R help es - Nov 2011 - Queridos amigos, estoy en un problema :), se trata de lo siguiente ... necesito compara dos poblaciones de datos de la forma mas simple, con un analisis de varianza de un factor o una via ...

Queridos amigos, estoy en un problema :), se trata de lo siguiente ...
necesito compara dos poblaciones de datos de la forma mas simple, con un
analisis de varianza de un factor o una via ... el problema es que los
datos provienen de un citometro y estan en el formato .FCS ... ya pude leer
los datos usando del formato propietario .FCS usando "read.FCS" que
viene
dentro de alguno de los paquetes que se instalan con BIOCONDUCTOR ... el
problema es que la estructura de datos de un archivo .FCS es del tipo
flowFrame y no se como utilizar esa estructura para hacer el analisis de
varianza ... incluso si quiero utilizar los tipicos comandos boxplot(...) u
otro para graficar no se puede y hay que utilizar los propios de
bioconductor para lidiar con ese tipo de archivos ... a la fecha he logrado
hacer los graficos pero no he encontrado como hacer un analisis de varianza
utilizando este tipo de archivos ... he tratado de exportar los datos a
archivos de texto o a matrices pero siempre obtengo el error de que la
estructura de datos es incompatible (o algo asi) ... lo mas parecido que he
encontrado en la literatura es comparaciones multiples utilizando
microarrays, pero tratando de adaptar esas ideas a mis tipos de datos no me
ha ido bien :) ... alguna idea por favor??

Muchas gracias,

Saludos de un agradecido de la existencia de esta comunidad :)

Eric.






-- 
Nota: las tildes se han omitido para evitar conflictos con algunos lectores
de correo.

* Un economista es un experto que sabrá mañana por qué las cosas que predijo
ayer no han sucedido hoy (Laurence Peter).

* SATYÂT NÂSTI PARO DHARMAH

	[[alternative HTML version deleted]]

Hola,

Parece que el problema que tienes se ha reportado ya a la comunidad de
Bioconductor, aunque no he visto continuidad en la conversación con alguien
que  diera alguna posible solución/alternativa:
https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2010-April/032802.html

Pero, aquí (al final de la página):
http://research.stowers-institute.org/efg/ScientificSoftware/Utility/FCSExtract/#Alternative

he visto una alternativa:

*R Alternative to FCSExtract *(6 Oct 2005)

The recent book, *Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using
R and Bioconductor <http://www.bioconductor.org/mogr/>*, briefly discusses
an alternative Bioconductor <http://www.bioconductor.org/download>
solution,
which allows reading FCS files directly in R.  Section 5.3.3 of the book,
"FCS format," briefly discusses the FCS file format, but I found the
package facsDorit used the *prada* package, which did most of the work.
[facsDorit was a bit hard to find.  It can be downloaded as part of the
DFKZ FACS example data at the bottom of this
page<http://www.bioconductor.org/mogr/>].
  Section 5.4.1, "Visualization at the level of individual cells,"
shows
the *prada* package, and how to fit a bivariate normal distribution to a 2D
scatterplot
<http://www.bioconductor.org/repository/devel/vignette/norm2.pdf>by
Florian Hahne.

I have not yet tested the *prada* package directly with our data, but I
modified their
examples<http://research.stowers-institute.org/efg/R/Packages/prada/FCS-prada.pdf>
somewhat
and think the bivariate fit may be a good way to select FCS data of
interest.  Here''s my R Code to exercise the prada
package<http://research.stowers-institute.org/efg/R/Packages/prada/FCS-prada.R>
.
------------------------------------------------------------

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es

El 10 de noviembre de 2011 15:46, Eric <ericconchamunoz@gmail.com>
escribió:
> Queridos amigos, estoy en un problema :), se trata de lo siguiente ...
> necesito compara dos poblaciones de datos de la forma mas simple, con un
> analisis de varianza de un factor o una via ... el problema es que los
> datos provienen de un citometro y estan en el formato .FCS ... ya pude leer
> los datos usando del formato propietario .FCS usando "read.FCS"
que viene
> dentro de alguno de los paquetes que se instalan con BIOCONDUCTOR ... el
> problema es que la estructura de datos de un archivo .FCS es del tipo
> flowFrame y no se como utilizar esa estructura para hacer el analisis de
> varianza ... incluso si quiero utilizar los tipicos comandos boxplot(...) u
> otro para graficar no se puede y hay que utilizar los propios de
> bioconductor para lidiar con ese tipo de archivos ... a la fecha he logrado
> hacer los graficos pero no he encontrado como hacer un analisis de varianza
> utilizando este tipo de archivos ... he tratado de exportar los datos a
> archivos de texto o a matrices pero siempre obtengo el error de que la
> estructura de datos es incompatible (o algo asi) ... lo mas parecido que he
> encontrado en la literatura es comparaciones multiples utilizando
> microarrays, pero tratando de adaptar esas ideas a mis tipos de datos no me
> ha ido bien :) ... alguna idea por favor??
>
> Muchas gracias,
>
> Saludos de un agradecido de la existencia de esta comunidad :)
>
> Eric.
>
>
>
>
>
>
> --
> Nota: las tildes se han omitido para evitar conflictos con algunos lectores
> de correo.
>
> * Un economista es un experto que sabrá mañana por qué las cosas que
> predijo
> ayer no han sucedido hoy (Laurence Peter).
>
> * SATYÂT NÂSTI PARO DHARMAH
>
>        [[alternative HTML version deleted]]
>
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
	[[alternative HTML version deleted]]

Hola a todos,

Como recuerdo siempre, por favor prestad atenci''on al asunto del email.
Tiene que ser conciso, claro y referido a la pregunta.

Gracias, un saludo
Patricia



El 10 de noviembre de 2011 15:46, Eric <ericconchamunoz@gmail.com>
escribió:
> Queridos amigos, estoy en un problema :), se trata de lo siguiente ...
> necesito compara dos poblaciones de datos de la forma mas simple, con un
> analisis de varianza de un factor o una via ... el problema es que los
> datos provienen de un citometro y estan en el formato .FCS ... ya pude leer
> los datos usando del formato propietario .FCS usando "read.FCS"
que viene
> dentro de alguno de los paquetes que se instalan con BIOCONDUCTOR ... el
> problema es que la estructura de datos de un archivo .FCS es del tipo
> flowFrame y no se como utilizar esa estructura para hacer el analisis de
> varianza ... incluso si quiero utilizar los tipicos comandos boxplot(...) u
> otro para graficar no se puede y hay que utilizar los propios de
> bioconductor para lidiar con ese tipo de archivos ... a la fecha he logrado
> hacer los graficos pero no he encontrado como hacer un analisis de varianza
> utilizando este tipo de archivos ... he tratado de exportar los datos a
> archivos de texto o a matrices pero siempre obtengo el error de que la
> estructura de datos es incompatible (o algo asi) ... lo mas parecido que he
> encontrado en la literatura es comparaciones multiples utilizando
> microarrays, pero tratando de adaptar esas ideas a mis tipos de datos no me
> ha ido bien :) ... alguna idea por favor??
>
> Muchas gracias,
>
> Saludos de un agradecido de la existencia de esta comunidad :)
>
> Eric.
>
>
>
>
>
>
> --
> Nota: las tildes se han omitido para evitar conflictos con algunos lectores
> de correo.
>
> * Un economista es un experto que sabrá mañana por qué las cosas que
> predijo
> ayer no han sucedido hoy (Laurence Peter).
>
> * SATYÂT NÂSTI PARO DHARMAH
>
>        [[alternative HTML version deleted]]
>
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es@r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>

-- 
Patricia García González

	[[alternative HTML version deleted]]