[R] How to do automatical-plotting

stephen sefick
Mon, 15 Jun 2009 22:02:57 -0000

?dput
to make the example code reproducible, and then maybe i can help.

Stephen Sefick

On Mon, Jun 15, 2009 at 4:42 AM, Mao Jianfeng<jianfeng.mao at gmail.com>
wrote:
> Hi R-listers,
>
> I am new to R and programming.
>
> I have a large dataframe composed of two grouping variables (species,
> population, with populations nested in species) and tens of continuously
> numeric variables. For each numeric variable, I want to make a boxplot with
> population as the X axis and the boxes filled according to which species it
> is belonging to. But, that is a definitely tedious work. I followed the
> tutorials in the ggplot2 website. But, I have not found any way to ease
this
> work.
>
> I am really thirsting for an automatic approach to plot the numeric
> variables one by one in a PDF file, assigning the variable name as the y
> label. Can anyone share any brilliant scripts with me. I think it must be
> helpful to others who have little programming experience like me.
>
> the code I used to make boxplot on (dataframe: All, group variable: species
> and popluation, and numeric variable: conlen) is as followed:
>
> pcon<-ggplot(All, aes(population,conlen))
> pcon+geom_boxplot(aes(fill=species))
>
> Thank you in advance.
>
> Regards
> Mao J-F
>
> a part of my dataframe: All
>
> species ? ?population ? ?conlen ? ?tscale ? ?fscale ? ?tseen ? ?w100s
> nfsee
> Py ? ?YXPy01 ? ?8.6 ? ?153 ? ?69 ? ?111 ? ?1.680851064 ? ?94
> Py ? ?YXPy01 ? ?8.1 ? ?173 ? ?74 ? ?139 ? ?1.848484849 ? ?133
> Py ? ?YLPy01 ? ?6.5 ? ?138 ? ?58 ? ?99 ? ?1.520833333 ? ?48
> Py ? ?YLPy01 ? ?5.9 ? ?153 ? ?67 ? ?118 ? ?1.355140187 ? ?107
> Py ? ?KMPy01 ? ?6.1 ? ?113 ? ?48 ? ?75 ? ?1.470588235 ? ?51
> Py ? ?KMPy01 ? ?5.1 ? ?129 ? ?54 ? ?100 ? ?1.176470588 ? ?68
> Py ? ?KMPy01 ? ?3.9 ? ?109 ? ?37 ? ?30 ? ?1.5 ? ?22
> Py ? ?KMPy01 ? ?5 ? ?128 ? ?55 ? ?71 ? ?1.46875 ? ?64
> Py ? ?KMPy01 ? ?4.7 ? ?132 ? ?54 ? ?32 ? ?1.5 ? ?28
> Py ? ?KMPy01 ? ?5.8 ? ?113 ? ?52 ? ?65 ? ?1.136363636 ? ?45
> Py ? ?KMPy01 ? ?4.7 ? ?114 ? ?42 ? ?71 ? ?1.131147541 ? ?61
> Py ? ?KMPy01 ? ?5 ? ?120 ? ?77 ? ?131 ? ?1.403361345 ? ?119
> Py ? ?GSPy02 ? ?6.2 ? ?152 ? ?59 ? ?102 ? ?1.348837209 ? ?43
> Py ? ?GSPy02 ? ?6.2 ? ?111 ? ?41 ? ?64 ? ?2.805555556 ? ?36
> Py ? ?GSPy02 ? ?6.7 ? ?130 ? ?56 ? ?67 ? ?1.757575758 ? ?33
> Py ? ?GSPy02 ? ?6.6 ? ?115 ? ?47 ? ?78 ? ?1.603174603 ? ?63
> Py ? ?GSPy02 ? ?8.9 ? ?137 ? ?61 ? ?102 ? ?1.767676768 ? ?99
> Py ? ?GSPy02 ? ?6.2 ? ?157 ? ?68 ? ?115 ? ?1.459016393 ? ?61
> Py ? ?BCPy01 ? ?5.3 ? ?91 ? ?39 ? ?24 ? ?1.263157895 ? ?19
> Py ? ?BCPy01 ? ?6.1 ? ?100 ? ?46 ? ?53 ? ?1.117647059 ? ?17
> Py ? ?BCPy01 ? ?4.5 ? ?81 ? ?32 ? ?46 ? ?1.32 ? ?25
> Py ? ?LJPy01 ? ?6.6 ? ?170 ? ?65 ? ?72 ? ?2.035714286 ? ?56
> Py ? ?LJPy01 ? ?6.9 ? ?104 ? ?46 ? ?58 ? ?1.8 ? ?55
> Py ? ?LJPy01 ? ?8.6 ? ?161 ? ?66 ? ?38 ? ?1.794117647 ? ?34
> Py ? ?LJPy01 ? ?5.4 ? ?123 ? ?40 ? ?22 ? ?2.428571429 ? ?21
> Py ? ?LJPy01 ? ?6.8 ? ?123 ? ?54 ? ?57 ? ?2.044444444 ? ?46
> Py ? ?LJPy01 ? ?8.6 ? ?166 ? ?77 ? ?77 ? ?1.847457627 ? ?59
> Py ? ?LJPy01 ? ?6 ? ?132 ? ?51 ? ?91 ? ?1.119047619 ? ?84
> Py ? ?LJPy01 ? ?6.8 ? ?108 ? ?45 ? ?27 ? ?1.814814815 ? ?27
> Py ? ?LJPy01 ? ?6.2 ? ?115 ? ?48 ? ?70 ? ?1.765957447 ? ?47
> Py ? ?LJPy01 ? ?8 ? ?168 ? ?80 ? ?132 ? ?2.036363636 ? ?111
> Pd ? ?CYPd01 ? ?6.7 ? ?138 ? ?57 ? ?23 ? ?1.555555556 ? ?9
> Pd ? ?CYPd01 ? ?6.8 ? ?121 ? ?46 ? ?53 ? ?1.973684211 ? ?38
> Pd ? ?CYPd01 ? ?5.9 ? ?114 ? ?52 ? ?60 ? ?1.25 ? ?12
> Pd ? ?CYPd01 ? ?5.2 ? ?119 ? ?53 ? ?53 ? ?1.432432432 ? ?37
> Pd ? ?CYPd01 ? ?7.6 ? ?118 ? ?46 ? ?63 ? ?2 ? ?23
> Pd ? ?CYPd01 ? ?6.1 ? ?144 ? ?61 ? ?24 ? ?1.428571429 ? ?14
> Pd ? ?CYPd01 ? ?5.5 ? ?130 ? ?46 ? ?62 ? ?1.32 ? ?54
> Pd ? ?CYPd01 ? ?6.6 ? ?153 ? ?57 ? ?83 ? ?1.558441558 ? ?77
> Pd ? ?CYPd02 ? ?5.9 ? ?111 ? ?32 ? ?51 ? ?1.3 ? ?10
> Pd ? ?CYPd02 ? ?7.1 ? ?121 ? ?51 ? ?80 ? ?1.451612903 ? ?31
> Pd ? ?CYPd02 ? ?7.3 ? ?150 ? ?68 ? ?127 ? ?1.681415929 ? ?113
> Pd ? ?CYPd02 ? ?5.6 ? ?121 ? ?38 ? ?64 ? ?1.228571429 ? ?36
> Pd ? ?CYPd02 ? ?7.2 ? ?140 ? ?62 ? ?88 ? ?1.585365854 ? ?41
> Pd ? ?CYPd02 ? ?6.1 ? ?113 ? ?54 ? ?91 ? ?1.256756757 ? ?74
> Pd ? ?CYPd03 ? ?4.6 ? ?109 ? ?45 ? ?57 ? ?1.09375 ? ?32
> Pd ? ?CYPd03 ? ?4.9 ? ?115 ? ?44 ? ?45 ? ?1.235294118 ? ?17
> Pd ? ?CYPd03 ? ?6.4 ? ?134 ? ?44 ? ?64 ? ?1.209302326 ? ?45
> Pd ? ?CYPd03 ? ?4.6 ? ?96 ? ?42 ? ?41 ? ?1.15 ? ?21
> Pd ? ?CYPd03 ? ?5.6 ? ?131 ? ?43 ? ?45 ? ?1.771428571 ? ?35
> Pd ? ?CYPd03 ? ?6.1 ? ?124 ? ?48 ? ?59 ? ?1.578947368 ? ?38
> Pd ? ?CYPd03 ? ?5.2 ? ?110 ? ?57 ? ?71 ? ?1.340425532 ? ?47
> Pd ? ?CYPd03 ? ?5.5 ? ?118 ? ?57 ? ?83 ? ?1.625 ? ?48
> Pd ? ?CYPd03 ? ?6.1 ? ?106 ? ?61 ? ?95 ? ?1.559322034 ? ?60
> Pd ? ?CYPd03 ? ?6.2 ? ?121 ? ?64 ? ?100 ? ?1.707692308 ? ?65
> Pd ? ?CYPd03 ? ?5.1 ? ?99 ? ?38 ? ?28 ? ?1.43 ? ?20
> Pd ? ?CYPd03 ? ?5.1 ? ?132 ? ?45 ? ?47 ? ?1.791666667 ? ?24
> Pd ? ?YLPd01 ? ?6.15 ? ?120 ? ?43 ? ?46 ? ?1.446 ? ?21
> Pt ? ?BXPd01 ? ?4.6 ? ?64 ? ?18 ? ?23 ? ?2.166666667 ? ?18
> Pt ? ?BXPd01 ? ?5.1 ? ?87 ? ?26 ? ?38 ? ?2.25 ? ?32
> Pt ? ?BXPd01 ? ?4.8 ? ?89 ? ?27 ? ?50 ? ?2.130434783 ? ?46
> Pt ? ?BXPd01 ? ?6 ? ?97 ? ?29 ? ?31 ? ?2.684210526 ? ?19
> Pt ? ?BXPd01 ? ?5.2 ? ?98 ? ?32 ? ?54 ? ?2.292682927 ? ?41
> Pt ? ?GYPt01 ? ?4.3 ? ?98 ? ?27 ? ?8 ? ?4 ? ?5
> Pt ? ?GYPt01 ? ?4 ? ?82 ? ?27 ? ?51 ? ?2.78125 ? ?32
> Pt ? ?GYPt01 ? ?5 ? ?106 ? ?35 ? ?8 ? ?4.333333333 ? ?6
> Pt ? ?GYPt01 ? ?5.1 ? ?86 ? ?24 ? ?25 ? ?3.375 ? ?16
> Pt ? ?GYPt01 ? ?4.6 ? ?79 ? ?25 ? ?21 ? ?2.631578947 ? ?19
> Pt ? ?GYPt01 ? ?5 ? ?80 ? ?30 ? ?23 ? ?2.823529412 ? ?17
> Pt ? ?NSPt01 ? ?5.3 ? ?107 ? ?27 ? ?37 ? ?2.85 ? ?33
> Pt ? ?NSPt01 ? ?5.4 ? ?85 ? ?26 ? ?38 ? ?2.27 ? ?32
> Pt ? ?NSPt01 ? ?5.4 ? ?102 ? ?31 ? ?50 ? ?5.32 ? ?40
> Pt ? ?NSPt01 ? ?5.1 ? ?84 ? ?23 ? ?29 ? ?5.32 ? ?23
> Pt ? ?NSPt01 ? ?NA ? ?NA ? ?NA ? ?NA ? ?NA ? ?NA
> Pt ? ?NSPt01 ? ?4.1 ? ?57 ? ?17 ? ?24 ? ?2.7 ? ?18
>
> ? ? ? ?[[alternative HTML version deleted]]
>
> ______________________________________________
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> PLEASE do read the posting guide
http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>



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Stephen Sefick

Let's not spend our time and resources thinking about things that are
so little or so large that all they really do for us is puff us up and
make us feel like gods.  We are mammals, and have not exhausted the
annoying little problems of being mammals.

								-K. Mullis