[R-es] partialPlot en un Randomforest

Carlos Ortega
2018-01-07T01:46:38Z

Hola,

Ya es que la explicación de la función es un tanto oscura...

Mira el ejemplo (clasificación):

> data(iris)
> set.seed(543)
> iris.rf <- randomForest(Species~., iris)
> partialPlot(iris.rf, iris, Petal.Width, "versicolor")

Y el gráfico que se produce:

[image: Imágenes integradas 1]
El gráfico mide la variación de la probabilidad sobre una de las clases de
la variable target (en este caso la variable target es "Species" y la
clase
es "versicolor") de acuerdo a cómo varía la variable de estudio, en
este
caso "Petal.Width". El gráfico te indica que valores de Petal.Width
cercanos a 1.0 se obtiene el máximo de probabilidad de que Species sea
"versicolor".

Y algo parecido para cuando tienes un modelo de "regresión".

No sé ese "VR" que comentas en tu duda de dónde sale...

Si estás interesado en este tema, mira también el paquete  "pdp".

Gracias,
Carlos Ortega
www.qualityexcellence.es


El 7 de enero de 2018, 1:21, Manuel Mendoza <mmendoza en mncn.csic.es>
escribió:

>
> Hola erreros. A ver si alguien podría decirme qué son los dos ejes del
> plot que resulta de aplicar partialPlot en un Randomforest.
>
> Encuentro que:
>
> Partial dependence plot gives a graphical depiction of the marginal effect
> of a variable on the class probability (classification) or response
> (regression)
>
> que nos indica como varía la VR en función de la variable considerada,
> manteniendo el resto de variables fijas.
>
> No encuentro lo que es esa VR por ningún sitio (varianza?), ni la
> explicación de qué son los dos ejes.
>
> Gracias,
> Manuel
>
>
> --
> Dr Manuel Mendoza
> Department of Biogeography and Global Change
> National Museum of Natural History (MNCN)
> Spanish Scientific Council (CSIC)
> C/ Serrano 115bis, 28006 MADRID
> Spain
>
> _______________________________________________
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>



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Saludos,
Carlos Ortega
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