José Miguel Torregrosa Díaz
2013-Apr-04 12:29 UTC
[R-es] help: calculo de p-valor para el IDI
Hola, me gustaría hacer una consulta, pues estoy intentando calcular el Indice de Discriminación Integrado a una escala para ver si éste mejora al añadir un parámetro. Lo estoy haciendo con el paquete survIDINRI (no se si hay otro paquete que lo pueda hacer). Lo que consigo con esto es el valor del IDI y su intervalo de confianza, pero me haría falta calcular el p-valor. Creo que se podría hacer con un contraste de medias simple pero R no me da los valores intermedios del cálculo del IDI así que... Si alguien puede ayudar estare muy agradecido. Gracias de antemano -- Jose Miguel Torregrosa [[alternative HTML version deleted]]
Hola Jose Miguel, Podrias enviarnos un ejemplo de lo que intentas hacer, quizas con datos ficticios? Lo primero que se me ocurre es que podrias usar bootstrap. Un saludo, Jorge.- 2013/4/4 José Miguel Torregrosa Díaz <>> Hola, me gustaría hacer una consulta, pues estoy intentando calcular el > Indice de Discriminación Integrado a una escala para ver si éste mejora al > añadir un parámetro. Lo estoy haciendo con el paquete survIDINRI (no se si > hay otro paquete que lo pueda hacer). Lo que consigo con esto es el valor > del IDI y su intervalo de confianza, pero me haría falta calcular el > p-valor. Creo que se podría hacer con un contraste de medias simple pero R > no me da los valores intermedios del cálculo del IDI así que... Si alguien > puede ayudar estare muy agradecido. > > Gracias de antemano > > -- > Jose Miguel Torregrosa > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]
Muchas gracias por el ejemplo, Jose Miguel. Muy claro lo que intentas hacer. Por ahora lo reenvio a la lista para que alguno de los otros miembros pueda ayudarte. Yo podre hacerlo, pero seria en un par de horas. Ya es tarde aqui. Saludos. --JIV 2013/4/4 José Miguel Torregrosa Díaz <>> Hola Jorge. > > No hay problema. Tomemos como ejemplo el sample data "pbc", del paquete > survival (es el mismo en el que yo me he fijado y que esta en el ejemplo > del paquete). Seleccionando solo los 100 primeros casos de las variables > que nos interesen para nuestro score pronóstico, que aquí separa en el > subset D. La idea es evaluar cómo es el IDI tras añadir la bilirrubina > (aquí codificada como "bili"). Las dos primeras variables son el tiempo > hasta evento y la variable endpoint respectivamente. > > D=subset(pbc, > select=c("time","status","age","albumin","edema","protime","bili")) > D$status=as.numeric(D$status==2) > D=D[!is.na(apply(D,1,mean)),] ; dim(D) > mydata=D[1:100,] > > #tras seleccionar los casos, crea los argumentos uno a uno: > t0=365*5 > indata1=mydata; > indata0=mydata[,-7] ; n=nrow(D) ; > covs1<-as.matrix(indata1[,c(-1,-2)]) > covs0<-as.matrix(indata0[,c(-1,-2)]) > > #ahora aplica el comando IDI.INF asociado a un objeto (x) para calcular el > IDI (además de otros como el NRI, pero no es el caso de mi trabajo) > x<-IDI.INF(mydata[,1:2], covs0, covs1, t0, npert=200) ; > > #y le pido que muestre el output: > IDI.INF.OUT(x) ; > > que es: > > Est. Lower Upper > M1 0.073 0.016 0.137 > M2 0.444 0.192 0.673 > M3 0.042 0.005 0.110 > > M1 corresponde al valor del IDI, con su intervalo de confianza. Misma > situación con M2, que es el NRI y con M3 que es la mediana de incremento > del riesgo en la escala. > > Mi interés en este parámetro es saber que mejora la capacidad > discrimatoria del score, por tanto aumenta el IDI, al añadir un parámetro, > lo que intuyo que es como querer comparar los valores de IDI con y sin la > nueva variable. Ese contraste me daría un p-valor, que no obtengo en el > output de la función de este paquete. > > No se si me estoy consiguiendo explicar con toda la claridad que me > gustaría. No llevo mucho con R y puede que no me haga entender. Sin duda > responderé a todas las dudas que tengais. > > Muchas Gracias > > Jose Miguel > > > > > El 4 de abril de 2013 14:32, Jorge I Velez <jorgeivanvelez@gmail.com>escribió: > > Hola Jose Miguel, >> >> Podrias enviarnos un ejemplo de lo que intentas hacer, quizas con datos >> ficticios? Lo primero que se me ocurre es que podrias usar bootstrap. >> >> Un saludo, >> Jorge.- >> >> >> 2013/4/4 José Miguel Torregrosa Díaz <> >> >>> Hola, me gustaría hacer una consulta, pues estoy intentando calcular el >>> Indice de Discriminación Integrado a una escala para ver si éste mejora >>> al >>> añadir un parámetro. Lo estoy haciendo con el paquete survIDINRI (no se >>> si >>> hay otro paquete que lo pueda hacer). Lo que consigo con esto es el valor >>> del IDI y su intervalo de confianza, pero me haría falta calcular el >>> p-valor. Creo que se podría hacer con un contraste de medias simple pero >>> R >>> no me da los valores intermedios del cálculo del IDI así que... Si >>> alguien >>> puede ayudar estare muy agradecido. >>> >>> Gracias de antemano >>> >>> -- >>> Jose Miguel Torregrosa >>> >>> [[alternative HTML version deleted]] >>> >>> >>> _______________________________________________ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es@r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es >>> >>> >> > >[[alternative HTML version deleted]]
Hola Jose Miguel, la función improveProb de la libreria Hmisc de Harrell calcula los p-valores. Un saludo El 4 de abril de 2013 14:29, José Miguel Torregrosa Díaz <jmtdcool@gmail.com> escribió:> Hola, me gustaría hacer una consulta, pues estoy intentando calcular el > Indice de Discriminación Integrado a una escala para ver si éste mejora al > añadir un parámetro. Lo estoy haciendo con el paquete survIDINRI (no se si > hay otro paquete que lo pueda hacer). Lo que consigo con esto es el valor > del IDI y su intervalo de confianza, pero me haría falta calcular el > p-valor. Creo que se podría hacer con un contraste de medias simple pero R > no me da los valores intermedios del cálculo del IDI así que... Si alguien > puede ayudar estare muy agradecido. > > Gracias de antemano > > -- > Jose Miguel Torregrosa > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- Luis Mariano Esteban Escaño Escuela Universitaria Politécnica de La Almunia Tlfno. 976600883 Ext.121 C/ Mayor s/n 50100 La Almunia de Doña Godina Universidad de Zaragoza [[alternative HTML version deleted]]