Manuel Spínola
2012-Jun-14 13:40 UTC
[R-es] Líneas conectando medias en gráfico producido por plot.eff
Estimados miembros de la lista, Cuando se realiza un gráfico con la función plot.eff para una modelo lineal (lm) con un factor, las medias y los intervalos de confianza se muestran conectados por una línea, lo que no creo que sea apropiado. ¿Es posible eliminar estas líneas (ver ejemplo)? library(datasets) library(effects) data(iris) LM <- lm(Sepal.Length ~ Species, data=iris) plot(effect(term="Species",mod=LM)) Muchas gracias. -- *Manuel Spínola, Ph.D.* Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre Universidad Nacional Apartado 1350-3000 Heredia COSTA RICA mspinola@una.ac.cr mspinola10@gmail.com Teléfono: (506) 2277-3598 Fax: (506) 2237-7036 Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site/lobitoderio/> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/> [[alternative HTML version deleted]]
Carlos Ortega
2012-Jun-17 20:10 UTC
[R-es] Líneas conectando medias en gráfico producido por plot.eff
Hola,
No he visto que plot.eff() incluya ningún parametro para controlar la
presencia de las líneas uniendo los puntos.
Pero puedes construir un gráfico sin esas líneas a partir de los valores
que proporciona el effect().
Esta puede ser una aproximación que puedes convertir en función:
################################
eff.val <- effect(term="Species",mod=LM)
lev.val <- eff.val$variables[[1]]$levels
x.nam.val <- eff.val$variables[[1]]$name
y.nam.val <- eff.val$response
fit.val <- eff.val$fit
up.val <- eff.val$upper
lo.val <- eff.val$lower
plot(
fit.val, axes=F
,xlab=x.nam.val
,ylab=y.nam.val
,main=paste(x.nam.val, " effect plot")
,ylim=c(0.90*min(fit.val), 1.10*max(fit.val) )
,col.lab="blue"
,col="orange"
,bg="orange"
,pch=16
,font.lab=2
)
axis(1, at=1:length(fit.val), labels=lev.val)
axis(2)
box()
points(up.val, col="red", pch=25, cex=0.5)
points(lo.val, col="red", pch=24, cex=0.5)
################################
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
El 14 de junio de 2012 15:40, Manuel Spínola
<mspinola10@gmail.com>escribió:
> Estimados miembros de la lista,
>
> Cuando se realiza un gráfico con la función plot.eff para una modelo lineal
> (lm) con un factor, las medias y los intervalos de confianza se muestran
> conectados por una línea, lo que no creo que sea apropiado. ¿Es posible
> eliminar estas líneas (ver ejemplo)?
>
> library(datasets)
> library(effects)
> data(iris)
> LM <- lm(Sepal.Length ~ Species, data=iris)
> plot(effect(term="Species",mod=LM))
>
> Muchas gracias.
>
> --
> *Manuel Spínola, Ph.D.*
> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
> Universidad Nacional
> Apartado 1350-3000
> Heredia
> COSTA RICA
> mspinola@una.ac.cr
> mspinola10@gmail.com
> Teléfono: (506) 2277-3598
> Fax: (506) 2237-7036
> Personal website: Lobito de río <
> https://sites.google.com/site/lobitoderio/>
> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
--
Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es
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Manuel Spínola
2012-Jun-26 13:20 UTC
[R-es] Líneas conectando medias en gráfico producido por plot.eff
Muchas gracias Carlos. Manuel El 17 de junio de 2012 14:10, Carlos Ortega <cof@qualityexcellence.es>escribió:> Hola, > > No he visto que plot.eff() incluya ningún parametro para controlar la > presencia de las líneas uniendo los puntos. > Pero puedes construir un gráfico sin esas líneas a partir de los valores > que proporciona el effect(). > > Esta puede ser una aproximación que puedes convertir en función: > > ################################ > eff.val <- effect(term="Species",mod=LM) > lev.val <- eff.val$variables[[1]]$levels > x.nam.val <- eff.val$variables[[1]]$name > y.nam.val <- eff.val$response > fit.val <- eff.val$fit > up.val <- eff.val$upper > lo.val <- eff.val$lower > > plot( > fit.val, axes=F > ,xlab=x.nam.val > ,ylab=y.nam.val > ,main=paste(x.nam.val, " effect plot") > ,ylim=c(0.90*min(fit.val), 1.10*max(fit.val) ) > ,col.lab="blue" > ,col="orange" > ,bg="orange" > ,pch=16 > ,font.lab=2 > ) > axis(1, at=1:length(fit.val), labels=lev.val) > axis(2) > box() > points(up.val, col="red", pch=25, cex=0.5) > points(lo.val, col="red", pch=24, cex=0.5) > ################################ > > > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es > > El 14 de junio de 2012 15:40, Manuel Spínola <mspinola10@gmail.com>escribió: > >> Estimados miembros de la lista, >> >> Cuando se realiza un gráfico con la función plot.eff para una modelo >> lineal >> (lm) con un factor, las medias y los intervalos de confianza se muestran >> conectados por una línea, lo que no creo que sea apropiado. ¿Es posible >> eliminar estas líneas (ver ejemplo)? >> >> library(datasets) >> library(effects) >> data(iris) >> LM <- lm(Sepal.Length ~ Species, data=iris) >> plot(effect(term="Species",mod=LM)) >> >> Muchas gracias. >> >> -- >> *Manuel Spínola, Ph.D.* >> >> Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre >> Universidad Nacional >> Apartado 1350-3000 >> Heredia >> COSTA RICA >> mspinola@una.ac.cr >> mspinola10@gmail.com >> Teléfono: (506) 2277-3598 >> Fax: (506) 2237-7036 >> Personal website: Lobito de río < >> https://sites.google.com/site/lobitoderio/> >> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/> >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es@r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >> > > > -- > Saludos, > Carlos Ortega > www.qualityexcellence.es >-- *Manuel Spínola, Ph.D.* Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre Universidad Nacional Apartado 1350-3000 Heredia COSTA RICA mspinola@una.ac.cr mspinola10@gmail.com Teléfono: (506) 2277-3598 Fax: (506) 2237-7036 Personal website: Lobito de río <https://sites.google.com/site/lobitoderio/> Institutional website: ICOMVIS <http://www.icomvis.una.ac.cr/> [[alternative HTML version deleted]]