thr3ads.net - R help es - [R-es] AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA [Dec 2013]

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Camilo Calle

2013-Dec-04 23:28 UTC

[R-es] AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA

Cordial saludo adjunto la base de datos y el script:

eu60<- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";",
dec=".", row.names=1)
eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19)
eu60.data <- cbind.data.frame(eu60[,19], eu60.pca$ind$coord)
eu60.ellipse <- coord.ellipse(eu60.data, bary=TRUE)
plot.PCA(ellipse=eu60.ellipse, cex=0.8)



El 4 de diciembre de 2013 17:35, Camilo Calle <camicalle en
gmail.com>escribió:
> Muchas gracias por la rapidez y por la ayuda tan efectiva, me quedó el
> gráfico de maravilla, al parecer el problema era que habían individuos en
> una sola categoría, así quedó la gráfica:
>
> [image: Imágenes integradas 1]
>
>
>
> El 4 de diciembre de 2013 11:04, Carlos J. Gil Bellosta <
> cgb en datanalytics.com> escribió:
>
> Hola, ¿qué tal?
>>
>> Tu problema es que tienes agrupaciones de países (p.e., ASIA_MERIDIOL)
>> con un solo respresentante. Las matrices con las que construyes las
>> elipses son degeneradas (más bien, no existen: sospecho que tienen que
>> ver con la covarianza... ¿de un único caso?).
>>
>> Elimina las agrupaciones triviales.
>>
>> Un saludo,
>>
>> Carlos J. Gil Bellosta
>> http://www.datanalytics.com
>>
>> El día 4 de diciembre de 2013 16:58, Carlos Ortega
>> <cof en qualityexcellence.es> escribió:
>> > Hola,
>> >
>> > He mirado por encima el conjunto y el posible error.
>> > Como alternativa, mira la solución que se propone aquí:
>> >
>> >
>>
http://stats.stackexchange.com/questions/24450/how-to-highlight-predefined-groups-in-pca-individual-map
>> >
>> > Y como sugerencias:
>> >
>> >    - Limpiaría un poco el conjunto para quitar las filas que
tienen
>> todas
>> >    sus columnas con NA. ¿Qué sentido tiene dejarlas?
>> >    - Y haría el ejercicio de PCA con un conjunto más reducido de
países
>> >    para ver cómo funciona.
>> >
>> > Otro consejo, para esta lista, es que digas qué paquetes estás
usando
>> en tu
>> > ejemplo. PCA es una función de "FactoMineR" que no es un
paquete por
>> > defecto de R.
>> >
>> > Saludos,
>> > Carlos Ortega
>> > www.qualityexcellence.es
>> >
>> >
>> > El 4 de diciembre de 2013 14:46, Camilo Calle <camicalle en
gmail.com
>> >escribió:
>> >
>> >> Cordial saludo, soy principiante en R y estoy haciendo un
análisis
>> >> multivariado de datos, y necesito hacer las elipses de
confianza donde
>> la
>> >> variable 19 es cualitativa suplementaria y el resto son
variables
>> activas;
>> >> tengo el siguiente código:
>> >>
>> >> eu60 <- read.csv(file.choose(), header=T,
sep=";", dec=",",
>> row.names=1)
>> >> ### capturar datos
>> >> eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19) ## genero el objeto PCA
>> >> eu60.data <- cbind.data.frame(eu60[1:182,19],
eu60.pca$ind$coord) ###
>> creo
>> >> el data.frame con las coordenadas de los individuos y la
variable
>> pasiva
>> >> eu60.ellipse <- coord.ellipse(eu60.data, bary=TRUE) ##
genero el objeto
>> >> ellise (acá me aparece el siguiente error):
>> >> Error en if (scale[1] > 0) r <- r/scale[1] :
>> >>   valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario
>> >>
>> >> no puedo continuar con la siguiente rutina porque tengo un
error en
>> este
>> >> paso, no sé por que se presenta si alguien sabe como puedo
arreglar
>> esto le
>> >> agradecería enormemente.
>> >>
>> >> adjunto base de datos.
>> >>
>> >> --
>> >> Camilo Alberto Calle Velásquez
>> >> Zootecnista UdeA.
>> >>
>> >> _______________________________________________
>> >> R-help-es mailing list
>> >> R-help-es en r-project.org
>> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> >>
>> >>
>> >
>> >
>> > --
>> > Saludos,
>> > Carlos Ortega
>> > www.qualityexcellence.es
>> >
>> >         [[alternative HTML version deleted]]
>> >
>> >
>> > _______________________________________________
>> > R-help-es mailing list
>> > R-help-es en r-project.org
>> > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>> >
>>
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> --
> Camilo Alberto Calle Velásquez
> Zootecnista UdeA.
>


-- 
Camilo Alberto Calle Velásquez
Zootecnista UdeA.
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Name: eu601.csv
Type: text/csv
Size: 15410 bytes
Desc: no disponible
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Dr. José A Betancourt Bethencourt

2013-Dec-05 10:31 UTC

head link

[R-es] AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA

Estimados

 

Al leer este interesante script lo corrí, pero al hacer la elipse me
devuelve esa información, no encuentro el porque

saludos

 

library(FactoMineR)

eu60<- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";",
dec=".", row.names=1)

eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19)

eu60.data <- cbind.data.frame(eu60[,19], eu60.pca$ind$coord)

eu60.ellipse <- coord.ellipse(eu60.data, bary=TRUE)

 

plot.PCA(ellipse=eu60.ellipse, cex=0.8)

 

#devuelve esta información

Error en plot.PCA(ellipse = eu60.ellipse, cex = 0.8) : 

  el argumento "x" está ausente, sin valor por omisión

 

 

 

 

De: Dr. José A Betancourt Bethencourt [mailto:jbetancourt en iscmc.cmw.sld.cu] 
Enviado el: jueves, 5 de diciembre de 2013 04:45
Para: 'Camilo Calle'
Asunto: RE: [R-es] AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA

 

Gracias!!

 

De: Camilo Calle [mailto:camicalle en gmail.com] 
Enviado el: miércoles, 4 de diciembre de 2013 06:28
Para: Carlos J. Gil Bellosta; jbetancourt en iscmc.cmw.sld.cu
<mailto:jbetancourt en iscmc.cmw.sld.cu> 
CC: Lista R
Asunto: Re: [R-es] AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA

 

Cordial saludo adjunto la base de datos y el script:

 

eu60<- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";",
dec=".", row.names=1)

eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19)

eu60.data <- cbind.data.frame(eu60[,19], eu60.pca$ind$coord)

eu60.ellipse <- coord.ellipse(eu60.data, bary=TRUE)

plot.PCA(ellipse=eu60.ellipse, cex=0.8)

 

 

El 4 de diciembre de 2013 17:35, Camilo Calle <camicalle en gmail.com
<mailto:camicalle en gmail.com> > escribió:

Muchas gracias por la rapidez y por la ayuda tan efectiva, me quedó el
gráfico de maravilla, al parecer el problema era que habían individuos en
una sola categoría, así quedó la gráfica:

 



 

 

El 4 de diciembre de 2013 11:04, Carlos J. Gil Bellosta
<cgb en datanalytics.com <mailto:cgb en datanalytics.com> >
escribió:

 

Hola, ¿qué tal?

Tu problema es que tienes agrupaciones de países (p.e., ASIA_MERIDIOL)
con un solo respresentante. Las matrices con las que construyes las
elipses son degeneradas (más bien, no existen: sospecho que tienen que
ver con la covarianza... ¿de un único caso?).

Elimina las agrupaciones triviales.

Un saludo,

Carlos J. Gil Bellosta
http://www.datanalytics.com

El día 4 de diciembre de 2013 16:58, Carlos Ortega
<cof en qualityexcellence.es <mailto:cof en qualityexcellence.es> >
escribió:
> Hola,
>
> He mirado por encima el conjunto y el posible error.
> Como alternativa, mira la solución que se propone aquí:
>
>http://stats.stackexchange.com/questions/24450/how-to-highlight-predefined-g
roups-in-pca-individual-map>
> Y como sugerencias:
>
>    - Limpiaría un poco el conjunto para quitar las filas que tienen todas
>    sus columnas con NA. ¿Qué sentido tiene dejarlas?
>    - Y haría el ejercicio de PCA con un conjunto más reducido de países
>    para ver cómo funciona.
>
> Otro consejo, para esta lista, es que digas qué paquetes estás usando en
tu> ejemplo. PCA es una función de "FactoMineR" que no es un paquete
por
> defecto de R.
>
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es <http://www.qualityexcellence.es> 
>
>
> El 4 de diciembre de 2013 14:46, Camilo Calle <camicalle en gmail.com
<mailto:camicalle en gmail.com> >escribió:>
>> Cordial saludo, soy principiante en R y estoy haciendo un análisis
>> multivariado de datos, y necesito hacer las elipses de confianza donde
la
>> variable 19 es cualitativa suplementaria y el resto son variables
activas;>> tengo el siguiente código:
>>
>> eu60 <- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";",
dec=",", row.names=1)
>> ### capturar datos
>> eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19) ## genero el objeto PCA
>> eu60.data <- cbind.data.frame(eu60[1:182,19], eu60.pca$ind$coord)
###
creo>> el data.frame con las coordenadas de los individuos y la variable
pasiva
>> eu60.ellipse <- coord.ellipse(eu60.data, bary=TRUE) ## genero el
objeto
>> ellise (acá me aparece el siguiente error):
>> Error en if (scale[1] > 0) r <- r/scale[1] :
>>   valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario
>>
>> no puedo continuar con la siguiente rutina porque tengo un error en
este
>> paso, no sé por que se presenta si alguien sabe como puedo arreglar
esto
le>> agradecería enormemente.
>>
>> adjunto base de datos.
>>
>> --
>> Camilo Alberto Calle Velásquez
>> Zootecnista UdeA.
>>
>> _______________________________________________
>> R-help-es mailing list
>> R-help-es en r-project.org <mailto:R-help-es en r-project.org> 
>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>>
>>
>
>
> --
> Saludos,
> Carlos Ortega
> www.qualityexcellence.es <http://www.qualityexcellence.es> 
>
>         [[alternative HTML version deleted]]
>
>
> _______________________________________________
> R-help-es mailing list
> R-help-es en r-project.org <mailto:R-help-es en r-project.org> 
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
>




 

-- 
Camilo Alberto Calle Velásquez
Zootecnista UdeA. 





 

-- 
Camilo Alberto Calle Velásquez
Zootecnista UdeA. 



--

Este mensaje le ha llegado mediante el servicio de correo electronico que ofrece
Infomed para respaldar el cumplimiento de las misiones del Sistema Nacional de
Salud. La persona que envia este correo asume el compromiso de usar el servicio
a tales fines y cumplir con las regulaciones establecidas

Infomed: http://www.sld.cu/



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Camilo Calle

2013-Dec-05 18:45 UTC

head link

[R-es] AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA

había un error en la ultima línea de código:

plot.PCA(eu60.pca, habillage=19, ellipse = eu60.ellipse, cex=0.8)



El 5 de diciembre de 2013 05:31, Dr. José A Betancourt Bethencourt <
jbetancourt en iscmc.cmw.sld.cu> escribió:
> Estimados
>
>
>
> Al leer este interesante script lo corrí, pero al hacer la elipse me
> devuelve esa información, no encuentro el porque
>
> saludos
>
>
>
> library(FactoMineR)
>
> eu60<- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";",
dec=".", row.names=1)
>
> eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19)
>
> eu60.data <- cbind.data.frame(eu60[,19], eu60.pca$ind$coord)
>
> eu60.ellipse <- coord.ellipse(eu60.data, bary=TRUE)
>
>
>
> plot.PCA(ellipse=eu60.ellipse, cex=0.8)
>
>
>
> #devuelve esta información
>
> Error en plot.PCA(ellipse = eu60.ellipse, cex = 0.8) :
>
>   el argumento "x" está ausente, sin valor por omisión
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> *De:* Dr. José A Betancourt Bethencourt [mailto:
> jbetancourt en iscmc.cmw.sld.cu]
> *Enviado el:* jueves, 5 de diciembre de 2013 04:45
> *Para:* 'Camilo Calle'
> *Asunto:* RE: [R-es] AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA
>
>
>
> Gracias!!
>
>
>
> *De:* Camilo Calle [mailto:camicalle en gmail.com <camicalle en
gmail.com>]
> *Enviado el:* miércoles, 4 de diciembre de 2013 06:28
> *Para:* Carlos J. Gil Bellosta; jbetancourt en iscmc.cmw.sld.cu
> *CC:* Lista R
> *Asunto:* Re: [R-es] AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA
>
>
>
> Cordial saludo adjunto la base de datos y el script:
>
>
>
> eu60<- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";",
dec=".", row.names=1)
>
> eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19)
>
> eu60.data <- cbind.data.frame(eu60[,19], eu60.pca$ind$coord)
>
> eu60.ellipse <- coord.ellipse(eu60.data, bary=TRUE)
>
> plot.PCA(ellipse=eu60.ellipse, cex=0.8)
>
>
>
>
>
> El 4 de diciembre de 2013 17:35, Camilo Calle <camicalle en
gmail.com>
> escribió:
>
> Muchas gracias por la rapidez y por la ayuda tan efectiva, me quedó el
> gráfico de maravilla, al parecer el problema era que habían individuos en
> una sola categoría, así quedó la gráfica:
>
>
>
> [image: Imágenes integradas 1]
>
>
>
>
>
> El 4 de diciembre de 2013 11:04, Carlos J. Gil Bellosta <
> cgb en datanalytics.com> escribió:
>
>
>
> Hola, ¿qué tal?
>
> Tu problema es que tienes agrupaciones de países (p.e., ASIA_MERIDIOL)
> con un solo respresentante. Las matrices con las que construyes las
> elipses son degeneradas (más bien, no existen: sospecho que tienen que
> ver con la covarianza... ¿de un único caso?).
>
> Elimina las agrupaciones triviales.
>
> Un saludo,
>
> Carlos J. Gil Bellosta
> http://www.datanalytics.com
>
> El día 4 de diciembre de 2013 16:58, Carlos Ortega
> <cof en qualityexcellence.es> escribió:
>
> > Hola,
> >
> > He mirado por encima el conjunto y el posible error.
> > Como alternativa, mira la solución que se propone aquí:
> >
> >
>
http://stats.stackexchange.com/questions/24450/how-to-highlight-predefined-groups-in-pca-individual-map
> >
> > Y como sugerencias:
> >
>
> >    - Limpiaría un poco el conjunto para quitar las filas que tienen
todas
>
> >    sus columnas con NA. ¿Qué sentido tiene dejarlas?
>
> >    - Y haría el ejercicio de PCA con un conjunto más reducido de
países
>
> >    para ver cómo funciona.
> >
> > Otro consejo, para esta lista, es que digas qué paquetes estás usando
en
> tu
> > ejemplo. PCA es una función de "FactoMineR" que no es un
paquete por
> > defecto de R.
> >
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
> >
> >
> > El 4 de diciembre de 2013 14:46, Camilo Calle <camicalle en
gmail.com
> >escribió:
> >
> >> Cordial saludo, soy principiante en R y estoy haciendo un análisis
> >> multivariado de datos, y necesito hacer las elipses de confianza
donde
> la
> >> variable 19 es cualitativa suplementaria y el resto son variables
> activas;
> >> tengo el siguiente código:
> >>
> >> eu60 <- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";",
dec=",", row.names=1)
> >> ### capturar datos
> >> eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19) ## genero el objeto PCA
> >> eu60.data <- cbind.data.frame(eu60[1:182,19],
eu60.pca$ind$coord) ###
> creo
> >> el data.frame con las coordenadas de los individuos y la variable
pasiva
> >> eu60.ellipse <- coord.ellipse(eu60.data, bary=TRUE) ## genero
el objeto
> >> ellise (acá me aparece el siguiente error):
> >> Error en if (scale[1] > 0) r <- r/scale[1] :
> >>   valor ausente donde TRUE/FALSE es necesario
> >>
> >> no puedo continuar con la siguiente rutina porque tengo un error
en este
> >> paso, no sé por que se presenta si alguien sabe como puedo
arreglar
> esto le
> >> agradecería enormemente.
> >>
> >> adjunto base de datos.
> >>
> >> --
> >> Camilo Alberto Calle Velásquez
> >> Zootecnista UdeA.
> >>
> >> _______________________________________________
> >> R-help-es mailing list
> >> R-help-es en r-project.org
> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
> >>
> >>
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> >
> > --
> > Saludos,
> > Carlos Ortega
> > www.qualityexcellence.es
> >
>
> >         [[alternative HTML version deleted]]
>
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