R help es - Aug 2016 - Problemas para delimitar chunks con la fucnción spin en el paquete knitr

Estimados miembros de la lista,

Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo entender
por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el inicio de
un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk.  En
el ejemplo abajo

#+
data(cars)

#+
cars

No los separa como 2 chunks diferentes

Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
---------------------------------------------------------

#' Traer datos

#+
data(cars)

#+
cars

#' Gráfico

#+
plot(cars$speed, cars$dist)

------------------------------------------------------------------

El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,

Traer datos

```{r }
data(cars)

```{r }
cars
```

Gráfico

```{r }
plot(cars$speed, cars$dist)
```

Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2 chunks
diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.



-- 
*Manuel Spínola, Ph.D.*
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
Apartado 1350-3000
Heredia
COSTA RICA
mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr>
mspinola10 en gmail.com
Teléfono: (506) 8706 - 4662
Personal website: Lobito de río
<https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>

	[[alternative HTML version deleted]]

Hola,

¿Qué versión estás usando de knitr?.


He probado spin() sobre este script:
https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R

Y ha funcionado perfectamente.

En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y "cars"
y tanto en el
html y como en el .md los chunks salen separados....

La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14.

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es



El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola <mspinola10 en gmail.com>
escribió:
> Estimados miembros de la lista,
>
> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo entender
> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el inicio de
> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk.  En
> el ejemplo abajo
>
> #+
> data(cars)
>
> #+
> cars
>
> No los separa como 2 chunks diferentes
>
> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
> ---------------------------------------------------------
>
> #' Traer datos
>
> #+
> data(cars)
>
> #+
> cars
>
> #' Gráfico
>
> #+
> plot(cars$speed, cars$dist)
>
> ------------------------------------------------------------------
>
> El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,
>
> Traer datos
>
> ```{r }
> data(cars)
>
> ```{r }
> cars
> ```
>
> Gráfico
>
> ```{r }
> plot(cars$speed, cars$dist)
> ```
>
> Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2 chunks
> diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.
>
>
>
> --
> *Manuel Spínola, Ph.D.*
> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
> Universidad Nacional
> Apartado 1350-3000
> Heredia
> COSTA RICA
> mspinola en una.cr <mspinola en una.ac.cr>
> mspinola10 en gmail.com
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> Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/
> site/lobitoderio/>
> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>
>         [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>


-- 
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

	[[alternative HTML version deleted]]

Muchas gracias Carlos.

Tengo la versión de knitr 1.14

Corrí el ejemplo que me dices y resulta en lo mismo, no se crean chunks
diferentes.  Parece que para separar chunks se debe incluir #'

Por ejemplo, estas 2 líneas de códigos del ejemplo:

#+ test-chisq5
sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
#+ test-chisq4
sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now

Dan como resultado en el Rmd (todo queda dentro del mismo chunk):

```{r test-chisq5}
sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
```{r test-chisq4}
sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
```
Yo hubiera pensado que el resultado fuera algo así (2 chunks
independientes):

```{r test-chisq5}
sum(x^2) # chi-square distribution with df 5
```

```{r test-chisq4}
sum((x - mean(x))^2) # df is 4 now
```

El 29 de agosto de 2016, 3:42, Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>
escribió:
> Hola,
>
> ¿Qué versión estás usando de knitr?.
>
>
> He probado spin() sobre este script:
> https://github.com/yihui/knitr/blob/master/inst/examples/knitr-spin.R
>
> Y ha funcionado perfectamente.
>
> En el script he incluido tus líneas de "data(cars)" y
"cars" y tanto en el
> html y como en el .md los chunks salen separados....
>
> La versión que tengo instalada de knitr es la 1.14.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es
>
>
>
> El 28 de agosto de 2016, 16:16, Manuel Spínola <mspinola10 en
gmail.com>
> escribió:
>
>> Estimados miembros de la lista,
>>
>> Estoy trabajando con la función spin del paquete knitr y no puedo
entender
>> por que a pesar de usar #+ para iniciar cada chunk no reconoce el
inicio
>> de
>> un nuevo chunk al menos que incluya texto entre cada inicio de chunk. 
En
>> el ejemplo abajo
>>
>> #+
>> data(cars)
>>
>> #+
>> cars
>>
>> No los separa como 2 chunks diferentes
>>
>> Ejemplo de mi archivo en r (prueba.R)
>> ---------------------------------------------------------
>>
>> #' Traer datos
>>
>> #+
>> data(cars)
>>
>> #+
>> cars
>>
>> #' Gráfico
>>
>> #+
>> plot(cars$speed, cars$dist)
>>
>> ------------------------------------------------------------------
>>
>> El documento R markdown (prueba.Rmd) se ve así,
>>
>> Traer datos
>>
>> ```{r }
>> data(cars)
>>
>> ```{r }
>> cars
>> ```
>>
>> Gráfico
>>
>> ```{r }
>> plot(cars$speed, cars$dist)
>> ```
>>
>> Como pueden ver entre data(cars) y cars no hay una separación en 2
chunks
>> diferentes, o por lo menos como yo lo esperaría.
>>
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