Buenas tardes a todos, soy nuevo en R y quisiera solicitar su ayuda para el cálculo de la concentración letal 50 de unos ensayos que realicé. Tengo que fabricar una curva con una regresión no lineal, en la que grafico el logaritmo de la concentración contra el porcentaje de supervivencia para hallar el CL50. Muchas gracias por su atención y ayuda. Diego [[alternative HTML version deleted]]
Estimado Diego A R lo puedes utilizar para calcular la dosis letal 50, su pregunta es muy general, yo soy veterinario y comprendo donde quiere llegar, pero por decirlo de forma no estadística ni medica, así porque sí no se calcula la Dl50, sin embargo creo que debe tener otros parámetros que no expreso a esta comunidad de usuarios de R en español. Hay tantas respuestas como datos faltantes en un correo tan general, una alternativa puede ser death <- factor (death) levels (death) <- c("no","yes") anc <- factor (anc) levels (anc) <- c("old","new") clinic <- factor (clinic) levels (clinic) <- c("A","B") glm2 <- glm(death ~ anc + clinic, binomial, weights=Freq, data=.data) Aunque no se si es lo que realmente necesita Javier -----Mensaje original----- From: Diego Ballesteros Vivas Sent: Thursday, April 12, 2012 4:02 PM To: r-help-es en r-project.org Subject: [R-es] CL 50 Buenas tardes a todos, soy nuevo en R y quisiera solicitar su ayuda para el cálculo de la concentración letal 50 de unos ensayos que realicé. Tengo que fabricar una curva con una regresión no lineal, en la que grafico el logaritmo de la concentración contra el porcentaje de supervivencia para hallar el CL50. Muchas gracias por su atención y ayuda. Diego [[alternative HTML version deleted]] _______________________________________________ R-help-es mailing list R-help-es en r-project.org https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Echa un vistazo a dose.p del paquete MASS library(MASS) help(dose.p) El 12/04/12 22:16, Marcuzzi, Javier Rubén escribió:> Estimado Diego > > A R lo puedes utilizar para calcular la dosis letal 50, su pregunta es > muy general, yo soy veterinario y comprendo donde quiere llegar, pero > por decirlo de forma no estadística ni medica, así porque sí no se > calcula la Dl50, sin embargo creo que debe tener otros parámetros que > no expreso a esta comunidad de usuarios de R en español. > > Hay tantas respuestas como datos faltantes en un correo tan general, > una alternativa puede ser > > > death <- factor (death) > levels (death) <- c("no","yes") > anc <- factor (anc) > levels (anc) <- c("old","new") > clinic <- factor (clinic) > levels (clinic) <- c("A","B") > > glm2 <- glm(death ~ anc + clinic, binomial, weights=Freq, data=.data) > > > Aunque no se si es lo que realmente necesita > > Javier > -----Mensaje original----- From: Diego Ballesteros Vivas > Sent: Thursday, April 12, 2012 4:02 PM > To: r-help-es en r-project.org > Subject: [R-es] CL 50 > > Buenas tardes a todos, soy nuevo en R y quisiera solicitar su ayuda > para el > cálculo de la concentración letal 50 de unos ensayos que realicé. > Tengo que > fabricar una curva con una regresión no lineal, en la que grafico el > logaritmo de la concentración contra el porcentaje de supervivencia para > hallar el CL50. Muchas gracias por su atención y ayuda. > > Diego > > [[alternative HTML version deleted]] > > > > > > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es en r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es
Hola, Si tratas de realizar una regresión no lineal, mira para empezar la función nls() y sus ejemplos. Si con esta librería tuvieras problemas (dependerá de tus datos y del tipo de función con el que quieres ajustarla) hay más librerías que permiten la regresión no lineal. Igualmente en esta lista ha salido este tema de forma recurrente, puedes buscar en el histórico y ver qué soluciones se han dado a problemas parecidos. Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es El 12 de abril de 2012 21:02, Diego Ballesteros Vivas < dballesterosv@unal.edu.co> escribió:> Buenas tardes a todos, soy nuevo en R y quisiera solicitar su ayuda para el > cálculo de la concentración letal 50 de unos ensayos que realicé. Tengo que > fabricar una curva con una regresión no lineal, en la que grafico el > logaritmo de la concentración contra el porcentaje de supervivencia para > hallar el CL50. Muchas gracias por su atención y ayuda. > > Diego > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >-- Saludos, Carlos Ortega www.qualityexcellence.es [[alternative HTML version deleted]]
Si tienes acceso a MASS (el libro), este es un ejemplo en la página 193 (edición 4). Otra manera es: install.packages("sos", dep=TRUE) test <- findFn("LD50") summary(test) que imprime un número de paquetes que tiene LD50 en por lo menos uno de sus páginas de ayuda. Kjetil On Thu, Apr 12, 2012 at 15:52, jose luis cañadas <canadasreche@gmail.com>wrote:> Echa un vistazo a dose.p del paquete MASS > library(MASS) > help(dose.p) > > El 12/04/12 22:16, Marcuzzi, Javier Rubén escribió: > > Estimado Diego >> >> A R lo puedes utilizar para calcular la dosis letal 50, su pregunta es >> muy general, yo soy veterinario y comprendo donde quiere llegar, pero por >> decirlo de forma no estadística ni medica, así porque sí no se calcula la >> Dl50, sin embargo creo que debe tener otros parámetros que no expreso a >> esta comunidad de usuarios de R en español. >> >> Hay tantas respuestas como datos faltantes en un correo tan general, una >> alternativa puede ser >> >> >> death <- factor (death) >> levels (death) <- c("no","yes") >> anc <- factor (anc) >> levels (anc) <- c("old","new") >> clinic <- factor (clinic) >> levels (clinic) <- c("A","B") >> >> glm2 <- glm(death ~ anc + clinic, binomial, weights=Freq, data=.data) >> >> >> Aunque no se si es lo que realmente necesita >> >> Javier >> -----Mensaje original----- From: Diego Ballesteros Vivas >> Sent: Thursday, April 12, 2012 4:02 PM >> To: r-help-es@r-project.org >> Subject: [R-es] CL 50 >> >> Buenas tardes a todos, soy nuevo en R y quisiera solicitar su ayuda para >> el >> cálculo de la concentración letal 50 de unos ensayos que realicé. Tengo >> que >> fabricar una curva con una regresión no lineal, en la que grafico el >> logaritmo de la concentración contra el porcentaje de supervivencia para >> hallar el CL50. Muchas gracias por su atención y ayuda. >> >> Diego >> >> [[alternative HTML version deleted]] >> >> >> >> >> >> >> >> ______________________________**_________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es@r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/**listinfo/r-help-es<https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es> >> >> ______________________________**_________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es@r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/**listinfo/r-help-es<https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es> >> > > ______________________________**_________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/**listinfo/r-help-es<https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es> >-- "If you want a picture of the future - imagine a boot stamping on the human face - forever." George Orwell (1984) [[alternative HTML version deleted]]
Mire abajo, cvorregiendo un error en el anterior mail: On Thu, Apr 12, 2012 at 16:02, Kjetil brinchmann Halvorsen < kjetil1001@gmail.com> wrote:> Si tienes acceso a MASS (el libro), este es un ejemplo en la página 193 > (edición 4). > > Otra manera es: > > install.packages("sos", dep=TRUE) >library(sos)> test <- findFn("LD50") > summary(test) > > que imprime un número de paquetes que tiene LD50 en por lo menos uno de > sus páginas de ayuda. > > Kjetil > > > On Thu, Apr 12, 2012 at 15:52, jose luis cañadas <canadasreche@gmail.com>wrote: > >> Echa un vistazo a dose.p del paquete MASS >> library(MASS) >> help(dose.p) >> >> El 12/04/12 22:16, Marcuzzi, Javier Rubén escribió: >> >> Estimado Diego >>> >>> A R lo puedes utilizar para calcular la dosis letal 50, su pregunta es >>> muy general, yo soy veterinario y comprendo donde quiere llegar, pero por >>> decirlo de forma no estadística ni medica, así porque sí no se calcula la >>> Dl50, sin embargo creo que debe tener otros parámetros que no expreso a >>> esta comunidad de usuarios de R en español. >>> >>> Hay tantas respuestas como datos faltantes en un correo tan general, una >>> alternativa puede ser >>> >>> >>> death <- factor (death) >>> levels (death) <- c("no","yes") >>> anc <- factor (anc) >>> levels (anc) <- c("old","new") >>> clinic <- factor (clinic) >>> levels (clinic) <- c("A","B") >>> >>> glm2 <- glm(death ~ anc + clinic, binomial, weights=Freq, data=.data) >>> >>> >>> Aunque no se si es lo que realmente necesita >>> >>> Javier >>> -----Mensaje original----- From: Diego Ballesteros Vivas >>> Sent: Thursday, April 12, 2012 4:02 PM >>> To: r-help-es@r-project.org >>> Subject: [R-es] CL 50 >>> >>> Buenas tardes a todos, soy nuevo en R y quisiera solicitar su ayuda para >>> el >>> cálculo de la concentración letal 50 de unos ensayos que realicé. Tengo >>> que >>> fabricar una curva con una regresión no lineal, en la que grafico el >>> logaritmo de la concentración contra el porcentaje de supervivencia para >>> hallar el CL50. Muchas gracias por su atención y ayuda. >>> >>> Diego >>> >>> [[alternative HTML version deleted]] >>> >>> >>> >>> >>> >>> >>> >>> ______________________________**_________________ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es@r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/**listinfo/r-help-es<https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es> >>> >>> ______________________________**_________________ >>> R-help-es mailing list >>> R-help-es@r-project.org >>> https://stat.ethz.ch/mailman/**listinfo/r-help-es<https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es> >>> >> >> ______________________________**_________________ >> R-help-es mailing list >> R-help-es@r-project.org >> https://stat.ethz.ch/mailman/**listinfo/r-help-es<https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es> >> > > > > -- > "If you want a picture of the future - imagine a boot stamping on the > human face - forever." > > George Orwell (1984) > > > >-- "If you want a picture of the future - imagine a boot stamping on the human face - forever." George Orwell (1984) [[alternative HTML version deleted]]
Diego La DL50 se calcula como la dosis necesaria para matar el 50 de los individuos expuestos. Los datos usualmente disponibles para este tipo de ensayos estan dados como individuos muertos en un número total de individuos expuestos para dosis crecientes del principio activo. Con estos datos se construye una curva de mortalidad en función de la dosis y apartir de ella se obtiene la dosis donde la mortalidad alcanza el 50%. Claro esta que la curva se modela y apartir del modelo se calcula la DL50. Los modelos usuales para calcular estas dosis son el modelo logístico o el modelo probit. Para ajustar un modelo logístico hay varias opciones pero podes la función glm Si queres usar un modelo logistico la expresión es: miModelo<-glm(cbind(muertos,expuestos-muertos)~1+dosis,family=binomial(link="logit"),na.action=na.omit,data=misdatos) Si queres usar un modelo probit la expresión es: miModelo<-glm(cbind(muertos,expuestos-muertos)~1+dosis,family=binomial(link="probit"),na.action=na.omit,data=misdatos) En cualquiera de los dos casos el modelo te permitirá estimar la constante (ordenada al origen) y la pendiente correspondeinte a la dosis. La dosis letal 50 se estima como -constante/pendiente. En el siguiente link podes ver ejemplo y una explicación general para regresión probit y encontraras las expresiones para calcular la varianza de la DL50 lo que te permitirá constuir un intervalo de confianza aproximado y que resulta muy util reportar. El documenta hace referencia un software diferente de R pero podes seguir los ejemplos igualmente. http://dl.dropbox.com/u/65302225/Ayuda/Regresi%C3%B3n%20Probit_esp.pdf Prof. Julio Di Rienzo Estadística y Biometría FCA- U.N. Córdoba IBS-RARG President http://sites.google.com/site/juliodirienzo "Biometry, the active pursuit of biological knowledge by quantitative methods." (R.A. Fisher, 1948) 2012/4/12 Kjetil brinchmann Halvorsen <kjetil1001@gmail.com>> Mire abajo, cvorregiendo un error en el anterior mail: > > On Thu, Apr 12, 2012 at 16:02, Kjetil brinchmann Halvorsen < > kjetil1001@gmail.com> wrote: > > > Si tienes acceso a MASS (el libro), este es un ejemplo en la página 193 > > (edición 4). > > > > Otra manera es: > > > > install.packages("sos", dep=TRUE) > > > library(sos) > > > test <- findFn("LD50") > > summary(test) > > > > que imprime un número de paquetes que tiene LD50 en por lo menos uno de > > sus páginas de ayuda. > > > > Kjetil > > > > > > On Thu, Apr 12, 2012 at 15:52, jose luis cañadas <canadasreche@gmail.com > >wrote: > > > >> Echa un vistazo a dose.p del paquete MASS > >> library(MASS) > >> help(dose.p) > >> > >> El 12/04/12 22:16, Marcuzzi, Javier Rubén escribió: > >> > >> Estimado Diego > >>> > >>> A R lo puedes utilizar para calcular la dosis letal 50, su pregunta es > >>> muy general, yo soy veterinario y comprendo donde quiere llegar, pero > por > >>> decirlo de forma no estadística ni medica, así porque sí no se calcula > la > >>> Dl50, sin embargo creo que debe tener otros parámetros que no expreso a > >>> esta comunidad de usuarios de R en español. > >>> > >>> Hay tantas respuestas como datos faltantes en un correo tan general, > una > >>> alternativa puede ser > >>> > >>> > >>> death <- factor (death) > >>> levels (death) <- c("no","yes") > >>> anc <- factor (anc) > >>> levels (anc) <- c("old","new") > >>> clinic <- factor (clinic) > >>> levels (clinic) <- c("A","B") > >>> > >>> glm2 <- glm(death ~ anc + clinic, binomial, weights=Freq, data=.data) > >>> > >>> > >>> Aunque no se si es lo que realmente necesita > >>> > >>> Javier > >>> -----Mensaje original----- From: Diego Ballesteros Vivas > >>> Sent: Thursday, April 12, 2012 4:02 PM > >>> To: r-help-es@r-project.org > >>> Subject: [R-es] CL 50 > >>> > >>> Buenas tardes a todos, soy nuevo en R y quisiera solicitar su ayuda > para > >>> el > >>> cálculo de la concentración letal 50 de unos ensayos que realicé. Tengo > >>> que > >>> fabricar una curva con una regresión no lineal, en la que grafico el > >>> logaritmo de la concentración contra el porcentaje de supervivencia > para > >>> hallar el CL50. Muchas gracias por su atención y ayuda. > >>> > >>> Diego > >>> > >>> [[alternative HTML version deleted]] > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> > >>> ______________________________**_________________ > >>> R-help-es mailing list > >>> R-help-es@r-project.org > >>> https://stat.ethz.ch/mailman/**listinfo/r-help-es< > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es> > >>> > >>> ______________________________**_________________ > >>> R-help-es mailing list > >>> R-help-es@r-project.org > >>> https://stat.ethz.ch/mailman/**listinfo/r-help-es< > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es> > >>> > >> > >> ______________________________**_________________ > >> R-help-es mailing list > >> R-help-es@r-project.org > >> https://stat.ethz.ch/mailman/**listinfo/r-help-es< > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es> > >> > > > > > > > > -- > > "If you want a picture of the future - imagine a boot stamping on the > > human face - forever." > > > > George Orwell (1984) > > > > > > > > > > > -- > "If you want a picture of the future - imagine a boot stamping on the human > face - forever." > > George Orwell (1984) > > [[alternative HTML version deleted]] > > > _______________________________________________ > R-help-es mailing list > R-help-es@r-project.org > https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help-es > >[[alternative HTML version deleted]]