Hola, en la misma definici?n de la funci?n: # P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation) # the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill is < 1) p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv) Un saludo, Jorge On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot escribi?:> Hola Jaume: > > Si miras el c?digo de biovars() ver?s que la variable bio15 (el > coeficiente de variaci?n de la precipitaci?n) la obtiene sumando > previamente 1 a "prec": > > p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv) > > > Es decir, en tu caso, > > > cv(prec+1) > > [1] 109.9637 > > Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que > > > cv(prec) > > [1] 112.5923 > > coincide con tu c?lculo manual. > > En la p?gina web de WorldClim, donde definieron originalmente esta > variable no he encontrado una explicaci?n de este sumatorio, pero > tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los art?culos en los que > se describe esta base de datos den raz?n de este sumatorio. > > Saludos, > > Marcelino > > El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribi?: > > Estimados erreros, > > > > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo ( > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un coeficiente > > de > > variaci?n. Os pongo un ejemplo: > > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura m?nima media > > mensual de un a?o > > tmax <- tmin + 5 # temperatura m?xima media mensual de un a?o > > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitaci?n media mensual > > de un a?o > > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables > > relevantes para la distribuci?n de especies. > > > > #El resultado es: > > bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10 > > > > bio11 > > [1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5 > > 13.83333 > > > > bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19 > > > > [1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2 > > > > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variaci?n de la > > > > precipitaci?n, pero no me da lo que yo esperaba que me diera: > >> (sd(prec)/mean(prec))*100 > > > > [1] *112.5923* > > > > ?Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variaci?n? Me estoy > > perdiendo > > algo. En el manual del paquete ( > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica como > > calcula el indice de variaci?n ?Hay alguna forma de rebuscar en dentro de > > biovars para saber que est? haciendo? > > > > Muchas gracias.-- -- Jorge Virto Moreno Dpt. Economia Aplicada III Facultad de Econom?a y Empresa UPV-EHU Avda. Lehendakari Agirre, 83 48015 Bilbao Spain Tel: 94 601 3851 Fax: 94 601 3754 eman ta zabal zazu _ _ | \___ |___\-\_ | ___] __ | | | [_ __ [_ |_| | |__ _] [_ |___] / | [_ | ______/ |___ \__| | | | |______| Universidad del Pa?s Vasco Euskal Herriko Unibertsitatea [[alternative HTML version deleted]]
Hola Jorge y Marcelino, Muchas gracias a los dos. Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una función? Gracias de nuevo. Jaume. El 19 de junio de 2018, 13:16, Jorge Virto <jorge.virto en ehu.es> escribió:> Hola, > > > > en la misma definición de la función: > > > > # P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation) > > # the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill is < 1) > > p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv) > > > Un saludo, > > Jorge > > > > On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot escribió: > > > Hola Jaume: > > > > > > Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el > > > coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando > > > previamente 1 a "prec": > > > > > > p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv) > > > > > > > > > Es decir, en tu caso, > > > > > > > cv(prec+1) > > > > > > [1] 109.9637 > > > > > > Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que > > > > > > > cv(prec) > > > > > > [1] 112.5923 > > > > > > coincide con tu cálculo manual. > > > > > > En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta > > > variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero > > > tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en los que > > > se describe esta base de datos den razón de este sumatorio. > > > > > > Saludos, > > > > > > Marcelino > > > > > > El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió: > > > > Estimados erreros, > > > > > > > > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo ( > > > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html) un > coeficiente > > > > de > > > > variación. Os pongo un ejemplo: > > > > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura mínima > media > > > > mensual de un año > > > > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año > > > > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación media > mensual > > > > de un año > > > > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de variables > > > > relevantes para la distribución de especies. > > > > > > > > #El resultado es: > > > > bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10 > > > > > > > > bio11 > > > > [1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5 > > > > 13.83333 > > > > > > > > bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19 > > > > > > > > [1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2 > > > > > > > > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la > > > > > > > > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera: > > > >> (sd(prec)/mean(prec))*100 > > > > > > > > [1] *112.5923* > > > > > > > > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy > > > > perdiendo > > > > algo. En el manual del paquete ( > > > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf), no explica > como > > > > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar en dentro > de > > > > biovars para saber que está haciendo? > > > > > > > > Muchas gracias. > > -- > > -- > > Jorge Virto Moreno > > Dpt. Economia Aplicada III > > Facultad de Economía y Empresa UPV-EHU > > Avda. Lehendakari Agirre, 83 > > 48015 Bilbao > > Spain > > Tel: 94 601 3851 > > Fax: 94 601 3754 > > > > eman ta zabal zazu > > _ _ > > | \___ |___\-\_ > > | ___] __ | | > > | [_ __ [_ |_| | > > |__ _] [_ |___] / > > | [_ | ______/ > > |___ \__| | > > | | > > |______| > > Universidad del País Vasco > > Euskal Herriko Unibertsitatea >-- Jaume Tormo. https://es.linkedin.com/in/jaumetormo https://acercad.wordpress.com/ [[alternative HTML version deleted]]
Marcelino de la Cruz Rot
2018-Jun-20 12:21 UTC
[R-es] Paquete dismo, cálculo coeficiente de variación
Hola Jaume: Lo más rápido para ver el código, al ser un método S4 es escribir: findMethods(biovars) La descripción de la función (con las definiciones y comentarios si los tuviese) los tendrías que ver rebuscando en el código fuente del paquete. Generalmente en la carpeta "R" del paquete con el código fuente comprimido (dismo_1.1-4.tar.gz) que puedes encontrar en CRAN (https://cran.r-project.org/src/contrib/dismo_1.1-4.tar.gz) o en este caso, directamente desde su página de Github (https://github.com/cran/dismo/blob/master/R/biovars.R). Un saludo, Marcelino El 19/06/2018 a las 23:22, Jaume Tormo escribió:> Hola Jorge y Marcelino, > > Muchas gracias a los dos. > Para futuras dudas ¿Cómo puedo mirar el código y la definición de una > función? > > Gracias de nuevo. > > Jaume. > > El 19 de junio de 2018, 13:16, Jorge Virto <jorge.virto en ehu.es > <mailto:jorge.virto en ehu.es>> escribió: > > Hola, > > en la misma definición de la función: > > # P15. Precipitation Seasonality(Coefficient of Variation) > > # the "1 +" is to avoid strange CVs for areas where mean rainfaill > is < 1) > > p[,15] <- apply(prec+1, 1, cv) > > Un saludo, > > Jorge > > On Martes, 19 de Junio de 2018 13:07:27 Marcelino de la Cruz Rot > escribió: > > > Hola Jaume: > > > > > > Si miras el código de biovars() verás que la variable bio15 (el > > > coeficiente de variación de la precipitación) la obtiene sumando > > > previamente 1 a "prec": > > > > > > p[, 15] <- apply(prec + 1, 1, cv) > > > > > > > > > Es decir, en tu caso, > > > > > > > cv(prec+1) > > > > > > [1] 109.9637 > > > > > > Lo que coincide con lo proporcionado por biovars, mientras que > > > > > > > cv(prec) > > > > > > [1] 112.5923 > > > > > > coincide con tu cálculo manual. > > > > > > En la página web de WorldClim, donde definieron originalmente esta > > > variable no he encontrado una explicación de este sumatorio, pero > > > tampoco he buscado mucho...Tal vez en alguno de los artículos en > los que > > > se describe esta base de datos den razón de este sumatorio. > > > > > > Saludos, > > > > > > Marcelino > > > > > > El 19/06/2018 a las 11:43, Jaume Tormo escribió: > > > > Estimados erreros, > > > > > > > > Estoy intentando entender como calcula el paquete dismo ( > > > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html > <https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/index.html>) un > coeficiente > > > > de > > > > variación. Os pongo un ejemplo: > > > > tmin <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12) # temperatura > mínima media > > > > mensual de un año > > > > tmax <- tmin + 5 # temperatura máxima media mensual de un año > > > > prec <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0) #precipitación > media mensual > > > > de un año > > > > biovars(prec, tmin, tmax) #este comando calcula una serie de > variables > > > > relevantes para la distribución de especies. > > > > > > > > #El resultado es: > > > > bio1 bio2 bio3 bio4 bio5 bio6 bio7 bio8 bio9 bio10 > > > > > > > > bio11 > > > > [1,] 18.83333 5 29.41176 384.5501 27 10 17 22.5 13.83333 23.5 > > > > 13.83333 > > > > > > > > bio12 bio13 bio14 *bio15* bio16 bio17 bio18 bio19 > > > > > > > > [1,] 502 160 0 *109.9637* 320 2 260 2 > > > > > > > > La que a mi me interesa es bio15 el coeficiente de variación de la > > > > > > > > precipitación, pero no me da lo que yo esperaba que me diera: > > > >> (sd(prec)/mean(prec))*100 > > > > > > > > [1] *112.5923* > > > > > > > > ¿Hay otra forma de calcular el Coeficiente de variación? Me estoy > > > > perdiendo > > > > algo. En el manual del paquete ( > > > > https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf > <https://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf>), no > explica como > > > > calcula el indice de variación ¿Hay alguna forma de rebuscar > en dentro de > > > > biovars para saber que está haciendo? > > > > > > > > Muchas gracias. > > -- > > -- > > Jorge Virto Moreno > > Dpt. Economia Aplicada III > > Facultad de Economía y Empresa UPV-EHU > > Avda. Lehendakari Agirre, 83 > > 48015 Bilbao > > Spain > > Tel: 94 601 3851 > > Fax: 94 601 3754 > > eman ta zabal zazu > > _ _ > > | \___ |___\-\_ > > | ___] __ | | > > | [_ __ [_ |_| | > > |__ _] [_ |___] / > > | [_ | ______/ > > |___ \__| | > > | | > > |______| > > Universidad del País Vasco > > Euskal Herriko Unibertsitatea > > > > > -- > Jaume Tormo. > https://es.linkedin.com/in/jaumetormo > https://acercad.wordpress.com/-- Marcelino de la Cruz Rot Depto. de Biología y Geología Física y Química Inorgánica Universidad Rey Juan Carlos Móstoles España