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Gracias Carlos. Hasta donde yo entiendo si las hay: El argumento family puede ser: "gaussian" (for minimizing squared error); por lo que tiene que ser numérica "bernoulli" (logistic regression for 0-1 out-comes); binaria por narices "poisson" (count outcomes; requires the response to be a positive integer); numérica también, pues. La única podría ser

Hola de nuevo. Se me olvidaba la principal razón para utilizar gbm.step del paquete dismo. Como sabéis, los boosted si sobreajustan (a diferencia de los random forest o cualquier otro bootstrap) pero gbm.step hace validación cruzada para determinar el nº óptimo de árboles y evitarlo. Es fundamental. La opción que me queda, Carlos, es hacerlo con gbm, pero muchas veces, y usar el

Hola erreros, ¿sabéis si gbm.step puede usarse para clasificación no binaria? Gracias -- Dr Manuel Mendoza Department of Biogeography and Global Change National Museum of Natural History (MNCN) Spanish Scientific Council (CSIC) C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID Spain

Muchas gracias Carlos; ¡tu siempre al pié del cañón! (lo puse el día de reyes a la 1.20h y me contestas a las 2.45h) Una cosa más: si el eje y es la probabilidad ¿por qué va de 0 a 10? En un RF para clasificación me da valores parecidos a los de tu ejemplo, y en otro para regresión, valores de y entre 45 y 55. Para regresión, el último parámetro no puede ser una categoría, como

Gracias Jorge. No entiendo bien; la variable objetivo es ya factor. El árbol me la predice bien, como factor, también. Es al ir construyendo el vector que lo anota con un nº, según de cuál de las 4 categorías se trate. Quoting Jorge I Velez <jorgeivanvelez en gmail.com>: > Estimado Manuel, > > Debes definir ecsta como factor usando, por ejemplo, > > factor(ecsta,

Buenas. El Paquete pdp es muy fácil de usar, pero cuando se lo aplico a mis datos me da: Error in eval(stats::getCall(object)$data) : object 'x.data' not found. Os copio abajo un ejemplo de aplicación a un RF. El mio es de un boosted regression trees (paquete gbm). No sé si esa puede ser la razón del error. En el paquete pdp no especifica que sea solo para RF, aunque en los

Bueno, creo que no contesté tu pregunta. Con training <- data[-i, ] crea una df llamada training, sin la muestra i, que después utiliza para entrenar el algoritmo. Quoting Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com>: > Estimado Manuel Mendoza > > Con sus datos y a modo de curiosidad, ¿que pasa en training <- data[-i, ]? > > Javier Rubén Marcuzzi >

Muy buenas; mi primera consulta. Utilizo rpart (con as.party) y evtree, para obtener árboles de clasificación. Los represento en una windows() aparte, pero cuando el árbol es un poco grande, las hojas quedan muy estrechas y no se ven los porcentajes. ¿Sabéis como hacer que todo el árbol sea más pequeño para que las hojas no queden como simples líneas? Gracias -- Dr Manuel Mendoza

Muchas gracias Carlos, como siempre. Es raro que se me pasase. En su momento miré todos los argumentos del RF, como hago siempre, pero ese lo había olvidado. La verdad es que funcionaba estupendamente, pero me parecía extraño. Aunque dado que los RF no sobreajustan, no hay problema con que sus árboles sean todo lo grandes que quieras. Lo he testado con una base de datos externa y explica

Buenas tardes, tengo un loop que hace un árbol de clasificación cada vez y va creando un vector con una predicción que hace. Son 4 categorías (pongamos a, b, c y d), pero en vez de ir añadiendo la categoría predicha me añade al vector el nº (del 1 al 4) al que corresponde esa categoría. Supongo que se puede hacer que añada la categoría (la letra), pero no sé cómo. preds <- {} for (i

Si, Carlos. Yo hago lo mismo, pero esos mismos numeritos salen enormes. > treesize(RFfit) [1] 4304 4302 4311 4319 4343 4298 4298 4311 4349 4327 4331 4317 4294 4321 4283 4362 [17] 4300 4330 4266 4331 4308 4352 4294 4315 4372 4349 4331 4347 4329 4348 4298 4335 [33] 4346 4396 4345 4313 4293 4276 4353 4272 4304 4325 4317 4336 4308 4351 4374 4324 [49] 4386 4359 4311 4346 4300

Buenas tardes a todos. El paquete randomForest tiene la función treesize, que es el nº de nodos. Me dan valores realmente elevados (en torno a 1000), y eso me parece extraño. ¿sabéis si es así? Gracias, Manuel -- Dr Manuel Mendoza Department of Biogeography and Global Change National Museum of Natural History (MNCN) Spanish Scientific Council (CSIC) C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID Spain

Hola erreros. A ver si alguien podría decirme qué son los dos ejes del plot que resulta de aplicar partialPlot en un Randomforest. Encuentro que: Partial dependence plot gives a graphical depiction of the marginal effect of a variable on the class probability (classification) or response (regression) que nos indica como varía la VR en función de la variable considerada, manteniendo el

Gracias Carlos y Javier, ntrees es el nº de árboles y treesize sus respectivos tamaños (nº de nodos) ntree: Number of trees to grow. This should not be set to too small ...... treesize: Size of trees (number of nodes) in and ensemble. Puse 1000 árboles (ntree=1000), si, pero la función treesize te da el nº de nodos: treesize(RFfit, terminal=TRUE) me da un vector de 1000 elementos (uno

Gracias Carlos. No uso caret, pero lo miraré. Quoting Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>: > Hola, > > Creo que si utilizas "caret" y en la función "trainControl()" defines "oob" > como criterio de randomización, puedes luego recuperar del objeto del > modelo, las predicciones individuales... > > Saludos, > Carlos Ortega >

Gracias Carlos J., sale bien, pero me transforma las 6 categorías en números del 1 al 6 ¿sabes cómo evitarlo? Quoting "Carlos J. Gil Bellosta" <cgb en datanalytics.com>: > apply(data, 1, function(x) which.max(table(x))) > > El sáb., 14 abr. 2018 a las 19:54, Manuel Mendoza (<mmendoza en mncn.csic.es>) > escribió: > >> >> Buenas tardes de

Gracias Javier, pero creo que si no consigo que me lo haga todo de una vez con un loop, me merece más la pena hacerlo como hasta ahora, una a una. Manuel Quoting Javier Marcuzzi <javier.ruben.marcuzzi en gmail.com>: > Estimado Manuel Mendoza > > No sería lo ideal, pero de pronto podría ir guardando en json, que es una > forma no estructurada, luego toma los datos

Pues no lo sé. Es algo del código de RandomForest, supongo. Quoting Jesús Para Fernández <j.para.fernandez en hotmail.com>: > U es un dataframe? > > Obtener Outlook para Android<https://aka.ms/ghei36> > > ________________________________ > From: R-help-es <r-help-es-bounces en r-project.org> on behalf of > Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>

Funciona, me crea una matriz en cada iteración, con un nombre que incluye el nº de la iteración. Me surge ahora el problema de que, dentro del mismo bucle la quiero convertir en df y ponerle nombre a las columnas, y como el nombre de la matriz es distinto cada vez, no sé cómo hacerlo. Supongo que se hará todo al crearla, pero no sé cómo. Un problema adicional es que las variables

Bien, Carlos, lo de ir metiendo las dfs en una lista parece buena idea, y después puedo fusionarlas con un cbind, tal y como hago ahora mismo, después de crear cada una de ellas independientemente. Son 9 dfs, y obtener cada una de ellas toma bastante tiempo de computación. Lo que quiero es que me haga las 9 en un loop. El problema es que si no les pone nombres distintos a las variables,