
>> #+
>> cars
>>
>> No los separa como 2 chunks diferentes
>>
>> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
>> ---------------------------------------------------------
>>
>> #' Traer datos
>>
>> #+
>> data(cars)
>>
>> #+
>> cars
>>
>> #' Gráfico
>>
>> #+
>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>
>> ------------------------------------------------------------------
>>
>> El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,
>>
>> Traer datos
>>
>> ```{r }
>> data(cars)
>>
>> ```{r }
>> cars
>> ```
>>
>> Gráfico
>>
>> ```{r }
>> plot(cars$speed, cars$dist)
>> ```
>>
>> Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2
chunks
>> diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.
>>
>>
>>
>> --
>> *Manuel Spínola, Ph.D.*
>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
>> Universidad Nacional
>> Apartado 1350-3000
>> Heredia
>> COSTA RICA
>> mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr>
>> mspinola10 en gmail.com
>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
>> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site
>> /lobitoderio/>
>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>>
>> [[alternative HTML version deleted]]
>>
>> _______________________________________________
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es en r-project.org
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
--
*Manuel Spínola, Ph.D.*
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr>
mspinola10 en gmail.com
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río
<https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
[[alternative HTML version deleted]]
Carlos Ortega
2016-Aug-29 23:45 UTC
[R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr
Hola, A mí me quedan separadas (en el .md), junto con los resultados. A mi *no* me genera un ".Rmd" si no un ".md", además de un ".html". En tu caso, tampoco parece que se generen los resultados de cada chunk, ¿es así?... Incluyo también las dos líneas que te comentaba que había incluido de tu ejemplo, que también aparecen separadas: And you can also write two chunks successively like this: ```r sum(x^2) # chi-square distribution with df 5 ``` ``` ## [1] 2.818373 ``` ```r sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now ``` ``` ## [1] 2.631026 ``` ```r data(cars) ``` ```r cars ``` ``` ## speed dist ## 1 4 2 ## 2 4 10 ## 3 7 4 ## 4 No sé si entonces tiene que ver con la versión de "R" o la versión de rmarkdown. Yo tengo la versión> version_ platform x86_64-apple-darwin13.4.0 arch x86_64 os darwin13.4.0 system x86_64, darwin13.4.0 status major 3 minor 3.1 year 2016 month 06 day 21 svn rev 70800 language R version.string R version 3.3.1 (2016-06-21) nickname Bug in Your Hair Y para rmarkdown tengo la versión 1.0. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 29 de agosto de 2016, 14:58, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com> escribió:> Muchas gracias Carlos. > > Tengo la versión de knitr 1.14 > > Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks > diferentes. Parece que para separar chunks se debe incluir #' > > Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo: > > #+ test-chisq5 > sum(x^2) # chi-square distribution with df 5 > #+ test-chisq4 > sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now > > Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk): > > ```{r test-chisq5} > sum(x^2) # chi-square distribution with df 5 > ```{r test-chisq4} > sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now > ``` > Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks > independientes): > > ```{r test-chisq5} > sum(x^2) # chi-square distribution with df 5 > ``` > > ```{r test-chisq4} > sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now > ``` > > El 29 de agosto de 2016, 3:42, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es> > escribió: > >> Hola, >> >> ¿Qué versión estás usando de knitr?. >> >> >> He probado spin() sobre este script: >> https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R >> >> Y ha funcionado perfectamente. >> >> En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y "cars" y tanto en >> el html y como en el .md los chunks salen separados.... >> >> La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14. >> >> Saludos, >> Carlos Ortega >> www.qualityexcellence.es >> >> >> >> El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com> >> escribió: >> >>> Estimados miembros de la lista, >>> >>> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo >>> entender >>> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el inicio >>> de >>> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk. En >>> el ejemplo abajo >>> >>> #+ >>> data(cars) >>> >>> #+ >>> cars >>> >>> No los separa como 2 chunks diferentes >>> >>> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R) >>> --------------------------------------------------------- >>> >>> #' Traer datos >>> >>> #+ >>> data(cars) >>> >>> #+ >>> cars >>> >>> #' Gráfico >>> >>> #+ >>> plot(cars$speed, cars$dist) >>> >>> ------------------------------------------------------------------ >>> >>> El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así, >>> >>> Traer datos >>> >>> ```{r } >>> data(cars) >>> >>> ```{r } >>> cars >>> ``` >>> >>> Gráfico >>> >>> ```{r } >>> plot(cars$speed, cars$dist) >>> ``` >>> >>> Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2 chunks >>> diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría. >>> >>> >>> >>> -- >>> *Manuel Spínola, Ph.D.* >>> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre >>> Universidad Nacional >>> Apartado 1350-3000 >>> Heredia >>> COSTA RICA >>> mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr> >>> mspinola10 en gmail.com >>> Teléfono: (506) 8706 - 4662 >>> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site >>> /lobitoderio/> >>> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/> >>> >>> [[alternative HTML version deleted]] >>> >>> _______________________________________________ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es en r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> >> >> >> >> -- >> Saludos, >> Carlos Ortega >> www.qualityexcellence.es >> > > > > -- > *Manuel Spínola, Ph.D.* > Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre > Universidad Nacional > Apartado 1350-3000 > Heredia > COSTA RICA > mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr> > mspinola10 en gmail.com > Teléfono: (506) 8706 - 4662 > Personal website: Lobito de río > <https://sites.google.com/site/lobitoderio/> > Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/> >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
Manuel Spínola
2016-Aug-30 00:54 UTC
[R-es] Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr
Muchas gracias Carlos.
Tengo las mismas versiones pero no logro separar los chunks cuando uso #+,
pero si lo logro cuando uso #". Mi script es spin("prueba.R",
knit FALSE) y si me hace un Rmd.
#+
a = c(1,2,3)
#+
mean(a)
Ejecuto,
> spin("prueba.R", knit = FALSE)
y obtengo un prueba.Rmd
```{r }
a = c(1,2,3)
```{r }
mean(a)
```
Pero si escribo:
#'
a = c(1,2,3)
#'
mean(a)
Ejecucto,
> spin("prueba.R", knit = FALSE)
Obtengo,
```{r }
a = c(1,2,3)
```
```{r }
mean(a)
```
El 29 de agosto de 2016, 17:45, Carlos Ortega <cof en
qualityexcellence.es>
escribió:
> Hola,
>
> A mí me quedan separadas (en el .md), junto con los resultados.
> A mi *no* me genera un ".Rmd" si no un ".md", además de
un ".html".
>
> En tu caso, tampoco parece que se generen los resultados de cada chunk,
> ¿es así?...
>
> Incluyo también las dos líneas que te comentaba que había incluido de tu
> ejemplo, que también aparecen separadas:
>
>
> And you can also write two chunks successively like this:
>
>
> ```r
> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
> ```
>
> ```
> ## [1] 2.818373
> ```
>
> ```r
> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
> ```
>
> ```
> ## [1] 2.631026
> ```
>
> ```r
> data(cars)
> ```
>
> ```r
> cars
> ```
>
> ```
> ## speed dist
> ## 1 4 2
> ## 2 4 10
> ## 3 7 4
> ## 4
>
>
> No sé si entonces tiene que ver con la versión de "R" o la
versión de
> rmarkdown.
> Yo tengo la versión
>
> > version
> _
> platform x86_64-apple-darwin13.4.0
> arch x86_64
> os darwin13.4.0
> system x86_64, darwin13.4.0
> status
> major 3
> minor 3.1
> year 2016
> month 06
> day 21
> svn rev 70800
> language R
> version.string R version 3.3.1 (2016-06-21)
> nickname Bug in Your Hair
>
>
> Y para rmarkdown tengo la versión 1.0.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
>
> El 29 de agosto de 2016, 14:58, Manuel Spínola <mspinola10 en
gmail.com>
> escribió:
>
>> Muchas gracias Carlos.
>>
>> Tengo la versión de knitr 1.14
>>
>> Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks
>> diferentes. Parece que para separar chunks se debe incluir #'
>>
>> Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo:
>>
>> #+ test-chisq5
>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>> #+ test-chisq4
>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>>
>> Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk):
>>
>> ```{r test-chisq5}
>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>> ```{r test-chisq4}
>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>> ```
>> Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks
>> independientes):
>>
>> ```{r test-chisq5}
>> sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
>> ```
>>
>> ```{r test-chisq4}
>> sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
>> ```
>>
>> El 29 de agosto de 2016, 3:42, Carlos Ortega <cof en
qualityexcellence.es>
>> escribió:
>>
>>> Hola,
>>>
>>> ¿Qué versión estás usando de knitr?.
>>>
>>>
>>> He probado spin() sobre este script:
>>>
https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R
>>>
>>> Y ha funcionado perfectamente.
>>>
>>> En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y
"cars" y tanto en
>>> el html y como en el .md los chunks salen separados....
>>>
>>> La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14.
>>>
>>> Saludos,
>>> Carlos Ortega
>>> www.qualityexcellence.es
>>>
>>>
>>>
>>> El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola <mspinola10 en
gmail.com>
>>> escribió:
>>>
>>>> Estimados miembros de la lista,
>>>>
>>>> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no
puedo
>>>> entender
>>>> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce
el
>>>> inicio de
>>>> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de
chunk.
>>>> En
>>>> el ejemplo abajo
>>>>
>>>> #+
>>>> data(cars)
>>>>
>>>> #+
>>>> cars
>>>>
>>>> No los separa como 2 chunks diferentes
>>>>
>>>> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
>>>> ---------------------------------------------------------
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>>>> #' Traer datos
>>>>
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>>>> data(cars)
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>>>> #+
>>>> cars
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>>>> #' Gráfico
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>>>> #+
>>>> plot(cars$speed, cars$dist)
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------------------------------------------------------------------
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>>>> El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,
>>>>
>>>> Traer datos
>>>>
>>>> ```{r }
>>>> data(cars)
>>>>
>>>> ```{r }
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>>>> ```
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>>>> Gráfico
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>>>> ```{r }
>>>> plot(cars$speed, cars$dist)
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en 2
>>>> chunks
>>>> diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.
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Silvestre
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>>>> COSTA RICA
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>>>> Teléfono: (506) 8706 - 4662
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<https://sites.google.com/site
>>>> /lobitoderio/>
>>>> Institutional website: ICOMVIS
<http://www.icomvis.una.ac.cr/>
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