similar to: Parallel computing with the snow package: external file I/O possible?

Hello, After getting help to solve part of my problem and some delay on my part, I am posting a more refined version to see if someone can help me further. I am trying to autocalibrate a model in my subject area using the snow and rgenoud packages. I want to use the key function "fn" that is called by genoud() to finalize input, run the model executable, and compute the objective

I am trying to use rgenoud and snow with an external model and file I/O. Unlike the typical application of rgenoud and snow, I need to run an external executable and do pre- and post-processing of input and output files for each parameter set generated by genoud(). I'm hoping that someone can suggest improvements to my approach and a work-around for file I/O problems I've encountered when

At office, using the internal LAN at my disposal, I'm having a go at parallel computing - to begin with - with pvm, rpvm & snow. The two boxes are as follows Remote machine uffbsd: CPU: Intel(R) Pentium(R) 4 CPU 2.00GHz (1994.13-MHz 686-class CPU) Origin = "GenuineIntel" Id = 0xf24 Stepping = 4 real memory = 260046848 (248 MB) This machine NbBSD: CPU: Mobile Intel(R)

Dear All, I have three classes of questions about generating random numbers with different packages (windows xp 32bit R). . 1. Suppose I would like to use package *foreach*, can I use current Sys.time as a seed? Although I can get the time up to1e-6 second precesion, the code below dose not work well on a local machine with two cores. ################# library(foreach) library(snow)

Hi, The following function use to work, but now it doesn't giving the error "> CallSnow(, 100) Using snow package, asking for 2 nodes 2 slaves are spawned successfully. 0 failed. Error in checkForRemoteErrors(val) : 2 nodes produced errors; first error: no applicable method for 'lapply' applied to an object of class "list" ". Where this is the

Hi Colin! I would like to know, that these following "vulnerabilities" does affect FreeBSD's reliability? If the answer is "yes", what version of FreeBSD affected, when will be fixed, etc. http://projects.info-pull.com/moab/MOAB-12-01-2007.html http://projects.info-pull.com/moab/MOAB-10-01-2007.html Thank you! -- kobi

Dear R Users, I am attempting to use snow with rmpi. My configuration is: - R Version 2.7.2, rmpi - RMPI 0.5-6 - DeinoMPI 1.1.0 - Windows Xp SP2 I can sucessfully create a cluster and execute simple commands but for some reason, I cannot change the working directory in my nodes. > noclusters<-2 > cl <- makeCluster(noclusters, type = "MPI") 2 slaves are spawned

I am trying to run a monte carlo process using snow with a MPI cluster. I have ~thirty processors to run the algorithm on and I want to run it 5000 times and take the average of the output. A very simple way to do this is to divide 5000 by the number of processors to get a number n and tell each processor to run the algorithm n times. I realize there are more efficient ways to manage the

Dear R-devel, Inspired by Michael Li's talk at JSM, I decided to try rpvm and snow on our two linux boxes. It only took me a couple of hours of screwing around to get it working (sooner if I had RTFM). Our setup is: 2 dual PIII-866 Xeons, one with 2GB RDRAM, the other with 1.28GB RDRAM. The first machine is acting as the NIS/NFS server. both /usr and /home are exported to the second

Hello, I'm trying to do some bootstrapping in a parallel environment (Linux cluster) in order to estimate confidence intervals for a certain parameter. Following the example in the documentation of the "snow" package (http://www.stat.uiowa.edu/~luke/R/cluster/cluster.html), I launch my computations by something like > cl.nuke.boot <- +

Reciban un saludo cordial. Por favor, ¿en cuál biblioteca de R existe una función para generar vectores aleatorios correlacionados, por ejemplo (X,Y), con X~Weibull y Y~Lognormal y corr(X,Y) = 0.7? Gracias desde ya por su atención/ayuda. César Escalante C. [[alternative HTML version deleted]]

Cordial saludo para cada uno. De manera amable les pido ayuda para acceder al código R usado para el algoritmo de la función qnorm. Gracias por su ayuda. César Escalante C. [[alternative HTML version deleted]]

Reciban un cordial saludo. De manera muy comedida les pido ayuda con la función indicada abajo. La usan en un artículo de inventarios. No veo dónde estoy errado. Gracias de antemano. César Escalante C. > lamb<-50 > L<-1 > h.<-10 > p<-25 > K<-5 > integ<-function(y){integrate(function(x)ppois(x,lamb*L),0,y)$value} > G<-function(y){(h.+p)*integ(y) +

Buenos días para cada una/o. Acabo de suscribirme. Tengo una inquietud que vi tratada por partes (y usando distintos paquetes) en las consultas anteriores. ¿Cuál es la mejor forma de ajustar distribuciones datos a distribuciones de probabilidad teóricas? ¿Cuáles son los paquetes para hacerlo en forma ágil? Gracias por su atención. Saludos. César Escalante C.

Hi all, I am trying to use snow package to do a parallel MCMC. I have read a few guides and articles, the following is that I came up with. When I run it I got the error message: Error in checkForRemoteErrors(lapply(cl, recvResult)) : 4 nodes produced errors; first error: could not find function "ui.Next" The data is a longitudinal data with few repeated readings on a number of

Un saludo cordial para cada uno. Les agradecería una ayuda con lo siguiente: Debo trabajar con una función de varias variabes, digamos f(x,y,z). ¿Cómo definir la función para usarla luego con ''integrate'' de forma tal que pueda fijar dos valores, ''y'' y ''z'', por ejemplo, e indicar los límites de integración para la variable que queda libre?

Buenas noches para cada uno. Me alegra saber que superamos los 200 usuarios y tengos expectativas con respecto a la I Conferencia de R-hispano en Murcia. No soy usuario de Linux por desconocimiento, algo que lamento. Debo instalar R en un equipo con Windows 7 a 64 bits. ¿Podrían indicarme por favor cómo instalarlo? ¿Se hace con el mismo archivo R-2.10.0-win32? ¿Debo cuidar o cambiar algo antes o

Buenas noches para cada uno. Me alegra saber que superamos los 200 usuarios y tengos expectativas con respecto a la I Conferencia de R-hispano en Murcia. No soy usuario de Linux por desconocimiento, algo que lamento. Debo instalar R en un equipo con Windows 7 a 64 bits. ¿Podrían indicarme por favor cómo instalarlo? ¿Se hace con el mismo archivo R-2.10.0-win32? ¿Debo cuidar o cambiar algo antes o

Cordial saludo. Estoy trabajando con una densidad conjunta algo elaborada (suma y cociente de dos variables aleatorias positivas usando la cópula Frank) y requiero encontrar la distribución marginal de cada una de las variables. A manera de ejemplo (no es el caso específico, que tiene mucho más código), si partimos de la distribución exponencial bivariada #----- theta<-0.5

Saludo cordial para cada uno. Les pido ayuda para generar números aleatorios de una mixtura k-puntos. Sabemos que la función de distribución F es una mixtura k-puntos si es de la forma F(x) = p_1 F_1(x) + p_2 F_2(x) + … + p_k F_k(x), donde F_j es una función de distribución de probabilidad, p_j > 0 y suma(p_j) = 1, para j = 1, 2, …, k. En mi caso particular F es la suavización de la