Saludos a todos
Quisiera saber si alguno conoce alguna funcion en R para contar las categorias
distintas que existen en una columna de un data.frame, por ejemplo si tuviera
dos columnas (una llamada clase y otra llamada orden), la cantidad de categorias
distintas de la columna "clase" seria 2 y para la columna
"orden" seria 3:
Clase
Orden
A
a
A
b
B
c
B
c
Agradesco de antemano su ayuda
Gabriel Antonio Trujillo Paucar
Estudiante de Biologia
997603768
[[alternative HTML version deleted]]
Gabriel,
Creo que esto es lo que pides aunque ha salido algo confuso.
dat <- data.frame(Clase =c("A",
"B","A","A","A","B"),Orden
=c("a","a","c","c","b","a"))
nlevels(as.factor(dat$Clase)[1])
nlevels(as.factor(dat$Orden)[1])
> nlevels(as.factor(dat$Clase)[1])
[1] 2> nlevels(as.factor(dat$Orden)[1])
[1] 3
Un saludo
El 1 de diciembre de 2012 06:07, Gabriel Trujillo Paucar <
gabriel_enter@hotmail.com> escribió:
>
> Saludos a todos
> Quisiera saber si alguno conoce alguna funcion en R para contar las
> categorias distintas que existen en una columna de un data.frame, por
> ejemplo si tuviera dos columnas (una llamada clase y otra llamada orden),
> la cantidad de categorias distintas de la columna "clase" seria 2
y para la
> columna "orden" seria 3:
>
>
>
> Clase
> Orden
>
>
> A
> a
>
>
> A
> b
>
>
> B
> c
>
>
> B
> c
>
> Agradesco de antemano su ayuda
>
>
>
> Gabriel Antonio Trujillo Paucar
> Estudiante de Biologia
> 997603768
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
--
Jose Luis
[[alternative HTML version deleted]]
Hola, De otra manera:> datClase Orden 1 A a 2 B a 3 A c 4 A c 5 A b 6 B a> *length(unique(dat$Clase))*[1] 2> *length(unique(dat$Orden))*[1] 3 Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 1 de diciembre de 2012 06:07, Gabriel Trujillo Paucar < gabriel_enter@hotmail.com> escribió:> > Saludos a todos > Quisiera saber si alguno conoce alguna funcion en R para contar las > categorias distintas que existen en una columna de un data.frame, por > ejemplo si tuviera dos columnas (una llamada clase y otra llamada orden), > la cantidad de categorias distintas de la columna "clase" seria 2 y para la > columna "orden" seria 3: > > > > Clase > Orden > > > A > a > > > A > b > > > B > c > > > B > c > > Agradesco de antemano su ayuda > > > > Gabriel Antonio Trujillo Paucar > Estudiante de Biologia > 997603768 > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
Gracias por la ayuda, me salio perfecto. Tengo una duda mas, quisiera saber como
eliminar toda una fila cuyo valor de su ultima columna es 0. Por ejemplo tengo
la siguiente matriz:
Clase
Orden
Prueba
A
a14
A
a
0
B
a
0
B
b
17
A
c
18
Algunos valores en la columna "Prueba" son 0, quisiera eliminar toda
esa fila y que quede de la siguiente forma:
Clase
Orden
Prueba
A
a
14
B
b
17
A
c
18
Agradesco de antamano por su ayuda
Gabriel Antonio Trujillo Paucar
Estudiante de Biologia
997603768
Date: Sat, 1 Dec 2012 10:57:33 +0100
Subject: Re: [R-es] Saludos!!!
From: cof@qualityexcellence.es
To: gabriel_enter@hotmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Hola,
De otra manera:
> dat Clase Orden1 A a2 B a
3 A c4 A c5 A b6 B a> length(unique(dat$Clase))[1] 2> length(unique(dat$Orden))
[1] 3
Saludos,Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 1 de diciembre de 2012 06:07, Gabriel Trujillo Paucar
<gabriel_enter@hotmail.com> escribió:
Saludos a todos
Quisiera saber si alguno conoce alguna funcion en R para contar las categorias
distintas que existen en una columna de un data.frame, por ejemplo si tuviera
dos columnas (una llamada clase y otra llamada orden), la cantidad de categorias
distintas de la columna "clase" seria 2 y para la columna
"orden" seria 3:
Clase
Orden
A
a
A
b
B
c
B
c
Agradesco de antemano su ayuda
Gabriel Antonio Trujillo Paucar
Estudiante de Biologia
997603768
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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
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Gabriel
¿Porque no escribís un data.frame?
Es más fácil para nosotros leerlo en menos de un segundo y en cinco segundos
escribimos sobre este la respuesta en código R. Tu problema se entiende,
pero si lo expresas en R aprendes más rápido y nosotros estamos menos tiempo
para responderte.
Javier Marcuzzi
-----Mensaje original-----
From: Gabriel Trujillo Paucar
Sent: Saturday, December 01, 2012 9:31 PM
To: cof en qualityexcellence.es
Cc: r-help-es en r-project.org
Subject: Re: [R-es] Saludos!!!
Gracias por la ayuda, me salio perfecto. Tengo una duda mas, quisiera saber
como eliminar toda una fila cuyo valor de su ultima columna es 0. Por
ejemplo tengo la siguiente matriz:
Clase
Orden
Prueba
A
a14
A
a
0
B
a
0
B
b
17
A
c
18
Algunos valores en la columna "Prueba" son 0, quisiera eliminar toda
esa
fila y que quede de la siguiente forma:
Clase
Orden
Prueba
A
a
14
B
b
17
A
c
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Agradesco de antamano por su ayuda
Gabriel Antonio Trujillo Paucar
Estudiante de Biologia
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Date: Sat, 1 Dec 2012 10:57:33 +0100
Subject: Re: [R-es] Saludos!!!
From: cof en qualityexcellence.es
To: gabriel_enter en hotmail.com
CC: r-help-es en r-project.org
Hola,
De otra manera:
> dat Clase Orden1 A a2 B a
3 A c4 A c5 A b6 B a> length(unique(dat$Clase))[1] 2> length(unique(dat$Orden))
[1] 3
Saludos,Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 1 de diciembre de 2012 06:07, Gabriel Trujillo Paucar
<gabriel_enter en hotmail.com> escribió:
Saludos a todos
Quisiera saber si alguno conoce alguna funcion en R para contar las
categorias distintas que existen en una columna de un data.frame, por
ejemplo si tuviera dos columnas (una llamada clase y otra llamada orden), la
cantidad de categorias distintas de la columna "clase" seria 2 y para
la
columna "orden" seria 3:
Clase
Orden
A
a
A
b
B
c
B
c
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Gabriel Antonio Trujillo Paucar
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Saludos,
Carlos Ortega
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https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Hola, Así: ##################################> dat <- data.frame(+ Clase =c("A", "B","A","A","A","B") + ,Orden=c("a","a","c","c","b","a") + ,Test=c(14,7,0,0,18,20) + )> > datClase Orden Test 1 A a 14 2 B a 7 3 A c 0 4 A c 0 5 A b 18 6 B a 20> *dat.limpio <- dat[dat$Test!=0, ]* > dat.limpioClase Orden Test 1 A a 14 2 B a 7 5 A b 18 6 B a 20 ################################### Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 2 de diciembre de 2012 01:31, Gabriel Trujillo Paucar < gabriel_enter@hotmail.com> escribió:> Gracias por la ayuda, me salio perfecto. > Tengo una duda mas, quisiera saber como eliminar toda una fila cuyo valor > de su ultima columna es 0. Por ejemplo tengo la siguiente matriz: > > Clase Orden Prueba A a14 A a 0 B a 0 B b 17 A c 18 > Algunos valores en la columna "Prueba" son 0, quisiera eliminar toda esa > fila y que quede de la siguiente forma: > > Clase Orden Prueba A a 14 B b 17 A c 18 > > Agradesco de antamano por su ayuda > > *Gabriel Antonio Trujillo Paucar* > *Estudiante de Biologia* > * 997603768* > > > > ------------------------------ > Date: Sat, 1 Dec 2012 10:57:33 +0100 > Subject: Re: [R-es] Saludos!!! > From: cof@qualityexcellence.es > To: gabriel_enter@hotmail.com > CC: r-help-es@r-project.org > > > Hola, > > De otra manera: > > > dat > Clase Orden > 1 A a > 2 B a > 3 A c > 4 A c > 5 A b > 6 B a > > *length(unique(dat$Clase))* > [1] 2 > > *length(unique(dat$Orden))* > [1] 3 > > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es > > > El 1 de diciembre de 2012 06:07, Gabriel Trujillo Paucar < > gabriel_enter@hotmail.com> escribió: > > > Saludos a todos > Quisiera saber si alguno conoce alguna funcion en R para contar las > categorias distintas que existen en una columna de un data.frame, por > ejemplo si tuviera dos columnas (una llamada clase y otra llamada orden), > la cantidad de categorias distintas de la columna "clase" seria 2 y para la > columna "orden" seria 3: > > > > Clase > Orden > > > A > a > > > A > b > > > B > c > > > B > c > > Agradesco de antemano su ayuda > > > > Gabriel Antonio Trujillo Paucar > Estudiante de Biologia > 997603768 > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > > > > -- > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
Muchas gracias, me salio bien
Gabriel Antonio Trujillo Paucar
Estudiante de Biologia
997603768
Date: Sun, 2 Dec 2012 02:51:09 +0100
Subject: Re: [R-es] Saludos!!!
From: cof@qualityexcellence.es
To: gabriel_enter@hotmail.com
CC: r-help-es@r-project.org
Hola,
Así:
##################################> dat <- data.frame(+ Clase =c("A",
"B","A","A","A","B")
+
,Orden=c("a","a","c","c","b","a")+
,Test=c(14,7,0,0,18,20)
+ )> > dat Clase Orden Test
1 A a 142 B a 73 A c 04 A c 0
5 A b 186 B a 20> dat.limpio <- dat[dat$Test!=0,
]> dat.limpio Clase Orden Test1 A a 142 B a 7
5 A b 186 B a 20
###################################
Saludos,Carlos Ortegawww.qualityexcellence.es
El 2 de diciembre de 2012 01:31, Gabriel Trujillo Paucar
<gabriel_enter@hotmail.com> escribió:
Gracias por la ayuda, me salio perfecto. Tengo una duda mas, quisiera saber como
eliminar toda una fila cuyo valor de su ultima columna es 0. Por ejemplo tengo
la siguiente matriz:
Clase
Orden
Prueba
A
a14
A
a
0
B
a
0
B
b
17
A
c
18
Algunos valores en la columna "Prueba" son 0, quisiera eliminar toda
esa fila y que quede de la siguiente forma:
Clase
Orden
Prueba
A
a
14
B
b
17
A
c
18
Agradesco de antamano por su ayuda
Gabriel Antonio Trujillo Paucar
Estudiante de Biologia
997603768
Date: Sat, 1 Dec 2012 10:57:33 +0100
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Hola,
De otra manera:
> dat Clase Orden1 A a2 B a
3 A c4 A c5 A b6 B a
> length(unique(dat$Clase))[1] 2> length(unique(dat$Orden))
[1] 3
Saludos,Carlos Ortega
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El 1 de diciembre de 2012 06:07, Gabriel Trujillo Paucar
<gabriel_enter@hotmail.com> escribió:
Saludos a todos
Quisiera saber si alguno conoce alguna funcion en R para contar las categorias
distintas que existen en una columna de un data.frame, por ejemplo si tuviera
dos columnas (una llamada clase y otra llamada orden), la cantidad de categorias
distintas de la columna "clase" seria 2 y para la columna
"orden" seria 3:
Clase
Orden
A
a
A
b
B
c
B
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[[alternative HTML version deleted]]
Saludos a todos!!! Estoy creando una funcion que al final me bote una lista de 4 elementos, pero que solo muestre 3 de ellos parecido a la siguiente funcion ya creada en R ###########################################>library(vegan) >data(BCI) >specaccum(BCI,method="random")Species Accumulation Curve Accumulation method: exact Call: specaccum(comm = BCI) Sites 1.000000 2.000000 3.000000 4.000000 5.000000 6.000000 Richness 90.780000 121.609796 139.045867 150.711568 159.236344 165.830621 sd 6.934811 7.193362 7.001993 6.635769 6.248117 5.894738 Sites 7.00000 8.000000 9.000000 10.000000 11.000000 12.000000 Richness 171.14214 175.553185 179.305613 182.560444 185.429166 187.991422 sd 5.59124 5.337029 5.125867 4.950143 4.802556 4.676742 Sites 13.000000 14.000000 15.000000 16.000000 17.000000 18.000000 Richness 190.305605 192.415490 194.354543 196.148792 197.818788 199.380984 sd 4.567412 4.470298 4.382021 4.299949 4.222057 4.146805 Sites 19.000000 20.000000 21.000000 22.000000 23.000000 24.000000 Richness 200.848707 202.232871 203.542501 204.785122 205.967066 207.093696 sd 4.073037 3.999894 3.926745 3.853133 3.778725 3.703284 Sites 25.000000 26.000000 27.000000 28.000000 29.000000 30.000000 Richness 208.169590 209.198683 210.184380 211.129646 212.037082 212.908981 sd 3.626634 3.548645 3.469209 3.388235 3.305631 3.221301 Sites 31.000000 32.000000 33.000000 34.000000 35.000000 36.00000 Richness 213.747382 214.554104 215.330782 216.078894 216.799782 217.49467 sd 3.135138 3.047015 2.956781 2.864256 2.769223 2.67142 Sites 37.00000 38.000000 39.000000 40.000000 41.000000 42.000000 Richness 218.16469 218.810871 219.434176 220.035497 220.615665 221.175459 sd 2.57053 2.466167 2.357857 2.245008 2.126874 2.002491 Sites 43.000000 44.000000 45.000000 46.000000 47.000000 48.0000000 Richness 221.715608 222.236800 222.739685 223.224876 223.692959 224.1444898 sd 1.870578 1.729378 1.576348 1.407647 1.216392 0.9916025 Sites 49.0000000 50 Richness 224.5800000 225 sd 0.6954135 0 Warning message: In cor(x > 0) : the standard deviation is zero ##################################################### ###### Como se oberva el resultado bota valores de sites, richness y sd "alineados" uno con el ######otro a cual ####corresponde. Si ponen la estructura de este objeto tendran #####################################################>str(specaccum(BCI,method="random"))List of 6 $ call : language specaccum(comm = BCI, method = "random") $ method : chr "random" $ sites : int [1:50] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... $ richness: num [1:50] 91 121 139 151 159 ... $ sd : num [1:50] 6.73 7.02 6.65 6.23 5.14 ... $ perm : num [1:50, 1:100] 94 129 141 156 161 168 173 177 178 181 ... - attr(*, "class")= chr "specaccum" ################################################### ###### Ese objeto resultante es una lista de 6 elementos, sin embargo cuando lo colocas como resultado no muestra $perm como se observa cuando corres la funcion "specaccum", solo muestra call, method, sites, richnness, sd. Asi es como me gustaria poder hacer para mi funcion, y ademas para que los valores de sites, richnness y sd salgan alineados uno con el otro. Me gustaria que tipo de saber que tipo de comando podria usar para que cuando corra la funcion creada no muestre "$perm" y los otro valores salgan alineados. He revisado el cuerpo de la funcion specaccum y la he puesto parecida a la mia y no he visto diferencias, tampoco he encontrado algun comando que le ordene a funcion ocultar el $perm ################################################### Agradezco de antemano su ayuda Gabriel Antonio Trujillo Paucar Estudiante de Biologia 997603768 [[alternative HTML version deleted]]
Hola Gabriel, La solución sería que la función devuelva la lista con la función invisible(), en vez de return(). De esta forma, no se muestra nada en la salida. Justo antes de esta línea en la función, utiliza el método que quieras para mostrar los elementos de la lista (por ejemplo, print(), show(), ...) sobre cada uno de ellos. Saludos, Emilio El día 5 de diciembre de 2012 18:31, Gabriel Trujillo Paucar <gabriel_enter en hotmail.com> escribió:> > Saludos a todos!!! > > Estoy creando una funcion que al final me bote una lista de 4 elementos, pero que solo muestre 3 de ellos parecido a la siguiente funcion ya creada en R > > ########################################### > >>library(vegan) >>data(BCI) >>specaccum(BCI,method="random") > > Species Accumulation Curve > Accumulation method: exact > Call: specaccum(comm = BCI) > > Sites 1.000000 2.000000 3.000000 4.000000 5.000000 6.000000 > Richness 90.780000 121.609796 139.045867 150.711568 159.236344 165.830621 > sd 6.934811 7.193362 7.001993 6.635769 6.248117 5.894738 > > Sites 7.00000 8.000000 9.000000 10.000000 11.000000 12.000000 > Richness 171.14214 175.553185 179.305613 182.560444 185.429166 187.991422 > sd 5.59124 5.337029 5.125867 4.950143 4.802556 4.676742 > > Sites 13.000000 14.000000 15.000000 16.000000 17.000000 18.000000 > Richness 190.305605 192.415490 194.354543 196.148792 197.818788 199.380984 > sd 4.567412 4.470298 4.382021 4.299949 4.222057 4.146805 > > Sites 19.000000 20.000000 21.000000 22.000000 23.000000 24.000000 > Richness 200.848707 202.232871 203.542501 204.785122 205.967066 207.093696 > sd 4.073037 3.999894 3.926745 3.853133 3.778725 3.703284 > > Sites 25.000000 26.000000 27.000000 28.000000 29.000000 30.000000 > Richness 208.169590 209.198683 210.184380 211.129646 212.037082 212.908981 > sd 3.626634 3.548645 3.469209 3.388235 3.305631 3.221301 > > Sites 31.000000 32.000000 33.000000 34.000000 35.000000 36.00000 > Richness 213.747382 214.554104 215.330782 216.078894 216.799782 217.49467 > sd 3.135138 3.047015 2.956781 2.864256 2.769223 2.67142 > > Sites 37.00000 38.000000 39.000000 40.000000 41.000000 42.000000 > Richness 218.16469 218.810871 219.434176 220.035497 220.615665 221.175459 > sd 2.57053 2.466167 2.357857 2.245008 2.126874 2.002491 > > Sites 43.000000 44.000000 45.000000 46.000000 47.000000 48.0000000 > Richness 221.715608 222.236800 222.739685 223.224876 223.692959 224.1444898 > sd 1.870578 1.729378 1.576348 1.407647 1.216392 0.9916025 > > Sites 49.0000000 50 > Richness 224.5800000 225 > sd 0.6954135 0 > Warning message: > In cor(x > 0) : the standard deviation is zero > > ##################################################### > ###### Como se oberva el resultado bota valores de sites, richness y sd "alineados" uno con el ######otro a cual ####corresponde. Si ponen la estructura de este objeto tendran > ##################################################### > >>str(specaccum(BCI,method="random")) > > List of 6 > $ call : language specaccum(comm = BCI, method = "random") > $ method : chr "random" > $ sites : int [1:50] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... > $ richness: num [1:50] 91 121 139 151 159 ... > $ sd : num [1:50] 6.73 7.02 6.65 6.23 5.14 ... > $ perm : num [1:50, 1:100] 94 129 141 156 161 168 173 177 178 181 ... > - attr(*, "class")= chr "specaccum" > > ################################################### > ###### Ese objeto resultante es una lista de 6 elementos, sin embargo cuando lo colocas como resultado no muestra $perm como se observa cuando corres la funcion "specaccum", solo muestra call, method, sites, richnness, sd. Asi es como me gustaria poder hacer para mi funcion, y ademas para que los valores de sites, richnness y sd salgan alineados uno con el otro. Me gustaria que tipo de saber que tipo de comando podria usar para que cuando corra la funcion creada no muestre "$perm" y los otro valores salgan alineados. He revisado el cuerpo de la funcion specaccum y la he puesto parecida a la mia y no he visto diferencias, tampoco he encontrado algun comando que le ordene a funcion ocultar el $perm > > ################################################### > > Agradezco de antemano su ayuda > > Gabriel Antonio Trujillo Paucar > Estudiante de Biologia > 997603768 > > > [[alternative HTML version deleted]] > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es-- _____________________________________ Emilio L. Cano http://www.proyectum.es +34 665 676 225 Department of Statistics and Operations Research Universidad Rey Juan Carlos
Gracias por responder Daniel, Emilio!!!!!
He probado con la funcion invisible, pero no me resulta. Mi lista resultante de
mi funcion sale asi:
###################################
$sites
[1] 1 2 3 4
$mean
[1] 60.26818 64.40346 65.99976 66.25882
$sd
[1] 7.0176634 0.9166756 1.0994990 0.0000000
$perm
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 48.48485 63.24111 64.83131 66.25882
[2,] 48.48485 67.24638 67.25641 66.25882
[3,] 65.45455 63.24111 64.83131 66.25882
[4,] 64.50000 64.70899 64.83131 66.25882
[5,] 65.45455 67.24638 67.25641 66.25882
[6,] 65.45455 64.66403 66.89076 66.25882
[7,] 48.48485 67.24638 66.89076 66.25882
[8,] 48.48485 64.70899 67.25641 66.25882
[9,] 48.48485 63.24111 64.83131 66.25882
[10,] 64.50000 63.01994 64.12955 66.25882
attr(,"class")
[1] "taxon.accu"
############# y su estructura es la siguiente
List of 4
$ sites: int [1:4] 1 2 3 4
$ mean : num [1:4] 63.6 64.8 65.7 66.3
$ sd : num [1:4] 7.07 1.31 1.27 0
$ perm : num [1:10, 1:4] 48.5 65.5 48.5 48.5 65.5 ...
- attr(*, "class")= chr "taxon.accu"
###### a diferencia de la funcion "specaccum" cuyo resultado te da
Species Accumulation Curve
Accumulation method: exact
Call: specaccum(comm = data.3)
Sites 1.0000000 2.0000000 3.0 4
Richness 3.0000000 4.0000000 4.5 5
sd 0.7071068 0.5773503 0.5 0
Warning message:
In cor(x > 0) : the standard deviation is zero
####### y su estructura es
List of 6
$ call : language specaccum(comm = data.3)
$ method : chr "exact"
$ sites : int [1:4] 1 2 3 4
$ richness: num [1:4] 3 4 4.5 5
$ sd : num [1:4] 0.707 0.577 0.5 0
$ perm : NULL
- attr(*, "class")= chr "specaccum"
Warning message:
In cor(x > 0) : the standard deviation is zero
###### quiero que el resultado de mi funcion me de una lista similar a la de
specaccum con sites richness, sd acomodados asi como se oberva arriba (uno
debajo del otro sin estar separados por $ y con sus [1] como figura en el mio y
tambien que no aparesca $perm en el resultado ########
#### El cuerpo de la funcion "specaccum" es la que sigue, pero no he
encontrado algun comando que permite hacer estos acomodos, casi al final
introduce la funcion "list" pero sin ningun cambio mas, observen (lo
he sombreado con negrita) ########
{
x <- comm
x <- as.matrix(x)
x <- x[, colSums(x) > 0, drop = FALSE]
n <- nrow(x)
p <- ncol(x)
if (p == 1) {
x <- t(x)
n <- nrow(x)
p <- ncol(x)
}
accumulator <- function(x, ind) {
rowSums(apply(x[ind, ], 2, cumsum) > 0)
}
METHODS <- c("collector", "random",
"exact", "rarefaction",
"coleman")
method <- match.arg(method, METHODS)
specaccum <- sdaccum <- sites <- perm <- NULL
if (n == 1 && method != "rarefaction")
message("No actual accumulation since only 1 site provided")
switch(method, collector = {
sites <- 1:n
specaccum <- accumulator(x, sites)
}, random = {
perm <- array(dim = c(n, permutations))
for (i in 1:permutations) {
perm[, i] <- accumulator(x, sample(n))
}
sites <- 1:n
specaccum <- apply(perm, 1, mean)
sdaccum <- apply(perm, 1, sd)
}, exact = {
freq <- colSums(x > 0)
freq <- freq[freq > 0]
f <- length(freq)
ldiv <- lchoose(n, 1:n)
result <- array(dim = c(n, f))
for (i in 1:n) {
result[i, ] <- ifelse(n - freq < i, 0, exp(lchoose(n -
freq, i) - ldiv[i]))
}
sites <- 1:n
specaccum <- rowSums(1 - result)
if (conditioned) {
V <- result * (1 - result)
tmp1 <- cor(x > 0)
ind <- lower.tri(tmp1)
tmp1 <- tmp1[ind]
tmp1[is.na(tmp1)] <- 0
cv <- numeric(n)
for (i in 1:n) {
tmp2 <- outer(sqrt(V[i, ]), sqrt(V[i, ]))[ind]
cv[i] <- 2 * sum(tmp1 * tmp2)
}
V <- rowSums(V)
sdaccum <- sqrt(V + cv)
} else {
Stot <- specpool(x)[, gamma]
sdaccum1 <- rowSums((1 - result)^2)
sdaccum2 <- specaccum^2/Stot
sdaccum <- sqrt(sdaccum1 - sdaccum2)
}
}, rarefaction = {
freq <- colSums(x)
freq <- freq[freq > 0]
tot <- sum(freq)
ind <- round(seq(tot/n, tot, length = n))
result <- matrix(NA, nrow = 2, ncol = n)
for (i in 1:n) {
result[, i] <- rarefy(t(freq), ind[i], se = TRUE)
}
specaccum <- result[1, ]
sdaccum <- result[2, ]
sites <- ind/tot * n
}, coleman = {
freq <- colSums(x > 0)
result <- array(dim = c(n, p))
for (i in 1:n) {
result[i, ] <- (1 - i/n)^freq
}
result <- 1 - result
sites <- 1:n
specaccum <- apply(result, 1, sum)
sdaccum <- sqrt(apply(result * (1 - result), 1, sum))
})
out <- list(call = match.call(), method = method, sites = sites,
richness = specaccum, sd = sdaccum, perm = perm)
if (method == "rarefaction")
out$individuals <- ind
class(out) <- "specaccum"
out
}
########## Agradezco de antemano su ayuda #####
Gabriel Antonio Trujillo Paucar
Estudiante de Biologia
997603768
> Date: Wed, 5 Dec 2012 15:56:29 -0300
[[elided Hotmail spam]]> From: daniel319@gmail.com
> To: gabriel_enter@hotmail.com
>
> ¿Te has fijado si hay una función para el print de specaccum en el paquete?
>
> Daniel Merino
>
>
> El día 5 de diciembre de 2012 14:31, Gabriel Trujillo Paucar
> <gabriel_enter@hotmail.com> escribió:
> >
[[elided Hotmail spam]]> >
> > Estoy creando una funcion que al final me bote una lista de 4
elementos, pero que solo muestre 3 de ellos parecido a la siguiente funcion ya
creada en R
> >
> > ###########################################
> >
> >>library(vegan)
> >>data(BCI)
> >>specaccum(BCI,method="random")
> >
> > Species Accumulation Curve
> > Accumulation method: exact
> > Call: specaccum(comm = BCI)
> >
> > Sites 1.000000 2.000000 3.000000 4.000000 5.000000 6.000000
> > Richness 90.780000 121.609796 139.045867 150.711568 159.236344
165.8306
> > sd 6.934811 7.193362 7.001993 6.635769 6.248117 5.894738
> >
> > Sites 7.00000 8.000000 9.000000 10.000000 11.000000 12.000000
> > Richness 171.14214 175.553185 179.305613 182.560444 185.429166
187.9914
> > sd 5.59124 5.337029 5.125867 4.950143 4.802556 4.676742
> >
> > Sites 13.000000 14.000000 15.000000 16.000000 17.000000 18.000000
> > Richness 190.305605 192.415490 194.354543 196.148792 197.818788
199.380
> > sd 4.567412 4.470298 4.382021 4.299949 4.222057 4.146805
> >
> > Sites 19.000000 20.000000 21.000000 22.000000 23.000000 24.000000
> > Richness 200.848707 202.232871 203.542501 204.785122 205.967066
207.093
> > sd 4.073037 3.999894 3.926745 3.853133 3.778725 3.703284
> >
> > Sites 25.000000 26.000000 27.000000 28.000000 29.000000 30.000000
> > Richness 208.169590 209.198683 210.184380 211.129646 212.037082
212.908
> > sd 3.626634 3.548645 3.469209 3.388235 3.305631 3.221301
> >
> > Sites 31.000000 32.000000 33.000000 34.000000 35.000000 36.00000
> > Richness 213.747382 214.554104 215.330782 216.078894 216.799782
217.494
> > sd 3.135138 3.047015 2.956781 2.864256 2.769223 2.67142
> >
> > Sites 37.00000 38.000000 39.000000 40.000000 41.000000 42.000000
> > Richness 218.16469 218.810871 219.434176 220.035497 220.615665
221.1754
> > sd 2.57053 2.466167 2.357857 2.245008 2.126874 2.002491
> >
> > Sites 43.000000 44.000000 45.000000 46.000000 47.000000 48.0000000
> > Richness 221.715608 222.236800 222.739685 223.224876 223.692959
224.144
> > sd 1.870578 1.729378 1.576348 1.407647 1.216392 0.9916025
> >
> > Sites 49.0000000 50
> > Richness 224.5800000 225
> > sd 0.6954135 0
> > Warning message:
> > In cor(x > 0) : the standard deviation is zero
> >
> > #####################################################
> > ###### Como se oberva el resultado bota valores de sites, richness y
sd "alineados" uno con el ######otro a cual ####corresponde. Si ponen
la estructura de este objeto tendran
> > #####################################################
> >
> >>str(specaccum(BCI,method="random"))
> >
> > List of 6
> > $ call : language specaccum(comm = BCI, method = "random")
> > $ method : chr "random"
> > $ sites : int [1:50] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
> > $ richness: num [1:50] 91 121 139 151 159 ...
> > $ sd : num [1:50] 6.73 7.02 6.65 6.23 5.14 ...
> > $ perm : num [1:50, 1:100] 94 129 141 156 161 168 173 177 178 181 ...
> > - attr(*, "class")= chr "specaccum"
> >
> > ###################################################
> > ###### Ese objeto resultante es una lista de 6 elementos, sin embargo
cuando lo colocas como resultado no muestra $perm como se observa cuando corres
la funcion "specaccum", solo muestra call, method, sites, richnness,
sd. Asi es como me gustaria poder hacer para mi funcion, y ademas para que los
valores de sites, richnness y sd salgan alineados uno con el otro. Me gustaria
que tipo de saber que tipo de comando podria usar para que cuando corra la
funcion creada no muestre "$perm" y los otro valores salgan alineados.
He revisado el cuerpo de la funcion specaccum y la he puesto parecida a la mia y
no he visto diferencias, tampoco he encontrado algun comando que le ordene a
funcion ocultar el $perm
> >
> > ###################################################
> >
> > Agradezco de antemano su ayuda
> >
> > Gabriel Antonio Trujillo Paucar
> > Estudiante de Biologia
> > 997603768
> >
> >
> > [[alternative HTML version deleted]]
> >
> > _______________________________________________
> > R-help-es mailing list
> > R-help-es@r-project.org
> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
>
> --
> Daniel
[[alternative HTML version deleted]]
La función print.specaccum me parece hace lo que Emilio sugería que
agregaras al final de tu función.
"print.specaccum" <-
function(x, ...)
{
cat("Species Accumulation Curve\n")
cat("Accumulation method:", x$method)
if (x$method == "random") {
cat(", with ", ncol(x$perm), " permutations",
sep="")
}
cat("\n")
cat("Call:", deparse(x$call), "\n\n")
mat <- rbind(Sites = x$sites, Richness = x$richness, sd=x$sd)
colnames(mat) <- rep("", ncol(mat))
print(mat)
invisible(x)
}
No se me ocurre otra cosa, o lo agregas al final de tu función o
respetando la class creas tu propia print.xxx (nunca lo hice).
Daniel Merino
El día 5 de diciembre de 2012 16:57, Gabriel Trujillo Paucar
<gabriel_enter en hotmail.com> escribió:> Gracias por responder Daniel, Emilio!!!!!
>
> He probado con la funcion invisible, pero no me resulta. Mi lista
resultante
> de mi funcion sale asi:
>
> ###################################
>
> $sites
> [1] 1 2 3 4
> $mean
> [1] 60.26818 64.40346 65.99976 66.25882
> $sd
> [1] 7.0176634 0.9166756 1.0994990 0.0000000
> $perm
> [,1] [,2] [,3] [,4]
> [1,] 48.48485 63.24111 64.83131 66.25882
> [2,] 48.48485 67.24638 67.25641 66.25882
> [3,] 65.45455 63.24111 64.83131 66.25882
> [4,] 64.50000 64.70899 64.83131 66.25882
> [5,] 65.45455 67.24638 67.25641 66.25882
> [6,] 65.45455 64.66403 66.89076 66.25882
> [7,] 48.48485 67.24638 66.89076 66.25882
> [8,] 48.48485 64.70899 67.25641 66.25882
> [9,] 48.48485 63.24111 64.83131 66.25882
> [10,] 64.50000 63.01994 64.12955 66.25882
> attr(,"class")
> [1] "taxon.accu"
>
> ############# y su estructura es la siguiente
>
> List of 4
> $ sites: int [1:4] 1 2 3 4
> $ mean : num [1:4] 63.6 64.8 65.7 66.3
> $ sd : num [1:4] 7.07 1.31 1.27 0
> $ perm : num [1:10, 1:4] 48.5 65.5 48.5 48.5 65.5 ...
> - attr(*, "class")= chr "taxon.accu"
>
> ###### a diferencia de la funcion "specaccum" cuyo resultado te
da
>
> Species Accumulation Curve
> Accumulation method: exact
> Call: specaccum(comm = data.3)
>
> Sites 1.0000000 2.0000000 3.0 4
> Richness 3.0000000 4.0000000 4.5 5
> sd 0.7071068 0.5773503 0.5 0
>
> Warning message:
> In cor(x > 0) : the standard deviation is zero
>
> ####### y su estructura es
>
> List of 6
> $ call : language specaccum(comm = data.3)
> $ method : chr "exact"
> $ sites : int [1:4] 1 2 3 4
> $ richness: num [1:4] 3 4 4.5 5
> $ sd : num [1:4] 0.707 0.577 0.5 0
> $ perm : NULL
>
> - attr(*, "class")= chr "specaccum"
> Warning message:
> In cor(x > 0) : the standard deviation is zero
>
> ###### quiero que el resultado de mi funcion me de una lista similar a la
de
> specaccum con sites richness, sd acomodados asi como se oberva arriba (uno
> debajo del otro sin estar separados por $ y con sus [1] como figura en el
> mio y tambien que no aparesca $perm en el resultado ########
>
> #### El cuerpo de la funcion "specaccum" es la que sigue, pero no
he
> encontrado algun comando que permite hacer estos acomodos, casi al final
> introduce la funcion "list" pero sin ningun cambio mas, observen
(lo he
> sombreado con negrita) ########
>
> {
> x <- comm
> x <- as.matrix(x)
> x <- x[, colSums(x) > 0, drop = FALSE]
> n <- nrow(x)
> p <- ncol(x)
> if (p == 1) {
> x <- t(x)
> n <- nrow(x)
> p <- ncol(x)
> }
> accumulator <- function(x, ind) {
> rowSums(apply(x[ind, ], 2, cumsum) > 0)
> }
> METHODS <- c("collector", "random",
"exact", "rarefaction",
> "coleman")
> method <- match.arg(method, METHODS)
> specaccum <- sdaccum <- sites <- perm <- NULL
> if (n == 1 && method != "rarefaction")
> message("No actual accumulation since only 1 site
provided")
> switch(method, collector = {
> sites <- 1:n
> specaccum <- accumulator(x, sites)
> }, random = {
> perm <- array(dim = c(n, permutations))
> for (i in 1:permutations) {
> perm[, i] <- accumulator(x, sample(n))
> }
> sites <- 1:n
> specaccum <- apply(perm, 1, mean)
> sdaccum <- apply(perm, 1, sd)
> }, exact = {
> freq <- colSums(x > 0)
> freq <- freq[freq > 0]
> f <- length(freq)
> ldiv <- lchoose(n, 1:n)
> result <- array(dim = c(n, f))
> for (i in 1:n) {
> result[i, ] <- ifelse(n - freq < i, 0, exp(lchoose(n -
> freq, i) - ldiv[i]))
> }
> sites <- 1:n
> specaccum <- rowSums(1 - result)
> if (conditioned) {
> V <- result * (1 - result)
> tmp1 <- cor(x > 0)
> ind <- lower.tri(tmp1)
> tmp1 <- tmp1[ind]
> tmp1[is.na(tmp1)] <- 0
> cv <- numeric(n)
> for (i in 1:n) {
> tmp2 <- outer(sqrt(V[i, ]), sqrt(V[i, ]))[ind]
> cv[i] <- 2 * sum(tmp1 * tmp2)
> }
> V <- rowSums(V)
> sdaccum <- sqrt(V + cv)
> } else {
> Stot <- specpool(x)[, gamma]
> sdaccum1 <- rowSums((1 - result)^2)
> sdaccum2 <- specaccum^2/Stot
> sdaccum <- sqrt(sdaccum1 - sdaccum2)
> }
> }, rarefaction = {
> freq <- colSums(x)
> freq <- freq[freq > 0]
> tot <- sum(freq)
> ind <- round(seq(tot/n, tot, length = n))
> result <- matrix(NA, nrow = 2, ncol = n)
> for (i in 1:n) {
> result[, i] <- rarefy(t(freq), ind[i], se = TRUE)
> }
> specaccum <- result[1, ]
> sdaccum <- result[2, ]
> sites <- ind/tot * n
> }, coleman = {
> freq <- colSums(x > 0)
> result <- array(dim = c(n, p))
> for (i in 1:n) {
> result[i, ] <- (1 - i/n)^freq
> }
> result <- 1 - result
> sites <- 1:n
> specaccum <- apply(result, 1, sum)
> sdaccum <- sqrt(apply(result * (1 - result), 1, sum))
> })
> out <- list(call = match.call(), method = method, sites = sites,
> richness = specaccum, sd = sdaccum, perm = perm)
> if (method == "rarefaction")
> out$individuals <- ind
> class(out) <- "specaccum"
> out
> }
>
> ########## Agradezco de antemano su ayuda #####
>
>
> Gabriel Antonio Trujillo Paucar
> Estudiante de Biologia
> 997603768
>
>
>
>> Date: Wed, 5 Dec 2012 15:56:29 -0300
>> Subject: Re: [R-es] Saludos!!!
>> From: daniel319 en gmail.com
>> To: gabriel_enter en hotmail.com
>
>>
>> ¿Te has fijado si hay una función para el print de specaccum en el
>> paquete?
>>
>> Daniel Merino
>>
>>
>> El día 5 de diciembre de 2012 14:31, Gabriel Trujillo Paucar
>> <gabriel_enter en hotmail.com> escribió:
>> >
>> > Saludos a todos!!!
>> >
>> > Estoy creando una funcion que al final me bote una lista de 4
elementos,
>> > pero que solo muestre 3 de ellos parecido a la siguiente funcion
ya creada
>> > en R
>> >
>> > ###########################################
>> >
>> >>library(vegan)
>> >>data(BCI)
>> >>specaccum(BCI,method="random")
>> >
>> > Species Accumulation Curve
>> > Accumulation method: exact
>> > Call: specaccum(comm = BCI)
>> >
>> > Sites 1.000000 2.000000 3.000000 4.000000 5.000000 6.000000
>> > Richness 90.780000 121.609796 139.045867 150.711568 159.236344
>> > 165.830621
>> > sd 6.934811 7.193362 7.001993 6.635769 6.248117 5.894738
>> >
>> > Sites 7.00000 8.000000 9.000000 10.000000 11.000000 12.000000
>> > Richness 171.14214 175.553185 179.305613 182.560444 185.429166
>> > 187.991422
>> > sd 5.59124 5.337029 5.125867 4.950143 4.802556 4.676742
>> >
>> > Sites 13.000000 14.000000 15.000000 16.000000 17.000000 18.000000
>> > Richness 190.305605 192.415490 194.354543 196.148792 197.818788
>> > 199.380984
>> > sd 4.567412 4.470298 4.382021 4.299949 4.222057 4.146805
>> >
>> > Sites 19.000000 20.000000 21.000000 22.000000 23.000000 24.000000
>> > Richness 200.848707 202.232871 203.542501 204.785122 205.967066
>> > 207.093696
>> > sd 4.073037 3.999894 3.926745 3.853133 3.778725 3.703284
>> >
>> > Sites 25.000000 26.000000 27.000000 28.000000 29.000000 30.000000
>> > Richness 208.169590 209.198683 210.184380 211.129646 212.037082
>> > 212.908981
>> > sd 3.626634 3.548645 3.469209 3.388235 3.305631 3.221301
>> >
>> > Sites 31.000000 32.000000 33.000000 34.000000 35.000000 36.00000
>> > Richness 213.747382 214.554104 215.330782 216.078894 216.799782
>> > 217.49467
>> > sd 3.135138 3.047015 2.956781 2.864256 2.769223 2.67142
>> >
>> > Sites 37.00000 38.000000 39.000000 40.000000 41.000000 42.000000
>> > Richness 218.16469 218.810871 219.434176 220.035497 220.615665
>> > 221.175459
>> > sd 2.57053 2.466167 2.357857 2.245008 2.126874 2.002491
>> >
>> > Sites 43.000000 44.000000 45.000000 46.000000 47.000000 48.0000000
>> > Richness 221.715608 222.236800 222.739685 223.224876 223.692959
>> > 224.1444898
>> > sd 1.870578 1.729378 1.576348 1.407647 1.216392 0.9916025
>> >
>> > Sites 49.0000000 50
>> > Richness 224.5800000 225
>> > sd 0.6954135 0
>> > Warning message:
>> > In cor(x > 0) : the standard deviation is zero
>> >
>> > #####################################################
>> > ###### Como se oberva el resultado bota valores de sites, richness
y sd
>> > "alineados" uno con el ######otro a cual
####corresponde. Si ponen la
>> > estructura de este objeto tendran
>> > #####################################################
>> >
>> >>str(specaccum(BCI,method="random"))
>> >
>> > List of 6
>> > $ call : language specaccum(comm = BCI, method =
"random")
>> > $ method : chr "random"
>> > $ sites : int [1:50] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
>> > $ richness: num [1:50] 91 121 139 151 159 ...
>> > $ sd : num [1:50] 6.73 7.02 6.65 6.23 5.14 ...
>> > $ perm : num [1:50, 1:100] 94 129 141 156 161 168 173 177 178 181
...
>> > - attr(*, "class")= chr "specaccum"
>> >
>> > ###################################################
>> > ###### Ese objeto resultante es una lista de 6 elementos, sin
embargo
>> > cuando lo colocas como resultado no muestra $perm como se observa
cuando
>> > corres la funcion "specaccum", solo muestra call,
method, sites, richnness,
>> > sd. Asi es como me gustaria poder hacer para mi funcion, y ademas
para que
>> > los valores de sites, richnness y sd salgan alineados uno con el
otro. Me
>> > gustaria que tipo de saber que tipo de comando podria usar para
que cuando
>> > corra la funcion creada no muestre "$perm" y los otro
valores salgan
>> > alineados. He revisado el cuerpo de la funcion specaccum y la he
puesto
>> > parecida a la mia y no he visto diferencias, tampoco he encontrado
algun
>> > comando que le ordene a funcion ocultar el $perm
>> >
>> > ###################################################
>> >
>> > Agradezco de antemano su ayuda
>> >
>> > Gabriel Antonio Trujillo Paucar
>> > Estudiante de Biologia
>> > 997603768
>> >
>> >
>> > [[alternative HTML version deleted]]
>> >
>> > _______________________________________________
>> > R-help-es mailing list
>> > R-help-es en r-project.org
>> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>>
>>
>> --
>> Daniel
--
Daniel
Efectivamente Gabriel, o esto es lo que buscas, o no entiendo el problema:
foo <- function(){
completeList <- list(a = 1:10,
b = letters[1:5],
c = data.frame(y = rnorm(100), y as.factor(rep(1:4, times
= 25))),
d = "Please do not print")
for (i in 1:(length(completeList)-2)){
cat(paste("This is list", i, ":\n"))
print(completeList[[i]])
}
print(summary(completeList[["c"]]))
invisible(completeList)
}
foo()
myVar <- foo()
myVar
Saludos,
Emilio
El día 5 de diciembre de 2012 22:34, daniel <daniel319 en gmail.com>
escribió:> La función print.specaccum me parece hace lo que Emilio sugería que
> agregaras al final de tu función.
>
> "print.specaccum" <-
> function(x, ...)
> {
> cat("Species Accumulation Curve\n")
> cat("Accumulation method:", x$method)
> if (x$method == "random") {
> cat(", with ", ncol(x$perm), " permutations",
sep="")
> }
> cat("\n")
> cat("Call:", deparse(x$call), "\n\n")
> mat <- rbind(Sites = x$sites, Richness = x$richness, sd=x$sd)
> colnames(mat) <- rep("", ncol(mat))
> print(mat)
> invisible(x)
> }
>
>
> No se me ocurre otra cosa, o lo agregas al final de tu función o
> respetando la class creas tu propia print.xxx (nunca lo hice).
>
> Daniel Merino
>
> El día 5 de diciembre de 2012 16:57, Gabriel Trujillo Paucar
> <gabriel_enter en hotmail.com> escribió:
>> Gracias por responder Daniel, Emilio!!!!!
>>
>> He probado con la funcion invisible, pero no me resulta. Mi lista
resultante
>> de mi funcion sale asi:
>>
>> ###################################
>>
>> $sites
>> [1] 1 2 3 4
>> $mean
>> [1] 60.26818 64.40346 65.99976 66.25882
>> $sd
>> [1] 7.0176634 0.9166756 1.0994990 0.0000000
>> $perm
>> [,1] [,2] [,3] [,4]
>> [1,] 48.48485 63.24111 64.83131 66.25882
>> [2,] 48.48485 67.24638 67.25641 66.25882
>> [3,] 65.45455 63.24111 64.83131 66.25882
>> [4,] 64.50000 64.70899 64.83131 66.25882
>> [5,] 65.45455 67.24638 67.25641 66.25882
>> [6,] 65.45455 64.66403 66.89076 66.25882
>> [7,] 48.48485 67.24638 66.89076 66.25882
>> [8,] 48.48485 64.70899 67.25641 66.25882
>> [9,] 48.48485 63.24111 64.83131 66.25882
>> [10,] 64.50000 63.01994 64.12955 66.25882
>> attr(,"class")
>> [1] "taxon.accu"
>>
>> ############# y su estructura es la siguiente
>>
>> List of 4
>> $ sites: int [1:4] 1 2 3 4
>> $ mean : num [1:4] 63.6 64.8 65.7 66.3
>> $ sd : num [1:4] 7.07 1.31 1.27 0
>> $ perm : num [1:10, 1:4] 48.5 65.5 48.5 48.5 65.5 ...
>> - attr(*, "class")= chr "taxon.accu"
>>
>> ###### a diferencia de la funcion "specaccum" cuyo resultado
te da
>>
>> Species Accumulation Curve
>> Accumulation method: exact
>> Call: specaccum(comm = data.3)
>>
>> Sites 1.0000000 2.0000000 3.0 4
>> Richness 3.0000000 4.0000000 4.5 5
>> sd 0.7071068 0.5773503 0.5 0
>>
>> Warning message:
>> In cor(x > 0) : the standard deviation is zero
>>
>> ####### y su estructura es
>>
>> List of 6
>> $ call : language specaccum(comm = data.3)
>> $ method : chr "exact"
>> $ sites : int [1:4] 1 2 3 4
>> $ richness: num [1:4] 3 4 4.5 5
>> $ sd : num [1:4] 0.707 0.577 0.5 0
>> $ perm : NULL
>>
>> - attr(*, "class")= chr "specaccum"
>> Warning message:
>> In cor(x > 0) : the standard deviation is zero
>>
>> ###### quiero que el resultado de mi funcion me de una lista similar a
la de
>> specaccum con sites richness, sd acomodados asi como se oberva arriba
(uno
>> debajo del otro sin estar separados por $ y con sus [1] como figura en
el
>> mio y tambien que no aparesca $perm en el resultado ########
>>
>> #### El cuerpo de la funcion "specaccum" es la que sigue,
pero no he
>> encontrado algun comando que permite hacer estos acomodos, casi al
final
>> introduce la funcion "list" pero sin ningun cambio mas,
observen (lo he
>> sombreado con negrita) ########
>>
>> {
>> x <- comm
>> x <- as.matrix(x)
>> x <- x[, colSums(x) > 0, drop = FALSE]
>> n <- nrow(x)
>> p <- ncol(x)
>> if (p == 1) {
>> x <- t(x)
>> n <- nrow(x)
>> p <- ncol(x)
>> }
>> accumulator <- function(x, ind) {
>> rowSums(apply(x[ind, ], 2, cumsum) > 0)
>> }
>> METHODS <- c("collector", "random",
"exact", "rarefaction",
>> "coleman")
>> method <- match.arg(method, METHODS)
>> specaccum <- sdaccum <- sites <- perm <- NULL
>> if (n == 1 && method != "rarefaction")
>> message("No actual accumulation since only 1 site
provided")
>> switch(method, collector = {
>> sites <- 1:n
>> specaccum <- accumulator(x, sites)
>> }, random = {
>> perm <- array(dim = c(n, permutations))
>> for (i in 1:permutations) {
>> perm[, i] <- accumulator(x, sample(n))
>> }
>> sites <- 1:n
>> specaccum <- apply(perm, 1, mean)
>> sdaccum <- apply(perm, 1, sd)
>> }, exact = {
>> freq <- colSums(x > 0)
>> freq <- freq[freq > 0]
>> f <- length(freq)
>> ldiv <- lchoose(n, 1:n)
>> result <- array(dim = c(n, f))
>> for (i in 1:n) {
>> result[i, ] <- ifelse(n - freq < i, 0, exp(lchoose(n
-
>> freq, i) - ldiv[i]))
>> }
>> sites <- 1:n
>> specaccum <- rowSums(1 - result)
>> if (conditioned) {
>> V <- result * (1 - result)
>> tmp1 <- cor(x > 0)
>> ind <- lower.tri(tmp1)
>> tmp1 <- tmp1[ind]
>> tmp1[is.na(tmp1)] <- 0
>> cv <- numeric(n)
>> for (i in 1:n) {
>> tmp2 <- outer(sqrt(V[i, ]), sqrt(V[i, ]))[ind]
>> cv[i] <- 2 * sum(tmp1 * tmp2)
>> }
>> V <- rowSums(V)
>> sdaccum <- sqrt(V + cv)
>> } else {
>> Stot <- specpool(x)[, gamma]
>> sdaccum1 <- rowSums((1 - result)^2)
>> sdaccum2 <- specaccum^2/Stot
>> sdaccum <- sqrt(sdaccum1 - sdaccum2)
>> }
>> }, rarefaction = {
>> freq <- colSums(x)
>> freq <- freq[freq > 0]
>> tot <- sum(freq)
>> ind <- round(seq(tot/n, tot, length = n))
>> result <- matrix(NA, nrow = 2, ncol = n)
>> for (i in 1:n) {
>> result[, i] <- rarefy(t(freq), ind[i], se = TRUE)
>> }
>> specaccum <- result[1, ]
>> sdaccum <- result[2, ]
>> sites <- ind/tot * n
>> }, coleman = {
>> freq <- colSums(x > 0)
>> result <- array(dim = c(n, p))
>> for (i in 1:n) {
>> result[i, ] <- (1 - i/n)^freq
>> }
>> result <- 1 - result
>> sites <- 1:n
>> specaccum <- apply(result, 1, sum)
>> sdaccum <- sqrt(apply(result * (1 - result), 1, sum))
>> })
>> out <- list(call = match.call(), method = method, sites = sites,
>> richness = specaccum, sd = sdaccum, perm = perm)
>> if (method == "rarefaction")
>> out$individuals <- ind
>> class(out) <- "specaccum"
>> out
>> }
>>
>> ########## Agradezco de antemano su ayuda #####
>>
>>
>> Gabriel Antonio Trujillo Paucar
>> Estudiante de Biologia
>> 997603768
>>
>>
>>
>>> Date: Wed, 5 Dec 2012 15:56:29 -0300
>>> Subject: Re: [R-es] Saludos!!!
>>> From: daniel319 en gmail.com
>>> To: gabriel_enter en hotmail.com
>>
>>>
>>> ¿Te has fijado si hay una función para el print de specaccum en el
>>> paquete?
>>>
>>> Daniel Merino
>>>
>>>
>>> El día 5 de diciembre de 2012 14:31, Gabriel Trujillo Paucar
>>> <gabriel_enter en hotmail.com> escribió:
>>> >
>>> > Saludos a todos!!!
>>> >
>>> > Estoy creando una funcion que al final me bote una lista de 4
elementos,
>>> > pero que solo muestre 3 de ellos parecido a la siguiente
funcion ya creada
>>> > en R
>>> >
>>> > ###########################################
>>> >
>>> >>library(vegan)
>>> >>data(BCI)
>>> >>specaccum(BCI,method="random")
>>> >
>>> > Species Accumulation Curve
>>> > Accumulation method: exact
>>> > Call: specaccum(comm = BCI)
>>> >
>>> > Sites 1.000000 2.000000 3.000000 4.000000 5.000000 6.000000
>>> > Richness 90.780000 121.609796 139.045867 150.711568 159.236344
>>> > 165.830621
>>> > sd 6.934811 7.193362 7.001993 6.635769 6.248117 5.894738
>>> >
>>> > Sites 7.00000 8.000000 9.000000 10.000000 11.000000 12.000000
>>> > Richness 171.14214 175.553185 179.305613 182.560444 185.429166
>>> > 187.991422
>>> > sd 5.59124 5.337029 5.125867 4.950143 4.802556 4.676742
>>> >
>>> > Sites 13.000000 14.000000 15.000000 16.000000 17.000000
18.000000
>>> > Richness 190.305605 192.415490 194.354543 196.148792
197.818788
>>> > 199.380984
>>> > sd 4.567412 4.470298 4.382021 4.299949 4.222057 4.146805
>>> >
>>> > Sites 19.000000 20.000000 21.000000 22.000000 23.000000
24.000000
>>> > Richness 200.848707 202.232871 203.542501 204.785122
205.967066
>>> > 207.093696
>>> > sd 4.073037 3.999894 3.926745 3.853133 3.778725 3.703284
>>> >
>>> > Sites 25.000000 26.000000 27.000000 28.000000 29.000000
30.000000
>>> > Richness 208.169590 209.198683 210.184380 211.129646
212.037082
>>> > 212.908981
>>> > sd 3.626634 3.548645 3.469209 3.388235 3.305631 3.221301
>>> >
>>> > Sites 31.000000 32.000000 33.000000 34.000000 35.000000
36.00000
>>> > Richness 213.747382 214.554104 215.330782 216.078894
216.799782
>>> > 217.49467
>>> > sd 3.135138 3.047015 2.956781 2.864256 2.769223 2.67142
>>> >
>>> > Sites 37.00000 38.000000 39.000000 40.000000 41.000000
42.000000
>>> > Richness 218.16469 218.810871 219.434176 220.035497 220.615665
>>> > 221.175459
>>> > sd 2.57053 2.466167 2.357857 2.245008 2.126874 2.002491
>>> >
>>> > Sites 43.000000 44.000000 45.000000 46.000000 47.000000
48.0000000
>>> > Richness 221.715608 222.236800 222.739685 223.224876
223.692959
>>> > 224.1444898
>>> > sd 1.870578 1.729378 1.576348 1.407647 1.216392 0.9916025
>>> >
>>> > Sites 49.0000000 50
>>> > Richness 224.5800000 225
>>> > sd 0.6954135 0
>>> > Warning message:
>>> > In cor(x > 0) : the standard deviation is zero
>>> >
>>> > #####################################################
>>> > ###### Como se oberva el resultado bota valores de sites,
richness y sd
>>> > "alineados" uno con el ######otro a cual
####corresponde. Si ponen la
>>> > estructura de este objeto tendran
>>> > #####################################################
>>> >
>>> >>str(specaccum(BCI,method="random"))
>>> >
>>> > List of 6
>>> > $ call : language specaccum(comm = BCI, method =
"random")
>>> > $ method : chr "random"
>>> > $ sites : int [1:50] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
>>> > $ richness: num [1:50] 91 121 139 151 159 ...
>>> > $ sd : num [1:50] 6.73 7.02 6.65 6.23 5.14 ...
>>> > $ perm : num [1:50, 1:100] 94 129 141 156 161 168 173 177 178
181 ...
>>> > - attr(*, "class")= chr "specaccum"
>>> >
>>> > ###################################################
>>> > ###### Ese objeto resultante es una lista de 6 elementos, sin
embargo
>>> > cuando lo colocas como resultado no muestra $perm como se
observa cuando
>>> > corres la funcion "specaccum", solo muestra call,
method, sites, richnness,
>>> > sd. Asi es como me gustaria poder hacer para mi funcion, y
ademas para que
>>> > los valores de sites, richnness y sd salgan alineados uno con
el otro. Me
>>> > gustaria que tipo de saber que tipo de comando podria usar
para que cuando
>>> > corra la funcion creada no muestre "$perm" y los
otro valores salgan
>>> > alineados. He revisado el cuerpo de la funcion specaccum y la
he puesto
>>> > parecida a la mia y no he visto diferencias, tampoco he
encontrado algun
>>> > comando que le ordene a funcion ocultar el $perm
>>> >
>>> > ###################################################
>>> >
>>> > Agradezco de antemano su ayuda
>>> >
>>> > Gabriel Antonio Trujillo Paucar
>>> > Estudiante de Biologia
>>> > 997603768
>>> >
>>> >
>>> > [[alternative HTML version deleted]]
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Emilio L. Cano
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