R help es - Jan 2015 - FW: Error seleccionando modelos por el AIC

Hola, os escribo por un error que me sale al tratar de hacer una tabla de
selección de modelos según AIC, con la función aictab() del paquete AICcmodavg.
Os copio aquí el script que utilizo:

m1<- lmer(ldate~A+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
m2<-lmer(ldate~B+(1|zona/area),  data=Data, subset= (Data$brood== 0))
m3<-lmer(ldate~A*B+(1|zona/area),data=Data, subset= (Data$brood== 0))
m4<-lmer(ldate~A+B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
m5<-lmer(ldate~A+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
m6<-lmer(ldate~B+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
m7<-lmer(ldate~A+B+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))

## library("AICcmodavg", lib.loc="~/R/win-library/3.1")
modList <- list(glm1, glm2, glm3, glm4, glm5, glm6, glm7)
Modnames<- c("1", "2", "3", "4",
"5", "6", "7")

aictab(cand.set= modList, modnames= Modnames)

El error es el siguiente:
Error in aictab.default(cand.set = modList, modnames = ModNames) : 
Function not yet defined for this object classHe buscado por internet pero no
consigo solucionarlo, cualquier ayuda sería de gran utilidad.

Muchas gracias.
 		 	   		  
	[[alternative HTML version deleted]]

Hola Javier,

La ayuda de ?aictabe establece que la implementacion del AIC no funciona
para objetos de clase "lmer" (a la que pertenecen los modelos
ajustados).
De ahi el error.

La idea es simplemente comparar los modelos basados en el AIC?  O tienes
pensado algo mas?  Si es lo primero, los objetos lmer contienen el AIC --
es solo cuestion de usar str(objetolmer), ubicar la entrada correspondiente
y  extraerla.   Si es lo segundo, ahi tendrias tu que ayudarnos con un poco
mas de informacion.

Saludos cordiales,
Jorge.-


On Fri, Jan 30, 2015 at 6:37 AM, javier bueno enciso <
jbuenoenciso en hotmail.com> wrote:
> Hola, os escribo por un error que me sale al tratar de hacer una tabla de
> selección de modelos según AIC, con la función aictab() del paquete
> AICcmodavg.
> Os copio aquí el script que utilizo:
>
> m1<- lmer(ldate~A+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
> m2<-lmer(ldate~B+(1|zona/area),  data=Data, subset= (Data$brood== 0))
> m3<-lmer(ldate~A*B+(1|zona/area),data=Data, subset= (Data$brood== 0))
> m4<-lmer(ldate~A+B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
> m5<-lmer(ldate~A+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
> m6<-lmer(ldate~B+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
> m7<-lmer(ldate~A+B+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood==
0))
>
> ## library("AICcmodavg", lib.loc="~/R/win-library/3.1")
> modList <- list(glm1, glm2, glm3, glm4, glm5, glm6, glm7)
> Modnames<- c("1", "2", "3", "4",
"5", "6", "7")
>
> aictab(cand.set= modList, modnames= Modnames)
>
> El error es el siguiente:
> Error in aictab.default(cand.set = modList, modnames = ModNames) :
> Function not yet defined for this object classHe buscado por internet pero
> no consigo solucionarlo, cualquier ayuda sería de gran utilidad.
>
> Muchas gracias.
>
>         [[alternative HTML version deleted]]
>
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>
>
	[[alternative HTML version deleted]]

Hola Jorge 
Sí, lo que quiero hacer es una tabla en la que de cada modelo posible obtenga el
AICc, el incremento de AICc  y el AICc weight. Sé que dichos valores te los da
la función aictab() y además te ordena los modelos, pero si con lmer dicha
función no funciona, quizás la idea que me sugieres de usar str(objetolmer) es
la más práctica. ¿Pero me podrías explicar mejor de que se trata, quizás con un
ejemplo sencillo?
Muchas gracias.

From: jorgeivanvelez en gmail.com
Date: Fri, 30 Jan 2015 10:30:33 +1100
Subject: Re: [R-es] Error seleccionando modelos por el AIC
To: jbuenoenciso en hotmail.com
CC: r-help-es en r-project.org

Hola Javier,
La ayuda de ?aictabe establece que la implementacion del AIC no funciona para
objetos de clase "lmer" (a la que pertenecen los modelos ajustados). 
De ahi el error.
La idea es simplemente comparar los modelos basados en el AIC?  O tienes pensado
algo mas?  Si es lo primero, los objetos lmer contienen el AIC -- es solo
cuestion de usar str(objetolmer), ubicar la entrada correspondiente y 
extraerla.   Si es lo segundo, ahi tendrias tu que ayudarnos con un poco mas de
informacion.
Saludos cordiales, Jorge.-


On Fri, Jan 30, 2015 at 6:37 AM, javier bueno enciso <jbuenoenciso en
hotmail.com> wrote:
Hola, os escribo por un error que me sale al tratar de hacer una tabla de
selección de modelos según AIC, con la función aictab() del paquete AICcmodavg.

Os copio aquí el script que utilizo:



m1<- lmer(ldate~A+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))

m2<-lmer(ldate~B+(1|zona/area),  data=Data, subset= (Data$brood== 0))

m3<-lmer(ldate~A*B+(1|zona/area),data=Data, subset= (Data$brood== 0))

m4<-lmer(ldate~A+B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))

m5<-lmer(ldate~A+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))

m6<-lmer(ldate~B+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))

m7<-lmer(ldate~A+B+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))



## library("AICcmodavg", lib.loc="~/R/win-library/3.1")

modList <- list(glm1, glm2, glm3, glm4, glm5, glm6, glm7)

Modnames<- c("1", "2", "3", "4",
"5", "6", "7")



aictab(cand.set= modList, modnames= Modnames)



El error es el siguiente:

Error in aictab.default(cand.set = modList, modnames = ModNames) :

Function not yet defined for this object classHe buscado por internet pero no
consigo solucionarlo, cualquier ayuda sería de gran utilidad.



Muchas gracias.



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Hola Javier,

La función AICctab del paquete bbmle (Ben Bolker) creo que si funciona para
modelos lmer.

Saludos,

Manuel

El 30 de enero de 2015, 3:36, javier bueno enciso <jbuenoenciso en
hotmail.com>
escribió:
>
>
> Hola Jorge
> Sí, lo que quiero hacer es una tabla en la que de cada modelo posible
> obtenga el AICc, el incremento de AICc  y el AICc weight. Sé que dichos
> valores te los da la función aictab() y además te ordena los modelos, pero
> si con lmer dicha función no funciona, quizás la idea que me sugieres de
> usar str(objetolmer) es la más práctica. ¿Pero me podrías explicar mejor de
> que se trata, quizás con un ejemplo sencillo?
> Muchas gracias.
>
> From: jorgeivanvelez en gmail.com
> Date: Fri, 30 Jan 2015 10:30:33 +1100
> Subject: Re: [R-es] Error seleccionando modelos por el AIC
> To: jbuenoenciso en hotmail.com
> CC: r-help-es en r-project.org
>
> Hola Javier,
> La ayuda de ?aictabe establece que la implementacion del AIC no funciona
> para objetos de clase "lmer" (a la que pertenecen los modelos
ajustados).
> De ahi el error.
> La idea es simplemente comparar los modelos basados en el AIC?  O tienes
> pensado algo mas?  Si es lo primero, los objetos lmer contienen el AIC --
> es solo cuestion de usar str(objetolmer), ubicar la entrada correspondiente
> y  extraerla.   Si es lo segundo, ahi tendrias tu que ayudarnos con un poco
> mas de informacion.
> Saludos cordiales, Jorge.-
>
>
> On Fri, Jan 30, 2015 at 6:37 AM, javier bueno enciso <
> jbuenoenciso en hotmail.com> wrote:
> Hola, os escribo por un error que me sale al tratar de hacer una tabla de
> selección de modelos según AIC, con la función aictab() del paquete
> AICcmodavg.
>
> Os copio aquí el script que utilizo:
>
>
>
> m1<- lmer(ldate~A+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m2<-lmer(ldate~B+(1|zona/area),  data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m3<-lmer(ldate~A*B+(1|zona/area),data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m4<-lmer(ldate~A+B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m5<-lmer(ldate~A+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m6<-lmer(ldate~B+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood== 0))
>
> m7<-lmer(ldate~A+B+A*B+(1|zona/area), data=Data, subset= (Data$brood==
0))
>
>
>
> ## library("AICcmodavg", lib.loc="~/R/win-library/3.1")
>
> modList <- list(glm1, glm2, glm3, glm4, glm5, glm6, glm7)
>
> Modnames<- c("1", "2", "3", "4",
"5", "6", "7")
>
>
>
> aictab(cand.set= modList, modnames= Modnames)
>
>
>
> El error es el siguiente:
>
> Error in aictab.default(cand.set = modList, modnames = ModNames) :
>
> Function not yet defined for this object classHe buscado por internet pero
> no consigo solucionarlo, cualquier ayuda sería de gran utilidad.
>
>
>
> Muchas gracias.
>
>
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-- 
*Manuel Spínola, Ph.D.*
Instituto Internacional en Conservación y Manejo de Vida Silvestre
Universidad Nacional
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COSTA RICA
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