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2014 Jun 20
2
Como construir una curva ROC
Hola!
Tengo que hacer una curva ROC com unos datos que obtuve de hacer una macro
de excel y aplicar unas reglas, y basicamente tengo que a partir de la
variacion del tiempo y la velocidad del barco obtengo diferentes
porcentajes de true positives (TP) y false positives (FP) y con eso deberia
de construir una curva ROC.
Dada mi ignorância en este tema, no se muy bien por donde empezar , estuve
2014 Jun 27
2
error:max not meaningful for factors
Hola a todos,
Estoy intentando utilizar este script para hacer un plot con valores x
,y,z; representando los valores TP(y) y FP(x) y en funcion de la velocidad
que seria el factor alpha.
Y me da este en el ultimo punto de hacer el plot, alguien sabe que
significa?
library(ROCR)
data(ROCR.simple)
pred <- prediction( ROCR.simple$predictions, ROCR.simple$labels )
perf <- performance( pred,
2009 May 12
1
ROCR: auc and logarithm plot
Hi,
I am quite new to R and I have two questions regarding ROCR.
1. I have tried to understand how to extract area-under-curve value by looking at the ROCR document and googling. Still I am not sure if I am doing the right thing. Here is my code, is "auc1" the auc value?
"
pred1 <- prediction(resp1,label1)
perf1 <- performance(pred1,"tpr","fpr")
plot(
2016 Jul 15
4
Calcular media cada x tramos
Buenas,
Estoy intentando caracterizar una curva de 180 puntos y sacar su vector de caracteristica:
Punto de inicio,
Máximo
Minimo
....
Para ello tengo un dataframe con las distintas curvas, de la forma siguiente:
segundos valor curva
1 170 1
2 175 1
......................................
180 125 1
1
2009 Feb 25
3
Using package ROCR
I am trying to use package ROCR to analyze classification accuracy,
unfortunately there are some problems right at the beginning.
Question 1)
When I try to run demo I am getting the following error message
> library(ROCR)
> demo(ROCR)
> if(dev.cur() <= 1) .... [TRUNCATED]
Error in get(getOption("device")) : wrong first argument
When I issue the command
> dev.cur()
it
2009 Sep 24
3
pipe data from plot(). was: ROCR.plot methods, cross validation averaging
All,
I'm trying again with a slightly more generic version of my first question. I can extract the
plotted values from hist(), boxplot(), and even plot.randomForest(). Observe:
# get some data
dat <- rnorm(100)
# grab histogram data
hdat <- hist(dat)
hdat #provides details of the hist output
#grab boxplot data
bdat <- boxplot(dat)
bdat #provides details of the boxplot
2012 Feb 09
2
ROCR crashes for simple recall plot
I'm trying to use ROCR to create a simple cutoff vs recall plot
(recall at p) on the example ROCR.simple dataset:
library(ROCR)
data(ROCR.simple)
pred <- prediction(ROCR.simple$predictions, ROCR.simple$labels)
perf <- performance(pred, "rec")
plot(perf)
But R crashes on me on the last line.
I'm using R 2.14.1, ROCR 1.0-4. ?Any ideas? Thanks in advance.
--
Yang Zhang
2018 Jul 18
2
Legendas en una gráfica de ggplot2
Buenas tardes, estoy haciendo una gráfica de múltiples lineas pero no he
podido generar las legendas. Alguno de ustedes me podría colaborar.
library(ggplot2)
#### Con b=-2
t=seq (-4, 4, by=0.01)
l=exp(t+2)/(1+(exp(t+2)))
##con b igual a -1
t=seq (-4, 4, by=0.01)
o=exp(t+1)/(1+(exp(t+1)))
### Con b igual a 0.7
t=seq (-4, 4, by=0.01)
i=exp(t-0.7)/(1+(exp(t-0.7)))
### Con b igual a 2
t=seq
2009 Mar 27
1
ROCR package finding maximum accuracy and optimal cutoff point
If we use the ROCR package to find the accuracy of a classifier
pred <- prediction(svm.pred, testset[,2])
perf.acc <- performance(pred,"acc")
Do we?find the maximum accuracy?as follows?(is there a simplier way?):
> max(perf.acc at x.values[[1]])
Then to find the cutoff point that maximizes the accuracy?do we do the
following?(is there a simpler way):
> cutoff.list <-
2018 Jul 18
2
Legendas en una gráfica de ggplot2
¡Gracias! Espectacular. Me ha servido mucho.
El mié., 18 de jul. de 2018 1:15 PM, Víctor Granda García <
victorgrandagarcia en gmail.com> escribió:
> Hola Sebastián.
>
> Entiendo que tratas de que aparezca una leyenda con el tipo de curva
> (l,o,u,i). Si quieres aprovechar las ventajas de ggplot (como las leyendas
> automáticas) normalmente tienes que asignar linetype a una
2012 Nov 22
2
ROCR package not installing
I have tried installing the package (ROCR) with this command:
Install.packages(ROCR)
And with this command on the command line
R CMD INSTALL ROCR_1.0-4.tar.gz
But both times I get exactly the same error shown below, I don't understand
what is wrong, is this an error in the package code?
Thank you
Philip
probinson@bioinform08:/tmp/RtmpO0rFbx/downloaded_packages$ R CMD
2008 May 22
1
Extracting slots from ROCR prediction objects
Hi,
I have an object from the prediction function from the ROCR package and I would like to extract one of the slots from the object, for example the cutoffs slot. However the usual techniques ($, [["name"]]) of subsetting don't work. How can I assess the lists in the slots?
Here is an example of what I am working with:
library(ROCR)
data(ROCR.simple)
pred <-
2009 Jul 25
4
ROCR package question
I use ROCR to plot multiple runs' performance. Using the sample code
as example:
# plot ROC curves for several cross-validation runs (dotted
# in grey), overlaid by the vertical average curve and boxplots
# showing the vertical spread around the average.
data(ROCR.xval)
pred <- prediction(ROCR.xval$predictions, ROCR.xval$labels)
perf <- performance(pred,"tpr","fpr")
2010 Aug 17
1
ROCR predictions
Hi everybody,
I am having a problem building a ROC curve with my data using the ROCR
package.
I have 10 lists of proteins such as attached (proteinlist.xls). each of the
lists was calculated with a different p-value.
The goal is to find the optimal p-value for the highest number of true
positives as well as lowaest number of false positives.
As far as I understood the explanations from the
2017 Sep 01
2
Area bajo la curva
Estimado Wilmer Contreras Sepulveda
Me parece buena la sugerencia de Jorge, hay muchas formas, yo aparte de la sugerencia que le hicieron le agrego otras dos, en cualquier buscador las palabras claves son R AUC, y el artículo https://www.r-bloggers.com/calculating-auc-the-area-under-a-roc-curve/ , lógicamente aparecerán tantas alternativas que puede llegar a confundirse respecto a cuál es
2012 Jul 28
1
gráfico lines integral
Buenas noches:
Les consulto por lo siguiente, tengo este gráfico
Estos son el resultado de modelos mixtos, los datos son almacenados en un data.frame, resumiendo el código, quitando el x <- data.frame() como el plot()
El primero es fitted:
goatMilk$dim, fitted(fitWilm_goat)
plot la línea de arriba
El segundo es predict:
goatMilk$dim, predict(fitWilm_goat)
El tercero es plot + lines
2012 Dec 19
2
pROC and ROCR give different values for AUC
Packages pROC and ROCR both calculate/approximate the Area Under (Receiver Operator) Curve. However the results are different.
I am computing a new variable as a predictor for a label. The new variable is a (non-linear) function of a set of input values, and I'm checking how different parameter settings contribute to prediction. All my settings are predictive, but some are better.
The AUC i
2010 Feb 23
2
Importing a file to r
Hello
I am trying to import the attached file Curva LIBOR to R. I am trying to use
the following commands and obtaining the following errors
> res <- read.xlsx("C:\\Users\\FELIPE
PARRA\\Documents\\Quantil\\Federacion\\Curva LIBOR.xlsx", 4)
Error en .jcall(rowCells[[ic]], "I", "getColumnIndex") :
RcallMethod: invalid object parameter
> res <-
2017 Sep 01
2
Area bajo la curva
Buenas noches.
Quisiera saber si existe una libreria o función que me calcule el área bajo
la curva de dos vectores de números. Ademas esta debe tener en cuenta si
existen datos faltantes o NaN.
Por ejemplo calcular el área bajo la curva del vector en el eje x:
x<- c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10)
y el vector en el eje y:
y<-c(0,2,15,30,50,NaN,NaN,10,2,1)
Muchas gracias.
--
*Wilmer
2014 May 20
3
Curvas de densidad no parametricas
Estimados una consulta me encuentro graficando un histograma cuyos datos no
provienen de una distribución clásica como la normal exponenial, poisson,
etc, Lo que necesito es colocar una curva no paramétrica que permita
evidenciar el ajuste de los datos a esa curva ya que son muchos (alrededor
de 80000).
Muchas gracias
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