R help es - Mar 2011 - graficar glmm ( lmer)

From: matutetote@hotmail.com
To: r-help-es-request@r-project.org
Subject: graficar glmm ( lmer)
Date: Sun, 6 Mar 2011 12:33:57 +0000




Hola a todos!
 
Estoy analizando el resultado de un ensayo ecotoxicológico en donde  estudié el
efecto de sedimento contaminado con 8 concentraciones en un amphipodo
(crustaceo).
Debido a que la variable de interes presenta una distribucion binomial (adultos
y no adultos) y a que tengo cuatro replicas empezadas en distintos dias he
utilizado un glmm con el paquete (4lmer).
 
La pregunta es si alguien sabe como graficar ésto o dodnde se puede encontrar
informacion de como hacerlo. He visto algo en "Mixed Effects Models and
Extension in Ecology with R" pero los ej son para el paquete PQLglmm y no
he logrado hacerlo para mi ejemplo.
 
Gracias / Matias.
 
tfaf1<-lmer(cbind(adultfem,totalfem-adultfem)~concentration+(concentration|fserie),family=binomial,data=dat.tfm)
> summary(tfaf1)
Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation 
Formula: cbind(adultfem, totalfem - adultfem) ~ concentration + (concentration |
fserie)
   Data: dat.tfm 
  AIC   BIC logLik deviance
 99.4 106.7  -44.7     89.4
Random effects:
 Groups Name          Variance Std.Dev. Corr   
 fserie (Intercept)   0.10781  0.32835         
        concentration 0.10652  0.32638  -1.000 
Number of obs: 32, groups: fserie, 4
Fixed effects:
              Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)   
(Intercept)     1.1106     0.3402   3.264  0.00110 **
concentration  -0.4428     0.2008  -2.206  0.02741 * 
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 
Correlation of Fixed Effects:
            (Intr)
concentratn -0.866
 

 
 
 
 

 		 	   		  
	[[alternative HTML version deleted]]

Hola,

No sé muy bien lo que quieres representar, si el resultado del ajuste, o la
existencia de dos distribuciones inciales...

En el manual de referencia de lme4, aparecen analizados varios datasets
utilizando diferentes funciones gráficas. Fundamentalmente las de lattice
(xyplot, densityplot).
Puedes mirar en alguno de estos ejemplos por si coincide con lo que quieres
ver tú.

http://cran.at.r-project.org/web/packages/lme4/lme4.pdf

Saludos,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es




2011/3/16 Matias Ledesma <matutetote@hotmail.com>
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> From: matutetote@hotmail.com
> To: r-help-es-request@r-project.org
> Subject: graficar glmm ( lmer)
> Date: Sun, 6 Mar 2011 12:33:57 +0000
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> Hola a todos!
>
> Estoy analizando el resultado de un ensayo ecotoxicológico en donde
>  estudié el efecto de sedimento contaminado con 8 concentraciones en un
> amphipodo (crustaceo).
> Debido a que la variable de interes presenta una distribucion binomial
> (adultos y no adultos) y a que tengo cuatro replicas empezadas en distintos
> dias he utilizado un glmm con el paquete (4lmer).
>
> La pregunta es si alguien sabe como graficar ésto o dodnde se puede
> encontrar informacion de como hacerlo. He visto algo en "Mixed Effects
> Models and Extension in Ecology with R" pero los ej son para el
paquete
> PQLglmm y no he logrado hacerlo para mi ejemplo.
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> Gracias / Matias.
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>
tfaf1<-lmer(cbind(adultfem,totalfem-adultfem)~concentration+(concentration|fserie),family=binomial,data=dat.tfm)
> > summary(tfaf1)
>
> Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation
> Formula: cbind(adultfem, totalfem - adultfem) ~ concentration +
> (concentration |      fserie)
>   Data: dat.tfm
>  AIC   BIC logLik deviance
>  99.4 106.7  -44.7     89.4
> Random effects:
>  Groups Name          Variance Std.Dev. Corr
>  fserie (Intercept)   0.10781  0.32835
>        concentration 0.10652  0.32638  -1.000
> Number of obs: 32, groups: fserie, 4
> Fixed effects:
>              Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
> (Intercept)     1.1106     0.3402   3.264  0.00110 **
> concentration  -0.4428     0.2008  -2.206  0.02741 *
> ---
> Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
> Correlation of Fixed Effects:
>            (Intr)
> concentratn -0.866
>
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