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2013 Aug 27
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Encontrar las variables más importantes en componentes principales
Hola compañeros de la lista. Qué tal. Tengo un análisis de componentes principales, en el que se evalúan aproximadamente 1000 variables. Usando la función dudi.pca e inertia.dudi obtengo una cantidad de información sobre la influencia de las variables sobre los dos componentes principales. Me gustaría saber si existe alguna función que sobre esta información me arrojara la lista de
2013 Aug 29
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Resumen de R-help-es, Vol 54, Envío 22
Hola! No he podido consultar la doc. del paquete ade4, algo debe estar caído en CRAN ahora mismo. Dos cosas sobre la metodología -aun desconociendo los detalles de cómo lo hace ade4: El output de un PCA, los "pesos" de cada variable en las dimensiones de los componentes se interpretan como correlaciones, a mayor valor absoluto mayor asociación variable-componente. Ahora, como tales
2010 Feb 24
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how to label individuals with FactoMiner ?
Dear all, i'm trying to label specific individuals (supplementary ones) after a PCA with the FactoMiner package. There is not much details (possibilities?) in the R-help of the plot.pca function. There is indeed a "label" parameter but i could only manage to label the supplementary individuals with there "row.names" (i.e. label="indiv.sup") and not with the
2013 Nov 03
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CONSULTA f
ESTE SCRIPT FUNCIONA PERFECTAMENTE, LA PREGUNTA QUE HACÍA SE REFERÍA A QUE SI SERÍA POSIBLE QUE EN LA PROPIA TABLA CSV PUDIERAN ESTAR LOS NOMBRES DE LOS ANTIBIOTICOS Y QUE EL ANÁLISIS PCA NO LO RECHACE POR SER CUALITATIVO, QUE DE ALGUNA MANERA SE DIERA UNA INSTRUCCIÓN PARA EVITAR TENER QE HACER LO DE rownames manualmente setwd("D:/Public/Documents/R/FactoMineR/") table1 <-
2013 Oct 01
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Análisis de componentes principales con ade4 y FactoMineR
Instalo ade4 correctamente y no me abren los datos como por ejemplo data(bsetal97) ¿Qué piensan de eso? De: r-help-es-bounces en r-project.org [mailto:r-help-es-bounces en r-project.org] En nombre de Francesc Carmona Enviado el: Tuesday, October 01, 2013 7:30 AM Para: r-help-es en r-project.org Asunto: Re: [R-es] Análisis de componentes principales con ade4 y FactoMineR Por definición
2013 Nov 01
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FactoMineR
Este listado de antibióticos lo tengo en una tabla csv CON DETERMINADAS MEDICIONES CUANTITATIVAS POR AñOS Ampicillin Oxacillin Peniclina Ciprofloxacina Amikacina Gentamicina Kanamicina Ceftriaxone Ceftazidima Cefotaxima Cefazolina Cefuroxima Aztreonam Cloranfenicol Vancomicina Eritromicina Clindamicina Fosfomicina Amoxicilina Imipenem Azitromicina
2009 Apr 28
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colored PCA biplot
Hi- I'm trying to make my PCA (princomp) colored. In my csv excel sheet, I have the first column numbered according to the groupings I want to assign to the PCA. I've played around with trying to set this first column as the color vector, but haven't had any luck. Any suggestions? Thanks, Hillary [[alternative HTML version deleted]]
2013 Dec 04
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AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA
Cordial saludo adjunto la base de datos y el script: eu60<- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";", dec=".", row.names=1) eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19) eu60.data <- cbind.data.frame(eu60[,19], eu60.pca$ind$coord) eu60.ellipse <- coord.ellipse(eu60.data, bary=TRUE) plot.PCA(ellipse=eu60.ellipse, cex=0.8) El 4 de diciembre de 2013 17:35, Camilo Calle
2008 Sep 16
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Different PCA results under Windows and Linux
I ran the following R script under both Linux and Windows, and got 2 different results. Linux R version 2.7.1 and Windows R version 2.7.2. > library(FactoMineR) >x1=read.table("freqtest.txt",header=TRUE) >xrcc2=x1[,1:8] >p1=PCA(xrcc2, graph=FALSE) >p1$var freqtest.txt file lines of text : M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 0 0 0 -1 -1 1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
2009 Aug 03
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principal component analysis for class variables
Dear Forum, I have a class variable 1 (populations A-E), and two other class variables, variable 2 and variable 3. What I want is to see if the combination of var 2 and var 3, will give me a pattern that allows to distinguish populations. I found several packages like ade4, with pcaiv function and factoMineR. but there are not working. Using the ade4 package, when I try to build the pca: pca1
2013 Aug 29
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Encontrar las variables más importantes en componentes principales
Hola Argel, Puedes encontrar un par de ejemplos que cómo conseguir una valoración (qualitativa y cuantitativa) de la contribución de cada variable a cada componente principal, en el libro "Exploratory Multivariate Analysis by Example Using R". Este libro está basado en la librería "FactoMineR". Los ejemplos están en el capítulo primero. No he mirado como se haría esto con
2013 Oct 01
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Análisis de componentes principales con ade4 y FactoMineR
Hola compañeros de la lista, qué tal. Estoy haciendo un análisis de componentes principales utilizando las funciones "dudi.pca" (paquete "ade4") y "PCA" (paquete "FactoMineR"). Sucede que al comparar las coordenadas de cada individuo que obtiene cada función, las que corresponden al segundo componente principal tienen idéntica magnitud pero con
2013 Dec 04
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AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA
Hola, ¿qué tal? Tu problema es que tienes agrupaciones de países (p.e., ASIA_MERIDIOL) con un solo respresentante. Las matrices con las que construyes las elipses son degeneradas (más bien, no existen: sospecho que tienen que ver con la covarianza... ¿de un único caso?). Elimina las agrupaciones triviales. Un saludo, Carlos J. Gil Bellosta http://www.datanalytics.com El día 4 de diciembre de
2013 Oct 01
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HELP
Estoy trabajando con el paquete FactoMineR y no sé como graficar cualquier eje; pues el escribir: plot(base.pca, axes=1:3) me grafica los ejes 1 y 2 no sé como graficar por ejemplo; los ejes 1 y 3 o 2 y 5, -- Camilo Alberto Calle Velásquez Zootecnista UdeA. [[alternative HTML version deleted]]
2013 Oct 11
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behaviour of read.xls (gdata package) when worksheet usesuser-defined cells formats
(I'm afraid this post didn't reach the list on last Wednesday, here it is again ) hi R-list, And sorry for my frenglish ! I am running R < Good Sport > release ( i386-w64-mingw32/i386 (32-bit) ) ) under Windows 7 Professional, Service Pack 1. My perl executable is ActivePerl build 817 [257965] (i.e. version 5.8.8.817). Usually it is working fine. Using the gdata ::read.xls
2011 Aug 16
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exponential model with decreasing
Hi everybody, I try to do an exponential model with decreasing. In my data, there is no data missing but there negative values. I adapted this following code whose the origin code comes from in this forum: Regress<-read.table("C:\\Users\\Regression.csv",sep=";",dec=",",header=TRUE) Regress f <- function(x,a,b) {a * exp(b * x)} x<-Regress$EWT
2011 Jul 18
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Cómo usar dynGraph
¿Alguien ha utilizado el paquete dynGraph? ¡No logro nada! Gracias anticipadas Jorge *************************************************************************************************** 1 de Agosto de 1961, creación del Ministerio del Transporte. [[alternative HTML version deleted]]
2011 Dec 02
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Problem with loop
Hi, I try to build a loop difficultly. I have in a folder called Matrices several files (.csv) called Mat2002273, Mat2002274 to Mat2002361. I want to calculate for each file the mean of the column called Pixelvalues. I try this code but as result, I have this message: Mat2002273 not found
2017 Sep 15
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Regarding Principal Component Analysis result Interpretation
Dear Sir/Madam, I am trying to do PCA analysis with "iris" dataset and trying to interpret the result. Dataset contains 150 obs of 5 variables Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa 2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
2013 Dec 04
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AYUDA CON ERROR CON LA LIBRERIA PCA
Cordial saludo, soy principiante en R y estoy haciendo un análisis multivariado de datos, y necesito hacer las elipses de confianza donde la variable 19 es cualitativa suplementaria y el resto son variables activas; tengo el siguiente código: eu60 <- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";", dec=",", row.names=1) ### capturar datos eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19) ##