similar to: help: Using hotelling for a confidence region for PCA scores

Hello everyone I really need some help here. I made a confidence ellipse using the function ellipse from the package ellipse: ellipse(SD, centre=colMeans(pcsref),t=sqrt((p * (n-1)/(n-p))*qf(0.99, p,n-p)) Now, I want to write a function whom return TRUE or FALSE if a given observation is in the confidence ellipse. But I have no clue how to do it Can anyone help me? Best regards Jessica

Dear R users; Is there any function to plot the confidence ellipse (Hotelling's T^2) in an score plot from a PCA? I have the scores off course , say scores for PC1 and PC2, and the value of the Hotelling's T^2 statistic. Thanks for any hint PM

Hola a todos, No he podido encontrar la solución para el siguiente error al instalar el paquete dplR: > install.packages("dplR") Installing package into ‘/home/milagros/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’ (as ‘lib’ is unspecified) also installing the dependency ‘gmp’ probando la URL ' http://r.mirror.mendoza-conicet.gob.ar/src/contrib/gmp_0.5-11.tar.gz' Content type

Hi, I have used the mgcv library to generate a simple additive model. I want to know how to plot the function on the raw data with confidence intervals whan I have TWO variables in the model. I get it to work with one variable but not with two. I am on the limit for what I understand in R, so be gentle. I have read the help file on predict.gam, but did not get any help out of it. #My model:

Good morning I've made an PCA and I'd like to plot a confidence region based on Hotelling T2? Does anyone know how to compute it? Thank you -- View this message in context: http://r.789695.n4.nabble.com/hotelling-and-confidence-region-tp3524204p3524204.html Sent from the R help mailing list archive at Nabble.com.

I ran the following R script under both Linux and Windows, and got 2 different results. Linux R version 2.7.1 and Windows R version 2.7.2. > library(FactoMineR) >x1=read.table("freqtest.txt",header=TRUE) >xrcc2=x1[,1:8] >p1=PCA(xrcc2, graph=FALSE) >p1$var freqtest.txt file lines of text : M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 0 0 0 0 -1 -1 1 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1

Cordial saludo adjunto la base de datos y el script: eu60<- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";", dec=".", row.names=1) eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19) eu60.data <- cbind.data.frame(eu60[,19], eu60.pca$ind$coord) eu60.ellipse <- coord.ellipse(eu60.data, bary=TRUE) plot.PCA(ellipse=eu60.ellipse, cex=0.8) El 4 de diciembre de 2013 17:35, Camilo Calle

Cordial saludo, soy principiante en R y estoy haciendo un análisis multivariado de datos, y necesito hacer las elipses de confianza donde la variable 19 es cualitativa suplementaria y el resto son variables activas; tengo el siguiente código: eu60 <- read.csv(file.choose(), header=T, sep=";", dec=",", row.names=1) ### capturar datos eu60.pca <- PCA(eu60, quali.sup=19) ##

Hola, ¿qué tal? Tu problema es que tienes agrupaciones de países (p.e., ASIA_MERIDIOL) con un solo respresentante. Las matrices con las que construyes las elipses son degeneradas (más bien, no existen: sospecho que tienen que ver con la covarianza... ¿de un único caso?). Elimina las agrupaciones triviales. Un saludo, Carlos J. Gil Bellosta http://www.datanalytics.com El día 4 de diciembre de

Hi everybody I have a question about loading 'RcmdrPlugin.FactoMineR' pachage in R. I have installed Rcmdr, FactoMineR and 'RcmdrPlugin.FactoMineR. when I want to load this package, at first a message inform me I should load the following list of packages: FactoMineR, ellipse, lattice, cluster, scatterplot3d, Rcmdr, tcltk, car, MASS, nnet I have loaded all above packages and again I

Estoy tratando de instalar paquetes de R desde Rstudio y me da los siguientes errores. Installing package(s) into ‘/home/bienkowski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15’ (as ‘lib’ is unspecified) Warning in install.packages : no fue posible conectarse a 'www.vps.fmvz.usp.br' en el puerto 80. Warning in install.packages : unable to access index for repository

Buena tardes. La descripción es el asunto del mail y la salida que me da la siguiente: ``` * installing *source* package ?FactoMineR? ... ** package ?FactoMineR? successfully unpacked and MD5 sums checked ** R ** data ** inst ** preparing package for lazy loading Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : unable to load shared object

Hi, I created a principal component plot using the first two principal components. I used the function princomp() to calculate the scores. now, I would like to superimpose an ellipse representing the center and the 95% confidence interval of a series of points in my plot (as to illustrate the grouping of my samples). I looked at the ellipse() function in the ellipse package but can't get it

Gracias, Carlos. Lo voy a tener que revisar con ahínco. Lo había visto, pero no entendido. A ver si va por ahí el problema 2018-07-12 16:52 GMT+02:00 Carlos Ortega <cof en qualityexcellence.es>: > No es la versión de la librería con la que tienes tú el problema... pero > puede ayudar... > > https://stackoverflow.com/questions/47608240/lavaan- >

Dear all, i'm trying to label specific individuals (supplementary ones) after a PCA with the FactoMiner package. There is not much details (possibilities?) in the R-help of the plot.pca function. There is indeed a "label" parameter but i could only manage to label the supplementary individuals with there "row.names" (i.e. label="indiv.sup") and not with the

Dear Users, I installed R Commander and the FactoMineR plug-in. Everything is fine, I can see the new menu, I can import datasets, but if I want to use any of the items in the FactoMineR menu, i get the following error: Error in get(.activeDataSet) : object '.activeDataSet' not found even if there is an active dataset (if there is none, all the menu items are grey of course). I have R

Buenos dìas compañeros. Estoy trabajando con la funciòn FMA del paquete FactoMiner, pero no me permite ver las salidas gràficas de la funciòn con el siguiente mensaje: Error en plot.new() : márgenes de figura muy grandes Mis variables continuas estàn estandarizadas y no he podido conguir resultados. Agradezco cualquier ayuda. Cordialmente, -- Luis Alberto López González [[alternative HTML

¿Alguien ha utilizado el paquete dynGraph? ¡No logro nada! Gracias anticipadas Jorge *************************************************************************************************** 1 de Agosto de 1961, creación del Ministerio del Transporte. [[alternative HTML version deleted]]

Estimados Queremos con el paquete FactoMineR hacer este tipo de tabla de mortalidad que lea los datos desde de una tabla csv Realizamos lo que viene en la ayuda y es muy interesante, sin embargo cuando mandamos a leer desde la tabla csv original de los autores no hace el análisis porque algo falta y no nos percatamos de que es. Adjunto tabla original Saludos cordiales #ESTO ES LO QUE

ESTE SCRIPT FUNCIONA PERFECTAMENTE, LA PREGUNTA QUE HACÍA SE REFERÍA A QUE SI SERÍA POSIBLE QUE EN LA PROPIA TABLA CSV PUDIERAN ESTAR LOS NOMBRES DE LOS ANTIBIOTICOS Y QUE EL ANÁLISIS PCA NO LO RECHACE POR SER CUALITATIVO, QUE DE ALGUNA MANERA SE DIERA UNA INSTRUCCIÓN PARA EVITAR TENER QE HACER LO DE rownames manualmente setwd("D:/Public/Documents/R/FactoMineR/") table1 <-