Quiero comparar varias dosis letales 50% (LD50) usando análisis probit. He seguido un ejemplo que viene en paquete DRC, pero no obtengo el resultado esperado. Lo que quiero es saber si las LD50s, son diferentes y si la diferencias son estadísticamente significativas. Gracias de antemano. José Arturo e-mail. jafarfan@uady.mx <grejon@uady.mx> e-mail alterno. jafarfan@gmail.com <julian.garcia.rejon@gmail.com> [[alternative HTML version deleted]]
Estimado José Arturo Farfan ¿Podrías enviar el código R con el problema? Es que sin verlo no me doy cuenta donde esta el inconveniente. Javier Marcuzzi El 17 de marzo de 2014, 12:05, Jose Arturo Farfan <jafarfan@gmail.com>escribió:> Quiero comparar varias dosis letales 50% (LD50) usando análisis probit. He > seguido un ejemplo que viene en paquete DRC, pero no obtengo el resultado > esperado. Lo que quiero es saber si las LD50s, son diferentes y si la > diferencias son estadísticamente significativas. > Gracias de antemano. > > > > José Arturo > e-mail. jafarfan@uady.mx <grejon@uady.mx> > e-mail alterno. jafarfan@gmail.com <julian.garcia.rejon@gmail.com> > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]
Jose, Una manera es a traves de bootstrap. Que has intentado? (e.g., codigo) Saludos, Jorge.- 2014-03-18 2:05 GMT+11:00 Jose Arturo Farfan <jafarfan@gmail.com>:> Quiero comparar varias dosis letales 50% (LD50) usando análisis probit. He > seguido un ejemplo que viene en paquete DRC, pero no obtengo el resultado > esperado. Lo que quiero es saber si las LD50s, son diferentes y si la > diferencias son estadísticamente significativas. > Gracias de antemano. > > > > José Arturo > e-mail. jafarfan@uady.mx <grejon@uady.mx> > e-mail alterno. jafarfan@gmail.com <julian.garcia.rejon@gmail.com> > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]
Hola, ¿Has probado a usar algún otro paquete más además de "drc"? DoseFinding: Planning and Analyzing Dose Finding experimentsbmd: Benchmark dose analysis for dose-response data Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 17 de marzo de 2014, 16:05, Jose Arturo Farfan <jafarfan@gmail.com>escribió:> Quiero comparar varias dosis letales 50% (LD50) usando análisis probit. He > seguido un ejemplo que viene en paquete DRC, pero no obtengo el resultado > esperado. Lo que quiero es saber si las LD50s, son diferentes y si la > diferencias son estadísticamente significativas. > Gracias de antemano. > > > > José Arturo > e-mail. jafarfan@uady.mx <grejon@uady.mx> > e-mail alterno. jafarfan@gmail.com <julian.garcia.rejon@gmail.com> > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
Estimado Jose Arturo Farfan Tome el escrito de http://rgm3.lab.nig.ac.jp/RGM/R_rdfile?f=drc/man/selenium.Rd&d=R_CC sobre este último solo cambie en lugar donde cargo la librería, el código completo no me difiere del original al que cito respecto a los resultados es el siguiente. library(drc) ## Analysis similar to what is proposed in Jeske et al (2009) ## but simply using existing functionality in "drc" ## Fitting the two-parameter log-logistic model with unequal ED50 and slope sel.m1 <- drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, fct=LL.2(), type="binomial") #sel.m1b <- drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, fct=LN.2(), type="binomial", start=c(1,1,1,1,50,50,50,50)) plot(sel.m1, ylim = c(0, 1.3)) summary(sel.m1) ## Testing for equality of slopes sel.m2 <- drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, fct=LL.2(), type="binomial", pmodels=list(~1, ~factor(type)-1)) sel.m2b <- drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, fct=LN.2(), type="binomial", pmodels=list(~1, ~factor(type)-1)) plot(sel.m2, ylim = c(0, 1.3)) summary(sel.m2) anova(sel.m2, sel.m1) # 48.654 #anova(sel.m2b, sel.m1b) # close to the value 48.46 reported in the paper ## Testing for equality of ED50 sel.m3<-drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, fct=LL.2(), type="binomial", pmodels=list(~factor(type)-1, ~1)) #sel.m3b<-drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, fct=LN.2(), type="binomial", pmodels=list(~factor(type)-1, ~1), start=c(1,1,1,1,50)) plot(sel.m3, ylim = c(0, 1.3)) summary(sel.m3) anova(sel.m3, sel.m1) # 123.56 #anova(sel.m3b, sel.m1b) # not too far from the value 138.45 reported in the paper # (note that the estimation procedure is not exactly the same) # (and we use the log-logistic model instead of the log-normal model) ¿Usted tiene otros valores? Javier Marcuzzi El 17 de marzo de 2014, 12:05, Jose Arturo Farfan <jafarfan@gmail.com>escribió:> Quiero comparar varias dosis letales 50% (LD50) usando análisis probit. He > seguido un ejemplo que viene en paquete DRC, pero no obtengo el resultado > esperado. Lo que quiero es saber si las LD50s, son diferentes y si la > diferencias son estadísticamente significativas. > Gracias de antemano. > > > > José Arturo > e-mail. jafarfan@uady.mx <grejon@uady.mx> > e-mail alterno. jafarfan@gmail.com <julian.garcia.rejon@gmail.com> > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]
Ya se, ¿si los datos son reducidos en cantidad respecto a los del paper con el cual compara? 2014-03-19 2:43 GMT-03:00 Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcuzzi@gmail.com>:> Estimado Jose Arturo Farfan > > Tome el escrito de > http://rgm3.lab.nig.ac.jp/RGM/R_rdfile?f=drc/man/selenium.Rd&d=R_CC > > sobre este último solo cambie en lugar donde cargo la librería, el código > completo no me difiere del original al que cito respecto a los resultados > es el siguiente. > > library(drc) > ## Analysis similar to what is proposed in Jeske et al (2009) > ## but simply using existing functionality in "drc" > > ## Fitting the two-parameter log-logistic model with unequal ED50 and slope > sel.m1 <- drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, > fct=LL.2(), type="binomial") > #sel.m1b <- drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, > fct=LN.2(), type="binomial", start=c(1,1,1,1,50,50,50,50)) > plot(sel.m1, ylim = c(0, 1.3)) > summary(sel.m1) > > ## Testing for equality of slopes > > sel.m2 <- drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, > fct=LL.2(), type="binomial", pmodels=list(~1, ~factor(type)-1)) > sel.m2b <- drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, > fct=LN.2(), type="binomial", pmodels=list(~1, ~factor(type)-1)) > plot(sel.m2, ylim = c(0, 1.3)) > summary(sel.m2) > anova(sel.m2, sel.m1) # 48.654 > #anova(sel.m2b, sel.m1b) > # close to the value 48.46 reported in the paper > > ## Testing for equality of ED50 > sel.m3<-drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, > fct=LL.2(), type="binomial", pmodels=list(~factor(type)-1, ~1)) > #sel.m3b<-drm(dead/total~conc, type, weights=total, data=selenium, > fct=LN.2(), type="binomial", pmodels=list(~factor(type)-1, ~1), > start=c(1,1,1,1,50)) > plot(sel.m3, ylim = c(0, 1.3)) > summary(sel.m3) > > anova(sel.m3, sel.m1) # 123.56 > #anova(sel.m3b, sel.m1b) > # not too far from the value 138.45 reported in the paper > # (note that the estimation procedure is not exactly the same) > # (and we use the log-logistic model instead of the log-normal model) > > ¿Usted tiene otros valores? > > Javier Marcuzzi > > > El 17 de marzo de 2014, 12:05, Jose Arturo Farfan <jafarfan@gmail.com>escribió: > >> Quiero comparar varias dosis letales 50% (LD50) usando análisis probit. He >> >> seguido un ejemplo que viene en paquete DRC, pero no obtengo el resultado >> esperado. Lo que quiero es saber si las LD50s, son diferentes y si la >> diferencias son estadísticamente significativas. >> Gracias de antemano. >> >> >> >> José Arturo >> e-mail. jafarfan@uady.mx <grejon@uady.mx> >> e-mail alterno. jafarfan@gmail.com <julian.garcia.rejon@gmail.com> >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> >> _______________________________________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es@r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >> >> >[[alternative HTML version deleted]]